明神宗万历元年（一五七三）：初，俞大猷移镇福建福、兴、泉、漳、延、建、邵武、福宁并浙江金、温地方。方议攻贼澎湖，忽有新倭自漳、泉趋福宁，大猷遣兵追之；将及，副将邓之屏促向澎湖，新倭猝入烽火寨，杀把总去（名山藏俞大猷传）。
八年（一五八〇）九月，日本犯浙江韭山及福建澎湖东涌（明史）。
三十二年（一六〇四）七月，福建人李锦、潘秀、郭震久居大泥，与和兰人习。其酋麻韦郎欲通贡市，锦为画策，夺澎湖屿而守之；因贿高寀，使上请于天子。酋善之，锦乃为大泥国王书移寀及守将，俾秀、震赍以来。守将陶拱圣大骇，白当事，系秀于狱；震不敢入。而酋已驾三大艘直抵澎湖，伐木筑舍，为久居计。锦亦潜入漳州侦探，当事亦系之狱。已乃令三人谕其酋还国，将校詹献忠持檄与俱。献忠多携币帛食物，觊酋厚酬。锦等又依违其词，酋不肯去。采已遣人索贿三万金，许为代奏。会都司沈有容自请往谕。有容负胆智，大声论说。其下人露刃相诘，有容盛气与辩，无所慑。酋心折，乃曰：『我从不闻此言』。时巡抚徐学聚严禁奸民下海，犯者必诛；接济路穷，酋无所得食，即索取所予寀金，扬帆去。锦等皆伏罪（明纪）。
四十七年（一六一九）四月，漳州府奸民李新僭号「洪武」，结海寇袁八老等率兵党千余人流劫焚毁，势甚猖獗。巡抚王士昌檄副将纪元宪、沈有容等领兵讨平之（通鉴纲目三编）。
熹宗天启五年（一六二五）九月，海贼刘香寇福建（明史）。
七年（一六二七）六月，海寇郑芝龙等犯福建铜山、中左所等处（明史纪事本末）。
怀宗崇祯元年（一六二八）正月，工科给事颜继祖劾福建总兵俞咨皋下狱。初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等；郑芝龙求返内地，杨六绐其金，不为通，遂流劫海上。继祖上言：『海盗郑芝龙生长于泉，聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊。旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用，而咨皋招之海即置之海，今日受抚，明日为寇。昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞，故闽帅不可不去也』。疏入，逮咨皋下于理（明史纪事本末）。
三月，禁漳、泉人贩海。芝龙掠福建、浙江海上（明史纪事本末）。
七月，兵部议招海盗郑芝龙。九月，芝龙降于巡抚熊文灿。工科给事颜继祖言『芝龙既降，当责其报效』。从之。初，俞咨皋招杨六、杨七降，独芝龙猖獗如故。芝龙败都司洪先春，释不追；获一游击，不杀；咨皋战败，纵之走。当事知其可抚，遣使谕之。癸未，芝龙降。会朝命布政使熊文灿为巡抚，文灿善遇芝龙，使为己用：先后击擒李魁奇，蹙锺斌于大洋投海死，海警遂息（明史纪事本末、明纪）。
二年（一六二九）二月，海盗李魁奇伏诛。魁奇本郑芝龙同党，芝龙忌之，击斩粤中。
四月，广东副总兵陈廷对约郑芝龙剿盗。芝龙战不利，归闽。不数日，寇大至，犯中左所近港；芝龙又败，寇夜薄中左所（以上明史纪事本末）。
七月末，吉了警至，人心奔溃。当事汲汲图近守之策；有以专守闽安镇为言者，以此镇最狭，可设铳墙、设木牌也（崇相集）。
三年（一六三〇），红夷据澎湖，犯漳、海澄、中左所，入厦门（蔡忠烈年谱）。
四年（一六三一）正月，上召廷臣及各省监司于平台，问福建布政使吴杨、陆之祺备御海寇之策（明史纪事本末）。
平远贼锺凌秀与弟复秀聚千众于连子山铜鼓嶂。
二月，贼掠永平寨，杀官军二百有奇，守备、千百户、把总皆死。旋札黄峰隘，知府林联绶调兵御之；指挥严明被执，千户刘尧、百户张机不屈死。
贼突出瑞金县，札南门冈，为乡豪张振熙、僧守贞所败；尽弃辎重，徒手趋还杨家巷。林守惩前败，不发兵堵截。贼复收残孽，整队而出。官兵御之，指挥王应官、张大伦、把总王国佐、赖思养、赖君迁、曹纬咸败死。次日，巡道顾元镜复遣指挥韦某、百户张耀接援。韦闻败先窜，张战死。
九月，督抚熊文灿提兵入汀会剿。时贼舍杭武，径出广东，袭始兴县，破之；羽书告急。奉旨，谕熊会赣、广两院合剿。熊乃率郑芝龙亲兵驻上杭。
十月，参将郑芝龙师驻三河坝，督官兵捣贼巢；遇贼于丙村，斩馘三百余人。次日，贼迎战，又斩贼三百余级。陈二总乞降，不许，并斩之，焚其巢而还。
五年（一六三二），郑芝龙追贼至石窟都。锺凌秀以贼二百受抚。
二月，锺凌秀弟复秀叛，招余党三百余，焚掠蓝屋驿；复由渌水潭至回龙冈，焚劫甚酷。巡道顾元镜遣百户赖其勋等御之，战死。谢志良追兵亦至，战败，死者百人。赖明照亦陷阵死。
四月，顾元镜自上杭率千总刘良机、材官郭之英、陈望正、把总黄基昌、蔡联芳等往雩都、兴国，会郑芝龙兵大剿。
八月，顾元镜同总兵陈廷对、同知黄色中屯程乡，捣贼巢（以上临江汇考）。
九月，海盗刘香老（一但作香）寇福建，巡抚都御史邹维琏遣游击郑芝龙击破之（明纪）。
十一月，海盗刘香老犯小埕，游击郑芝龙击走之。
六年（一六三三）六月，海盗刘香老犯长乐（以上明鉴会纂）。
红夷袭陷厦门城，大掠。邹维琏急发兵水陆并进，参政曾樱请用郑芝龙为军锋。芝龙焚其三舟，官军伤亦众。寇乃泛舟大洋，转掠青港、荆屿、石湾。巡抚御史路振飞悬千金励将士；诸将御之铜山，连战数日始败去（明纪）。
七年（一六三四）四月，先是锺凌秀既降复叛，为郑芝龙所擒；其党溃入长汀，转掠江西属邑，芝龙屡败贼。会福建有红夷之患，刘香乘之，连犯闽、广沿海邑。总督两广侍郎熊文灿不能讨，议招怃。漳州知府施邦曜絷香母以诱贼，贼阳许之；乃令参政洪云蒸、副使康承祖，参将夏之本、张一杰入贼舟宣谕，云蒸等俱被执。文灿惧罪，奏诸臣信贼自陷。给事中朱国栋效之，帝令戴罪自效（明纪）。
八年（一六三五）四月，福建游击郑芝龙合粤兵击刘香老于田尾远洋。刘胁被执兵备道洪云蒸出船止兵；大呼曰：『我矢死报国，亟击勿失』！遂遇害。香老势蹙，自焚溺死。康承祖、夏之本、张一杰脱归。八月，香老家属六十余人、部属千余人至黄华降于温处参军（明史纪事本末）。
十三年（一六四〇）八月，加福建参将郑芝龙署总兵。芝龙既俘刘香老，海氛颇息；又以海利交通朝贵，浸以大显（明史纪事本末）。
十七年（一六四四）三月，督抚张肯堂移镇漳州。初，十五、六年间，南安、仙游之贼啸聚日繁。既而漳南群盗复起：梁良、赖禄之徒攻城围邑，驰骤于龙岩、漳平、永定、平和之间，西及汀、赣；崔鹰、锺亮、华祝、方安之徒奔轶破撅。至是，将军郑芝龙请先趋云霄取叶、方，廓清浦南之道；然后回戈，西取梁、赖，南并崔、锺，使上下援绝。肯堂不从；请芝龙西扼南靖，断梁、赖之道，出别将取叶、方。郑既趋南靖，塞山城、五峰诸口，梁、赖诸部皆不得反里舍。别遣洪中军出云霄。时方久雨，叶、方日侦师期，将南走并于崔、锺。郑已先遣施中军西走间道，出大埔、普宁，云将捣崔、锺，阴遣人豢叶、方，使诣降自赎。叶、方相顾，正赵趄间，诸部落已渐散去。方安跳身就系；叶祝率数百众将从崔鹰，遂为施中军所得。于是洪中军亦出石梯岭，搜诸洞，擒获诸部首，而浦南道清。时梁、赖西去围永定，又进围龙岩、漳平，焚掠横甚。郑欲西上角逐，肯堂不从。亡何，诸贼党苦野次失其巢穴，不得越南靖，时时就郑请命。郑亦佯宽之曰：『尔稔毒势不俱全，能有所诛夷，自效可耳』。未几，梁、赖有隙。梁良见势绌，暴死。赖禄欲自拔，率数千人求见郑。郑顾部将当阵擒之，俘馘数千，诸大脑以七宿着号者各反手就缚。不数日，崔鹰亦败。施中军所俘馘称是，生得崔鹰。先后破除诸盗贼十百起，近不踰旬朔、远不过岁时；所用军储不过万余耳（黄漳浦集）。
四月，按院陆清源出牌云：『照得谋国不臧，贼遗君父，正主忧臣死之日』云云。人见之愕然。盖煤山之变，已有密探也（榕城纪闻）。
八月，封郑芝龙安南伯。
十月，以郑芝龙为总兵官，镇守福建等处（以上甲申日记）。
福王弘光元年（一六四五）二月，芝山灵源阁灾。旧谶有云：『火烧灵源阁，三山作战场』；邑人大惧。闽中自此不靖矣（榕城纪闻）。
五月，清使江南御史黄熙胤招抚福建。熙胤，晋江人，与郑芝龙同里。芝龙密遣使通款（三藩纪事本末）。
六月，唐王监国福京，闰月即皇帝位（甲申日记作七月），以七月以后为隆武元年。唐王名聿键，小字长寿，太祖子唐定王桱之后。崇祯五年袭位，年三十一矣。九年秋八月，京师戒严，王率护军勤王，汝南道周以兴制之不听。至裕州，巡按御史杨绳武以闻，旨下切责；下部议，废为庶人，安置凤阳高墙。十七年三月北都陷，南京福王立，改元弘光，以明年为元年；唐王赦出高墙，礼臣请复王爵不许。十一月，命徙驻广西之平乐府。明年（即弘光元年）五月，行抵杭州，而南都已覆。王劝潞王监国，不听。时镇江总兵郑鸿逵、户部侍郎何楷、户部郎中苏观生胥会于杭，遂奉王入闽。六月甲戌，次浦城。闰六月癸未，福建各官迎谒于水口驿。南安伯郑芝龙、礼部尚书黄道周、福建巡抚张肯堂、巡抚御史吴春枝等三笺劝进，王出御用银一百五十两令有司葺行宫，勿扰民。丁亥，至福州监国，建行在太庙、社稷。时郑芝龙拥兵骄悍，鸿逵欲王早正位以系人心，芝龙犹豫弗决。群臣多言监国名正，建号宜迟；不报。十五日，祭告天地祖宗，即位南郊，以福建为福京、福州为天兴府、布政司为行殿、福州府为国子监；大赦，称号隆武。追尊皇考为皇帝、妣为皇后，遥上福王尊号曰圣安皇帝。鸿逵封定虏侯，寻晋定国公；芝龙封平虏侯，寻晋平国公；其弟芝豹封澄济伯，郑彩永胜伯；并赐号奉天翊运中兴宣力定难守正功臣。芝龙部将施天福武毅伯、洪旭忠振伯、林习山忠定伯、张进忠匡伯、陈辉忠靖伯，鸿逵部将陈豹忠勇侯、林察辅明侯。以黄道周为吏部尚书武英殿大学士，苏观生为吏部右侍郎兼东阁大学士，福建巡抚张肯堂为兵部尚书兼左都御史，何楷为户部尚书，四川按察使曹学佺为礼部尚书兼兰台馆学士，福建巡按御史吴春枝为兵部右侍郎兼右副都御史，周应期为刑部尚书，郑瑄为工部尚书，黄锦为礼部右侍郎。闽设八巡抚。何吾驺、蒋德璟、黄景昉、朱继祚、林欲楫、姜曰广、吴甡、高弘图、路振飞、曾樱、郑三俊、熊开元、黄鸣俊、顾锡畴、陈子壮、林增志、李先春、陈洪谧、王锡衮、陈奇瑜等，皆遥授阁辅，戎车转侧至者数人。林增志、李先春先至，同入阁办事；然不令票旨，皆王亲为之。王性素俭，少遭患难；既即位，慨然以复仇雪耻为务，布衣蔬食，不御酒肉。敕司礼监：行宫不以金玉玩好陈设，器用磁锡；帏幄被褥皆布帛，绝无锦绣。后宫无嫔妃，御执事者三十人而已。中宫懿旨选女厨十人，王闻之，以为扰民，不许。勤于听政，批阅章奏，丙夜不休。上书陈言军国大事者，辄以手诏答之。素好读书，博通典故，手撰三诏与鲁监国书，群臣皆莫能及。重风节，重文学；收召名士，不次擢用。其志欲大有为于天下，而阨于时势。感路振飞旧恩，募能致者赏千金，给五品秩（残明宰辅年表、南疆绎史、明纪、清白士集、海上见闻录、榕城纪闻、三藩纪事本末、小腆纪年）。
六月，浙东张国维、朱大典、孙嘉绩、方逢年等迎鲁王监国绍兴。时浙西已降附，清兵方在江楚；吏部侍郎杨廷麟、兵部侍郎万元吉、国子祭酒刘同升等以义师往来捍御，克复吉安、临江等处。遂加廷麟兵部尚书兼东阁大学士，赐剑便宜从事；元吉副都御史，总督江西、湖广诸军；以同升为南赣巡抚。时唐王优礼郑氏，以闽事属之ｏ芝龙长子森入见，奇其表，赐国姓，改名成功，命提督禁旅，以驸马都尉体制从事。芝龙议陈战守事宜，自仙霞关外当守者计百余处，应设守兵若干。其战兵以今冬简练，明春出关，一出浙东、一出江右，计兵二十余万。合闽、粤饷不支一年，仍请于两税正供内米一石预借银一两，令群臣捐俸，劝绅士输助，察府县历年积榖银两未解者悉催赴行在，遣侍郎科道征发。吏部主事王兆熊兼御史督御饷急迫，不输者，榜其门曰「不义」；于是闾里骚然矣。芝龙又请清理寺田，可得饷八十万，王不听。户部侍郎李长蒨请广开事例，从之。无论厮养隶卒，皆得给札授官。犹苦饷不足，守关兵仅数百人，率疲癃不堪用。设储贤馆，定十二科取士，以苏观生领之；已而招徕者多挟邪士，王亦厌罢。王以盗贼之兴，皆由贪吏虐民，欲效高皇帝之法惩之。建阳知县沈囗〈火豦〉贪酷被劾，特敕诛之，辅臣申救，不听；由是人稍知惧。廷臣日请出关，王屡戒征期，芝龙辄以饷绌为辞。会赐宴大臣，芝龙自以侯爵欲位首辅上，黄道周争以祖制武职无班文臣右者，终先道周，芝龙鞅鞅不悦。道周知芝龙无意视师，乃自请出关，号召义旅，且藉以联何腾蛟图恢复；王许之。请兵请饷，芝龙皆不应，仅给羸卒千人，赉一月饷，赍空敕数百道而行。时七月辛未也（南疆绎史、清史纪事本末、海上见闻录、小腆纪年）。
