两天后，秦申随着赵构从温州启程，前往临安府（今杭州）。皇上出逃，总不是好事，一行人乔装打扮，甚为低调，三天到达临安，同样不动声色，悄悄进城。
第二天，临安朝廷正式建立，秦申护驾有功，擢升为御史中丞，其余人等，均有不同程度的奖赏。
赵构深知南逃给军民造成了很大的伤害，一连下了好几道诏书，第一道为“罪己诏”：因朕之德寡，无深谋远虑，上不能当帝王之意，下不能得百姓之心，终于落到了流亡失所的地步……
第二道为“避殿诏”：百官将士家属未至，朕岂敢独自偷安，朕将独自居住于堂外，待士庶老小到达临安之时，朕方可入寝殿……
第三道为“俭约诏”：今后给朕的供奉必须菲薄，仪物、膳食等当一律痛加裁减……
“德不足以造福黎民，武不足以戡定战乱。”秦申站在窗前，默念着诏书，看着窗外草长莺飞，心中一片感慨：赵构若真能如诏书所说，励精图治，不失为大宋之幸！
几天后，左相李纲和礼部侍郎朱胜非，也匆匆赶到了临安，李纲戎装未解，直接闯进了秦申的院落。来不及问候一声，他咄咄逼人道：“秦申，偏安临安府，是不是又是你的主意？！”
“李相说笑了，这是陛下自己的主意。”秦申恭敬道。
“那你为什么不阻止？临安，距离中原越来越远，军心民心顿失啊，这些道理难道你不明白吗？！”
“明白。”
“明白为什么还要这样？！”李纲吼道。
秦申暗恨，这李纲老大不小了，怎地还这般脾气！思想了一阵，道：“李相，难道让陛下回到中原，再来一次千里逃亡？到那时，恐怕不是民心失去不失去的问题，而是整个大宋将土崩瓦解啊！再说陛下和文武百官，已成惊弓之鸟，我有多大能力，说服他们返回中原？！”
“那也不能待在临安啊！”李纲依然气愤难平。
秦申气道：“临安有什么不好？！越王勾践，就是在这里受尽屈辱，卧薪尝胆，终成大业，以此为鉴，让君臣明志，牢记中兴之责任，这又有什么不好的？”
李纲狠狠逼视了他一眼，叹道：“在哪个地方，老夫并不介意，老夫只是担心苟安一隅，失却了肩上这份责任啊。”
看着李纲花白的双鬓，胸口一热，整个赵宋，竟然沦落到靠两个老人支撑前线的地步！他思索了良久，狠狠道：“李相，我要权！”
“你已经是堂堂的御史中丞，还要什么权？”李纲奇道。
“军权！”秦申咬牙道。
“这个……”李纲疑惑地看了秦申一眼，道，“虽然老夫知道，目前军心涣散……”
“何止是涣散，简直是败坏！”秦申打断了李纲的话，愤愤道，“李相，杨沂中两万御营军，抵挡不了金兵一个时辰，御营军啊，皇上的最后一道屏障！还有张俊不战而退，‘身先士卒’跑到了江南；刘光世部未接战就已经溃散；韩世忠韩将军也兵溃于沐阳，弃军而逃，好歹还算抵抗了一阵……溃散的宋兵马上又成了流寇，面对外敌望风而溃，面对百姓却如狼似虎，这哪象是朝廷的军队！”
李纲垂下头，深深叹了一口气，道：“可是秦申，你要知道，带兵打仗是另外一回事，而且，先祖有遗训：军政不可一身。你从军，这朝堂……”
秦申笑道：“李相误会了，不是我从军，是我的人从军！”
“谁？”
“周伟！”
“我知道，一直护卫你的那个是吧，功夫颇高。”
“李相，他不光功夫颇高，也是在宗老将军手下做过部将的人，只不过后面溃散了，后来在五马寨遇到了我，收在身边。”
“原来是这样，容老夫考虑考虑，军队，确实该好好整治整治了。”
秦申舒了口气，点头道：“李相，扬州之围，怎么解的？”
李纲微微一笑，轻描淡写道：“几个毛贼围城而已，说不上解不解的，围了两个月，自然退兵了。”
“金兵没攻城？”
“攻了，小打小闹。”
“伤亡呢？”
李纲一阵落寞，叹道：“我们伤亡两千余人……”
伤亡两千，还是守城所至，这哪里是小打小闹啊！秦申的眼前，仿佛又看到了城墙上惨烈的场景，怔怔地盯着眼前的老人，良久无语。
第二天上朝，李纲上殿谒见，磨难之后，君臣相见，自然又是一番感概万千，礼毕，李纲上书道：“陛下，国家危难之秋，朝纲败坏，军心涣散，文不能立国，武不能护主，王者之师，竟不能保全陛下之万一，两万人马，望贼而溃，终至陛下仓促南渡，致使士大夫弃其家属，五军将士失散，殿前都指挥使杨沂中枉负圣恩，难当此任，陛下明查！”
赵构在相州成立大元帅府时，将所部编为前、后、左、右、中五军，各军设统制官。即位后，险恶的形势让他不得不暂时将枢密院和三衙暂时闲置在一边，设御营军，以殿前都指挥使执掌，正、副使以下是都统制。
殿前都指挥使，相当于首都卫戍部队，直接听命于皇上，是赵构身边最为依仗的力量。而这支军队，在战事中竟然如此不堪一击，赵构正为此事烦闷，连最精锐的禁军都保护不了他，还能指望谁？
听了李纲的上书，虽很有点舍不得杨沂中这个跟随身边出生入死的悍将，可自身的安全始终是大事，沉吟了片刻，道：“准奏！免杨沂中殿前都指挥使一职，改任……前军都统制！”
赵构还是舍不得杨沂中啊！秦申暗想，不过杨沂中也算一员猛将，自己迫不得已而为之，能让他在军中有一席之地，也算不错，只是前军已经在东平被打得溃散在各地，杨沂中这个都统制，完全是个光杆司令。
赵构说完，对李纲道：“李卿，你看朕殿前之军，何人统领为好？”
李纲拜道：“陛下，殿前之军，非同小可，非德才兼备之人不可，御史中丞秦申，多次出奇谋，以身侍敌，杀伐果断，不惜以船撞贼，解救陛下于危难，老臣以为，此职非秦大人莫属！”
秦申，前有母妃极力举荐，今有左相亲眼有加，更何况在南逃中的表现有目共睹，赵构大悦，马上喝道：“准奏！”
这下不光是汪伯彦傻了眼，就连秦申也傻了眼，疑惑地把头转向李纲：我他.妈放着朝廷三公不做，去做个鸟都指挥使干啥？！这到底是升还是降啊！
李纲递给秦申一个神秘的笑容，道：“秦大人，还不谢恩？”
秦申暗恨，正要出列，汪伯彦率先跳了出来，奏道：“陛下，秦大人已是朝中重臣，先祖有训，军政不可两全，秦大人虽年轻有为，但御营军非同小可，事关陛下安危，陛下三思啊。”
赵构闻言，点头道：“有理。”秦申刚刚松了口气，只听赵构继续道：“李爱卿，把马伸赶快召回来，升任侍御史，御史台的事务，就由他先代理吧，秦申……先兼着中军都统制。就这样定了！”
赵构又在玩折中了，既不让秦申在军中一步登天，又让他兼管其中最重要的一支。皇上一言九鼎，秦申只好拜谢龙恩，出了朝堂，依然在迷糊中，拉着李纲道：“李相，我这御史中丞，到底是免了还是没免？”
李纲哈哈大笑：“看诏书，诏书上说免了，那就是免了，没说，那就是没免，哈哈哈……”秦申端着诏书看了半晌，也没找到“御史中丞”四个字，郁闷地摇摇头，向府中走去。
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