一 贵由汗即位
窝阔台汗死后，大汗的人选问题又一次成为蒙古宫廷面临的主要问题。窝阔台汗在世之时，曾选定乃马真皇后所生的第三子阔出为汗位的继承人，不过阔出却先于窝阔台汗死去。阔出之前，窝阔台汗似曾选定五子合失为继承人，合失因过度酗酒也早于窝阔台汗死去。于是窝阔台汗就把阔出的长子失烈门抚养在自己的大帐之中，并准备让失烈门继承汗位。但在临死之前，窝阔台汗派出使节去紧急召回远征钦察草原的长子贵由，贵由返回之前，窝阔台汗已经去世。另外，窝阔台汗的二子阔端此时也有意获得汗位的继承权。对贵由、阔端、失烈门三人，《世界征服者史》中有这样的描述：“在合罕（即窝阔台）的所有儿子中，贵由以他的英武、严峻、刚毅和驭下而最知名；他是长子，处理危难最富实践，而且对祸福最有经验。阔端，相反地，病体奄奄，失烈门仅为一孩童。”
摄政的乃马真皇后倾向于让长子贵由继承汗位。为了能让贵由顺利继承大汗之位，乃马真皇后派出使节邀请蒙古宗王、贵族来参加选举大汗的忽里台会议。1246年春，蒙古左右翼宗王和大臣们带着部属和侍从们来到了名为阔阔纳兀儿的地方参加忽里台大会。术赤兀鲁思的首领拔都由于不满贵由即位，就借口身体不好和腿病不来参加忽里台大会。在忽里台大会上，在乃马真皇后的积极斡旋下，1246年六月贵由继承了大汗之位。贵由汗为了让大汗之位留在自己的家族，便让宗王们立下了誓书：“只要你的家族中还留下哪怕是裹在油脂和草中，牛狗都不会吃的一块肉，我们都不会把汗位给别人。”此次忽里台选汗大会规模极大，“为来宾们准备好了两千座帐幕。斡耳朵周围已无住处可供驻留，但达官贵人们还在从四面八方来到。从来没有人目睹过这样[盛大的]集会，史书上也没有记载过这样的盛会”。
文献中有如下详细的描写：“因此大家同意汗位应交给贵由，他应当登上帝国的宝座。贵由一如旧习，暂时拒绝这份荣誉，时而荐举这个，时而那个作为代替。最后在珊蛮（萨满）巫师选定的一个日子，所有王公齐聚一堂，脱去他们的帽子，松开他们的皮带。于是[也速]（也速是察合台之子，与贵由汗关系密切，后在贵由汗扶植下继承察合台之位）引着一手，斡鲁朵（斡鲁朵为拔都的兄长）引着另一手，他们把他拥上御座和皇位，同时举起他们的酒杯；朝见殿内外的人三次叩拜，称他为贵由汗。又按照他们的风俗，他们立下文书称他们不违背他的话和命令，并为他的幸福祝祷；在这之后他们走出大殿，三次向太阳下跪。当他再度登上雄伟的宝座时，王公们坐在他右手的椅上，公主们在他的左手，每个人都像一颗珍珠那样极其高雅。充当侍儿的都是这样的俊童：风姿优美、紫罗兰面颊、玫瑰脸庞、乌黑头发、丝柏身材、嘴如鲜花、齿若贝珠、笑脸迎人。”之后一连九天，人们在一起宴饮，“从早到晚，他们尽情轮番把盏，凝视美若天仙，体态婀娜的美人”。“当他们宴乐完毕，他命令打开新旧库藏的大门，准备各种珍宝、金钱和衣服。主持这件事，即是说，散发这些财宝，他委诸唆鲁禾帖尼别吉（即拖雷的正妻唆儿忽黑塔尼别吉）的才智和持重，她在那次忽邻勒塔上享有最大的威望。最先得到他们份子的是在场的成吉思汗氏族中的王公和公主；还有他们的所有奴仆和扈从，贵人和贱民，老头和幼儿；然后按顺序，那颜们、土绵长（即万户长）、千夫长、百夫长、十夫长；按人口，算端（国君）们、蔑力克（世侯）们、书记们、官员们，以及他们的属下。其他每个在场的，不管他是谁，没有不分得一份而离开，确实，人人领到他的足额和该得的那份。”
此一时期奉教皇之命出使蒙古汗廷的葡萄牙人加宾尼目睹了此次忽里台大会的情形，下面就是他的记述：“在那里，正在举行庄严的大会。在我们到那里时，已经树立了一座用白天鹅绒制成的大帐幕，照我的估计，它是如此巨大，足可容二千多人。在帐幕四周树立了一道木栅，在木栅上画了多种多样的图案。第二天或第三天，我们同被指定照管我们的鞑靼人一道来到帐幕跟前，看到所有的首领们都集合在那里，每一个首领骑着马，带着他的随行人员，这些人分布在帐幕周围的小山和平地上，排成一个圆圈。第一天他们都穿白天鹅绒的衣服，第二天——那一天贵由来到帐幕——穿红天鹅绒的衣服，第三天，他们都穿蓝天鹅绒的衣服，第四天，穿最好的织锦衣服。帐幕四周的木栅有两个大门，一个门只有皇帝有权出入，虽然这个门开着，却没有卫兵看守，因为没有人敢从这个门出入。所有获准进入的人都从另一个门进去，这个门有手执剑和弓箭的卫兵看守……首领们在帐幕里面开会，我相信，是在进行选举，所有其余的人都在上述木栅外面很远的地方。”在木栅外面有许多人，“如果算入那些前来呈送贡品和礼物的人、前来朝见的算端（国君）们和其他首领们、被鞑靼人召来的人和各地的长官们，在那里有四千多位使者。所有这些人都被安置在木栅外面，让他们喝饮料……我想我们在那里住了足足四个星期。我相信，在这个期间里进行了选举，虽然选举的结果在那时还没有宣布。我做这样推测的主要根据是：当贵由走出帐幕时，他们在他面前唱歌，当他留在帐幕外面时，他们手拿顶端有数簇红羊毛的美丽旗杆，略略放下，复又扬起，向他致敬，对于任何其他首领，他们都没有这样做。他们称这座开会的帐幕为昔剌斡耳朵”。“我们离开那里，同大家一起，骑马来到三四里以外的另一处地方，在那里，在群山之间的一条河附近的一片美丽的平原之上，已经树立了另一座帐幕，这座帐幕，他们称之为金斡耳朵。”在这里原定为贵由举行的登极典礼由于一场冰雹延期举行。“这座帐幕的帐柱贴以金箔，帐柱与其他木梁连结处，以金钉钉之，在帐幕里面，帐顶与四壁覆以织锦，不过，帐幕外面则覆以其他材料。我们留在那里，直至圣巴塞洛缪节[8月24日]。在那一天，一大群人在那里集合。他们全都面南而立，并且做这样的安排：他们之中的某些人与其余的人相隔约一掷石之远；他们继续向前走，越走越远，口诵祷词，向南跪拜……在这样跪拜了很长时间以后，他们回到帐幕里面，把贵由放在皇帝宝座上，首领们在他面前跪下，所有在场的民众也都在首领们后面跪下，只有我们没有跪下，因为我们不是他的臣民。然后他们开始喝起来，并且按照他们的风俗，一直不停地喝到傍晚……就这样，他们宴会了好多天。”
二 贵由汗之施政与贵由汗之死
贵由即位后，追究了斡惕赤斤企图夺取汗位的行为，并将斡惕赤斤处死。然后贵由汗开始整顿乃马真皇后掌权时期造成的混乱局面。他收回了宗王滥发的各种牌符，确认了窝阔台汗颁发的一切法令，降旨说“凡盖有[窝阔台]合罕玺印的诏书，不必向他奏告就可签署[通过]”。贵由汗重新重用了大臣镇海和牙老瓦赤，处死了奥都剌合蛮。贵由汗还以蛊害阔端的罪名派人到乃马真皇后处捕杀了回回女子法迪玛。由于乃马真皇后极力袒护法迪玛，贵由汗与乃马真皇后的关系恶化，不久乃马真皇后就死去了。与此同时，贵由汗还撤换了察合台兀鲁思的首领。在察合台死后，察合台的孙子合剌斡兀立继承了察合台之位，因为不管是察合台还是窝阔台汗，生前都曾指定合剌斡兀立为察合台兀鲁思的继承人。但由于贵由汗与察合台之子也速极为友好亲密，贵由说“有子怎能让孙子当继承人？”于是就改命也速为察合台兀鲁思的继承人。
1247年八月贵由汗派额勒只带西征，并授予额勒只带统辖阿姆河以西的军政大权。这一举动被认为是为进攻拔都做准备。1248年初，贵由汗以到叶密立营地养病为借口，率军西行，不料却于三月在西行途中突然死去，时在位仅两年多时间，享年四十三岁。正如一些史料所记载的那样，贵由汗前往叶密立名为调理身体，其实是为了军事打击拔都。拔都是成吉思汗长子术赤所建兀鲁思的首领，在蒙古汗国内拥有极高的地位。贵由与拔都素有矛盾。窝阔台汗时期，拔都率领黄金家族长子西征，贵由作为窝阔台汗长子也随军前往。但在一次拔都主持的宴会上，年长的拔都先喝了一两盏酒，贵由对此十分不满，便愤然离席，并说话羞辱了拔都。拔都将这件事奏告了窝阔台汗，窝阔台汗大怒，他不准贵由前来拜见，并骂道：“这下贱的东西，听了谁的话，竟敢对兄长满口胡说，他只不过是只臭蛋，竟敢与兄长敌对。让他去当先锋，攀登山一般高的城，把十个手指的指甲磨尽！让他去当探马，攀登建筑巩固的城，把五个手指的指甲磨掉！”
在推举贵由汗的忽里台会议上，拔都借故没有参加。不过，在拔都与贵由汗的矛盾冲突中，拖雷家族却明显倒向了拔都。拖雷死后，拖雷的正妻唆儿忽黑塔尼别吉执掌了拖雷兀鲁思。其实，自窝阔台即位后，拥有雄厚势力的拖雷家族在蒙古帝国内一直扮演着重要的角色，但为了不招致大汗的打击，他们一直小心翼翼。在乃马真执政的混乱政局中，“每个人都向各方面派出急使，并四处送出汇票和拨款单，每个人都向其中某一方面找门路，用一切手段靠其庇护。[只有]唆儿忽黑塔尼别吉和她的儿子们除外，他们总是遵循法令[而行]，丝毫也不违背大法”。我们不难看出唆儿忽黑塔尼别吉有着十分成熟的政治眼光。她还巧妙利用贵由汗与拔都之间的矛盾，当贵由汗率领大军前往叶密立之时，唆儿忽黑塔尼别吉暗中派出急使通知拔都说：“请做好准备，贵由汗已率领大军向[你们]那边推进。”
至于贵由汗死因，蒙哥汗时期出使蒙古汗廷的法国传教士鲁不鲁乞在其游记中有如下记载：“关于贵由之死，我未能获悉任何明确的说法。安德鲁修士说，他是由于服用了给予他的某些药而死去的，一般怀疑这是拔都干的。但是，我听到的却是另一个故事。贵由曾经召拔都前来朝见，以对他表示臣服，拔都当即举行了盛大的仪式，启程出发。然而，拔都和他的部下非常害怕，因此派他的一个名叫思梯坎（Stican）的兄弟先行。当思梯坎到达贵由那里，并且正要向他献盏时，发生了争吵，他们两人互相把对方杀死了。这位思梯坎的寡妇挽留我们一整天，以便我们能够进入她的帐幕并为她祝福，这就是说，为她祈祷。”
贵由生来体质虚弱，他大部分时间患有某种疾病，又昼夜纵情于酒色。由于贵由汗身边的许多人，如王傅官合答黑、大臣镇海以及一些医师等都是基督教徒，因此他极其尊敬基督教徒和神父。当这个消息传开后，世界上各个角落的神甫和修道士都想到他的宫廷中来。因此在他在位期间，基督教徒十分得势，没有一个伊斯兰教徒敢说出反对他们的话。贵由汗心情忧郁，他把各种事情，无论重要与否，都交给合答黑和镇海去办理，让他们完全负责。另外，贵由汗执法的严酷尽人皆知，以致他的敌人对他的惧怕心理在其军队到达之前就已经深深铭刻在心中。得知他即位的边远之地的每个统治者由于害怕他的暴烈和残酷，昼夜不得安宁。他的大臣、亲信和朝臣们在他主动谈及某件事之前不敢向前迈一步、进一言。远近的来客，若非由他召请，不敢把腿抬得稍高于拴马处的高度。贵由汗毫无限制地慷慨、挥霍，想使他的名声超过他的父亲窝阔台。他命令沿袭窝阔台汗时代的做法，对四周国家的商人们的货物估价之后，就照价偿付。各地的货物堆积如山，大臣们向贵由汗报告了这一情况。贵由汗说道：“既然难以保存，留着也没有什么用，那就分给军队和在场的[所有的]人吧。”于是分了很多天，分给了所有的人，但仍剩下很多，贵由汗又下令将这些东西听任人们随便拿走、抢光。
贵由汗死后，蒙古帝国宫廷又陷入了权力的争斗之中。在宗王的建言下，贵由汗正妻斡兀立-海迷失执掌国政。文献中对于斡兀立-海迷失之施政颇多指责。“尽管除了与商人做交易外，再也没有什么别的事，斡兀立-海迷失却大部分时间单独与珊蛮们在一起，沉溺于他们的胡言乱语[而不认真治理国家]。”她的儿子忽察和脑忽“则建立了[自己的]两座府邸以与母亲对抗，以致在同一个地方出现了三个统治者。另一方面，宗王们各擅自签发文书，颁降令旨。由于母亲和儿子们以及其他[宗王们]之间的不一致，意见和命令的分歧，事情陷入了紊乱。异密镇海不知道该怎么办，谁也不听他所说的话和劝告”。《元史》也记载了在贵由汗死后，斡兀立-海迷失施政时期国家的混乱情况：“是岁大旱，河水尽涸，野草自焚，牛马十死八九，人不聊生。诸王及各部又遣使于燕京迤南诸郡，征求货财、弓矢、鞍辔之物，或于西域回鹘索取珠玑，或于海东楼取鹰鹘，驲骑络绎，昼夜不绝，民力益困。”
由于贵由汗家族内部的矛盾和倒行逆施，斡兀立-海迷失的权威很快受到了势力强大的拖雷家族和术赤兀鲁思首领拔都的挑战，以致斡兀立-海迷失无法如愿以偿地让贵由汗后裔继承汗位，汗位由此转移到了拖雷家族。
