可惜的是，还没等到那些书生们采取进一步的行动，危机就已经爆发了。据《戊戌朝变纪闻》里说，就在光绪接见伊藤博文的第二天，慈禧太后突然御临便殿，设竹杖于座前，并召集了庆亲王和军机大臣、御前大臣等人跪于案右，而光绪皇帝则跪于案左。随之，慈禧太后便疾声厉色地呵斥光绪：“天下乃是祖宗的天下，你何敢任意妄为！这些大臣，都是我多年历选，留以辅佐你的，你竟敢任意不用！还敢听信叛逆蛊惑之言，变乱朝纲！康有为是个什么东西，能胜于我选用之人？康有为之法，能胜于祖宗所立之法？你难道昏头了，不肖竟至于此！”骂完光绪，慈禧太后又转头责骂那些大臣说：“皇帝年少无知，你们这些人为何不加以劝阻，以为我真不管，听他亡国败家吗？我早就知道他不足以承大业，不过时事艰难，不宜轻举妄动，只得对他留心稽察管束。现在我人虽然在颐和园，但心时时在朝中。我唯恐有奸人蛊惑，所以经常嘱咐你们不可因他不肖，便不肯尽心国事；所幸我现在身体还好，到时必不负你们”。
慈禧喘了喘气，又接着说道：“早些时候，奕劻还再三跟我说，皇上既肯励精图治，谓我也可省心，我因想外臣不知其详，并有不学无术之人，反以为我把持，不许他放手办事，今天总算知道这样是不行的。他是我立的皇帝，他要亡国，其罪在我，我能不问吗？你们不力诤，便是你们的罪过！”群臣听后如捣蒜般叩头，连称有罪。这时，一向保守顽固的军机大臣刚毅面有喜色，他赶紧上前奏道：“微臣屡次苦谏，但每次都被皇上谴斥，至于其余众臣，也有言谏过的，也有不吭声的。”慈禧太后听后，又转身问光绪：“要是有臣下变乱祖先之法，你可知该当何罪？你说说，是祖宗之法重要，还是康有为之法重要？背悖祖宗之法而行康有为之邪术，你怎么会昏聩到这种程度？”此时的光绪早已吓得魂飞魄散，他战栗答道：“是我自己糊涂，洋人逼迫太急，我只想保存国脉，通融试用西法，并不敢听信康有为之法。”慈禧太后听后厉声道：“难道祖宗之法不如西法，鬼子反重于祖宗吗？康有为叛逆，图谋于我，你不知道吗？还敢回护他！”可怜光绪当时早已是魂飞齿震，脑子一片空白，竟不知所对。
慈禧太后又厉声追问道：“你知道还是不知道？或者你也是同谋？”光绪皇帝战栗了半天，说：“知道。”慈禧太后喝道：“既知道，还不将康有为正法，反要放走？”在得知光绪知道康有为等人的“围园”之谋后，慈禧太后极为愤怒，她斥责光绪说：“我抚养了你20多年，你竟然要听小人之谗言暗害于我吗？”光绪被吓得浑身颤抖，好半天才说：“我无此意。”慈禧太后又是恨又是怒地斥骂道：“痴儿，今日无我，明日还会有你吗？”（倘若慈禧太后真的被害，光绪是否能掌控政局的确是未知之数。）由此，慈禧太后便宣布训政并收回光绪皇帝的权力，随即又下旨捉拿康有为兄弟。几乎不费吹灰之力，慈禧太后便将戊戌年的维新变法消灭于无形当中。当时京城中就流传着一首三言歌谣，讽刺袁世凯的出卖行径：“六君子，头颅送；袁项城，顶子红；卖同党，邀奇功；康与梁，在梦中；不知他，是枭雄。”原来，谭嗣同至法华寺游说袁世凯勤王后，袁世凯佯作答允，等到他回了天津后，便立刻向直隶总督荣禄告密，于是荣禄紧急报告慈禧太后，这才有了政变的发生。
紧接着，慈禧太后又发出密谕，将张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第7人先行革职并交刑部治罪。接着，整肃行动进一步扩大化，诸多维新人士或如宋伯鲁等人被革职监禁、陈宝箴与熊希龄等人革职永不叙用、徐致靖等人被定罪流放，就连光绪和珍妃身边的太监也倒了大霉，在随后的几天里被杖毙4人。最为惨烈的，当然是被杀的“戊戌六君子”。在这些人当中，康有为的弟弟康广仁恐怕是最冤枉的。他是六君子中唯一没做官的，也不是维新派的风云人物，他完全是死于杨崇伊密告康氏兄弟“出入宫禁”的谣言。据说，康广仁被杀前在狱中以头撞墙，悲痛呼号，其状惨不忍睹！六君子中，谭嗣同是给人印象最深的。在政变发生后，谭嗣同是有机会脱逃的，他完全可以像梁启超一样避居日本使馆，但谭嗣同坚辞不受，掷地有声：“不有行者，无以图将来；不有死者，无以酬圣主。”“各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此之所以不昌者也；有之，请自嗣同始！”随后，谭嗣同便在浏阳会馆“莽苍苍斋”静待捕者。被捕后，谭嗣同在狱中写下这样一首诗：“望门投宿思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。
”4天后，六君子未经审判，也未定具体罪名（因牵涉到光绪），就在菜市口刑场被杀。六君子就义之日，观者万人空巷。临被杀前，谭嗣同叫监斩官刚毅过来，说：“我有一言要对你说！”刚毅扭过头，不予理睬。谭嗣同朝着刚毅的背影，大呼：“有心杀贼，无力回天；死得其所，快哉快哉！”好汉子铁骨铮铮，谭嗣同真不愧为一个真正血性的殉道爱国者。可叹的是，六君子引颈就戮之时，守旧势力却纷纷弹冠相庆，这些颟顸污秽的既得利益者在为最后的垂死挣扎而欢呼的时候，那些对国家民族前途真正忧心如焚的青年志士却喋血街头，这又是何等的讽刺与悲凉。再说康有为。当慈禧太后下令捉拿康氏兄弟的时候，康有为正安步当车地前往天津，准备奉光绪之令去上海办官报。殊不知，此时京城已经风云突变，所幸当时有人通风报信，康有为才得以在追兵赶到之前换乘英国船逃走，最后经香港去了日本避难。梁启超则是在政变发生后避入日本使馆，后来在日本人的掩护下，剪去发辫，改穿和服，乘坐日本军舰逃走，最后和康有为在日本会合。
六君子既死，各新党维新派或逃匿、或监禁、或流放，一时败落；而原本和维新派同气相应的洋务派开明官僚们如李鸿章、张之洞、刘坤一等，也只得缄口自保或者干脆靠边站。神州上下，万马齐喑，唯有那些老朽昏庸的守旧大臣拊掌称快。这些人在慈禧太后的庇护下，掌握了大清帝国的内政外交，视新事务为仇敌，这也是整个晚清最为黑暗的时期。正是在这些人的统治下，导致了最为荒谬的庚子之乱和八国联军之祸。至于光绪皇帝，那就更惨了。在政变后，慈禧太后将光绪幽禁于瀛台，并派来心腹太监和侍卫对瀛台严密看防，光绪的任何举动，都会有人向慈禧太后报告。瀛台本为圆明园三海中的一小岛，三面临湖，只有一桥可以进出，从此后，光绪便失去了人身自由。
光绪虽被幽禁，但限于他的皇帝名分，因而他还得在慈禧太后的逼迫之下，每日像个木偶一样上朝召见大臣，这种苦处比禁锢独处恐怕更要痛苦百倍。这次训政，慈禧太后已经掀掉帘子，直接和光绪并排坐着，形如两君。更可笑的是，每次召见大臣，都是慈禧太后一个人说话，而光绪只有在慈禧太后示意他说话的时候，才会勉强说两句。在绝大多数时间里，光绪被置于大庭广众之下，声音笑貌无一自然，如癫、如聋、如哑，而大臣们对光绪也是以癫聋哑视之，仿佛对待空气一般。慈禧太后还怕民间舆论对她不利，又让太监们到酒肆茶坊里去传播谣言，诋毁光绪的种种昏庸不道、无端迷信西法，甚至谋杀太后等（不过，据现在新发现的材料，戊戌年的“围园”之谋的确存在），这下反让人觉得都是光绪的不是，而慈禧太后训政便是理所当然。如此一来，光绪就更加孤立了。有一次，光绪见湖中有一水鸟，便让太监给他拿弹弓来射鸟消遣取乐。
一个颇有玩心的小太监不知利害，便欣然到房中取出弹弓交给光绪。正当光绪玩得开心的时候，便有太监去报告了慈禧太后。慈禧太后随即追查是谁将弹弓献给皇帝的，小太监听后大恐，自投于湖中。慈禧太后听说小太监已自杀，仍旧将其他监视的数人，或鞭笞，或罚苦差，无一幸免。从此，光绪再让太监们去做什么事情，那些太监们都一个个充耳不闻。冬天的时候，瀛台四周的湖水结冰，光绪便从冰上走出去，后来被慈禧太后知道了，很快便让人将冰凿去。光绪有一次走到太监屋里，看到桌上有一本《三国演义》，拿起来读了几行，长叹道：“朕不如汉献帝！”《金銮琐记》里说，有一次，光绪逃到西苑门口，被多个太监强扭发辫拉了回去。慈禧太后要光绪一起上朝的时候，往往有上百人在身边跟随，以防止光绪逃走。有人就亲眼看见光绪因要上朝而出瀛台后，仰首向天而望，刚甩开身边的人走到乾清门，便有太监十余人阻拦去路。如此，皇帝已成笼中人。
