以努尔哈赤的本意，是想在完全入冬之后，无须再放牧和狩猎之时再进攻明军所占领的辽东地区，但是今年对女真人的天灾的进一步加深使得他不得不决定早上几日出兵了。在今年春季时，金国的大片地区都受了干旱，无数的牛羊等牲畜无法成活，现在刚进了冬季，气温就骤然下降，又一次冻死了许多没有丝毫准备的牧人的牛羊。
两次灾劫同时爆发，终于使得金国再也坚持不下去了，在下面各部落的酋长集体进言，再加上其他带兵的将领一致要求下，努尔哈赤终于决定攻打辽东，将自己遭受到的灾难转嫁到汉人百姓的身上。而之前大败而回的那几千人马也带来了一些消息，使他知道了锦州如今的局势，明白现在攻打锦州城是个恰当的时候。
这次努尔哈赤决定动用举国的兵力，只有这样才能获得一场大胜。但是因为女真各部落的人马因为各自放牧的关系并不在一起，所以想要将人马都聚集起来也要花上一些时间，而女真人又不愿意再干等下，所以最终他决定让自己最为信任的儿子--皇太极带五万精锐攻向锦州城。最好是在他将其他各旗人马都会聚一起时，能直接进驻锦州城中。
这五万人马其中有努尔哈赤最为看重的正黄旗的人马，也有当日阿敏战败后被迫交出的镶蓝旗的人马。前者是拱卫大汗以及都城沈阳的金军中为强者，而后者却是一心要洗刷之前战败的耻辱而同仇敌忾之人。有了这两支无论是士气还是战力都极其高涨的人马在手，皇太极对此次攻打锦州城也是充满了信心。
五万金兵一路南下，发现原来还想对之发起突袭，使之无法向锦州城示警的要塞堡垒之中居然空无一人，这让皇太极大为错愕，然后便是大喜：“哈哈，明军居然只守在锦州城一地，我们想要取下它来就更为容易了！”他立刻就下令人马全速前进，务必在明军还没有发现自己到来之前就兵临锦州城下。这命令也正合想要洗刷耻辱和一心立功的所有人马的心意，五万骑兵在换乘着坐骑的情况下，以最快的速度杀到了锦州城下。
一切真如袁崇焕所担心的那样，因为没有了前面的关隘回报军情，所以当守城将士看到突然杀到的大量金兵，就立刻慌了神了。他们毕竟不是孙承宗培养出来的辽东的原有驻军，虽然曾上过沙场但却还没有遇到过如此声势的骑兵队伍。所以他们很明智地选择了死守在锦州城里，然后一面点燃烽火以求救，一面还派出了轻骑往后去求救。这却放过了一个唯一能将战事的主动权掌握在自己手里的机会，没有趁着敌人立足未稳的时候先攻他们一个措手不及。
不过也好在这些将领的胆小，所以才没中了皇太极的计。作为金人中最善于用智谋破敌的人，皇太极不可能犯下这么大的错误，他在扎下营来时，已经在左右两边埋伏下了不少的人马，一旦明军出城来战的话，恐怕就要落进他的陷阱，受到不小的损伤了。
可是众金兵在准备了一夜之后却没有明军出城来攻，这让所有人都觉得有些莫名其妙了。就他们所知道的军报来看，守城的明军人数当在三万人间，有这兵力是足够与自己一战的，怎么对方却只是龟缩在城里呢？皇太极得出了两个推论：一是明军的将领看穿了自己的策略，不敢冒这个险，二就是对方没有胆量出城一战。
无论是哪个原因，皇太极都认为这是明军胆怯的一种表现了。所以在让众人歇息了一夜之后，他便立刻发起了对锦州城的攻击。他要在努尔哈赤带着人马来到之前，取下锦州城，这样才不枉父亲将先锋重担交托给自己。
不过这锦州城的坚固还是出乎了金兵的预料，他们虽然连踏蹶箭这等攻城的利器都用了出来，但是城中的守军却依然能紧守门户，不让金军有一丝的机会。围城三日，金兵已经战死了近千人，但是攻上城头的次数却是寥寥可数。而那为数不多的几次攻上城去，都被城上所布的火枪兵给硬生生地打了回去，反而折损了好些人马。
不过这也是因为皇太极不肯将所有的兵力都放进去的缘故，如果他肯如阿敏一般将所有人马都投放了进去的话，只要四面城墙同时攻打，明军就难免顾此失彼。可是他却不是阿敏这样的只知逞一时之快的人，他清楚虽然攻下锦州城很是重要，但是却也不能有太大的伤亡，不然下面的城池想要攻下来就难了。而且他也吸取了之前阿敏战败的教训，为了防止明军的援兵突然杀来，他总是将大半的人马留在中军大营里，只派了一万五千人轮流进攻城池。
就因为他的谨慎，所以才使得锦州在面对五万金兵时依然能够抵挡住，但饶是如此，随着时间的推移，城里守军的心情已经越发的紧张了。城中守军除了军心不及原来孙承宗麾下人马之外，就连武器也不如。他们不但没有攻守的利器红夷火炮和三眼火铳，就连那明朝自己所造的大将军炮也因为某些原因没有运来。眼看着金军不断地被杀退后又攻了上来，就只能靠着士卒硬顶，或是等他们到了城上后用火枪将他们打下去，这种无奈的战术就连一些将领都没有丝毫的把握能坚守城池多久。要不是明朝律法中有着明确的规定，一旦将领弃城而走杀无赦的话，他们早就趁着金兵没有围城而从南门逃跑了。现在他们却只能在煎熬中等着援军的到来。
皇太极骑马站在大军中间看着又一波的金兵被杀得退了下来，眼都没有眨上一下。他已经看出来守城的明军军心已经开始动摇了。这次虽然攻上去的金兵在兵力上不见增加，但是明军将他们打退的时间却比两日前长上了不少，他猜想是城中守军的火枪火药即将用磬，无以为继，他知道战争的平衡已经划向了自己这边了。但是他还没有为此感到高兴呢，旗下的一些将领便来请求出战了。
其中尤其以原来阿敏手下的镶蓝旗下的诸多额真最是急切，他们现在可好似在戴罪立功啊，怎么可能再这么耗下去呢？听了众人的请战言辞之后，皇太极也皱起了眉来，他能够理解这些人立功心切的心思，但是此时让他们全部参与到进攻里去却与之前自己的打算不相符合。所以在权衡再三之后，皇太极取了个折中的法子，就是让他们带了人马攻城，正黄旗的那两万多人马便留在了原地。
这些镶蓝旗的人马比之正黄旗的金兵更为急切，所以他们的攻势比之前更为猛烈。在又过了一日之后，城中明军的抵抗已经再弱了几分，现在只要金军倾力一击，锦州城便要再度被破了。城里的守将也察觉到了这一点，他们人人都像是热锅上的蚂蚁一般坐立难安，总是遥看着南面，希望援军快些到来。但是现实却很是残酷，南边没有一点兵马来援的迹象。
此时皇太极在城外也很是奇怪，为什么明军会没有援军到来呢？如果说他们是怕自己在路上有着埋伏的话，也应该有少量的人马来作试探啊，难道明军已经放弃了锦州了吗？在有了这个猜想之后，皇太极再结合之前得到的情报，以及锦州城外的堡垒中没有布下人马这一点怪事来分析，他终于得出了断言：“明军在我们来攻锦州之前就已经有心放弃了锦州城。所以此次他们是不会再有援军到来了。传令三军，明日发起总攻，一举破城！”
次日一早，金兵便开始了明军最是害怕的四面同时攻城，无数的利箭划过了长空，射进了城里，五万金兵如潮水一般杀了上，这一下城中原来就已经胆怯的明军更是手脚僵硬了。最有威慑力的火枪在连日来的消耗之下也因弹药告罄而成了烧火棍，所以明军在抵挡了不到一个时辰后，终于无法再次将攀上来的金兵杀退，反而因为顾此失彼而让金兵从四面城墙处不断从下冒上来，最终西北面同时失守了。
在打开了缺口之后，明军的防线就终于崩溃了，在与金军相对肉搏的过程中，明军不断倒下，然后是城门被杀进来的金兵从里面打开，更多的骑兵呼喝着如旋风一般地杀了进来。那守城的明军想要反抗却也已经没了办法。
眼看着锦州城已经陷落了，守城的将领眼见事不可为，只得带着剩余的万许人马从南门冲杀出去，往南逃去，他们已经尽了全力了。对此皇太极也不急着斩尽杀绝，而是在派了一支骑兵衔尾追杀后，便让人清点城中的粮草物资，以为后用。
“果然如我所料想的一样，明军没了孙承宗的坐镇，在防御上已经大不如前。下面的城池除了那山海关外论坚固尚不如这座锦州城，我们这次说不定能攻破山海关杀到中原的腹地去了！”想到自己将带着人马在中原痛快地劫掠，皇太极便大为兴奋，同时对今后的战事也大增了信心。同时他手下的将领也有了如此看法，甚至有那镶蓝旗的人更是立功心切，主动要求皇太极派遣自己尾随那逃亡的明军，趁势多取几处城池。
但这时皇太极却显露出了他谨慎的一面，他并没有被取下锦州的胜利冲昏了头脑，勒令所有人马都留守在城中，然后派人向后方的努尔哈赤报捷，等到后续人马到达之后，再对辽东其他的城池发起进攻。因为他知道，此时自己手中的久战之军恐怕无力一路杀到山海关去，如果硬要攻打的话只怕反而会落败，所以索性就等候大汗率大军赶来后再作决定，反正拿下锦州城的功劳是逃不了了。
