明末清初，我国北方的蒙古族，划分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古及漠西厄鲁特蒙古 3 部分。噶尔丹是厄鲁特蒙古准噶尔部的后起首领，与清朝接触与其他较晚。
清朝最早接触的是漠南蒙古，早在太宗天聪年间（1627-1636），就已基本将其统一。为了与原内属蒙古好区别，称之为外藩蒙古，后又称内扎萨克蒙古，即内蒙古。清崇德元年（1636）冬，喀尔喀蒙古就车臣汗遣使来朝。此后其土谢图汗、扎萨克图汗、赛因诺颜部长等也相继与清通好。崇德三年，清太宗诏命喀尔喀土谢图、车臣、扎萨克图 3 汗：每年各进贡白驼 1 头，白马 8 匹，谓之“九白之贡”，由此正式确定了臣属关系。顺治十二年（1655）夏，清世祖也命喀尔喀的赛音诺颜部长丹津喇嘛也和 3 汗一样，每年贡“九白”。到了康熙二十七年（1688），喀尔喀蒙古各部因遭受噶尔丹的猛击，部众溃散，举族南迁，呈请内附。康熙帝“怜而纳之”，安置于漠南沿边诸地，并根据喀尔喀蒙古贵族的请求，令其收集离散部众，分编旗队，增设扎萨克，推行与内蒙古“四十九旗”（详见本章七节）相同的制度。直至康熙三十年五月多伦会盟时，除原编 15 扎萨克之外，又增编 19 扎萨克，共达 34 扎萨克，即 34 旗。乾隆年间编旗完成，共编 86旗。与漠南内扎萨克蒙古、即内蒙古相对，称喀尔喀为外扎萨克蒙古，即外蒙古。
厄鲁特蒙古，元代称斡亦刺惕，又称卫拉特，即明代的瓦刺。瓦剌早在元明时期，就曾与中央朝廷保持领属关系。从 15 世纪后期起，瓦刺便逐渐形成和硕特、准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特等 4 大部。各自规划游牧区域和硕特游牧于乌鲁木齐地区；准噶尔游牧于巴尔喀什湖以东、天山以北、伊犁河流城；杜尔伯特游牧于额尔齐斯河两岸；土尔扈特游牧于塔尔巴哈台地区。卫拉特 4 部先是“部自为长”，“各统所部，不相属”。后来由于应付对外战争及调整内部冲突所需，4卫拉特组成联盟。盟主虽说由各部推选，但实际是凭借实力。以富庶的乌鲁木齐地区为基地的和硕特部最为强盛，最初的盟主就由该部担任。大约从 16 世纪中期起，和硕特部的博贝密尔咱，始称卫拉特汗。其子哈尼诺颜洪果尔、孙拜巴噶
斯继之。至 17 世纪初，拜巴噶斯之弟图鲁拜琥继为和硕特首领，号顾实（固始）汗，仍为 4 卫拉特之首。由于准噶尔部的兴起，卫拉特各部间矛盾逐据加深，原来游牧于塔尔巴哈台地区的土尔扈特部，于天聪二年（1628）向西迁徙，辗转至额济勒河（即伏尔加河）下游（乾隆时返回）；数年后，顾实汗率部离开原牧地乌鲁木齐地区，向东南发展，袭据青海地区。仍留在原牧地的杜尔伯特与准噶尔同姓绰罗斯，属同一部。所以，准噶尔实际上占有了 4 卫拉特原有的全部牧地。
和硕特部迁至青海后，顾实汗于崇德二年（1637），遣使赴盛京（今沈阳），其与清通贡。此后和硕特部与清朝的关系日益密切，信使往返绎绎不绝。崇德七年（1642），顾实汗携同达赖喇嘛、班禅喇嘛及唐古特汗藏巴等遣使奉表进贡，并促进西藏与清朝建立亲善友好的关系。此举对稳定边疆形势，支持清朝推翻腐朽的明朝，乃至最后统一全国贡献极为深大。顺治三年（1646）顾实汗图鲁拜琥继续遣使奉表进贡，厄鲁特各部首领二十余人附名，其中包括：和硕特部的鄂齐尔图汗，土尔扈特部的罗卜藏诺颜（和鄂尔勒克之子），和准噶尔部的巴图尔珲台吉、楚琥尔乌巴什等。顺治赐顾实汗甲胄弓矢，使之统辖诸厄鲁特。十年，诏封图鲁拜琥遵文行义敏慧顾实汗，赐予金册印。土尔扈特、杜尔伯特等部，也先后遣使人通贡。但是，朝廷与厄鲁特蒙古的良好关系却由于准噶尔部的四出侵掠而受到干扰。准噶尔部原游牧于巴尔喀什湖东南，伊犁河谷一带，17 世纪初期势力日强，其首领哈喇忽喇起与和硕特的拜巴噶斯争位，都以盟主的身份行事，4 卫拉特实际上出现两位盟主。天聪八年（1634）哈喇忽喇逝世，其子巴图尔珲台吉即位，准噶尔的势力更加强大。巴图尔珲台吉仗势欺侮诸卫拉特，企图挟制包括已经外迁的和硕特及土尔扈特 2 部在内的厄鲁特各部都听其统辖；他与清朝关系不太密切。顺治十年（1653）巴图尔珲台吉死，子僧格继任部长，弟楚琥尔乌巴什辅佐。僧格与其父政策有所不同，着手与和硕特部改善关系，并开始直接对清通贡。康熙九年（1670），僧格中在内讧被其异母兄车臣台吉杀害。僧格同母弟噶尔丹在西藏当喇嘛，闻讯赶回，声称奉达赖喇嘛之命平息内乱，为兄报仇雪恨。但他不仅执杀车臣台吉，还乘机杀掉继任部长、僧格之子索诺木阿拉布坦，并囚禁自己的叔父楚琥尔乌巴什，夺得该都领导权力。
噶尔丹一面继续与清通贡，一面推行其父更为强硬的兼并路线，于康熙十六年（1677），乘中原发生吴三桂叛乱之机，出兵袭击已移居西套（河套以西，武
威、张掖以北）的和硕特都，杀该部部长 4 卫拉特之首——自己的岳祖父鄂齐尔图车臣汗，胁迫诸卫拉特听从他的命令。翌年，又乘回部（维吾尔族地区）伊斯兰教内部教派之争，进而攻取天山南路叶尔羌（今莎车）等回部各城，并侵占哈萨克、布鲁特等地，“尽执元裔诸汗、迁居天山以北、回部及哈萨克皆为其所属”。
康熙是一位新兴的少数民族皇帝，其所洞悉边疆形势和少数民族情况，因而处理边疆事务本领较历代汉族皇帝略高一筹。他继承祖、父行之有效的边疆政策，将归附的各部蒙古依不同情况区别对待。大而言之，有内属蒙古与外藩蒙古之分。
内属蒙古，如察哈尔八旗及归化城土默特两旗即是，其初也是由元裔掌管，后来叛乱，平息后由京员管理，与在京八旗蒙古相同，不设扎萨克。除内属蒙古外，其余均可通称外藩蒙古，但外藩蒙古又根据是否推行盟旗制而有所争议。
当时的厄鲁特蒙古虽早已归属清朝，与清廷关系比较密切（特别是其中的和硕特部），但尚未推行盟旗制度，仍保留原有的社会组织，推行原有的法律制度。
所以，康熙皇帝对他们的内部事务一般不加以干涉。本着这一原则，康熙批准噶尔丹的申请，允许他如其兄僧格旧例，照常遣使进贡。确认他在准噶尔部的领导地位。
但当在噶尔丹攻破与朝廷关系极为密切的和硕特部、杀害鄂齐尔图车臣汗，向朝廷进献这次行动所缴获的弓矢等物时，康熙拒绝说：朕不忍收纳。以此表示对噶尔丹攻击和硕特部的行为有所保留，但仍将其看成是厄鲁特内部相残，照例收其常贡之物。
对此后发生的事，也冷静观察，慎重相待。鄂齐尔图汗之侄巴图尔额尔克济农、孙罗卜臧滚布阿拉布坦、噶尔丹之叔楚琥尔吴巴什之孙憨都台吉及其陪臣厄尔德尼和硕齐等，为躲避噶尔丹的追杀，纷纷逃到甘肃近边，甚至违禁进入塞内，劫掠人口、牲畜，设庐帐居住。在甘州（今张掖）、凉州（今武威）近南山一带，庐帐数千余，肃州（今酒泉）境内，庐帐万余。康熙为防止与噶尔丹的争端，决定暂不接纳，命边将开诚晓谕，令其退回，更声称可率兵驱逐；同时一再通知噶尔丹：立即收捕厄尔德尼和硕齐等，照他们的规矩依实治罪，不使其再妄行劫掠，并察还从前所掠吴喇人畜。如你们不能收捕，仍使之在沿边生事，朝廷当另行裁度。
康熙十八年九月六日，噶尔丹遣使奉贡人奏曰：达赖喇嘛给噶尔丹台吉加博
硕克图汗称号。虽然以前厄鲁特、喀尔喀从无以擅称汗号者仍准其纳贡之先例，但康熙还是破例准其献纳，予以承认。此后朝廷文件一律称其为噶尔丹博硕克图汗。
康熙二十一年（1682）夏，清朝政府平定“三藩”叛乱后，为表承庆贺，曾派遣内大臣奇塔特等到厄鲁特诸部大加赏赐。当时康熙带给噶尔丹的敕谕日：尔噶尔丹博硕克图汗，自祖父起至今，累世竭诚修好，虔供贡赋，实惟右年，恭顺献忱，往来不绝，殊为可嘉。朕早欲加恩赏赐，以示优恤，因值内地有事之时，所以未能如愿。今盗贼已诸除，海内升平，特遣内大臣亲送重赏，大沛恩膏。希尔等承此恩宠，更戴德恭顺。第二年，奇塔特等到达准噶尔部时，噶尔丹跪受皇帝敕书及赏赐诸物。
以上事实足说明，康熙虽不赞成噶尔丹对邻部的武力兼并，但也未认定是对朝廷的反叛，而是作为边疆地区的民族纷争处理，冷静观察事态发展，并未妄加干涉，且相当宽容。如果噶尔丹推行正确政策，且取得当地人民的谅解与拥护，并对朝廷采取友好态度，不难得到朝廷承认，民族之间或同一民族内部的纷争将也会通过和平方式解决，而不必诉诸武力。然而噶尔丹并未能对被兼并各部进行有效的管理。各部人心涣散，有从之者；亦有从之而复去者；对逃出的民众，噶尔丹也无力进行约束。就在此情况下，仍得寸进尺，变本加厉，攻占西北地区之后，又处心积虑，试图利用喀尔喀蒙古内部左右翼之间的矛盾，将其吞并。
喀尔喀 3 汗及赛因诺颜部长在顺治十二年（1655）各遣子弟来朝，顺治帝在他们那里设立 8 扎萨克，分左右翼。土谢图汗部、车臣汗部、赛因诺颜部属左翼，扎萨克图汗部属右翼。康熙元年（1662），右翼扎萨克图汗旺舒克与本部罗卜臧台吉额琳沁自相惨杀，战败身亡，部属大多投向左翼土谢图汗察珲多尔济。自此以后，喀尔喀左右两翼因属民问题长期不和。旺舒克死后，其弟成衮继扎萨克图汗位。成衮死后，又传位于其子沙喇。噶尔丹兼并西北地区之后，便乘机插手喀尔喀内江，阴谋招降其右翼，消灭其左翼，以达到独吞整个喀尔喀蒙古的目的。
土谢图汗等不甘示弱，战争迫在眉睫。康熙主张厄鲁特与喀尔喀之间的纠纷在朝廷的主持下通过和平方式解决，努力避免兵戎相见。十六年十月曾对大学士等说：
他们向相和好，贡献本朝，往来不绝。若果真交恶，当遣使评其曲直，以免民生于涂炭。今厄鲁特、喀尔喀使者来，令理藩院明日备好文书，交给来使传谕，使
之和解。但噶尔丹并不听劝阻，一意孤行，与朝廷矛盾逐渐激化，康熙才不得不采取一些限制和约束的措施：
首先，限制其进贡使人数。康熙原来对噶尔丹所遣贡使未限人数，一概俱准放入边关。后来发现有回族 8 人冒称噶尔丹贡使。康熙令通知噶尔丹，将假冒者用他们的律例——治罪，并为防止假冒，规定：嗣后进贡遣使，凭证件通行。却又发现噶尔丹贡使人数越来越多，或千余人，或数千人，连绵不绝，沿途肆行抢夺人口、财物、牲畜，践踏田禾，故于康熙二十二年（1683）九月十五日又敕谕噶尔丹：嗣后派遣的贡使，经批准者，限 200 名以内准人边关，其余俱令在张家口、归化城（今呼和浩特市）等地贸易，并令嗣后遣使必选贤能头目，严行约束，若仍沿途抢掠，殃民作乱，即以本朝律例惩处，伤人及盗劫人财物者，各以其行而定其罪。为了表示朝廷对厄鲁特各部同等看待，敕谕中还规定：另行纳贡的厄鲁特噶尔马戴青和硕齐、和硕特之博洛库济台吉、杜尔伯特之阿尔达尔台吉、土尔扈特之阿玉奇台吉等，所遣贡使放入边关者，亦不许过 200 人。贡使人数多少，对于少数民族头人来说，不仅是经济利益，也是政治地位的象征。限制噶尔丹贡使人数，也意味着限制其政治上的自我膨胀，仅承认其为准噶尔部首领。
其次，收留安插逃来甘肃近边的鄂齐尔图汗之侄、孙等人。康熙皇帝曾一再派人通知噶尔丹，令其约束逃来近边的厄鲁特部众，并根据噶尔丹提议，限定以丑年（康熙二十四年）四月为期，过期将由朝廷处置。丑年四月刚过，康熙即于五月向大学士提出，巴图尔额尔克济农及罗卜臧滚布向化而来，宜加爱养，使之集居一处，赐之封号，并给以金印册，以昭示朕继绝举废之意。又分别向巴图尔额尔克济农本人及达赖喇嘛等征询意见，经过充分协商准备后，于翌年九月派理藩院侍郎拉笃祜等会同达赖喇嘛使者，为鄂齐尔图汗之侄巴图尔额尔克济农划定牧地，并制定严禁抢掠盗窃处罚条例。其牧地范围，大致东起贺兰山（阿普拉山），西至额济纳河（弱水），南至凉州、甘州二府边外，北逾噶尔拜瀚海接喀尔喀蒙古界。牧地袤延 700 里，正是过去鄂齐尔图汗所居西套之地，从此后称之为阿拉善厄鲁特蒙古。康熙令鄂齐尔图汗两位嫡孙罗卜臧滚布阿拉卜坦、噶尔宜多尔济，与巴图尔额尔克济农在此牧地一同游牧。此后巴图尔额尔克济农也与噶尔丹一样，可以派 200 名贡使与内地通贡。罗卜臧滚布阿拉卜坦娶喀尔喀土谢图汗之女为妻，两处互为犄角。阿拉善厄鲁特蒙古逐渐成为一支维护边防安宁、抵御噶尔
丹的重要力量。
再次，调解喀尔喀蒙古左、右两翼矛盾，以此扼制噶尔丹的入侵。康熙于二十五年（1686）八月十六日，派理藩院尚书阿喇尼，并邀请达赖喇嘛使臣噶尔亶西勒图，召集喀尔喀蒙古互相对立的左、右两翼的汗、济农、台吉等，在库伦（今蒙古人民共和国乌兰巴托）的伯勒奇尔会盟。阿喇尼当场宣示康熙帝谕旨：你们以兄弟手足之亲互相吞并，异日必致交恶生乱，朕心不忍。应当仰体朕意及达赖喇嘛之心，尽释旧怨，将兄弟人民各归本扎萨克，令其和协，照旧安居。两翼汗、济农、台吉等一致表示必定遵从，并在达赖喇嘛使者噶尔皇西勒图及喀尔喀宗教领袖哲卜尊丹巴胡土克图（土谢图汗之弟）面前庄重宣誓：“自今以往，当永远和协。”此次会盟中，还将原设的 8 扎萨克增加为 14 扎萨克（即 14 旗）。
噶尔丹见喀尔喀两翼和好有望，遂气急败坏地由暗中策划转为公开出兵干涉。他借口哲卜尊丹巴与达赖喇嘛使者西勒图并坐，此所谓土谢图汗违达赖喇嘛之教也，不尊礼于西勒图，声称欲告之以理法。康熙二十六年（1687）九月，噶尔丹率兵 3 万占领喀尔喀蒙古右翼扎萨克图、汗部，唆使扎萨克图汗进攻左翼土谢图汗；与此同时令其弟多尔济扎卜领兵掠夺右翼班第戴青台吉卜图克森、巴尔丹等的人畜。土谢图汗怒不可遏，竟未上报朝廷，贸然出兵将扎萨克图汗沙喇、台吉得克得黑墨尔根阿海和噶尔丹之弟多尔济扎卜杀死。噶尔丹以此为借口，于康熙二十七年（1688）初，大举入侵喀尔喀左翼诸部。
噶尔丹出兵喀尔喀的时间，正好是俄军在贝加尔湖以东镇压蒙古人民抗俄斗争的行动相配合。康熙二十六年（1687）九月，沙俄派出的边界谈判代表戈洛文，率领大批军队和武器抵达乌的柏兴（即乌丁斯克，今乌兰乌德）。他为了在即将举行的中俄边界谈判中居于有利地位，故蓄意拖延谈判时间，以争取时间压服蒙古人民的抗俄斗争。同年十一月初，戈洛文来到靠近蒙民聚牧区的楚库柏兴（即色楞格斯克），指挥俄军以搜寻“失盗”的马匹为名，将塔邦古特人（喀尔喀蒙古的一部）的，13 个帐幕洗劫一空。而且还派人到库伦对哲卜尊丹巴胡土克图进行威胁说：如若蒙古人继续抗俄，俄军就要袭击蒙古的领地，“捣毁帐幕，俘虏他们的妻子儿女。”土谢图汗并不惧怕沙俄的威胁，且为制止俄军出城骚扰，于旧历年底（阳历 1688 年 1 月底）率万余蒙古军包围了楚库柏兴。正当土谢图汗与沙俄侵略军对峙之际，噶尔丹突然从他的背后偷击。土谢图汗被迫解除对楚
库柏兴的包围，回师迎战噶尔丹。但由于仓促应战，兵力分散，两面受敌，顾此失彼，故屡战屡败，喀尔喀蒙古陷于混乱之中。俄方不仅乘机扩大楚库拍兴附近之侵略地盘，而且欲大批收降喀尔喀难民。哲卜尊丹巴胡土克图对济农、台吉等说：“俄罗斯素不奉佛，俗尚不同我辈，异言异服，殊非久安之计。莫若全部内徙，投诚大皇帝（指康熙），刚可邀万年之福。”这一主张得到济农、台吉和广大牧民的拥护，于是纷纷南徙，投向清廷。
噶尔丹见哲卜尊丹巴等欲投奔清廷，便于同年七月上疏，要求清廷或拒而不纳，或擒以付之。他拒绝康熙的调停建议，并声称：尽力征讨五、六年，必灭喀尔喀，必擒哲卜尊丹巴。当时，清廷一度处在左右为难的境地。后来康熙帝回顾说：其时若不允其内附和恩养得所，必皆沦人于厄鲁特，这无异于纵容噶尔丹的侵掠暴行，而且助长噶尔丹势力扩张；允其内附而恩养之，噶尔丹必借此衅端与我朝构难。但是，喀尔喀蒙古本为清朝藩属，遇到困难，理应救助。康熙本着兴灭继绝思想，经过深思熟虑后，断然冒着与噶尔丹开战的风险，决定接纳受侵来归的哲卜尊丹巴等喀尔喀人。八月，土谢图汗在鄂罗会诺尔与噶尔丹进行最后决战，失败后，越瀚海；与哲卜尊丹巴会合。九月初八日，土谢图汗与哲卜尊丹巴分别率领属下台吉、子弟等前来求助，请求清廷的保护。康熙立即批谁他们的申请，派理藩院尚书阿喇尼前去宣读谕旨，进行安置，以米粮赈济不能度日之人。
此后，又有车臣汗及扎萨克图汗所属陆续来、归，清廷一律优纳。康熙令将喀尔喀部众分别安置在苏尼特、乌珠穆沁、乌喇特诸部牧地附近游牧。
噶尔丹一再向朝廷索要哲卜尊丹巴和土谢图汗，均遭拒绝后，便于康熙二十九年（1670）五月，开始了新的挑衅行动。他以攻伐仇人喀尔喀为名，率军 2万余人，循索约尔济河南下，进入内蒙古乌珠穆沁（在今锡林郭勒盟）境内，剥夺守边界者的衣服，并出言不逊。六月十四日进到乌尔会河（又称乌尔虎，即芦河）以东的乌兰，对乌珠穆沁部额尔德尼贝勒博木布所属 4 个佐领的牧民牲畜和财物，杀伤戮掠。康熙得知，曾经决定亲征，将于下月初六启行。亲征的决定刚刚下达，前线又传来新的消息。奉命仅率 6000 蒙古兵驻守洮儿河上游负责侦察任务的理藩院尚书阿喇尼，被噶尔丹掳掠行为所激怒，竟擅自轻战，于六月二十一日偷袭乌尔会河噶尔丹兵营，结果失利，退驻鄂尔折伊图。清军首战失利，噶尔丹气焰嚣张，猖狂深入。消息传来，举朝震惊，康熙则镇静如常，决定利用噶
尔丹骄横浮躁的弱点，诱敌深入，一举歼灭。他考虑亲征声势浩大，容易将敌人吓跑，而改由皇兄、皇子出面，声称前去与其谈判，以便稳住敌人，以便将其全部歼灭。
七月初二，康熙任命皇兄和硕裕亲王福全为抚远大将军，皇长子允禔副之，出古北口；皇弟和硕恭亲王常宁为安北大将军，和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂扎副之，出喜峰口。同月六日福全等奉命从京师出发。康熙皇帝对其皇兄及皇长子寄以重托和厚望，他的意图是打一场围歼战。康熙虽然没有亲征，也并未安坐后方，而是在福全等人出发几天之后，于七月十四日，以巡幸边塞为名，启程北上，试图进军到临近前线之处，对即将爆发的反击战起到实际的指挥与决策作用。
然而事与愿违，十八日刚出古北口康熙帝便感身体不适。可他依然带病坚持前进，于二十日到达距福全仅 300 里的博洛和屯（今河北隆化），立即整饬驿站，建立直达军前的通讯系统，有意在此指挥前线战事。但因过度劳累，二十二日夜病情突然加重，“身热心烦，彻夜未眠。”诸大臣、侍卫惶惧不安，一再合词恳请圣驾回銮。康熙不得不同意暂且返京。但禁不住内心的遗憾和痛恨，流着热泪对扈从诸臣、侍卫说：“朕此次前来，本欲克期剿灭噶尔丹，以清沙漠。今以朕躬抱疾，实难支撑，不获亲灭此贼，甚为可恨！”。康熙回京，将指挥权全权委托给皇兄福全与皇长子允褆……皇弟恭亲王一路兵马，亦听其调用。
那么下一步应该如何行动？康熙于回京途中，八月三日走到石匣，接福全奏疏，知首战告捷，不胜欣悦，但甚为担心王大臣等滋长怯战与麻痹情绪，使征剿半途而废，于是降谕重申歼敌务尽的意图，明确指出：此后当何以穷其根株，平其余党，熟筹始末，一举永清，勿留余孽，你们要详议奏报。然而，福全不待皇帝谕旨；竟于八月二日，以使将士暂息为名，私自放缓对乌兰布通山的围攻；八月四日，又接受噶尔丹所派西藏喇嘛济隆胡土克图所提“休征罢战”的要求，下令各路一律停止进击。福全还给噶尔丹开了安全通行证，令各路领军诸王大臣放行。康熙览奏，龙颜大怒降旨斥福全失机之罪，令其待内大臣苏尔达等所率军队到达，即迅速进剿。然已无济于事。
噶尔丹见清军停止战斗，乘隙从西喇木伦河涉水，横越大碛山（西沙窝子），连夜遁走冈爱泊，向北逃回科布多（伊犁巳被其侄策妄阿拉布坦袭据）。当时内大臣苏尔达、科尔沁亲王沙律、班第等所率之科尔沁、盛京乌喇联军，已如康熙
预料，如期到达里泊，正好进击，但因执行福全暂止勿击的命令，以致使顽敌宵遁。
乌兰布通之战虽未能达到全歼噶尔丹的目的，但却使他遭到沉重打击，实力大为削弱，归途又遭罹瘟疫，还科布多者，不过数千人。而此战后，噶尔丹一反过去的傲慢态度，不仅不再坚持索要土谢图汗及哲卜尊丹巴，并且一再发誓：“自此不敢犯喀尔喀”。康熙遂于八月十八日遣人敕谕噶尔丹，历数其率兵越边，行劫乌珠穆秦等罪，并严诫警告：今后不得擅犯我属下部落喀尔喀 1 人 1 畜，亦不得有 1 人与众部落往来通使；“若再违誓言，妄行劫夺生事，朕厉兵秣马，见（现）俱整备，必务穷讨，断不中止”。这就不仅进一步阐明了喀尔喀与清朝的归属地位，为多伦会盟打下坚实的基础，而且正告噶尔丹，如果胆敢违誓再犯喀尔喀，清廷就理所当然地大举征讨。
康熙通过此次战役，总结了敌我双方战略战术和军事素质，以求知己知彼。
他说：向来听说蒙古临阵，初虽骁勇，一败北即奔窜，首尾不顾，惴怯殊甚。然而漠西厄鲁特蒙古则不然，战败并未首尾不顾、胡乱奔窜，而是有计划地转移到新的阵地。这一新的认识，扭转了一直以来认为噶尔丹不堪一击的轻敌思想。同时，通过这次战役也暴露了清军的弱点，不仅排列太密，被伤者众多，而且进退之际，海螺未鸣，指挥不力。鉴于这种情况，康熙决定有针对性地进行训练。康熙三十年，设火器营，“以公侯大臣为总统，专理营务，训练官军”；恢复春秋两季的校猎，令八旗官兵集中在宽敞的平原，排列阵势，鸣锣进退，以熟操练。三十二年（1693）十二月，康熙阅兵之后，见军队训练颇有成效，特予嘉奖，并回顾往事说：前厄鲁特噶尔丹之役，官兵不能悉体朕意即行剿灭，致失机会。故近年以来，简阅官兵，岁凡两举，朕躬临指示训诲。数年之后，他对前事依然历历在目，说：6 年以来，乌兰布通之役，时刻不能忘怀，因此不断训练军旅，咨访形势。可见康熙皇帝从乌兰布通之役汲取教训之深。
击退噶尔丹进攻之后，重新编组喀尔喀蒙古各部的工作立即提上日程，随即举行因噶尔丹进攻内蒙古而被迫推迟的大规模会议。
清太宗皇太极在世时，曾欲按照“四十九旗蒙古”（内蒙古）例，在喀尔喀蒙古设置盟旗，但还未实行即去世，因此喀尔喀蒙古因遭受噶尔丹袭击，于康熙二十七年南迁后，深知各部加强统一的必要，以车臣汗叔纳木扎勒为首的贵族们
谆请与“四十九旗”同例，即要求朝廷在喀尔喀推行与内蒙古相同的政治、军事制度。康熙见喀尔喀部众并无法度，就不能约束，经常以强凌弱，自相劫夺，秩序极为混乱，倘不速行晓谕安插，有效组织，则不仅不能收集散亡，就是现有人民亦将日益离散。因此，他接受纳木扎勒等人所请，决定按照管理内蒙古的方法，将喀尔喀蒙古有效地管理起来，实现祖父皇太极的遗愿。
在喀尔喀蒙古中分编旗队，自康熙二十八年十月，初八日起。康熙帝谕议政王大臣等：喀尔喀来降者饥困已极，自相劫掠，应速置扎萨克（即分编旗队），遣贤能蒙古王台吉等，晓示法度，收集离散。经议准，就速派科尔沁土谢图亲王沙津、理藩院侍郎文达等 4 人带队，赴车臣汗部；派内喀尔喀右翼旗达尔汉亲王诺内、理藩院郎中布彦图等 5 人带队，赴土谢图汗部；派台吉侍卫多尔济思希卜、侍读学士达虎等 5 人带队，赴扎萨克图汗部。他们的任务是：增设扎萨克，收集离散之众，分编旗队，禁止盗贼妄行，教以法度。到第二年的春天，共编 15 旗，其中有 14 旗是新设，仅善巴·信顺额尔克代青·赛因诺颜旗是顺治十二年的“八扎萨克”之一。初编旗队后，康熙于二十九年三月曾决定：于七月会同大阅（即会盟）因噶尔丹入侵内蒙古而推延。
乌兰布通战后，康熙于三十年（1691）正月决定：拟于清明前后前往喀尔喀会阅，令各部院准备应行事宜。三月，又定会阅地点在上都河、额尔屯河两河之间的七溪。七溪又称七水泊，即多伦诺尔（今内蒙古多伦）。同年的四月十二日，康熙起程巡察边外蒙古等生计，抚绥安置喀尔喀数十万群众，四月三十日抵达多伦诺尔。皇帝行营安设之后，令喀尔喀各部贵族从百里外移近 50 里与内蒙古“四十九旗”贵族们的帐幕一同环绕皇帝行营屯列，象征团结一心。
五月初一至初七日，在多伦诺尔上都牧场境内，聚集全体喀尔喀贵族举行会议。第一天属于预备会议性质，康熙与兵部尚书马齐等扈从大臣商讨土谢图汗的自行陈奏、扎萨克图汗的名号袭封及与会喀尔喀贵族座次安排问题。所谓自行陈奏，就是自我检查，令土谢图汗以自行陈奏的形式，对杀害沙喇、阿海等人及在喀尔喀妄为之事做出检查和认识。然而土谢图汗在陈奏中并未检查，只强调扎萨克图汗沙喇、得克得黑墨尔根阿海等背众喀尔喀，依附噶尔丹博硕克图汗，因此用兵击杀之。马齐等见他巧词夺理，建议处分。康熙则认为：土谢图汗应负主要责任，但因其率众来归，不忍治罪。于是对土谢图汗确定了只明确是非，但不予
处罚的原则。关于扎萨克图汗名号是否承袭问题，先是扎萨克图汗长子额尔克阿海巴郎得知会阅消息，从噶尔丹处赶来，要求继承汗位。当时言明会阅时定夺，但他于会阅之前故去。扎萨克图汗在世之子年幼，无法承袭。故康熙提出：扎萨克图汗亲弟策妄扎卜，众皆称其贤，意欲封为亲正，统领该部。座次问题，经马喇等奏明，定为土谢图汗、哲卜尊丹巴胡土克图、扎萨克图汗弟策妄扎卜、车臣汗，坐第一行，余分 7 行，以次序入座。
五月二日，康熙为解决喀尔喀各部之间的矛盾问题，在行宫召见土谢图汗及哲卜尊丹巴胡土克图，亲自评定是非黑白，然后命大学士伊桑阿等传谕与会之喀尔喀众人说：你们七旗喀尔喀兄弟不睦，朕曾于二十五年特遣大臣会阅，令各行给还互相吞并的人民。誓言已定，土谢图汗等自食其言，托征厄鲁特起兵，将扎萨克图汗、得克得黑墨尔根阿海杀害。此后，喀尔喀等心志携贰，以至地土败亡，生计遂失。然能思朕夙昔爱养之恩，来求归附，朕仍一体养育。今土谢图汗等已自行陈奏一切大过。当此大阅之时，若即惩以重罪，岂惟朕心不忍，你们 7 旗能无愧于心吗？若以轻罪处之，目今生计全失，俱赖朕惠养，何从议罚？虽然谴责他们的大过，但宽大处理。至于扎萨克图汗，抒诚进贡，业已有年，无故为土谢图汗等残害，殊为可怜。如今他亲弟策妄扎卜来觐，宜即令承袭，以示优恤。
康熙只说了土谢图汗的过错而不治罪，既平息了扎萨克图汗部的不满，又保护了对外抗击沙俄侵略、对内坚决抵制噶尔丹侵略的土谢图汗，从而促进喀尔喀蒙古恢复团结，更有效地孤立和打击噶尔丹。维护喀尔喀蒙古的团结和统一，于是大势所趋，人心所向，因而得到喀尔喀诸汗等一致拥护。于是，康熙在行宫前黄幄帐殿升座，喀尔喀汗、台吉等行三跪九叩礼仪结束，各回各的座位。奏乐，大宴。全场呈现一派以皇帝为中心的团结、统一、和谐气氛。
五月三日，颁发奖赏和封爵。颁赏之后，又召喀尔喀汗、济农、台吉等 35人赐宴。康熙让大家不要过于拘束，都畅所欲言，舒怀共语。宴会结束后，康熙根据喀尔喀汗、台吉等要求，宣布将喀尔喀与内蒙古“四十九旗”一例编设旗队，其名号相同，给地安插。此次增编 19 旗，加上以前编 15 旗，共达 34 旗。改喀尔喀三部为三路：扎萨克图汗部为西路，土谢图汗部为北路，车臣汗部为东路，后改路为盟。土谢图汗、车臣汗名号仍按原来保存，封策妄扎卜为和硕亲王（后亦恢复扎萨克图汗号）。其余封为济农、诺颜之名，各按等级，授以多罗郡王、
多罗贝勒、固山贝子、镇国公、台吉之衔。对其中突出贡献人员，特殊表彰，从优封授。最后，康熙向他们讲叙法度：“从今以后，尔等体朕爱养之恩，各守法度，力行恭顺。如此，则尔等生计渐蕃，造福子孙，世世被泽；若违法妄行，则尔等生计既坏，且国法俱在，凡事必以所犯罪过治罪。”
五月四日，检阅兵力。五日，康熙亲临喀尔喀营寨，察其穷困者赏以银布，又赐喀尔喀王、贝勒、贝子、公、台吉等大量牛羊。六日，派遣以前尚书阿喇尼、侍郎布彦图、索诺和、文达、学士达虎等，前去编组喀尔喀旗分佐领，分给游牧地方。会盟期间，还应蒙古贵族“愿建寺以彰盛典”之请，决定在多伦创建汇宗寺，“利用宗教，以一众志”。七日，会阅完毕，康熙启程回京，留尚书马齐料理没有完成事宜。内蒙古及喀尔喀汗、王、贝勒、贝子、公、台吉等，分列路之左右，依依不舍，伏地流涕，情景至为感人。
多伦会盟，结束了长期以来喀尔喀蒙古的内部纠纷，声势浩大，流亡于各地的人口纷纷归来。清政府一律热情接待，合理安排，并按人口、功次授予相应的爵位。由于喀尔喀重新统一，实力大增，在后来抗击噶尔丹侵扰的斗争中发挥了重要作用。清廷的正确政策，也吸引了流入俄国的蒙古族，陆续回归祖国，从而促进了我国北方蒙古族的团结。朝廷从而加强了对喀尔喀的管理，使之成为了保卫边疆的一支主力军。康熙在归途中形象地对诸臣说：“如今秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，让长城更为坚固。”
噶尔丹在乌兰布失败逃跑时，曾跪在威灵佛前发誓，永远不再侵犯中华喀尔喀以及众民，又顶礼达赖喇嘛所遗佛像设誓说：我已知罪，今后断不违旨。但逃离危险后惊魂稍定，立即反悔，继续与朝廷作对。康熙三十一年（1692）八月，噶尔丹属下图尔齐哈什哈等率兵在哈密附近杀害康熙派往策妄阿拉布坦的使臣员外郎马迪等人，尽劫马驼行李离去。这年九月，噶尔丹又上疏，继续向朝廷索要哲卜尊丹巴胡土克图和土谢图汗，以及其他内附的外蒙古台吉与民众，又要求所谓“发回七旗于故土。”他命令其使臣向内蒙古科尔沁土谢图亲王沙津等发散传单进行煽动，试图寻求内应。一切迹象表明，噶尔丹心怀不轨，必须严防。
康熙重点是加强西部防线。从三十二年正月起，先后往右卫（今山，西右玉）、归化（今内蒙古呼和浩特）、宁夏（今宁夏银川）、肃州（今甘肃酒泉）等地派兵遣将，防止噶尔丹侵犯西藏、青海、哈密等地。同时也部署了东路兵力，令盛京
（沈阳）、乌喇（吉林）、黑龙江（兵驻墨尔根即嫩江）官兵，遇事可会兵于形胜之地，相机前进，科尔沁兵亦令跟随。后经黑龙江将军萨布素奏准，以索岳尔济山（今阿尔山附近）为三省会兵之地。至康熙三十四年七月上旬，以昭武将军郎谈为首的甘肃兵、以宁夏将军觉罗舒恕为首的宁夏兵、以右卫将军兼归化；以城将军伯费扬古为首的右卫、归化城兵，以及以黑龙江将军萨布索为首的东三省和科尔沁兵，从西到东，形成完美的防御体系。
康熙三十四年（1695），噶尔丹率骑兵 3 万，以流寇方式，在外蒙古地区，一会儿向东、一会儿向西，到处骚扰。同年六月，康熙听说噶尔丹将西窜，从嘉峪关外过哈密东南的昆都伦及额济纳河，前往西藏；七月，又有人发现他东侵克鲁伦河流域，准备进犯车臣汗及科尔沁的牧地。于是，康熙部署完西部的防御，又立即着手组织东部的阻击。八月十七日，康熙率皇子查看塞外，至克勒和屯，得知噶尔丹有顺克鲁伦而来的迹象，立刻命令京城预备兵三队 8000 余人快速启行，令盛京、宁古塔预备兵 3000 人，克期会于乌尔会之地。
三十四年八月二十日康熙驻在克勒乌里雅苏台，召见科尔沁土谢图亲王沙津。由于噶尔丹曾试图对沙津策反，康熙想将计就计，诱敌深入，一举全歼。于是密遣沙津属下人鄂齐尔，以沙津名义前去报告噶尔丹：我科尔沁十旗合部给你，你可前来，我们在此地迎接。在鄂齐尔没有到来之前，噶尔丹已不再继续深入，而到克鲁伦河上游东畔的巴颜乌兰草原，将西卜退哈滩巴图尔及纳木扎尔陀音等任意抢掠之后，即向西窜往土拉河。鄂齐尔继续西进，探寻噶尔丹。
喀尔喀郡王善巴曾主张：不可使噶尔丹永久占有克鲁伦地方，应速征剿。康熙在组织阻击期间，也曾考虑是否主动出击。他于是在十月初三向议政王大臣等提出：噶尔丹既肆掠纳木扎尔陀音，在我当商榷举事；初八他又说：听说噶尔丹部落，不过五六千人。近噶尔丹在巴颜乌兰屯聚，仍然不敢深入，也可能潜来掠我外藩。我进彼退，我还彼来，再三若此，蒙古诸部要大遭其蹂躏。经过反复讨论，议政王大臣同意出兵，赶往巴颜乌兰进剿。
康熙三十四年（1695）十一月四日，已经知道噶尔丹正屯驻巴颜乌兰过冬，活动范围在土拉河与克鲁伦河流城，兵丁 6000；与其侄策妄阿拉布坦仍不睦，不联系任何人。康熙决计 3 路出兵进攻。东路，派盛京兵、宁古塔兵、黑龙江兵共 5000 人，约定定期会合，由三省将军统领，防敌东侵；西路，调右卫兵、京
城增发兵及大同绿旗兵，合官兵厮役共计 24260 多人，总辖于费扬古，由归化城进剿；中路，调京城每佐领下所余预备兵 6 名、汉军火器营兵、炮手绵甲兵、宣化府绿营兵，合官兵厮役共计 27970 人，从京师进剿。此外，又增加陕西 1 路，发西安满洲兵、汉军火器营兵、绿旗兵，合官兵厮役共计 22400 余人。后来，见噶尔丹已经没有西窜可能，将陕西 1 路合于西路，全部由费扬古率领。以上兵力（不包括预备征调的蒙古兵），已达 79600 余名，超过噶尔丹兵力 10 倍以上。此后，各路兵员仍不断增加。
在 3 路清兵中，中路和西路是主力，西路已任命费扬古为抚远大将军，而中路一直未任统帅。人们估计皇帝有意亲征，于是汉大学士、九卿、科道等纷纷上疏劝阻。认为皇上为众神之所凭依，四海苍生之所依赖，似不必以此稽诛小寇，躬临壁垒；应任命中路大将军，统兵进剿，皇帝驻扎在附近指授方略，即可立奏肤功。康熙放眼未来，标准很高，斩草除根，不留后患，所以定要亲征。他再次提起乌兰布通之战的教训，说：那时因朕躬违和，未得亲至其地，失此机会，到今犹以为憾。噶尔丹窜伏巴颜乌兰地方，相距不甚辽远，所以不惮勤劳，亲莅边外，相机行事。彻底消灭此贼，则中外宁谧。如果及今不除，日后设防，兵民将受更多苦累，故而决意亲征。大计已定，立即着手各项准备工作。
三十五年（1696）二月下旬，诱敌之计有效，噶尔丹果然中计，沿克鲁伦河而下。康熙认为机不可失，乃于三十日亲统大军前往。前锋兵走在最前，以次为绿旗和察哈尔兵、镶黄旗和正黄旗兵、康熙帝御营、正白旗和正红旗兵、镶白旗和镶红旗兵、镶蓝旗和正蓝旗兵，路过怀来、赤城，出独石口，向西北进军。行军途中，康熙常以休息士马为理由，见行李迟缓，军士人等不能及时安营，于是每日五更即起，亲自督促运送兵丁行李的驮队及早启程，使行李先到营地，让士兵和马匹得到充足的休息。遇天气阴晦，恐有雨，即命令做好保护马匹的准备。
三月十五日，驻在滚诺尔地方，雨雪交加，康熙见军士未即安营，自己也不肯先进屋，竟雨服露立，待军士结营后，才入行宫；营中都开饭，他才进膳。此时康熙已年过 40，仍保持其祖辈与士卒同甘共苦的优良作风。
康熙在进军途中，不断派人出使噶尔丹，以探听消息；并扣留使者马驼，令步行还回，分析他尚不知大兵到来，因而有恃无恐，并未远遁。据此分析战局，认为前景甚为乐观，西路兵纵少迟缓，噶尔丹亦难逃阻截，两路合兵聚歼顽敌，
指日可待。扈从大臣等仍坚持噶尔丹已经逃遁之说，劝说皇帝返回。康熙予以驳斥。不久，遣去哨探的护军参领车克楚返回，说噶尔丹并没有逃走，仍在克鲁伦。
诸臣无不钦佩皇帝的高见。
四月十三日，康熙亲率中路大军从科图进人喀尔喀，驻扎在苏德图，派人通知费扬古：噶尔丹于四月初，自土喇向克鲁伦移营，估计今朕所统大军。叮嘱说：
可详细了解地理情况及其脱逃之路，小心堵御，不可疏忽。令费扬古注意阻击溃逃之敌。
四月二十二日，康熙驻西巴尔台，得知噶尔丹呆在塔尔几尔济地方。次日，接费扬古奏疏，知西路军于本月十日从乌兰厄尔几启行，进趋土拉，估计五月初三日可到克勒河朔地方。康熙与诸王大臣研究作战策略，中路敌我迫近，西路延长行期，在这种情况下，是缓行等待，还是主动出击？统领镶红旗大营皇三子允祉、领侍卫内大臣公福善等反对等待，主张”一面移文催西路兵，一面使贼来不及备前往击之；其余诸王皇子大臣主张缓行以待，两路夹攻。康熙大致同意后者，有意放缓进军速度。四月二十六日，中路军驻于察罕布喇克已经 3 天，再次讨论作战策略，诸臣主张听其逃窜。康熙说：使之逃窜并不难，待其稍近，派遣使者前去通知，说朕欲与之亲临约盟，令其前来与我军商议。噶尔丹闻朕亲来，必连夜奔逃，我军立即追杀，如向土喇退去，必遇费扬古兵。但也担心夹击不成，使噶尔丹逃脱。第二天接费扬古奏报，得知将军孙思克、博赍（ji）各选精兵 2000，与费扬古一路前进，月底即可到达克勒河朔地方。显然形势越来越好。于是康熙第三次与臣下讨论作战方案，诸臣为确保皇帝安全仍坚持遣使通知噶尔丹，使其惊逃，然后中路猛追，西路阻击。因众意合一，遂定遣使之商量。3 次发动臣下讨论作战方案，颇有乃祖时军事民主制风气。
遣使时机很重要。康熙尽量拖延，等待西路大兵。五月初一到拖陵布喇克之后，又等 3 天。到五月初四，估计费扬古已到土拉，便遣使以敕书、赐物及所俘厄鲁特俄齐尔等 4 人送往噶尔丹。敕书指责噶尔丹抛弃誓言掠夺喀尔喀的纳木扎尔陀音等罪行，宣布皇帝亲征，今大军已与你逼近，西路兵已到土喇，东路兵已到达溯克鲁伦河。因不忍生灵横遭践踏，故拟面商定议，划分地界。如若善自而去，则虚朕美意，后果自负。使者在途中遇噶尔丹属下重要大臣丹济拉率千余人来划分马群。丹济拉闻听皇帝亲征，“大骇失声”，遂领敕书收兵急去汇报。噶尔
丹原不相信皇帝亲征，说：康熙皇帝不在朝中安居逸乐，来此无水瀚海之地，还能飞渡吗？后从康熙放回的厄鲁特人口中得知皇帝确实亲自出征；他又亲自到北方孟纳尔山眺望清军大兵队伍行列规模，不像乌兰布通时，于是大惊失色说：难道是从天而降！遂告之众人，尽弃其庐帐器械离去。
五月初七，得知噶尔丹所在，康熙立即从枯库车尔地方整兵出击。他亲率前锋兵在前，诸军随从，翼张而进，兵威之盛满山遍野不见涯际，整齐严密，肃然无声。是日，驻于西巴尔台。噶尔丹乞暂缓师，康熙知其另有企图，便以此地缺水为由，予以拒绝。次日，直奔克鲁伦河。克鲁伦乃兵家必争之地，康熙亲率数人登高用望远镜远望，侦察地形，然后分布兵力。遣科尔沁土谢图亲王沙津、达尔汉亲王班第、喀尔喀车臣汗等率军占据西方巴尔代哈山麓高处，佯作全军之状，以引诱敌人。同时皇帝亲率大军争先据河。康熙抵克鲁伦，对各队将领大臣说：
噶尔丹若拥有克鲁伦河，我兵夺河交战要费力；今其不在此拒战，而竟逃窜，是自开门户给我。除此地外，其他地方断不能抗拒我军。审其情形，必连夜逃遁矣，当轻骑急迫。自五月八日至十二日，康熙以“疾驰莫惮追奔力，一定使穷禽入网罗”的决心，身先士卒，急追 5 日，经克勒河溯到拖讷阿林（拖诺山）。这时，军队粮饷不够，不得已决定改由全部前锋军、满洲火器营兵及亲随护军，组成一支精悍队伍，任命内大臣马思喀为平北大将军，每人准备 20 日口粮，继续前进征讨。康熙自出师以来，不怀安逸，不恃尊崇，与军士同食共枕，日惟 1 餐，恒饮浊水，甘受劳苦，惟欲前进，并不退缩。这次只因西路兵及两路粮饷均未及时到达，不得不安排轻骑前进，自率大队回营迎粮。他估计噶尔丹应难逃脱，捷音数日内即到。两路大军离敌主力越来越近，夹攻歼敌之势已成。
大将军费扬古率西路大军连夜前进，因路程遥远，而噶尔丹自布尔察克地方以前十余站，尽烧掉所有草地，西路军必另寻找草地前进，因而拖延时问。时西路兵已粮匮马乏，人畜疲惫不堪，不能前进，及得知御驾已达克鲁伦，众官兵无不奋发，都说皇上出自深宫，估计先到敌境，我们敢不冒死前进？故不待督催，奋勇抗敌。
五月十三日，费扬古正率军向昭莫多进军，闻报：在特勒尔济口见厄鲁特踪迹，立命署前锋统领硕代、副都统阿南达、阿迪等率前锋迎战，且射且退，引人敌军至昭莫多附近大军阵地。费扬古派遣孙思克率绿旗官兵居中，京城、西安满
洲汉军官兵及察哈尔、诸扎萨克蒙古兵，往东方高山处；右卫满洲汉军官兵、大同绿旗兵及喀尔喀扎萨克兵，就西方沿河布阵。全军严守以待。见噶尔丹率万余人进入阵地，立即遵皇帝教诲之策，令官兵步行抗击。自下午 1 时战至下午 6时，难分胜负，噶尔丹逆战甚力。费扬古远望噶尔丹后阵不动，得知是妇女、驼畜、辎重所在，遂组织精骑绕到敌后，袭击辎重，于是敌营大乱。清军得知是冲击，乘夜逐北 30 余里，到特勒尔济山口，斩首 3000 余级，杀噶尔丹妻阿奴，生擒数百人，俘获子女、驼马、牛羊、器物许多，其中仅牛、羊即达 20 余万头。
只有噶尔丹率数骑先众而逃。被打散之敌投降大将军马。思喀者千余人。康熙于五月十八日闻报非常高兴，降旨嘉奖，从优议叙，并决定班师，留费扬古驻守科图。七月，又令其移驻喀尔喀郡王善巴游牧地，招降噶尔丹及其剩余兵队。
昭莫多之战是由康熙亲自领导和指挥的一次非常成功的围歼战，全歼灭噶尔丹主力，对统一北方、稳定边疆局势意义十分重大。蒙古王公、百姓把这场战争看作是自己命运的战争，对它的胜利十分在意，络绎不绝到行宫朝谒、祝贺，感激皇帝御驾亲征，说：“皇上念我外藩蒙古，不辞劳苦，七旬之内，立奏肤功，诚世所少有，功德如此，谁不倾心归服？”康熙深切体会到各个蒙古援军的作用，充分肯定他们的成就，说：你们为军队带路、探信、牧马和掘井等，诸事甚为功劳，诚属可嘉，朕必重加赏赐。喀尔喀郡王善巴、贝子盆楚克、一等台吉车陵达什、多尔济清台吉等，以提供马匹、侦探敌情、行间效力等军绩，被分别授以亲王、郡王、辅国公、扎萨克一等台吉爵位。
击败噶尔丹，被其监禁 14 年的回国头人阿卜都里什特被释放，并主动归顺朝廷。康熙派人将他送回故土叶尔羌（今新疆莎车），并通知策妄阿拉布坦：不得侵害。
昭莫多一战，清朝取得了征剿噶尔丹的胜利。但种种迹象表明，噶尔丹落荒而逃后，将西去召集旧部，投靠达赖喇嘛，准备卷土重来。回部和青海有他的部分属民，青海台吉和西藏的第巴与噶尔丹关系较密切，沿途可得到帮助。并有消息，噶尔丹又遣人收集残余部队 5000 余兵，欲赴哈密过冬。斩草不除根，边疆地区仍存一大隐患。根据这种情形，康熙于东部只是作一般防御，留萨布素率黑龙江兵 1000 驻科图，其余撤回。后又令大将军费扬古分率萨布素兵 500 名，合理调动部分蒙古兵，向善巴王边地（杭爱山脉东南端）打探敌情。同时，他把精
力转向西北地区。七月初十日，他命驻于西宁的副都统阿南达率巴图尔额尔克济农的军队，驻扎布隆吉尔（甘肃布隆吉）等处防御。但西北地区形势比较复杂，青海诸台吉声称听命于达赖喇嘛之言而行，显然不会抗拒噶尔丹；哈密回族将领额贝杜拉达尔汉伯克虽然派人向朝廷进贡，但仍给以人力支持，以巩固其与内地之联系，防止被策妄阿拉布坦吞并。
在这种情况下，康熙决定再次亲征，切断噶尔丹去回部、青海及联络西藏的通路，顺便对其进行招降，并及时处理西北各族、各部问微妙的关系。若噶尔丹不降，来春再行清除。为避免官员劝阻，九月四日以去宣化地方行围的理由着手准备。仅带侍卫、3 旗“新满洲”护军、3 旗亲随护军、八旗前锋、火器护军，共 2000 人。此外，其他人都告请从行，部院官员从少派出。直到九月十五日大兵启程前的一两天，才透露这是一次非同寻常的出兵。康熙谕大学士伊桑阿说：
这次出兵，八旗官员及兵丁人等，都照今年春季出征例给两月行粮。如前次已出兵，这次又去，各赏银十两。军队人数也逐渐增加，七日，大兵出发前增加八旗前锋 400 名，征途中又增调宣化府骑兵和张家口步兵。十九日康熙启行，第二次亲征。当晚驻昌平州，命左都御史于成龙赴归化城处理西路军务。
征途中，康熙念念不忘招抚事宜。九月二十二日，到怀来县城西，差人将招降噶尔丹、丹济拉的蒙古文敕书 300 道，送到大将军费扬古军前，令其招示。九月二十四日，康熙驻于下花园，得知丹济拉去翁金抢米，被副都统祖良璧击败，十分高兴，并借机重申招抚噶尔丹的策略。九月二十九日，康熙驻喀喇巴尔哈孙地方，得知噶尔丹往扎萨克图汗旧居地博罗乌纳罕等地过冬，急召费扬古：不必进兵，到第二年青草萌时，秣马以待，观察噶尔丹动向，剿而除之。此时当频遣厄鲁特降人前往招抚。为了更好地贯彻招抚政策，康熙对降人和俘虏进行了恰当的安置：将陆续来降的 1500 余人编入上三旗满洲佐领，其中头人分别授职；不愿来内地者，即送往费扬古军前，各给马 1 匹让回原住地，令他们向噶尔丹传话：
若能来降，也待以显荣。十月初七日，康熙驻瑚鲁苏台，令将昭莫多生擒已给主为奴的男女约 3000 人，赐银赎身，使其父子夫妇兄弟团聚。
康熙积极争取和团结寺庙喇嘛，通过他们宣传政府的方针策略，为招抚噶尔丹做出贡献。十月十三日到归化城，住在该地掌印扎萨克达喇嘛托音二世的小召（后赐名崇福寺）内，并将甲胄、弓矢、腰刀等随身之物赠送寺中，作为纪念。
康熙还以经典、念珠赐席力图召（后赐名延寿寺）喇嘛麻力图，令其别焚烧和修茸。亲征过后，康熙于四十二年应托音二世及席力图两位喇嘛邀请，亲撰碑文，于两寺内用满、汉、蒙、藏 4 种文字立碑，记录亲征原因、经过，皇帝与喇嘛的友好关系以及所赐寺名等。
康熙招抚噶尔丹，重点是瓦解其上层人物。十月二十一日，遣昭莫多战役受伤被俘的厄鲁特曼济，返回噶尔丹处与妻子团聚，并带敕文给噶尔丹、丹济拉等。
敕文写道：“今朕又亲率六师远莅于此，且四处调兵邀击。尔等妻子、马畜诸物都已散亡，衣食已尽，势迫无归，这时渐严寒。朕不忍尔属下厄鲁特妻子失去，穷困冻饿而死，特遣谕招抚。”其中重申，如果悔罪俯首向化，将一体“加恩抚恤”，各得其所，部下厄鲁特亦得妻子完聚，获得生机；若仍不悔改，“则后悔莫追”。此外，还特遣和硕扎萨克图亲王的长史马尼图、多罗郡王昆都伦博硕克图的乌勒木济、多罗郡王墨尔根济农的阿玉什等，持谕前往招噶尔丹手下重要首领丹津阿拉布坦及丹津鄂木布等人。敕文着重提出他们不是主谋人，与噶尔丹不同；令他们与噶尔丹分居，若即率部落来降，前此依附噶尔丹之咎，概不追究，必待以富贵，所属部落也各得生业，妻子完聚，快乐度日。康熙欲以归化城作为招抚据点，十月二十三日离开城前一天，留下一大臣，接受厄鲁特降人，安排其家人团聚，赐予衣食。
为迫使噶尔丹投降，康熙调动兵马，围困阻击，加强军事压力。十月中下旬，他得知噶尔丹可能从枯伦白尔齐尔逃生哈密，立即令孙思克及西安将军博霁，分别率兵赶往肃州阿南达处，探听消息，遇敌即行剿灭。阿南达遵谕进行合理部署，争取逃向哈密附近的噶尔皇多尔济（和硕特部后裔，噶尔丹内弟）重新归属清朝，令其与哈密回部头人达尔汉伯克互相配合，于滩纳秦、都尔白儿济各口，小心驻防密探，又征调 2000 名绿旗兵在额济纳、昆都伦等地坐哨探听，加强防备。此外，土尔扈特部阿玉奇台吉发兵 1000 名，准噶尔部策妄阿拉布坦发兵 1000 名，和硕特部额尔克巴图尔台吉亲统领兵千许，会集于阿尔台（阿尔泰）以内土鲁图地方驻扎，四面把守，如遇噶尔丹即执而杀之，如或活捉，即行解送。以上 3部加上哈密回部、噶尔皇多尔济等西北各部组成统一防线，可以从根本上截断噶尔丹西窜的道路。十一月五日，康熙驻于喀林托会坐镇指挥，对此非常满意。
阿南达在严密警戒中，望见远方有灰尘，即决意穷追百余里，终于截获达赖
喇嘛使人达尔汉鄂木布、青海博硕克图济农（噶尔丹儿女亲家）、使者阿尔达尔寨桑以及噶尔丹使人喇克巴彭楚克格隆、噶尔丹亲侄顾孟多尔济及男妇子女各数十人。并查获噶尔丹拜托达赖喇嘛照看其子塞卜腾巴尔珠尔的书信 1 封。通过这一线索，康熙令严加搜捕，不久在哈密附近擒获噶尔丹之子塞卜腾巴尔珠尔。西北各部联合作战使噶尔丹处于孤立无援、插翅难飞的困境中。到目前为止，二次亲征目的基本达到，因而取消了拟议中的宁夏之行，刚进入鄂尔多斯（河套地区），就准备回銮。
十一月十七日，康熙驻哲固斯台（即者格苏太，位于今内蒙古托克托对岸，以河得名），收到费扬古奏疏，噶尔丹使所属格垒古英等 20 人前来议降。十一月二十五日，康熙在东斯亥（今内蒙古东素海）召见格垒古英，让他告之噶尔丹：
必须亲身投降，否则必进讨。朕在此地行猎等待，限 70 日内答复，如过此期，即进兵。接见中，故意作出继续留在前方追剿的姿态，不使对方察觉回师迹象，继续给噶尔丹增加压力。待送走格垒古英，便命令班师回京。
十二月二日，康熙在黄河西界的萨尔虎接会，接见大将军费扬古，交谈许多，表彰西路兵在昭莫多会战时以疲困之众，碰到敌战胜之，势如破竹，实为赏赐。
费扬古听后，不仅不领功，反而知罪，答道：噶尔丹的破败，都是圣谟神武的功劳。臣庸劣无能，噶尔丹已是皇上穷追困蹙（cu 紧迫）之寇，臣不能活捉，实属有罪。康熙对此十分满意，赐以御用弓矢等物，后又特准费扬古随意调遣外藩兵马，并加封一等公。
康熙二次亲征噶尔丹，收抚其降众，杜绝其外援，重新部署西北兵力，于十二月二十日胜利返回北京。
康熙在第二次亲征噶尔丹结束之前，就开始了第三次亲征的准备工作，派户部尚书和署理藩院事马齐，前往陕甘安设通往宁夏的驿站，并查看大兵所行之路；派副都统阿南达调查从宁夏及嘉峪关西路出兵到噶尔丹盘踞的萨克萨特呼里克（可能是今蒙古人民共和国阿尔泰附近之萨克萨河及其支流图古里克河一带）的路线和路程。康熙三十六年（1697）正月，臣下轻敌思想泛长，认为皇帝没有必要再亲征。山西道御史周士皇上疏说：小丑已极困穷，数日就戮，请圣驾不必再亲征沙漠。康熙坚持除恶务尽，根绝后患之方针，不达目的不罢休。他看到在形势对朝廷越来越有利的情况下，这种轻敌麻痹思想占有了一定普遍性，所以一再
阐明亲临宁夏的意义和必要性。他又提平“三藩”的经验教训说：正因噶尔丹穷困已极，更要乘此机会，亲临塞外，酌量调度。从前“三逆”反叛，最初不太重视，未能立即派出足够大兵，以致吴三桂煽惑人心，遂至漫延。后来日夜绸缪，调遣大兵，几费心力，才得以扑灭。可见，如不乘噶尔丹穷困之机将其剿灭，待其煽惑、滋蔓，必费更大精力。他又进一步阐明其中道理说：凡用兵之道，要把握时机。噶尔丹穷迫已极，宜乘此际，速行剿灭，断不可缓。朕今亲临宁夏，把握机宜，调遣军土，贼闻之必魂魄俱丧，其部属亦必惶恐；而其他各部蒙古听说朕亲临宁夏，必争先立功。噶尔丹日暮路尽，若不自尽，亦必为人擒献。令成大事，正在此举。二月六日，康熙第三次亲征正式出巡，前往宁夏部署征剿噶尔丹，并顺便招来青海等西陲厄鲁特。一路西行，顺便巡视边区形势，察视军民生业。
见缘边州县土地瘠薄，军民生业艰辛，深切挂念，因而颁布谕旨规定：一切御用所需，皆自内廷供办，不以索取百姓；扈从人员尽量减少；市易之物，悉依时价；所过城堡街市禁止结彩；严饬地方官员，不得借端科派。为了减少对百姓的侵扰，甚至行军路线也作调整。他提出：从陕西榆林到安边的 470 里路程，全由边外行走。后因官员强调军队所需水和草解决不了，才改为边内编次宿站，但他仍令准备设站的驿马，必从边外赶赴宁夏。三月十七日，驻在陕西安边城东，得知宁夏各位大臣准备前来迎驾，康熙立即派人通知：不得远来迎驾以劳民伤财，只令在黄河对岸迎接。宁夏总兵官王化行奏请皇上行围甘肃境内的花马池，以观军状态。
康熙也因防止马疲之故拒绝。总之，力戒排场，节省开支，集中人力、物力，尽快剿灭噶尔丹。
三月二十六日，康熙抵达宁夏。去年冬季派出的各路使者这时已断断续续返回。二十九日，收到出使噶尔丹员外郎博什希返回所上奏折，报告他从去年十一月随噶尔丹使者去萨克萨特呼里克颁敕，见噶尔丹虽然表示自今圣上凡有所谕，都遵旨以行，然并没有投降的主意。而他的属下及大臣，其中包括最亲信的重臣丹济拉、吴尔占扎卜等，都拿不定主意。促使吴尔占扎卜改变态度的关键因素，是康熙派人送回其母，使其母子团聚。一天，借饮酒之机，吴尔占扎卜对噶尔丹说：如降圣上（指康熙），则快速答复；如不降，当进一步计划，首鼠两端而待毙吗？且你说欲扶法门之教，结果，致四厄鲁特、七旗喀尔喀均丢失。属下父子夫妻分散，究无补于法门之教，反造罪孽而已。他的母亲也劝噶尔丹说：清朝国
大、兵多，富而且盛，中华皇帝简直是活佛，你们从前曾听说过有使敌人母子团圆的吗？其余非常之举，难以描叙。
噶尔丹许多的部下、百姓离他而去，使之处于众叛亲离、孤立无援的状况中。
康熙亲自接见噶尔丹来使格垒古英，当确知噶尔丹并无降意后，毅然率妻子驼马降清，而且动员他的至亲、噶尔丹的重臣丹济拉，归降于朝廷。三月初三晚，萨克萨特呼里克地方，好像有炮声，雾弥瀚海。噶尔丹营中一片混乱，以为清兵已经逼近，遂移营到哈萨克图哈喇阿济尔罕地方。丹济拉借与噶尔丹侍卫有矛盾，另迁于什尔哈戈地方，离开噶尔丹。即与原来噶尔丹不睦的丹津阿拉布坦、丹津鄂木布，更仰遵康熙不得与噶尔丹同处的宗旨，从科布多移往策妄阿拉布坦交界之处居住。这时噶尔丹所有人丁不过 300，驼马甚少，没有牛羊，全靠打猎谋生，处境十分艰难。特别是西北各族得知达赖喇嘛已去逝 16 年，其执事官第巴盗用达赖名义支持噶尔丹胡作非为后，噶尔丹所谓保护达赖喇嘛道法的伪装被撕掉，大失人心。噶尔丹也曾向俄国求救，然俄国知其已无利用价值，不给以回复。噶尔丹走投无路，只能在阿尔台（即阿尔泰）四周游动。
朝廷对青海台吉招降工作进展顺利，遣使往谕后，青海台吉等都来归顺，康熙喜出望外。他原没有把握能招降成功，有不得已而用兵的思想准备。没想到兵戈未尝一试，而西陲（指青海）之厄鲁特皆收服。
康熙打算两路出师，每路 3000 人，当确知噶尔丹穷迫已极的处境后，重新调整兵力，每路由 3000 减为两千。阴历三月十一日部署两路出兵：一路出嘉峪关，由孙思克、博霁统领西安满兵及甘肃绿旗兵共 2000 人，赶往布尔吉尔阿南达处，再由阿南达、李林隆统领由哈密赴萨克萨特呼里克搜剿，孙思克、博霁统领所留之兵驻甘州；一路出宁夏，由费扬古率领喀尔喀蒙古和盟旗蒙古汗、王、贝勒、贝子、公、台吉等自愿效力者，及黑龙江兵、察哈尔兵，叫他们各带四月口粮，会集郭多里巴尔哈孙之地（今蒙古人民共和国境内达兰扎达加德）。本月十二日，一面遣使颁敕，一面进兵搜剿。敕谕噶尔丹内容有三：令其欲降从速，迁延时日没有任何好处；达赖喇嘛已故，指称护法，纯为欺骗；你欲逃跑之地，朕已悉知，即使今年不擒，来年当复发兵追讨，必不中辍。此外，还敕谕丹济拉及厄鲁特的台吉、寨桑、哈什哈并众人，饶恕他们的罪过，促其速降，表示对一切来降者，都给予养育，保障其生活。敕谕策妄阿拉布坦，乘噶尔丹困迫之机，
起兵复仇。十四日，康熙令大学士查奏和所议两路进兵、调拨马匹粮米及设站之事，并亲自检查落实。他对前景非常满意，预料：旦夕期间，就会将噶尔丹或戮或擒。
尽管如此，康熙仍谨慎从事，在宁夏驻扎 18 天，每件事本已安排就绪，但他还要继续向前线深人，于闰三月十五日白银川启行，沿黄河西岸向北进发。二十六日到达白塔，二十九日到船站，亲观看八旗前锋、黑龙江兵起程。四月初一，亲检阅鸟枪兵、绿旗兵启行。又亲至狼居胥山（即河套西北的狼山），聚集军中骆驼运输军粮穿过 120 里的无水地区。接受第一次亲征时西路粮饷不够的教训及中路进兵各驿备米的经验，令将 500 石米储于附近各驿，调 1400 匹马就地牧放肥壮，等待队伍回师时补给粮食和马匹。四月初五达希图海，这里是交通区道，预计不久旋师，以及来降的厄鲁特、来朝的青海台吉等，都将由此经过；米粮马匹已留于此，故留统领侍卫内大臣索额图，和都统阿席坦、噶尔玛、王永誉、护军统领苏曷、副都统巴赛等，在此准备迎接，办理相关事宜。
一切准备完善，只待佳音。四月七日，康熙登舟回銮，顺流东下。四月十五日停留于布古图，收到费扬古奏报：厄鲁特丹济拉等派人前来报告，闰三月十三日噶尔丹在阿察阿穆塔台地方饮药自尽，丹济拉等拿着噶尔丹尸骸及噶尔丹之女钟齐海，共率 300 户回来。康熙闻报，命费扬古选精兵前往丹济拉处运押前来，东路余兵和西路兵俱撤回。三月十三日，为三次亲征噶尔丹胜利，康熙行拜天礼，文武官员行庆贺礼。五月十六日康熙凯旋而归。从第二天开始，对三次亲征进行归纳。他在《剿灭噶尔丹告祭天坛文》中，讲叙三次亲征简要经过：噶尔丹罪恶有年，人神共嫉。因此，在丙子（康熙三十五年）春，亲统六师，恭行天讨，越逾瀚海，扫荡贼氛，深入穷追，师徒大捷。于同年秋，再步入边境，经画招徕。
于丁丑（康熙三十六年）春，到北上奋扬武略，逆子被捉，丑类革心，凶首死亡，边尘尽涤，各番部无不归诚。
对三次亲征的经验简要总结。首先，他充分肯定三次亲征的重要性。皇帝三次亲征，每次都有争议。首次亲征，众皆劝阻，只有费扬古同意，后两次不得不“独断”行事。实践证明，塞外情形不可大意，必身历其境乃有确见。塞外荒漠虽然辽阔，而蒙古所行之路、所居之地，必依水草而生，但也有定所。朕于蒙古等经行路径，一一洞悉，所以遣发官兵，数道围困，皆抓住贼之要害，噶尔丹被
逼无耐，自尽而死。第二，亲征是连续进行的，不轻视穷寇，不给敌人以喘息时机。如果不是朕亲统大军追袭噶尔丹，那么少留余息，其也必复聚，将难以立刻消灭。第三，调军、转饷，一人兼综其成，使二者密切配合而不脱节。这一成功经验，以后如果遇行师，当永以为政策。他还总结了组织军队运送粮饷的好处，主要是不伤民。第四，他认为关键是控驭有道。明朝对蒙古政策失算，仅为恢复河套议论纷纷。如果控驭蒙古有道，那么河套虽为所据，岂能为患？控驭无道，则何地不可为乱？常言收复河套亦何益乎？第五，在探论军功时，他还总结了为将者必相机调遣才能济事的经验。他从亲身体会说：看来为将诚难，一应军务惟在相机而行，固不可急，亦不可缓。他又从将领的情况说阿喇尼、纪尔他布过于急，而为贼所败；马思喀又过于缓，而致伊拉古克三胡土克图逃脱；唯有费扬古指挥昭莫多阻击战最为成功。康熙征讨噶尔丹取得的胜利，在中国历史上留下了深远意义的一页。它扫除了漠北、西北地区一大不安定因素，稳定了那里的社会秩序，加强了朝廷对喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古的统一管辖。不仅如此，尤为重要的是巩固边防、对外反侵略。康熙为了保护中国领土的安全和完整，进一步团结众蒙古，筑成一道抗击沙俄南侵的铁壁铜墙。如康熙所说：“本朝不设边防，以蒙古部落为屏藩耳。”
康熙对蒙古各部采取“乱则声讨，治则抚绥”、“宣威蒙古，并令归心”的政策，在其祖太宗皇太极统一漠南蒙古基础上，又统一漠北喀尔喀蒙古，并部分统一漠西厄鲁特蒙古；唯有准噶尔部策妄阿拉布坦仍保持朝贡。他为了对上述外藩蒙古各部进行有效的管辖与治理，采取了一系列方针。主要是：
第一，推行盟旗政策，加强政治统治。康熙祖父太宗皇太极，从天聪年间起，在漠南蒙古原有各部基础上，分别设旗。到崇德元年（1636）十一月，在科尔沁等 13 部，分别编设 25 旗。同时，选旗下蒙古王公之贤能者，封为扎萨克。扎萨克是蒙古语总管的意思，或译为执事、执政者，次封藩掌印之称，即旗长。因授扎萨克须经长期考验和慎重挑选，故最初并非每旗都有。如崇德元年已设 25 旗，但只有扎萨克 16 人。到康熙初年，漠南蒙古最后形成 24 部 49 旗时，每旗都设了扎萨克，康熙照内都统例，颁给管旗扎萨克印，以示信任。扎萨克既是“世袭罔替”的封建将领，又是朝廷官员，代表皇帝管理一旗事务。旗内其余散秩王公全听从他的命令。旗下官员均于本旗台吉内挑选。台吉分等第，头等被认为镇国
将军，都是蒙古汗王的宗族。
朝廷为了加强对各扎萨克（旗）的领导，从太宗时起，就利用北方民族固有形式，建立了相近各旗之间的会盟（亦称会集）政策。届时派理藩院官员参加，以简稽军实，巡视边防，清理刑狱，编审人丁。盟期开始不定，后定 3 年，康熙四十九年改为 5 年。漠南蒙古地区“四十九旗”共设哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭 6 盟。后来盟逐渐成了旗上的一级组织，设正副盟长各 1 人。盟长最初不能直接管辖、干预各旗内政，仅代表理藩院对各旗监督和协调作用。到清朝后期，盟的权力与日俱增。
漠南蒙古各部除所编“四十九旗”之外，还有两个部落：一是察哈尔部；一是归化城土默特部。察哈尔林丹汗，为成吉思汗嫡派子孙，天聪八年（1634）死于青海，其子额哲率剩余残兵降清。清封他为亲王，安置义州（今辽宁义县）居住，并未编立外藩蒙古旗分。额哲死，无子。其弟阿布鼐继承爵。后因阿布鼐长期没来京朝觐，康熙于八年（重 669）将其撤除，由其子布尔尼袭亲王爵。康熙十四年（1675），亲王布尔尼乘吴三桂叛变、清朝后方短缺之机，举兵反清。康熙派兵镇压之后，迁移其部众至宣府、大同边外，设口外游牧察哈尔蒙古 8 旗。
此 8 旗在蒙古“四十九旗”之外，官不得自定，事不得自作主张，与各扎萨克蒙古不同，其旗内官事地土，由附近 4 厅管理，设都统管辖，隶属于理藩院典属司。
归化城土默特，为明顺义王俺答汗之后，先被察哈尔歼灭，后又降清。清恢复其原封，还给王印。不久又叛，遂解除其封、收回印。至崇德二年（1637）六月，以其众编旗分牛录，设立两旗。其部众都隶于将军、都统，由理事管理、通判治理，与察哈尔大同小异。上述 10 旗为清朝直接任命官吏进行统治的内属蒙古。
康熙最大的成就，是将盟旗制推广于漠北的喀尔喀蒙古。二十七年，喀尔喀蒙古因噶尔丹侵扰，被迫南迁到内蒙古沿边住牧。次年，康熙据喀尔喀蒙古贵族邀请，按内蒙古“四十九旗”案例，在喀尔喀蒙古分编 15 旗。康熙三十年，多伦会盟时，又增编 19 旗，共为 34 旗。并改变了从前仅在形式上分旗，实际统治薄弱的局面，按内蒙“四十九旗”例建旗、封爵，实行清朝的法令政策。多伦会盟之后，继续编旗设佐领。到康熙三十六年（1697）噶尔丹覆灭，喀尔喀蒙古返回漠北时，增至 53 旗。康熙末年，达 69 旗。到乾隆三十年（重 765），喀尔喀编旗完成，共 83 旗，另增加厄鲁特 2 旗、辉特 1 旗。
征噶尔丹胜利后，清朝对漠西厄鲁特蒙古的管辖有所加强。大体分为三种情况：一是噶尔丹直属部下归降者，安插在张家口外，编入察哈尔旗分佐领，对其中有成就人物授以官衔。如噶尔丹手下重臣丹济拉，在三十六年六月降清后，康熙封为散秩大臣，并授其子多尔济塞卜腾一等侍卫，其属下人可选用披甲，给以钱粮。二是对受噶尔丹诱迫一度为噶尔丹控制的部落，仿照内、外蒙古，采取分编旗队、原地驻牧方式管理。以扎什巴图尔为首的青海各台吉于十一月来京朝见。
扎什巴图尔为厄鲁特四部之一和硕特部顾实汗之子，世代与清和睦相处，且年事已高，康熙封他为亲王，分别封其他台吉为贝勒、贝子等。较早脱离噶尔丹的丹津阿拉布坦，通过康熙一再争取，在康熙四十一年（1702）遣使慰问，十二月，亲自来京朝见，康熙封为多罗郡王，叫其在洪郭尔阿济尔罕地方游牧，第二年病故，令其子策灵旺布袭爵。三是策妄阿拉布坦；在反噶尔丹的斗争中，他招降部分部众，势力有所增长，康熙允许他继续与清朝保持称臣纳贡关系。
第二，整顿社会秩序，建立法律政策。蒙古以牧业为主，偷盗牲畜对社会治安和生产危害巨大。康熙对此已有明察，蒙古牧民本依赖水草而生，但因时有盗贼，恐牲畜被盗，不得不圈地防预，不能就牧于水草，以至牲畜瘠毙，生业没有完成。故谕理藩院官员：欲恢复蒙古生业，必严盗贼；不严，则不能制止盗。康熙通常惩办蒙古偷盗牲畜的法律甚严，规定：偷盗金银器皿及家禽者，只令按数赔偿。偷马、驼、牛、羊四畜，方首者杀死，妻子的畜产籍没给官，胁从者鞭100，罚牧畜后，连同妻子一起送往京师给大臣为奴。台吉为盗，黜爵，贬为庶人，剥夺财产。还规定连坐法，旗下一人为盗，下至关系到什家长、佐领，上至蒙古王公都要遭处罚。康熙对蒙古随俗而治，根据其性逐渐指导，法治与内地有别。在蒙古地区，除依《理藩院则例》处理政务外，还有“蒙古律”《理藩院则例》规定：蒙古人在内地犯事，照刑律办理；民人在蒙，原先地方犯事，照蒙古律办理。还规定：蒙古与民人伙同抢劫，核其罪名，蒙古律重于刑律者，蒙古与民人均照蒙古律受审；刑律重于蒙古律者，蒙古与民人均照刑律问拟。当事人对处决不服，同意其上诉盟长直至理藩院，发配及死罪由盟长核报理藩院，会同三法司奏明皇帝批准。扎萨克王公、台吉飞塔布囊及协理台吉等承审刑狱，因不懂程序，往往问罪不当。因此，康熙于三十七年（1698）派内地官员教导蒙古王公等听理盗案。康熙了解当地情况需要，推行封建法律制度，取得满意效果，有进
步意义。
第三，关心牧民生活，发展农牧业生产。康熙除给各级王公固定俸禄和给他的各种赏赐，还保证蒙古贵族的优厚待遇，还经常以粮食、马匹、牛羊等救济蒙古牧民。并限制蒙古各部贡物种类和数量，以免蒙古贵族以进贡为名，任意搜刮牧民。康熙对各部蒙古的救济是广泛而又平凡的，据统计，自康熙二十年到六十一年的四十二年间，共救济蒙古 40 余次，平均几乎每年 1 次。除无偿救济外，还用无息借贷方式作为救济的辅助形式。如：将各旗储备仓米贷给蒙古各部受灾旗分，丰收之日再归还。
康熙认为，赈济银米，仅供一时之用，还必须谋长久生存之计。为了适应蒙古地区实际情况，改善生产落后的状态，康熙决定实行亦农亦牧、以牧为主的方针。为了畜牧业发展，康熙十年和四十七年，曾局部调整牧地。为了发展蒙古地区农业生产，康熙多次派人前去指导农艺，发给耕牛、种籽。还教以灌溉、垦耕、捕鱼，并赞同贸易通商。
边防军事也与农牧生产结合。清政府为了训练骑兵，巩固边防，在门外设立了若干牧场。如：独石口外的上都牧场，张家口外的礼部牧场，太仆寺左翼牧场、右翼牧场、左翼 4 旗牧场、右翼 4 旗牧场，山海关外的大凌河牧场、养息牧场等，并在喀尔喀蒙古车臣汗部以南还设立了达里冈爱牧场。牧场不仅保证军队、驿站的马匹供应，还对繁荣蒙古的畜牧业也起着促进作用。康熙经常将牧场的马牛羊群赏赐或借给蒙古王公，发展畜牧经济。如康熙三十九年（1700）赐给翁牛特杜棱郡王良马 800 匹，以资繁殖。四十年六月，康熙北巡到西巴尔台，决定从牧场带牝（pìn，雌性）马给喀尔喀蒙古台吉。有马 1 骑者，给牝马 9，有 2 骑者，给牝马 8，有 3 骑者，给牝马 7，有 4 骑者给牝马 6，有 5 骑者，给牝马 5，没有马贫穷台吉，一律给牝马于 10.8 年后，只将原数退还牧场，繁殖之马，归为自己。
为解决对西北用兵的军饷供应问题，康熙于五十四年命散秩大臣祁里德，会同喀尔喀众扎萨克，在敏珠尔居住的额德尔齐老图附近，额克阿喇勒、科布多、乌兰固木，各选择恰当之地，有水草可耕者，移兵屯驻，以壮声援，加之护敏珠尔游牧。又令土谢图汗旺扎勒多尔济，说出自己的部落可耕之地，以便屯田，裕军食。上谢图汗奏言：附近鄂尔坤图拉的苏呼图、喀喇乌苏、明爱察罕格尔、库
尔奇呼、扎布堪河、察罕瘦尔、布拉罕口、乌兰固木、额尔德尼昭十余处，均可耕种。于是于五十五年（1716）命傅尔丹等带领土默特人 1000 名，赶往乌兰固木等地耕种。五十七年（1718），将犯罪人员发喀尔喀科布多、乌兰固木，筑城安插，开垦耕种。到六十一年（1722），漠北的科布多、乌兰固木、特里泊等处可耕之地都已开垦。
上述措施，对蒙古牧业和农业经济发展都起了十分积极作用。
第四，兴黄教以安众蒙古。这是清朝准备制定的国策。这项政策的实施是由客观实际情况所决定。明万历六年（1578），达赖三世索南嘉措与漠南蒙古土默特的俺答汗在青海仰华寺见面，并向 10 万蒙古居民讲叙经验和指导方法，此后黄教在内蒙古兴起。俺答汗在归化城建立寺院，喇嘛教僧人不断前来布教。明万历十五年（1587），控制喀尔喀左翼的阿巴岱噶勒照台吉，到归化拜见三世达赖，给予其所上“汗”号，尊崇并推广黄教。从此，黄教传入喀尔喀蒙古。顺治六年（1649），喀尔喀哲卜尊丹巴胡土克图改革黄教，使黄教在喀尔喀取得统治地位。
在噶尔丹兴兵作乱的关键时期，哲卜尊丹巴统领众归附内地，表现了对清王朝的忠心。康熙尊重蒙古的宗教信仰，利用黄教团结许多蒙古将领。但长期以来，黄教的惟一中心在拉萨。噶尔丹借吹捧达赖抬高自己，而西藏第巴又借达赖五世的名义暗中支持噶尔丹与清中央抗衡。因此，多伦会盟时康熙特封哲卜尊丹巴胡土克图为大喇嘛（一说康熙三十二年封），令其掌管漠北黄教事务。从此哲卜尊丹巴胡士克图成了黄教的第三大活佛。多伦汇宗寺建成后，由哲卜尊丹巴把持，成为各部蒙古的宗教首位，影响大漠南北。哲卜尊丹巴胡士克图在三十六年返回漠北后，康熙拨白银 10 万两，为之兴建库伦庆宁寺；另派章嘉胡土克图住在多伦汇宗寺。以后又为他建多伦善因寺。四十四年（1705），封章嘉为“灌顶普善广慈大国师”，令其接管内蒙、京师、盛京、热河、甘肃及五台山等地黄教寺院。
于是，达赖、班禅、哲卜尊丹巴、章嘉四大佛教分掌前藏、后藏、漠北、漠南教务。这四大活佛都受辖于清朝。这样，既保护黄教，又削弱西藏达赖喇嘛对漠南、漠北蒙古的控制和干涉，收到了良好的政治效果。康熙尊重蒙古的宗教信仰，但不作无规章迁就，对其于国于民不利之处，及时予以制裁。如屡次下令，禁止喇嘛以广修庙宇为名霸占民田，或诈称胡土克图转世，坑骗牧民财产。指引教养蒙古的官员：倘喇嘛等有犯罪者，尔等即按律治罪，令加以惩戒。
第五，以联姻作为政治联合的桥梁。清入关前就与内蒙古贵族联姻，将公主和皇室宗女嫁给蒙古王公，并娶蒙古贵族之女为后妃。这种联合是双方的政治需要，清政府通过它加强对蒙古各部的联合与控制；蒙古贵族利用额驸和皇亲势力发展自己的势力。康熙继承这种联姻制度，将 4 名公主、1 名侄女、若干名孙女和宗室的女儿都嫁给内蒙古巴林、喀喇沁、翁牛特、科尔沁等部，以加强与内蒙古的政治会盟。他还把这一政策推广到喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古。三十六年（1697），康熙与喀尔喀蒙古势力强大的土谢图汗联姻，将第六女和硕恪靖公主下嫁其孙扎萨克多罗郡王敦多布多尔济，封和硕额驸，赐晋和硕亲王。其祖察珲多尔济逝世，又诏袭土谢图汗。从而牢固地保持和土谢图汗部的友好关系。此后，又将孙女（允祥之女）和惠公主分别下嫁喀尔喀左副将军、亲王丹津多尔济长子多尔济色布腾；将十女和硕纯悫公主下嫁喀尔喀蒙古赛音诺颜部部长善巴堂弟策凌，授策凌和硕额驸，不久赏贝子晶级。策凌多次立军功，授副将军。雍正三年，以其部 19 扎萨克，另为一部，称喀尔喀中路，不再归属于土谢图汗，喀尔喀自此起有四部。
和硕特蒙古的一支阿拉善蒙古扎萨克和罗理巴图尔额尔克济农的第三子阿宝，康熙四十三年娶亲王之女——郡主，授和硕额驸，赐京师住宅，命御前行走。
四十八年（1709）和罗理卒，让阿宝袭爵，派遣回游牧地。其后阿宝参加策妄阿拉布坦作战，和护送达赖喇嘛进藏等军事行动，并率兵驻防拉萨，后晋封郡王，阿拉善部在清朝统一青海、西藏、天山南北的事业中起了关键作用。
对准噶尔部，康熙以同样政策进行收复。于四十五年（1706），命阿达哈哈番觉罗长泰之女，照镇国公女例，授为乡君，嫁给噶尔丹之子塞卜腾巴尔珠尔。
赐封塞卜腾巴尔珠尔为镇国公婿。噶尔丹的侄孙丹津阿拉布坦之子策灵旺布及塞卜腾扎布，都同皇室结亲，被封为和硕额驸乙。
第六，设立站、台，实行巡边政策。清政府为加强内地与蒙古各部的联系，加强边防，设立了邮政、驿站、军台。康熙三十一年（1692），在内蒙古从古北口至乌珠穆沁，设 9 台。从独石口至浩齐特，设 6 台。自张家口至四子部落，设5 台。自张家口至归化城，设 6 台。自杀虎口至吴喇特，设 9 台。自归化城至鄂尔多斯，设 8 台。自喜峰口至扎赖特，设 16 台。外蒙古则自准备邮站，分东、西、后 3 路，迤逦而北，直达三音诺颜境，凡汗、王、贝勒过境，任命警卫，饲
养牲畜。商旅经过，亦予捍卫。在天山南北路遍设军台，北线经蒙古达京师，南线自哈密抵甘肃。康藏也有驿站连通。康熙规定了巡边策略，每年春秋两季由领队大臣按一定路线在西北地区巡视边境卡伦（峭听）。
为了蒙古地区的安全，又将蒙古“四十九旗”哨兵，安放各旗边地；喀尔喀居住地安设斥堠。三十九年（1700），准噶尔部侵犯青海，康熙令西安、四川军队会同青海蒙古严加防备。为防止阿拉布坦侵扰哈密，康熙则派兵驻防喀尔喀推河、青海噶斯口、新疆哈密、甘肃西宁一带，进行抵御。这样，一旦有事，便可及时采取政策。
总之，康熙对蒙古恩威并施，因其教不改其俗，齐其政不易其宜，加强了对大漠南北及青海蒙古的管辖和治理，加强了蒙古和朝廷的联系，在北方筑起了一道遏制沙俄入侵的坚固城墙，并为其后彻底解决新疆准噶尔部问题创造了良好条件。
木兰围场与避暑山庄的特殊作用。康熙熟知“水能载舟，亦能覆舟”的教训，注重亲理国事，对于事关大局的蒙古问题，尤为谨慎，亲自处理。除了紫禁城的宫殿外，还建筑了木兰围场和避暑山庄，作为围猎、避暑、练兵场地，和相机处理诸蒙古事务的特殊场所。
康熙于十六年（1677），平定“三藩”之乱后，即开始北巡。二十年（1681）四月，再次出巡口外。他率领满汉大臣、八旗劲旅，会合内蒙古各盟旗王公贵族及喀喇沁旗的蒙古骑兵，一边射猎习武，一边监控围场。通过亲自巡视及派人详细勘测，最后决定在原属喀喇沁、敖汉和翁牛特诸旗的牧地内，贡献出周 1300余里、南北 200 余里、东西 300 里，总面积约 1 万余平方公里的土地，设置木兰围场。满语“木兰”，汉译为哨鹿，是古代北方民族传统的猎鹿方法。据《契丹国志》记载；七月上旬，入山射鹿，夜半，今猎人吹角效鹿鸣，既集而射之。因围场是哨鹿场所，故以此命名。围场四周都有隘口，以木栅和柳条边为边界，设立 40 座巡逻的卡伦。围场范围内；根据地形变化和禽兽的分布，划分 67 个小型围场。康熙二十年，派阿噜科尔沁多罗郡王额驸色楞、固山额驸巴特玛等人管理围场，五十四年始设围场总目。
木兰围场位于内蒙古昭乌达盟、卓索图盟、锡林郭勒盟和察哈尔蒙古东四旗接壤地二位居内蒙古中心地带，北控蒙古，南卫京师，具有很高的战略地位，又
是清代前期从北京通向内蒙古、喀尔喀蒙古、东北吉林黑龙江以及尼布楚城的重要渠道。围场的建立，标志康熙在“三藩之乱即将平定之际，已将战略重心转移北方。
建木兰围场是一项重要的军事策略，它是清军围猎、习武的场所。
木兰围场自设置至康熙逝世，他只有两年没有去围场，一是二十一年（1682）出巡东北；一是三十五年（1696）征噶尔丹。其余 48 年，每年 1 次，率八旗出塞，到木兰围场举行秋猎大典，到围习武。
秋弥规模庞大，康熙二十二年（1683），皇帝令每年派出骑兵 12000 人，分3 班（三月、十月、十一月）赴口外行围，以野兽为敌，进行军事训练。各部院官员也必须参加，以练习骑射。蒙古各部（青海蒙古、喀尔喀蒙古、内蒙古“四十九旗”王公贵族、察哈尔八旗蒙古官员）都参加。内蒙古喀喇沁、科尔沁、翁牛特、巴林、克什克腾、敖汉等旗每年派 1200 名骑兵和百名首领及随围枪手、打鹿枪手、长枪手约 300 人一同行围。行围实质是严格的军事训练，每次 20 天左右。每天黎明前出营，列队形成一个很大围圈。皇帝、皇太子首先射猎。围猎圈缩小时，皇帝驻马观看，满蒙王公和诸部落射手则大显身手。一日，行围结束，首先根据猎获情况，论功行赏，然后点起篝火举行野餐。行围期满，举行盛大的庆功宴会和告别宴会。康熙掌握全过程，包括行军、出哨、布围、合围、射猎、罢围、驻跸、安营等程序，都有严格的规定，有违犯者，以之军法。队形不整齐、追杀不勇敢也要严加惩罚。而对临危不退缩者大加鼓励。弘历（乾隆帝）12 岁随皇祖父到木兰围场，康熙用火枪击中 1 熊，熊倒在地上，康熙命弘历检回熊，岂知熊起而扑来，弘历并不惊慌，发箭射熊，康熙叫虎枪手将熊杀死。康熙对这位勇敢的小孙孙十分赞赏。后来雍正立弘历为太子与康熙在世时对弘历的宠爱有关系。木兰秋弥十分劳苦，往来不避风雪尘沙，饮食常不准时，活动甚为紧张。
康熙置身其中，整日都在马上度过，与士兵同其苦劳。煅炼贵族子弟能够胜任最艰苦、最危险的工作，以维护满族传统的骁勇善战本色，抵拒怠惰颓靡娇奢恶习；安不忘危，常备不懈。而且，每年都有大批军队轮流在此操练，对侵扰势力及离心趋势，都会产生一定的威慑作用。
一年一度的木兰秋弥，还有其不同寻常的政治意义。康熙为加强对蒙古各部的管理，为了巩固北部边防，必须定期与其上层人物联系，及时沟通、关照、指
导和调整政策。但蒙古诸部多居于高寒地带，多数人未出痘，到内地，常因天热突然出痘死亡，故以进塞感到恐慎。据此，清政府制定了蒙古王公定期朝见的“年班”和“围班”制。凡已出痘的蒙古王公，有免疫力功能，每年年末轮流进京朝见皇帝，为“年班”；没出过痘，没有免疫力的蒙古王公，在塞外轮流陪同皇帝打猎习武，为“围班”。康熙顾问他们的健康，选在宽敞、凉爽的木兰围场接待他们。对此，蒙古诸部甚为感激。围猎期间，蒙古贵族分批扈猎，星罗景从；而天子躬亲，寓绥远于训武。
秋弥大典结束时，内蒙古卓索图盟、昭乌达盟两盟盟长宴请皇帝和满蒙汉大臣，宴会上，演奏蒙古音乐，举行摔跤、赛马、套生马驹等蒙古族特色活动。然后，皇帝本着“薄来厚往”的原则，宴请他们，并分别予以赏赐。康熙于二十二年阴历六月二十六日，即在拜察（兴安）行宫前，粘贴黄幄、设御座、仪仗，宴请并赏赐科尔沁、敖汉、奈曼、阿霸垓、喀尔喀、土默特、喀喇沁、翁牛特、克什克腾等部蒙古王、贝勒、贝子、公、台吉等，及管理、统领围场蒙古王公、众官兵。一品台吉以上，安排御座前，由皇帝亲赐酒。其他台吉、官兵，遣内大臣、侍卫分别赐酒。颁赏和朝贡与管领围场分开。赐朝贡各部落亲王、郡王凉帽、蟒袍、妆（zhuang）缎套、珊瑚、松子石镶金带、玲珑嵌金刀、靴；赐贝勒以下，台吉以上凉帽、袍套、带、靴等。赐管领围场各部落郡王的奖品，公，不仅包括赐朝贡王的全部赏品，还另有镀金撒袋、弓箭、雕鞍；其他台吉、长史、护卫、都统、副都统、参领、佐领、骁骑校和骁骑等，分别赐帽、袍套、带、靴、缎、布、银两等。管领围场有奖赏特部多罗杜棱郡王毕理衮达赖、喀喇沁部多罗杜棱郡王札西、阿鲁科尔沁部多罗郡王色楞额驸、固山额驸巴式玛，以及他们属下的台吉、官兵等。
皇帝在朝贡和随围的蒙古王公接触中，了解各部的生计、民情，发现问题及时解决。如：二十二年北巡，发现阿鲁科尔沁、翁牛特二旗盗贼甚多，便告诫各蒙古王公、台吉、官兵等，都遵法守分，勤于耕牧，以保障生活；并命牧主妥善抚恤牧民，使之安生。王公、台吉、官兵一致表示：痛改前非，共遵国法。二十四年北巡，七月皇帝初八得知浩齐特发生饥荒，立即派官员调查饥民户口，十五七月即命储粟 1000 石，昼夜兼驰，运去救灾。对随围的察哈尔八旗官兵，尤为关心，经常赏赐。并一再表示：与内八旗一体，与京师八旗无差别，不分内外，
一视同仁。从而密切了朝廷与内蒙古各部、察哈尔八旗的关系。康熙二十七年（1688）六月，噶尔丹大规模入侵喀尔喀。喀尔喀戴青、台吉等共 28 人各率其人员请降，康熙在同年七月出塞来到木兰围场，得知实情立即准于界内游牧。随后土谢图汗及哲卜尊丹巴胡土克图率属下台吉、弟子等人进入请降，康熙是九月初八在西尔哈和洛收到消息，当即决定受而养之。康熙经常出塞围猎，对蒙古各部情形及塞外地理环境比较熟悉，故决定收降喀尔喀、抗击噶尔丹等重大决策都能比较准时和正确。特别是康熙三十五年的第一次亲征噶尔丹，从二月三十日启程，至六月九日返京，来回百日，如无十余年围场狩猎习武的功底，是绝对难以应付的。
通过这些活动，既展现了清王朝的武力，又密切了同蒙古各部的感情和增进了团结，达到“凛天戒，吸取前车，察民瘼，备边防，合内外之心，成巩固之业，习劳苦之役，惩晏安之怀”的目的。由于康熙二十年至四十年间，北方基本处于戒备或战争情形，因此不可能在口外大规模建造避暑行宫。最初在木兰围场乌喇岱及拜察两地出现的行宫，实际上只不过是用桦树皮搭起的一座座的小木屋。而在旅途，则使用临时搭建的蒙古包，作为住房或处理国务的办公室，通常称为黄幄或行幄。黄幄之外，外景以颇为壮观的幔城，故有时称之为行宫黄幄。接受蒙古王公朝拜或赐宴，则在特设的大型黄幄之中。到康熙四十年，北方政治形势全部稳定，国家财政状况进一步加强，故从四十一年（1702）开始在北京到木兰围场途中建立永久性行宫，热河行宫是其中之一。这些行宫，有供中途休息、饮水、吃饭用的茶宫、尖宫，还有住宫。热河行宫归为后者。热河行宫位于今承德市区，也称承德离宫。后来康熙亲笔题名为避暑山庄。避暑山庄包括宫殿区和苑景区两大部分，总面积为 564 万平方米包括行宫外围东、北山麓分置外八庙。热河行宫始建于康熙四十二年（1703），到四十七年（1708）初步完工。乾隆时又进行大规模的改造和扩建。
康熙一生崇尚节俭，特别反对为个人享受而大兴土木，为何兴建行宫呢？原来，“秋冬防寒，春夏避暑”，两地移住，是北方游牧、狩猎民族的传统风俗，受特定的生产和生活方式所约束，至辽代形成异地“住坐处”，即“行在”。金、元诸帝均保留冬南夏北往来移住的习惯。因皇帝在“行在”召见臣下，处理政务，所以要建立必要的房舍和宫殿。康熙的木兰秋弥与避暑山庄，正是北方民族固有
习俗的表现。他喜爱口外凉爽的气候，加上年事渐高，身体不适，到口外小住，效果甚佳。建行宫来避暑是其用意之一，另外的重要意义突出在政治方面。每年1 次的秋弥，规模盛大，成千上万的人马，长途行军，往返食用物资需要行宫，中途停歇食住储存。热河行宫的建立又是清政府联络蒙古各部及巩固北部边防的一项策略。蒙古王公未出痘者，除扈从皇帝行围而外，还要在行宫觐见。随着众蒙古的相继来归，觐见者逐渐增多。皇帝每年用差不多半年时间在口外从事政治、军训活动。热河行宫是其招见官吏，接见各民族王公贵族、外国使臣及处理朝政，举行各种政治活动的场地，实际上成为康熙处理民族事务、巩固北部边防的政治中心。
在修建热河行官同时，还在其东、北方山麓地区，修筑了外八庙（自康熙五十二年至乾隆四十五年，先后建成 11 座庙，现存 7 座。
因当时有 8 个办事机构管理这些庙宇，又地处避暑山庄之外，故称外八庙）。
康熙并不热衷于修庙宇，外八庙的修建完全是为了满足宗教来团结内外蒙古、青海、新疆、西藏等地少数民族的需要，绝大多数是清王朝在解决北部、西北部边疆和西藏的历史问题，为了供来承德朝见清帝的各少数民族王公贵族观望及从事宗教活动而建造的。
其建筑艺术具有强烈的民族风采。如溥仁寺、溥善寺（俗称喇嘛寺），是康熙在五十二年（1713），前来庆祝皇帝 60 大寿的蒙古王公的要求而修建的。
第二年告成，康熙撰《溥仁寺碑记》，申明建寺原委及题额“溥仁”之真谛。
乾隆体会皇祖的目的，继续修筑九座寺庙。其中普宁寺，是为纪念平定准噶尔达瓦齐，在避暑山庄大宴封赏厄鲁特蒙古四部，根据西藏三摩耶庙模式而建；安远庙是维吾尔族式建筑，模仿新疆伊犁固尔扎庙格式修建。普乐寺是平定新疆后，为迎接本地各族来承德朝见所筑。普陀宗乘庙，仿西藏布达拉宫修建。只有弥福寿庙，为六世班禅到承德替乾隆祝寿，仿其在日喀则所居扎什伦布寺所建，俗称“班禅行宫”。
外八庙很容易使人想起蒙古、新疆和西藏地区，各族上层人士到承德，自然产生一种亲切之感。这些寺庙建筑也进一步突出了承德避暑山庄的政治意义，它们是清政府实现对边疆各民族的管辖建成统一多民族中华大国的象征。
