袁世凯平定的朝鲜“甲申政变”有重大意义，打退了日本的渗透势力，粉碎了日本趁中法战争之际谋取朝鲜的企图，推迟了中日战争爆发的时间。袁世凯也因这一事件受到李鸿章等人的重视，他遂被封为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣”，位同三品道员，左右朝鲜政局，俨然朝鲜的太上皇。
1884年，吴长庆辞世。26岁的袁世凯取代吴长庆成为大清国驻朝鲜总理交涉通商事宜的全权代表。
甲午战争爆发前夕，袁世凯化装成平民从仁川回国。当时，国内正在酝酿成立一支新军。在此之前，大清最成气候的私有军队是曾国藩的湘军。正是湘军的浴血奋战，平息了太平天国运动。曾国藩平息太平军之后，唯恐功高震主，把自己的军队疏散给了李鸿章和张之洞。湘军、淮军、毅军战斗力急速下滑，甲午一战全线溃败。朝廷决定再建一支新军，着手准备在小站编练新军。
李鸿章对袁世凯颇为赏识，时任直隶总督北洋大臣的荣禄，也相当欣赏袁世凯。最终袁世凯PK掉广西按察使胡燏芬负责小站编练新军。
在治理军队上，袁世凯绝对有一手。他治军严厉绝不手软，连自己的马夫都因为犯错被他斩了，主将吴长庆的厨师他都敢杀。至日本人侵朝时，袁的部队力敌日军，战斗力远高出当时普通的中国军队。
新军编练，朝廷要钱给钱要政策给政策，枪炮足量供应。袁世凯带兵也确实有一手。作为从底层爬上来的官僚，对军队恶习是相当熟悉，所以每次发饷都亲自监督营官。袁世凯深知一盘散沙的军队到战场，除了给对手平添胜率和经验值之外毫无作用，于是在军营里特别强调士兵的绝对服从意识。袁世凯老谋深算，刻意培养个人势力。有一次袁视察士兵操练的时候赶上下雨，手下赶紧给领导撑伞，被袁喝退。即使后来袁世凯被开缺回原籍，全国上下也依然只有他能调动北洋军。
从中国军队近代化的角度来看，袁世凯小站练兵为中国培养了一大批近代新军事人才和将领，加速了旧军队的淘汰。袁世凯编练的新军，在军制、兵种、官兵的要求、训练与考核、奖惩、军事教育、军纪等方面，都同以往的军队不同，标志着中国陆军近代化的开始。袁世凯及其新军在近现代军事史上的影响和历史地位不能否认。
任临时大总统，留窃国之名
1908年11月光绪帝和慈禧太后相继病死，年幼的溥仪继位，改元“宣统”，其父载沣为摄政王。载沣因为反对袁世凯的很多新政措施，更因为戊戌政变一事（他怀疑袁世凯出卖维新派，致使光绪被慈禧太后幽禁至死），对袁世凯非常痛恨，成为摄政王后立即解除袁世凯的官职，当时袁世凯自己也提出有脚病，需要回乡治疗，于是返回河南，最初隐居于辉县，后转至安阳。袁世凯并没有真的养病，他走的是韬光养晦的路子，暗地里仍关心政事，等待时机复出。
1911年10月10日武昌起义爆发。清朝统治者面临着前所未有的压力。此时是朝廷最需要人的时候。内忧外患之际，朝中有人跟皇上建议，此时必须请袁世凯出来了，新军没有袁世凯不行，除了他谁也不好使。朝廷派人三番五次地请，终于把袁世凯请了出来。1911年11月1日清廷宣布解散皇族内阁，任命袁世凯为内阁总理大臣。11月13日袁世凯抵达京师，16日组织新内阁。
10月14日，朝廷下诏，命袁世凯任湖广总督，节制诸军，平息叛乱。10月25日，袁命段祺瑞、冯国璋奔赴前线。革命军遇上北洋新军，被一通儿修理。段祺瑞非常明白袁世凯的用意，很巧妙地把革命军吓消停了，便隔岸观火起来。而冯国璋却不明就里，拼死卖命。至11月27日，军队已经攻克汉口汉阳，武昌唾手可得。袁世凯生怕失去革命军这个最重要的筹码，急电令冯国璋停止作战。袁世凯拦住冯国璋后，转身又跟朝廷说：军费用完了，给钱，不给钱这仗没法打！这下龙椅上的孤儿寡母可傻眼了。这期间朝廷里有一帮主战的大臣们不断非议袁世凯平反不力，袁世凯心眼一动，干脆上折子动员这些个王公大臣们凑军费。一牵涉到自己的核心利益，这帮叽叽喳喳的老头子们全老实了。
可以说，当时中华之内，能够驱逐鞑虏的，唯有袁世凯一人。早在1911年11月8日，被糊里糊涂推选为“大元帅”的黎元洪就写信给袁世凯，推举袁为大总统，袁见信笑而不语。12月2日，各省代表商议，如袁反正，则公推为大总统，袁继续笑而不语。12月9日，黄兴复电，表示如袁投奔革命，举为总统。12月29日，孙中山被选为临时大总统，随即电联袁世凯，强调自己“临时”的身份，随时准备让位。
1912年1月1日，孙就任临时大总统，再次强调，清帝退位即解职。孙与袁之间，颇有点儿当年刘邦与项羽约定的“先入关者王之”的意味。孙这个先入关者，实力不如人，尽管心里一百二十个不乐意，也只能拱手将王位让与袁世凯。
由此可见，窃国之罪安在袁世凯头上的确是有点儿冤枉他了。形势到这个份儿上已经很明显了，两边的命运全掌握在袁世凯手里。而袁世凯倒向革命党人，也在意料之中。
袁世凯一边给寡妇隆裕做自动退位的工作，一边又暗令冯国璋部兵变威逼，就连态度最强硬的良弼和溥伟也乖乖闭嘴，举双手支持共和。
1月25日，袁世凯及各北洋将领通电支持共和。2月12日，袁世凯逼清帝逊位，隆裕太后接受优待条件，清朝对中国的统治宣告结束。2000多年的帝制，就这样被袁世凯和平终结了。如果不是袁世凯，换作第二个人，燕赵之地，或许免不了一场刀光剑影、血流成河。
2月15日，南京参议院正式选举袁世凯为临时大总统。袁世凯就任后第二天，孙中山就颁布了《中华民国临时约法》，正式确立了责任内阁的政府组织原则。
3月13日，袁任命唐绍仪为内阁总理。3月29日，组阁完成。4月1日，孙中山在南京解职。至此，经过短暂的混乱，新朝初建，南北统一。
无论怎么看，袁当这个临时大总统都算不得窃国。乱世江山，有力者居之。辛亥革命后，天下未稳，能够占据河山的本来就是袁，而非孙。倘若袁世凯逼退清廷后，执意全灭革命党，不肯接受中华民国这一称谓，恐怕民国在历史上也就是个短暂存在的地方割据政权。如此一来，遭苦的还是天下苍生。袁世凯接受民国的称谓，放弃做开国国父。不论怎样讲，数万生灵免于涂炭。只因他接受了孙、黄所立的法统，便谤他窃国，未免有失公允。
被迫接受《二十一条》，袁世凯背负卖国罪名
袁世凯一生最受后人诟病的有两大罪状：窃国称帝，签订《二十一条》。但纵观袁世凯一生，最痛恨的国家当数日本。
“一战”结束，占了胶东的日本不甘扼守一隅，1915年1月18日，正式向袁世凯政府提出《二十一条》。
对照天津市历史档案馆现存的袁世凯对《二十一条》说帖的朱批原件，可以发现很多“字斟句酌”和“讨价还价”，如日本政府提出的有关东部内蒙古借款、课税、开埠、合办农工业等方面的要求，袁世凯批“办不到”；有关日本臣民在满洲可租赁或购买土地，袁圏出“或购买”三字，批“购买有碍完全领土”。最后，他写道：“各条内多有干涉内政侵犯主权之处，实难同意。”
当时留学美国的胡适说：“吾国此次对日交涉。可谓知己知彼，既知持重，又能有所不挠，能柔也能刚，此乃历来外交史所未见。”
20世纪30年代初，史家陈恭禄在其《中国近代史》中点评此事：“何可厚非。”民国著名记者陶菊隐虽对袁世凯评价不高，但在《袁世凯传》中说：“外界传说他与日本人订立《二十一条》另有密约，实在是没有这回事情。”
袁世凯被迫在《二十一条》上签字后，好多天神志为之不宁。他让丁佛言撰写了一本书，叫《中日交涉失败史》，印了5万册，密存山东模范监狱。他常对左右说：“勾践不忘会稽之耻，最后终于打败了吴国；那些咄咄逼人的人终有肉袒牵羊之一日，到那时，此书就可以问世了。”
纵观《二十一条》签订的整个过程中，日本的威逼利诱并非没有对袁世凯产生一点儿效果；但若因此就判定袁世凯签订《二十一条》不但卖国还为日本支持他做皇帝就太不客观了。在当时实力悬殊的情况下，逞一时之勇并非明智之举，而袁世凯也并没有像宣传中所称的全盘接受《二十一条》；至于在谈判中所做的巨大牺牲和让步，实属委曲求全的屈辱外交而非卖国。
我们并非有意为袁世凯等人喊冤抱屈，乃历史评判须以事实为基础，如果仅从忠奸之价值判断，难免脱离事实之真相，对历史人物也是不公道的。骆宝善先生曾说：“中国，包括世界上任何一个落后国家和民族的政治势力，想要在本国实现自己的政治目标，都要依靠外国的力量，不管打什么样的旗号。在寻求政治上、经济上支持的时候，只能拿国家主权、国家利益做交易。”在这一点上，袁世凯自然有其不对之处，但若说其是“卖国”就言过其实了。
黄粱帝梦，一代枭雄留千古骂名
1913年2月，依据临时约法，中国历史上第一次国会选举如期举行。国民党所得议席最多，按约法精神应由该党理事长宋教仁出任内阁总理。3月20日，宋教仁却在上海遇刺身亡，全国大哗。革命元勋孙文、黄兴等指袁氏授意暗杀，袁世凯则予以否认；当时之证据指向时任国务总理赵秉钧涉嫌教唆杀人，而宋案凶手武士英则是共进社成员，属国民党阵营。宋教仁案成为历史之谜。
当年7月，孙文组织了中华革命党，发动二次革命，武力讨伐袁世凯，遭到失败。二次革命开创了民国武力解决争端的先例，也开创了民国军阀混战的局面。10月6日，国会选举袁世凯为第一任大总统，袁世凯随即于北京故宫太和殿就职。
11月4日，袁世凯下令解散中国国民党，并收缴国民党议员证书。国会因人数不足而无法开会。1914年1月，袁世凯悍然下令解散国会。袁坚持“人民滥用民主自由、人民政治认识尚在幼稚时代”，废止中华民国临时约法，于5月正式推出新的《袁氏记法》，改内阁制为总统制。之后再修改总统选举法，总统任期10年，任届没有限制，可指定3个新总统候选人。
1915年（中华民国四年）1月，袁世凯以大总统令公布《颁定教育要旨》，大力发展教育，同时公布《权度法施行细则》，开始施行度量衡标准。
袁世凯自从当上正式大总统，并操办出一个完全听命于他的国会后，便积极着手准备称帝的事宜。尽管袁世凯在二次革命后当上了正式大总统，实权在握，但经过几年议会政治的折磨，他发觉这大总统跟皇帝还是不一样的。而在他犹豫不决是否要做皇帝的时候，一连串的机缘巧合又逐步把他引到了这条不归路上。
1915年11月20日，国民代表大会以绝对多数票批准了君主制。12月11日，各省代表假民意请求袁就任中华帝国皇帝，袁以无德无能婉拒。12月12日，他“不情愿”地同意了代表们的第二次请求，即中华帝国皇帝位，年号洪宪。13日，他下令1916年新朝开启，名为“洪宪元年”。当时激烈反对称帝的仅限于精英阶层，全国至少百分之九十以上的人是不反对袁世凯称帝的。
在袁世凯复辟闹剧中，最令人捧腹的莫过于“太子”袁克定伪造《顺天时报》来蒙骗老头子一事。《顺天时报》是袁世凯每天都要读的，因为这份报纸不仅发行量大，而且是日本人在天津所办的汉文报纸（从中可以看出日本政府的动向），而当时袁世凯对日本的态度是最为敏感的。“知子莫若父”，反之亦然，袁克定为了促成老头子称帝以圆自己的“太子梦”，竟然不惜伪造了一份专门刊登一些鼓吹帝制、拥护袁大总统做皇帝之类的假消息，并每天偷梁换柱地送给袁世凯看，这就不得不说是一桩奇谈了。最终事情败露，袁世凯用皮鞭差点儿把袁克定打死，骂他“欺父误国”。
袁克定虽然在紧要关头失去了老头子的信任，不过他还有一个撒手锏，那就是令袁世凯挥之不去的“家族魔咒”。这事说来也蹊跷得很，在袁世凯家族中，外出做官的从没有活过60岁的，如袁甲三、袁保恒、袁保龄、袁保庆，乃至袁世凯自己的父亲袁保中，也系壮年而终。
由此，60岁这道大关也就成为压在袁世凯心中长久的梦魇，挥之不去，而从民国建立后开始，袁世凯的身体每况愈下，这更令他疑神疑鬼。在年届60的大限即将来临时，袁克定一再进言，宣称“只有称帝才能突破这一魔咒”，这就不能不对袁世凯产生强大的吸引力了。要说起来，袁世凯在那个时代也是迷信的人，称帝一事若全怪在袁克定身上，也不公道。
孙中山、梁启超等人坚决反对帝制，北洋将领段祺瑞、冯国璋等也深为不满，段祺瑞致电袁世凯：“恢复国会，退位自全。”12月25日，蔡锷、唐继尧等在云南宣布起义，发动护国战争，讨伐袁世凯。贵州、广西相继响应。
3月，称帝83天的袁世凯被迫宣布退位，恢复“中华民国”年号，起用段祺瑞为国务卿兼陆军总长，企图依靠段团结北洋势力，压制南方起义力量，但起义各省并没有停止军事行动。
平心而论，袁世凯称帝，并不只是他自己的想法，背后还是有很多的力量在撮合和鼓动他。阎锡山在回忆录里就细致分析过当时鼓动袁世凯称帝的五种人：一是长子袁克定太想通过立太子而承大统；二是清廷的旧官僚，意在封公封侯；三是清朝的亲臣，意在促袁失败，好复辟；四是副总统黎元洪的羽翼，意在陷袁于不义，使黎能够继任总统；五是日、英、俄三国，意在促中国于分崩离析，使之永陷贫弱落后之境地，以保持它们在中国的利益。阎锡山对拥帝派朋友说过：“你们这是要把大总统往炉火里推。”
