晚年专门从事书法研究，系统深入地研究了著名法帖。从实践中领会到“非宋拓初本无从得其笔法，故不如碑之易得也。”因此，他“每临帖以碑笔求之，辄十得八九”。这与其青少年时代有坚实的基础，深刻了解各种书法、派别的用笔、结体、布白的特点是分不开的。正因为如此，他能高屋见瓴，顺流而下，知各派源流、师承关系，易得各派神采笔法。对中国三千年书法源流、派别瞭然心目而笔又能副之，真正写出了中国书法主要流派的特点，取得了中国书学研究的空前成就。“诚非泛泛言能工多年书者可与伦比”。他所临写的各派法帖及其源流的论述得到吴昌硕、曾熙、沈增植、胡思敬、陆恹等许多学者、大师的高度评价。以吴昌硕的评价为例，当吴昌硕看到李瑞清所书，大警曰：“先生人品忠直，吾知之；先生朴学嗜古，吾知之；先生精篆、隶、彝器、砖瓦文字，旁通六法，举世共知，不特吾知也。至先生证阁帖之源流，辨狂草之正变，此吾不知而世亦罕知。是册取势离奇，结体朴茂，其用笔甚生而得神甚活，此岂皮毛从事于斯者所能仿佛耶。予与先生朝夕奉手而不能尽知先生如此。”该书20世纪初曾多次再版发行，深受欢迎。
李瑞清所创学派，不仅有理论，而且有方法，有具体的学习途径，其后学者如李健、胡小石、张大千、凌云超、魏乐唐、张隆延、李希仁、李振兴等，都能从篆书入手，顺流而下，掌握书法源流、特点，书写各体。尤其李健、胡小石、张大千被世之评论为是李瑞清三大高足，这一学派的全面继承人则是李建。李瑞清对中国书法的发展作出了重要贡献，对国内外的影响至今犹存。
李瑞清自小善书，下笔坚实，博通兼善。他少习北碑，工于大篆、两汉碑碣，心摹手追，能以篆籀之意行于北碑，自成面目。他的书法兼备众体，篆录行楷无所不能，传世者以北魏碑体为时所称。在《自叙》里，李瑞清写道：“余幼习训诂，钻研六书，考览鼎彝，喜其瑰伟，遂习大篆，随笔诘屈，未能婉通。长学两汉碑碣，差解平直，年二十六习今隶，博综六朝，既乏师承，但恁意拟，笔性沈脚，心与手忤，每临一碑，步趋恐失，桎梏于规矩，缚绁于毡墨，指爪摧折，忘其疲劳。光绪甲辰，看云黄山，观澜沧海，忽有所悟，未能覃思锐精以竟所学，每自叹也！”非怪后人评价时，有“（瑞清）书法，博综汉魏六朝，上追周秦三代，各体皆备，尤工大篆今隶，然又‘一波三折’，自成一体之誉”。故求字画者接踵盈门，连日本人也风闻渡海，追相求救，并争购他的作品。
柳肇嘉《清道人传》云：“（瑞清）家贫，仰食者众，鬻书沪上自给，求者如市，然非其人，虽千金不可得。……尝以学书从篆，始诏门人。间临魏晋以来法贴，别诸家源流正变，如班书之有《艺文志》。……山水法清湘、八大山人。花卉写南田，画佛尤妙，流传绝妙。盖先生以篆作画，以画作篆，合书画一炉而治之。”蒋国榜《临川李文洁公传略》亦云：“公于书无所不通，喜以新意释《说文》；文学《庄子》、太史公；诗摹汉魏；金石考据，书画鉴别，莫不精致。”
李瑞清的书法，秀者如妖娆美女，婀娜多姿；壮者如勇士横槊，锐不可当，一时为世所称。在书界，瑞清与曾熙（农髯）知交最深。瑞清宗北法（被称为“北派之杰”），熙宗南法，时有“南曾北李”之称。曾熙评李瑞清书法曰：“李仲子于古今书无不学，学无不肖，且无不工，其所以过人者，能以隶法穷古人荒寒之境，古之所谓拙也，乃吾仲子之工也。此其所以过人也，若大俯仰信屈，神明内运，手无工拙，目无古今，此固髯所不多让者也。独仲子为篆，则以神遇而不以形遇，其伸也若蹲，其仰也若垂，其抱也若背而驰，其激发也，若执圭升堂，雍和而有节，其谲而变也，若海怒兵严，而莫测其蕴也。静而观之，宗庙之上，俎豆之旁，钦钦乎其容也，是殆陶铸文、武而糟糠秦、汉也。”
李瑞清的画初学梅道人、黄山樵，后学倪云林，晚年师法龚半千、八大山人（朱耷）、大涤子（石涛）等人。李瑞清十分欣赏南宋江西画家杨无咎的高尚品节（不与秦桧等人为伍）和冰枝铁干的梅花（画卷），深受启迪，故作品自具冷峻坚毅的特色。李瑞清对国画技法造诣极深。他善作山水、人物，极为工细。他泼墨山水，但见“参天黛色横斑斓”；他命笔画松，但见“涛声浩浩翻秋空，破壁飞动来真龙。云从龙兮龙化松，时云时雨青濛濛。画此者谁临川李，玉梅花庵清道士”。真是个“笔力所到神吸嘘”，无怪乎一代国画大师吴昌硕对此赞赏备至。同时代的大词人夏敬观也咏道：“梅庵作书技称绝，点画直造古人拙。有时画水还画松，墨花着纸磨不灭。”瑞清的山水轴，不以气势胜。画瀑布下泻，静穆而有韵趣，在画派中别具风格。晚年偶画木石，遒劲超逸。
李瑞清既是一位诗、书、画全才的杰出艺术家，又是很有造诣的书法理论家。在书艺源流的探讨上，他有不少独特的见解。李瑞清的书艺特色，特别是发展篆书艺术，以及他的书学见解和对书艺渊源的考订，都是值得重视的。不论在书风和书艺研究上，他都开创了一大流派。传李瑞清书风之神的是他的学生胡小石、张大千和侄儿李健等，其书学理论的传人是胡小石。
在《清道人遗集》、《清道人遗集佚稿》中，李瑞清辑有许多谈书论文的文章。在他的故乡临川，亦保存有梅庵论书法的书信。
1919年8月的一天，李瑞清由南城视学路过临川，夜宿硝磺局，准备次日晨搭船去南昌。当时素爱书法的临川学人何砚青，尤嗜颜体，闻李瑞清至，漏夜往拜求教，但值宾客满堂，无容身之地，乃匆匆辑辞。李瑞清尾送至门，说“你明晨再来。”次日清晨，何砚青再往。守门者说：“道人五更舟行，留书一封，嘱交先生亲收。”何砚青打开胀鼓鼓的信袋，只见信上写着：垂询学书之法。书学虽小道，贫道习之凡四十年，以笔性沉槌，而质又弩下，年垂五十，一无所成。吾子学颜书者，今请为吾子言颜书。鲁公初学褚登善（按：褚登善，即褚遂良，河南人，因书法闻名于当时，故后人多称褚河南，王羲之所书《兰亭序》，褚遂良临池可以乱真），后人文殊般若（按：文殊般若，帖名《金刚经》，书者名钟鳐），而悟夏承顿挫（按：夏承的帖名叫《夏承碑》，书者是后汉三国时的蔡邑。顿挫是临夏承碑的一种笔法，顿是指落笔，挫是指起笔），此真迹灼然可寻者也。本朝学颜书者，首推钱南园先生。南国颖悟，从折钗股而屋漏痕（按：折钗股、屋漏痕，都是指临颜书之笔法。如写司令之“司”字，在写第一笔到转折时，必定要像弯折的金钗一样，有肉有骨；屋漏痕，就是折钗股之内面，例如“司”字一笔转折处外面像折钗一样，但内面要有水从屋上漏到地下一样的痕迹显现，使字体美观，这是南园学鲁公的新创造）。故其挥毫苍劲磅礴，气拔山河，无软弱臃肿之弊。何子贞由《黑女》（按：黑女，帖名《黑女痣》）改临鲁公。贞老高人不衫不瘠，无复鲁公严正之概（按：何子贞从《黑女痣》来改变鲁公面貌，弄得很不像，这里李瑞清说他“不衫不瘠”，是指摘他的意思）。书学虽小道，实如其人耳。
李瑞清原信是用十六裁毛边纸书写，字大寸许，雄健优美，既是一篇精湛的书法论文，也是一件书法艺术的珍品。何砚青如获至宝，即请文宝斋裱成折式收藏。抗战胜利后，李瑞清此真迹曾在南昌参加书法展览，观者络绎不绝。解放后，原件存抚州市文化馆作为文物保管，不幸于十年浩劫时蒙难。
作为清末民初的杰出书法家李瑞清，即在当时就享有盛誉。近人马宗霍《霎岳楼笔谈》评曰：“清道人自负在大篆，而得名则在北碑，余独爱其仿宋四家，虽不形似，而神与之合，其行书尤得力于山谷，晚岁参以西陲木简，益臻古茂。然不无矫揉造作之处，世人不求深造，一意颤抖效之，古意全失，遂成诟病。”
至于“北派之杰”的李瑞清的渊博才学和诲人不倦、奖掖后进的人品至今仍是值得称颂的。
李瑞清于1891年举湖南乡试副榜第一，因非湘人，不合惯例而被注销。1893年回赣乡试，1894年联捷成进士。选翰林院庶吉士，后官至学部侍郎，散馆以道员分发江苏。1907年年李瑞清任两江师范学堂监督，总办两江师范，后三署江宁提学使。
作为一代书画艺术家，李瑞清在任职两江师范学堂（即今南京大学前身）监督（校长）期间，敢于首创开设绘画、手工（工艺）等新课程，为我国培养了第一代美工教育人才，这在我国的教育艺术史上，早有定论。由于李瑞清大力倡导美术教育和音乐教育，学生受其影响甚深，门人颇多。从这个专科毕业出来的学生，如张大千、张善孖（大千之兄）、胡小石、吕凤子、姜丹书、经亨颐等，都是他的得意门生。姜丹书和经亨颐后来在杭州创办浙江两级师范，培养了潘天寿、丰子恺、吴梦非、王隐秋等画家；另一些学生又在北京创办北京高等师范学校，培养了李苦禅、俞剑华、王子云、雷圭元等名人。当代著名的绘画艺术大师刘海粟在办上海美专时，国画系就聘潘天寿、张大千等为教授，教书法篆刻的名家则有李健等人。可见，作为祖师爷的李瑞清，无疑是一位传薪度针的艺术教育先驱者，特别对我国美术人才的培养有着卓越的贡献。
李瑞清还是旧中国最早提倡新学，引进西方先进教育思想和教学方法的开拓者。在他主持两江师范学堂期间，为了提倡新学，曾聘请了许多日本籍教师，因此入学的学生一进校门就开始逐步掌握外国语。他教导学生除阅读中国传统的学问经、史、子、集外，还应多浏览自然科学书籍。所以，从两江师范毕业出来的学生的学识也就有别于此前的封建学者，普遍眼界开阔而富于创新。
李瑞清德高望重，蜚声学坛，又有着非常严谨的治学精神。因此他对学生要求也极严，并善于发现人才，孜孜不倦地培养人才。他是学堂监督，但始终坚持亲自执教。一次李瑞清出题测试，题目出自《仪礼》。学生中的胡小石，因家里藏有一部清人张惠言的《仪礼图》，他小时候就爱看这书，这时便根据此书，有条有理地写了一篇文章呈上。当时新学已起，年轻人中已很少有人钻研三《礼》之学了。李瑞清发现学博物的人中竟然有一名年仅弱冠的学生能作有关《仪礼》的文章，大喜过望，遂特加青睐，并亲自授以传统的国学。由此可见，李瑞清对于不断输入的西方文化的精华和中国传统的儒家文化，是兼收并存的。这对于九十多年前的学者和教育家来说，确乎是难能可贵的；对于我们今天如何处理“中”与“西”文化的关系问题，也不无启迪。
李瑞清逝世至今已几十年了。今日文艺界、教育界只知李瑞清是位书法家，却不知在清朝末年，乾嘉诸老严谨的考据方法已从治经、治史、治诸子发展到考订金石文字方面，而李瑞清是其中最精深的突出者。他在主持两江师范期间，就以小学与今文公文羊学的门径方法传授给学生。学生们从李瑞清那里学习鉴定古器物和研究吉金文字等。在李瑞清的悉心培养下，最早的两江师范学堂，除了产生一批书画艺术家之外，于古文字声韵训诂、经、史籍、诸子、佛典道藏、金石书画之学，以至辞赋、诗歌、词曲、小说无所不通的学者也不乏其人。如胡小石，便是其中的佼佼者。
李瑞清办学有一个宗旨，他深感国家贫弱，认为欧、美、日本诸国家之所以强盛，就是由于兴办教育、培养人才的结果，因此，他希望通过办教育以振兴民族、拯救中国。
李瑞清在清王朝被推翻后，更致力于文化艺术人才的培养。他以遗老身份退隐沪上后，生怕他的一些天资过人的学生埋没不闻，遂命几位得意门生至沪留住于家。他一方面教他的子侄辈，一方面亲自加以指点深造。如胡小石，经学治《公羊春秋》，史学治《史记》，精于书法，精于鉴别书画文物，主要得力于这一阶段李瑞清的精心培植。1919年，即李瑞清逝世的前一年，张大千正式拜李瑞清为师，成为他的入室弟子。
李瑞清28岁中进士，30岁即授职江宁提学使兼两江师范学堂监督，可说是少年得志、青云直上了。但李瑞清虽在诗、书、画上名绝一代，个人感情上却屡遭不测。李瑞清的晚年生活多郁郁寡欢，这除了他是一个恪守封建帝制的清朝遗老外，更主要是由于他婚姻上的一再变故。也许这种不幸，更激励着他对书画艺术的执著追求。
还在少年时期，李瑞清的才学、人品就被他父亲的一位好友、湖南常德人余诈馨所看中，遂将自己的爱女聘于李瑞清为妻，谁知这位名门闺秀未婚即夭折。余诈馨继以第六女梅仙嫁李瑞清，不料此女亦红颜薄命，补婚不久便成了黄泉路上之人。余诈馨爱惜李瑞清这位人才胜于自己的女儿，竟置连失二女之痛而不顾，又许以第七女玉仙，但又先于李瑞清而亡。李瑞清遂鳏终身，又更字“梅痴”，以寄托他深沉的哀思和隐痛。在接连遭受这一连串的沉重打击之后，李瑞清痛不欲生，每作诗文痛悼之，并自此以“梅庵”为字。他所作的《春日元配余梅仙墓下作》和《邓尉看梅悼逝》，都是悼念梅仙的。柳肇嘉《清道人传》还记载李瑞清“捷南宫时，夜读中寒，遂致阉疾。或以书画不娶为其三绝嘲之。食量过人，尤喜持螯，因自戏号李百蟹。”
李瑞清一生的大半时间都在江宁（今南京）度过。狄葆贤《平等阁诗话》卷一写道：“君贞固醇笃，礼法自持。即宦游秣陵，频以事过沪相见，温粹朴素，依然儒者，一时人士俭奉为楷模云。”
1911年，李瑞清官署江宁布政使。但就是在这一年的10月，爆发了推翻清朝封建帝制的辛亥革命。当时，驻在南京的新军发动兵变，随即革命军进入南京。江苏都督程德全因见李瑞清在省人望甚高，重礼聘其任顾问，李瑞清坚拒不纳。孑身走上海，着道士装，隐姓埋名，自署“清道人”，以“清之罪臣”自居，在沪靠鬻书画自给。
“骨折心摧泪亦干”，李瑞清终于1920年9月在上海病逝，享年54岁。在长长的送殡行列中，引人注目的是国画大师吴昌硕、书法界南宗首领曾熙和书画界名流王一亭等生前好友；青年时代的张爱（即现代著名国画大师张大千）也以李瑞清入室弟子的身份护灵扶柩，至南京的牛首山安葬。据蒋国榜《临川李文洁公传略》云：“群以公遗爱在江宁，挽葬牛首。曾公（熙）严寒犯冰雪为公卜兆。既葬，复于牛首山雪梅岭罗汉泉旁筑梅花庵以祀公，其高谊不减戴南枝之葬徐俟斋也。”
据说，李瑞清去世前几日，曾为人画松一桢，题云：“我闻郑所翁，画兰不画土。哀哉孤臣心，脉脉向谁语。余亦寥落土，怀罪海滨处。写此老松枝，思之泪如雨。不能化龙飞，后凋何足数。”相传此为李瑞清的诗书画之绝笔。故国旧君之感，可谓至死不忘，此时距清室已亡9年。
李瑞清去世后，已被推翻的清末代皇帝溥仪曾追谥他为“文洁”。他的遗文由侄儿李健等人搜集编成《清道人遗集》四卷（另有《清道人遗集佚稿》）。一卷为文，二卷为古近体诗，三卷为各种题跋，四卷是书画论文与书信。此外尚有《围城记》一卷，记民国军队围攻南京城的情况，虽带偏见，但所记尚属实，可补史料之阙。
瑞清无子嗣，仅有一侄，名健。今抚州市羊城路，原名梅庵路，是以李瑞清的号命名的。梅庵先生曾在这条路上居住过。
