法国天主教中的一些人，在创办震旦时，对中国学生学拉丁文加以讥笑：“中国人如何学得好拉丁文？”可马相伯没有理睬，精选西欧名著为教材，用西塞罗演说为拉丁文课本，在教了四个月后，经过考试，学生们居然写得出，说得出，讥笑的人也不得不暗暗佩服。等学校办出了成效，教会又想夺取学院领导权，改变学校的性质，处处和马相伯为难。
在招生上，教会只愿招收年轻的学生，而马相伯则主张年轻和年长只要诚心求学，程序相当，应一视同仁都要招收。
在教学方面，教会引诱学生专学法文，法国传教士将法文班的课程订得比较完善，而英文班课程订得很差，和马相伯教学安排发生矛盾。教会请外国教师，月俸九百银元，而请中国教师只付月俸50元。1905年初，教会以不派教士来院上课，作为要挟，并向马相伯透露清廷已和法租界捕房联系，准备抓一部分反清学生，马相伯坚决反对，要求教会不要助纣为虐，教会乘机提出要马相伯让出一部分学校管理权作为保全学生的交换条件。马相伯出于无奈，只好让步，教会马上派了南从周神父来震旦主持教务。学校在新学期开学时，新旧生报到上课，各班教授忽然叫学生呈验学费收据，否则不准上课。新生刚到，还不了解，而旧生认为向来催办学费是会计职责，今教授在上课时加以干涉，与学校行政权限冲突，就推举学生代表来见马相伯，想询问原委。马相伯有口难言，闭门卧床，称病不见。闹了几天，最后南从周对学生代表说：“马相伯有病，将到医院治疗，院务由本人代理。”
学生见此情形，极为愤慨，忙开会讨论办法。当场推定沈步洲同学为会议主席，沈步洲致开会辞：“我们来此读书，主要是因为马相伯先生是中国人，热心祖国教育事业，创办震旦学院，只为国家培养人才。目前马先生没有生病，法国教会却命令他住医院，另派法国传教士南从周来院掌握一切，实际上是驱逐马先生，夺取学校领导权。学院原来课程英法文并重，现在取消英文，专习法文，法国天主教的用心十分明白，要使震旦学院变成法国教会掌握的工具。由于马相伯先生是天主教徒，不可能直接与教会争权，目前我们学生唯一办法是退学。”
他讲完后取出信笺两卷，置于讲台两端，一为签留，一为签去，听任学生自己决定。结果132人中有130人签名退学。学生们将退学签名簿送给马相伯看，马相伯老泪纵横，欲泣无声道：“我是天主教徒，为教会所控制，不能自由，我同意你们退学，并将学生所交学费退还你们。”学生们将震旦校牌摘下，收拾图书、标本和各人的行李物品，一起带出学院。徐汇天文台内一座新建的宿舍楼因无法搬走，只好无偿送给教会了。马相伯也暂住进医院，一所声誉日著的震旦学院从此停办。震旦学院散学后，过了几天即由沪学会推马相伯为会长，并召集离校学生，商议复校。学生们推定叶仲裕、于右任、邵力子、王侃叔、沈步洲、张轶欧等七人为干事，协助马相伯共同办理复校事宜。便租定爱文义路（今北京西路）某宅为临时联系地点。学生们就用震旦学校校名牌，所添的校具、图书、标本等物品存放该处。震旦学院散学后，社会各界人士深表同情，但因震旦学生中有不少是知名的反清志士，为满清政府所通缉，因而不敢公开支持。在办学经费和师资都告缺的情况下，马相伯向各方告急。其时，周馥任两江总督、南洋大臣，马相伯与他有旧交，即向他借当时空着的吴淞镇台衙门作为学校，并要求帮助些复校经费。周馥除拨镇台公署为临时校址，发一万两银子为学校开办临时经费，又拨交淞营地70亩为建校舍基地。马相伯又聘请社会名流严复、曾铸、萨镇冰、熊季廉、袁观澜、狄葆贤等28人为校董，并发表《复旦公学募捐公启》，向社会广集基金，得到响应。徐家汇天主教耶稣会得知后，从中作梗，他们利用马相伯捐献的家产，盗用震旦学院名称，于5月份向《时报》洽登广告，宣称徐家汇震旦学院定期招生开学。《时报》馆负责人狄葆贤是马相伯聘请的校董之一，便将此事告诉马相伯。
1905年5月27日《时报》第一页上，同时刊出两张广告。一张是徐家汇天主教堂刊登的《徐家汇震旦学院广告》：“震旦学院因学生误会意旨解散，而本堂及各教员于中国教育之前途，热心未懈，即院中书籍、标本等一切无恙。现拟商订学课规则，定期招考学生，于七八月间开办，先此广告。”另一张广告为《前震旦学院全体干事、中国教员、全体学生告白》“震旦解散后，一应器具暨书籍标本早经迁出，与教会毫无纠葛。旧时院名，久已消灭，此后倘有旧基重行建设者，无论袭用旧名与否，与旧时震旦殆毫无关。现暂借吴淞提辕，定于七月下旬开学，更名为复旦公学。”1905年8月中秋节，复旦公学在马相伯、严复、熊季廉、袁观澜先生和全体学生的努力下，终于在吴淞正式开学。马相伯为校长，由同学叶仲裕、于右任、邵力子等分管学校行政，仍和震旦一样实行学生自治制度。初创时，全校临时校舍，只有20多间旧屋，既作礼堂，又作饭厅，还要作大教室，教师都住在上海，每天大清早乘淞沪小火车赶到学校上课。马相伯以68岁高龄，仍自告奋勇，担任法文教授，口讲指划，不以为苦。并设演说学，作为文科的必修课，还定规则，星期日上午，学生不准外出，由他拟定演说题目，命学生轮流练习演说。以后复旦毕业生有许多政治家、演说家，这和马相伯提倡演说有关。
1917年，复旦公学改名为复旦大学。此后，法国天主教耶稣会，仍然袭用震旦旧名办起学校，由华籍传教士李问渔担任教务长。1907年10月8日，逢孔子诞辰，学生们准备举行谒圣礼，为天主教神父所阻，晚上学生在宿舍悬灯庆祝，灯上写了“大哉孔子”四个字。李问渔见了十分恼火，指责学生不该写这四个字，定要揭去。学生们对此置之不理。李问渔就命校工强行把灯除去。第二天，学生们罢课以示抗议，双方相持不下，校方蛮横开除了几个为首学生。同学们更为愤怒，继1905年而再次发生学潮，全院五班学生又全部散学离校。1905年秋，清延为挽救其政治危机，派五大臣出国考察宪政。1906年7月，慈禧下诏准备“仿行立宪”，两江总督周馥聘马相伯到南京，讲演君主民主政制的得失及宪法精神。马相伯就辞去复旦校长职务，由严复继任。为处理留日学生发生的学潮，1906年马相伯第三次奉命东渡。他向留学生们演说，说得非常恳切，听的人都很感动，学潮逐渐平息。在演说中有“爱国不忘读书，读书不忘爱国！”梁启超作了许多记录。张之洞看了大加赞赏，认为马相伯是中国第一演说家。此时，梁启超在日本组织政闻社，宣称致力于提高国民素质，推动立宪政治，因康有为、梁启超不能出面，请马相伯担任该社总务长（相当干事长）。
马相伯赴日本东京、横滨等地，出席政闻社会员大会。1907年正月，政闻社本部从日本东京迁往上海，7月，清廷下令查禁全国各地政闻社。此时，于右任、杨笃生、叶仲裕等在上海创办《神州日报》，马相伯为其题词：“以热心毅力鼓舞国民，恢复我们神州二万余里之权利，完成我神州四百兆同胞之责任，扫除三代以降小康之事业，而跻斯世于大同之景远。”马相伯东渡日本三年之间，复旦公学几度易人，严复、夏剑丞、高梦旦相继担任校长，马相伯虽为国事奔走，但对学校却时时关心过问。
1909年，高梦旦辞职，校董会认为马相伯是学校创办人，现已由日本回国，仍请他担任校长，在他继任后，请于右任来校教授国学。当时于右任从事新闻事业，鼓吹革命，遭当局之忌，所办《民呼》、《民吁》各报相继被封，而马相伯却请于右任来校任教。辛亥革命爆发，为避战火，马相伯率全校师生避走无锡，暂借李鸿章祠堂继续上课。上海光复后，他又把学校搬回，因原吴淞校址已为光复军司令部借用，清政府已倒台，经费停发，学校历年来聚集起来的标本、仪器同时被毁，学校只能暂停办。
1912年春，马相伯向孙中山求援，经孙中山批准和庄蕴宽、陈英士都督协助，拨给徐家汇李公祠为校舍，并由南京临时政府拨给经费万元。学校继续开学，马相伯兴奋地说：“我十年来所梦想共和政府下的学校，今天终于如愿以偿了。”李鸿章之子李伯行却向马相伯大发脾气：“马公，您说什么不该强占李公祠。”马相伯很率直地对他说：“并不是我强占，而是政府拨下的，不过我可嘱咐学校对祠中纪念碑记、塑像等不动丝毫，一律保存。”学校光复后，校址和经费已解决了，马相伯应邀去南京临时政府任职，仍兼复旦校长，并聘请孙中山为校董，孙中山手书“努力前程”送给复旦师生，以资鼓励。1913年，马相伯应教育总长蔡元培邀请北上，担任北京大学校长，不久被袁世凯总统府聘为高等顾问，就辞去北大校长。马相伯在京四年多，历任参政院参政，参议院参议，平政院平政都是当时袁府的花架子，名高而无实的职位。马相伯曾和英敛之发起成立辅仁学社，在西山讲授诸子百家之学，这就是辅仁大学的前身。后来大学办成，英敛之请马相伯担任校长，他因年老体衰，但对辅仁大学还是极力襄助，又赞助英敛之妹妹在北京创办了培根女校。马相伯本想为国做点事，和章太炎（总统府最高顾问）及梁启超（袁府部长）发起组织“函夏考文苑”，袁世凯虽然批准了但并不真心要办，仅敷衍一下而已，经费和地方拖延未决，终未办成。
