指挥自动化（C3I）系统对抗中的电子对抗，是C3I系统对抗的重要方面。C3I系统中的电子战系统几乎包含了电子战技术领域的方方面面，如雷达、光电子通信、导航、敌我识别等。因此，C3I系统中的电子战包括了上述方面的电子对抗，除了武器平台自卫性的电子战系统要参战外，独立的电子战平台也要参战。高科技的电子技术与武器装备相结合的对抗，使现代战争充满了神奇的魔力。电子对抗在部队指挥自动化系统对抗中发挥着越来越重要的作用。
近期局部战争证明，高技术条件下的作战，无论作战行动的规模和样式如何，往往都把组织电子对抗摆在首位，并贯穿作战的全过程。1986年4月，在对利比亚的“黄金峡谷”的行动中，美军先使用其空军的E—111和海军的EA—6B电子战飞机，对利比亚防空及指挥控制系统实施强烈的电子干扰压制的同时，对地攻击机机群的雷达红外瞄准器也紧张地工作着。就在利比亚防空导弹制导雷达开机的瞬间，攻击机便立即投放大量“百舌鸟”和“哈姆”高速反雷达导弹。同时，重达900多千克的“石眼”激光制导炸弹也像长了眼睛一样飞向目标。在短时间内，利比亚便有5座雷达站被摧毁。随后第二攻击波又在电子战飞机的电子掩护和空中预警机的指挥协调下，对包括卡扎菲指挥部和住所在内的5个目标进行了轰炸。
总共才30分钟的空袭，利比亚就伤亡700余人，8架飞机被炸毁，而美国只损失了1架飞机。
历时42天的海湾战争，“电子战”更是大显神威：战争爆发前，美军就利用卫星、侦察飞机等各种电子侦察手段，昼夜不停地对伊拉克的各种通信手段进行侦察，获得了大量宝贵的情报。战争之初，多国部队对伊拉克实施空袭的前一天，就综合运用多种电子干扰手段，使伊军雷达迷盲、制导失控、通信中断、指挥瘫痪，变成了又瞎、又聋、又瘫的武器巨人，致使伊军遭受空袭40分钟后，还未能做出有效的反应。战争期间，美军继续对伊军的通信系统进行强有力的干扰，使伊整个通信中断。因而伊军最高指挥官的萨达姆不清楚自己的军队在什么地方，更谈不上精心指挥；伊军各部队不仅不知道敌人在哪里，连友军和上级的情况也搞不清楚，只好各自为战，伊拉克陷入一片混乱之中。
从中可以看出电子战在未来作战中的地位与作用。因此，应将电子对抗系统融合到我军指挥自动化系统的建设和使用中。平时，要有针对性地组织围绕夺取制电磁权的演练，以提高指挥系统在电子对抗条件下的生存能力。
