李宝入朝留京后，敦煌废郡置敦煌镇，所辖晋昌戍、酒泉军、乐涫戍、张掖军等。这是北魏政权平定西域，大败柔然，统一北方后，经营西域、阻截柔然西部势力、巩固边疆的一个较大的举措当时的敦煌镇，大致相当于西汉时期敦煌、酒泉二郡的地域。从敦煌及河西走廊西北部的历史来看，以“敦煌”命名的州郡、军镇，北魏时敦煌镇为最广大，而且镇守敦煌地区官吏的品秩也较高，不仅有大将、镇将的名号，还有敦煌镇都大将的品号，如“敦煌镇都大将穆亮”、“敦煌镇都大将阎提”等，可见当时北魏政权认为敦煌及河西西北部地区所处的地理位置和历史地位是非常重要的。
拓跋氏由比较落后的民族进入各地后，虽然迅速向封建社会飞跃，但其统治和剥削都很苛暴，必然激起各族人民的反抗。在河西地区境内民族矛盾和阶级矛盾也都很尖锐。太宗永兴五年(公元413年），河西胡曹龙、张大头等，各拥部众二万人起义；神瓮三年(公元430年），河西敕勒千余家“叛走”，被残杀，后又有万余落“叛走”，也被残杀；太平真君六年(公元445年），酒泉公郝温起义，杀守将王幡关中盖吴起义失败后，安定卢水胡刘超，又聚众万余人起义，次年即太平真君八年(公元447年），吐京胡和山胡曹什浑等又接连起兵反抗。结果虽然失败，北魏统治者却怀疑到北凉降王沮渠牧键与之有关，因为盖吴、刘超和沮渠牧犍都属于卢水胡。牧犍降魏至此，已经八年，但在这年三月，却追究到八年前投降时敦煌府库被盗劫事件，将徂渠牧犍处死了。
北魏孝文帝时，柔然称霸于西域各地。柔然又译作蠕蠕、芮芮、茹茹，原是鲜卑族的一支，受拓跋部统治。4世纪末，首领社仑称可汗时，柔然地域广大，东到朝鲜，西包括焉耆以北地区，而以敦煌、张掖以北地区为中心。到5世纪60年代，柔然贵族对西域开始大规模进攻，他们多次跨越长城，以数万之骑威逼敦煌。虽然每次进犯，都被先后驻守敦煌的镇将尉眷、尉多侯、乐洛生相继击退，但战争也给敦煌及附近地区带来了严重的灾难。为此，当时尚书省给皇帝建议认为：敦煌地处僻远，而且夹于吐谷浑和柔然国的中间，终究难以自保，为此主张把敦煌并入迁徙凉州，放弃敦煌。独有给事中韩秀认为此举不可，他认为广敦煌之立，其来已久……一旦废罢，则关右荒忧、烽警不息、边役繁兴、艰难方甚”。经过反复争论和斗争，最终朝廷采纳了韩秀的意见，西域门户敦煌得以保全。
太和九年(公元485年），北魏孝文帝经过一系列的改革，遂决定加强敦煌的守备，将敦煌镇升格置都大将，特调派长乐王秦州剌史穆亮为敦煌镇都大将。并于同年以敦煌为军事、粮草后备基地，积极配合西域高车部对柔然的进攻。
公元487年，柔然败于高车，第二年柔然伊吾戍主高羔子以城降魏。490年高车杀柔然高昌王阚首归，另立敦煌人张孟明为高昌王，并遣使入魏。至此，敦煌地区得到了较前进一步的巩固和稳定，进入了一个暂时的安宁阶段。这对于当时及以后的中西交通及敦煌政治、经济，特别是文化的发展具有重要的意义，尤其是使敦煌地区怫教文化得到了迅速的发展。
北魏孝昌中(公元525527年），敦煌罢镇置瓜州。当时瓜州下属郡县有：敦煌、酒泉、玉门、长乐、会稽、效谷、寿昌7郡；敦煌、鸣沙、平康、东乡、阳关、效谷、寿昌、冥安、新乡、伊吾、常乐、宜禾、广至、凉兴等14县。首任瓜州剌史是北魏宗室明元帝四世孙东阳王元荣。在元荣任职的20多年里，进一步兴建莫高窟石窟，广撰佛经，发展了莫高窟艺术，推动了宗教事业的发展。
（第六节）西魏北周时期敦煌地区历史状况
北魏末年的各地人民起义，动摇了北魏政权的基础，北魏大权转入镇压起义的尔朱荣手中。经过几年的权力争夺战，永熙三年(公元534年），元修不胜高欢的独断凌逼，入关投靠宇文泰。高欢另立清河王亶之子元善为帝，这就是孝静帝，于是东西魏分立，敦煌及河西地区当时归属于西魏统辖。西魏(公元535-556年）时，宇文泰执掌政权，当时忙于与东魏的战争，无暇西顾。至西魏恭帝三年（公元556年）十月，宇文泰死，他的第三子宇文觉继为太师、大冢宰。十二月，魏又封宇文觉为周公。宇文觉随即称帝，这就是北周孝闵帝。于是，西魏名号终了，北周王朝正式开始于孝闵帝元年(公元55年)正月。当年九月，宇文觉即被执掌大权的宇文泰之侄宇文护所杀，另立宇文泰长子宇文毓为帝，即周明帝。直到周武帝宇文邕杀宇文护后，北周皇权才逐渐稳定下来。在宇文泰和宇文邕时，进行了不少重要的改革，使得原本弱于东魏北齐的西魏北周，终于转弱为强，灭北齐而统一了中国北方地区。
虽然宇文觉废魏自立，建立北周，敦煌就已归北周统属，但由于当时北周内部的权力斗争，还没有力量，也没有可能对较为遥远的敦煌进行过多的经营。
周武帝保定四年(公元564年)，北周实行合郡并县的举措，将瓜州所属的常乐、会稽、玉门三郡并为常乐郡，并会稽、新乡、延兴为会稽县，广至、凉兴、渊泉、冥安为凉兴县，寿昌、效谷、敦煌三郡合并为敦煌郡，又并敦煌、鸣沙、平康、效谷、东乡、龙勒六县为鸣沙县。常乐郡辖会稽、凉兴二县，敦煌郡辖鸣沙县。
西魏北周时，在苏绰的策划下，宇文家族为了边疆的巩固，政权的稳定进行了包括政治、军事、经济、文化各个方面的改革，为北周统一北方和各民族的进一步大融合奠定了基础。特别是宇文泰执政时就制定实行的尽地利、鼓励耕垦、发展农副业生产的均田制和赋役制，对西魏北周的强大起了积极的作用。
近代在敦煌发现《邓延天富等户残卷》，学术界一般肯定为西魏大统十三年(公元547年)的户籍或计账。其中邓延天富一户，共五口人，为一丁男、一丁妻、二黄男、一老女（已死）。其课口、不课口、租、布、应受田和已受田如下：
这里具载了此户口数、交纳租布麻数量、应受田亩数及田地类别等。其中麻田男丁十亩，女丁五亩，共十五亩受足。正田（露田)则夫妇规定应受数却为三十亩，且只受十亩。计此各户，除两户麻田不足外，其余七户都受足麻田；正田皆不足。文件还记载奴婢、牛都可受田并交租，又载有“六丁兵卅人”，故定为北周颁布田令前西魏的户籍，大体不差。这一文件的发现，是北周实行均田，发展农业生产的极好佐证，对当时敦煌地区的农业生产状况也可见一斑。同时，北周在宇文氏政权下通过职官和选举的改革以求得贤才；通过府兵制的建立以加强武装力量；通过毁佛运动来抑制寺院经济势力，保证均田制和府兵制的推行。通过改革，巩固了北周的统治，加强了北周的中央集权。建德六年(公元577年），北周攻取了邺城，灭了北齐，结束了将近半个世纪的东西分裂局面，北方复归统一，为以后隋统一全国打好了基础。
西魏末到北周初，西域突厥部落与魏呼应，击破柔然，铲除了中原与西域交通的障碍，促使中原地区和西域各国的交往迅速发展。鄯善、于阗、龟兹等国都先后派遣使者和北周王朝通好，并献名马和方物。高车部科罗可汗，在魏废帝元钦元年(公元552年），一次就向周太祖宇文泰献马五万匹。这对宇文泰镇压关陇起义，控制长安局势起了重要作用。所以北周建国后，与西域各国“故每联结之，以为外援”。中原与西域，通过敦煌与河西走廊其它地区，一直保持和好的关系。大象元年(公元579年），北周静帝宇文衍并将赵王宇文招的女儿封为千金公主，嫁给突厥沙钵略可汗为妻，以和亲的办法，优礼笼络，使西域各国互相制约，求得西部的稳定。
敦煌是西域与中原交通的重镇，西域与中原修好和稳定，必然给敦煌带来繁荣和稳定。这时期担任敦煌郡守的令狐休，是一位很有能力的人。他在魏大统中曾协助其兄令狐整平息了城民张保“据州叛乱”，在当地有一定的影响力。北周初，经宇文护推荐，担任敦煌.太守。令狐休清操节俭，奖励耕植，积极为地方多所尽力，把郡内治理的井井有条，“在郡十余年，甚有政缋”。整个北周时期，敦煌的各项事业都呈上升发展的趋势。
