第一次中东战争结束后，本·古里安改组军队，需要与政治毫无联系的猛将来支撑以色列国防军的大厦。我行我素不拘形式的达扬是本·古里安首要人选。1949年10月21日，达扬晋升为少将，4天后，出任南方军区司令。达扬坚持认为，以色列国防军在和平时期应该尽可能帮助、指挥安置移民，否则爆炸的人口会使以色列不战自溃。1950年冬天，一场罕见的暴风雪袭击中东，达扬的部队开始了“转运营之战”：给居民提供住所、医疗照顾、生活必需品；开辟通往临时居民点的道路；建立电话和无线电通讯。本·古里安盛赞他们为“民族的使者”。
1952年1月，达扬到英国德维泽斯高级军官学校深造。4月27日学成回国。5月26日，被任命为北方军区司令。达扬到任后把主要精力投入军队的建设，尤其是部队的训练与野外演习。他的独创性感染着整个军区，影响着整个军区，一切从实战出发、大胆想象、勇猛顽强成为北方军区最显著的特色。达扬性格从一个突击营扩展到一个军区，而这一性格还将塑造整个以色列国防军。
1952年12月，达扬奉命到总参谋部任作战部长。任职之初，他深入部队基层，密切联系实际，将主要精力用于军队的整顿。达扬有他的理论和作风，他深知以色列需要的是生存而不是排场，所以坚决反对形式主义和教条主义，他只要求军队的战斗力。即使是阅兵式，他也常常着布军装，一副普通士兵装扮。在实际考察中，以色列国防军素质的低下令达扬震惊；这支军队已经不是独立战争时期的那个样子，甚至不能很好地执行1950年开始实行的“报复”政策。现在达扬的首要任务就是改变这一现状，建设一支信得过的能完成任务的战斗部队，恢复独立战争时期的光荣。在这种背景下阿里尔·沙龙任指挥官的101特种部队得以组建，接下来的一段时间里，这支部队取得了辉煌的战绩，给整个国防军树立起榜样，继而促进整个国防军素质的提高。达扬的所作所为适应了以色列在独立战争后军队建没的客观需要。
1953年12月6日，达扬出任以色列国防军总参谋长。他认为总参谋长的形象对改变整个军队的作风至关重要，所以从自己做起。精简侍从参谋，穿士兵劳动服，与士兵一起摸爬滚打。他讨厌官僚作风，愿意让年轻的军官们直接听到他的讲话，看到他的行动。接下来达扬便根据自己的思想对军队进行改编。他大力削减不适用的部队，限制现役军官的人数；实行严格的退役制度，要求40岁退出现役，为年轻人提供升迁的机会；选送军官上大学，提高军官文化素质。达扬花了3年时间逐步、系统地改编军队，使以色列拥有一支世界上最年轻最有战斗力的军队。这成为以色列国防军从防御型部队转变为进攻型部队的里程碑。
此间，中东形势发生了天翻地覆的变化：约旦国王阿卜杜拉遇刺；埃及发生七月革命。阿以关系更加恶化。由于两个民族几乎是宿命性的世仇，达扬对不通过战争就能解决问题一点都不抱希望。他主张对埃及发动一场先发制人的战争，掠取大量的阿拉伯国家的土地，在此基础上，与阿拉伯人进行谈判，以土地换取和平。这种思想后来成为以色列主导的战略思想。可是这一思想的前提是挑起战争。由于冒有被指责为侵略音的风险，当达扬提出这一建议时，遭到了内阁要员们的反对。达扬只有等待，等待机会的出现。
机会终于来临。
1955年埃及与苏联签订军火协议，美、英反应十分强烈，1956年7月，美、英撤回对埃及的援助。7月26日，埃及宣布收回苏伊士运河主权。英法气急败坏，对埃及进行武力威胁，并主动向以色列求援，准备入侵埃及。达扬当然不会放过这一机会，四处奔忙，左右斡旋，力促联合作战意向付诸实施。10月24日，三国就联合入侵埃及达成最后协议。
10月29日下午4时20分，16架“达科他”运输机穿过西奈半岛的边界。机上载着202空降旅一个营约395名士兵，在没有受到任何阻碍的情况下，空降在米特拉山隘。苏伊士运河战争（以色列称西奈战争）爆发。
针对埃军分散防御的特点，达扬采取避实击虚、中间突破、迂回穿插的战术，将以军分成4路，实施攻击。参加作战的以军共有4.5万人，对埃及形成局部的优势。开战进行得异常顺利，达扬在给友人打电话时语气十分激动：“如果英国这个私生子，能像它所保证的那样加入到战斗行动中来，就太好了。”
10月31日下午5时，英法轰炸埃军机场。得知消息后，达扬马上下令第77特遣部队、第9步兵旅开始行动。10月31日午夜前后，第77特遣部队在法国海军炮火的支援下，向腊法发动猛攻。达扬亲自督战，第二天上午，随军攻进腊法，接着向西奈首府阿里什市进军。由于埃军担心英法占领运河区，所以西奈守军迅速撤至运河区。11月2日，以军攻进阿里什时，几乎没有遇蓟任何抵抗。11月4日，达扬奔赴第9步兵旅战场，当他赶到时，沙姆沙伊赫已被以军占领。至此，以军全部战斗目标实现：1.取得了到阿喀巴湾的自由航行权；2.结束了阿拉伯突击队员对以色列的打击活动；3.消除了埃及、叙利亚、约旦对以色列国的进攻威胁。西奈战争最后以以色列的绝对胜利而告终。达扬和他的国防军，如一阵惊雷，响彻中东，震撼世界。
达扬想要进行这场战争，计划了这场战争，并且亲自指挥了这场战争。所以可以说西奈战争是摩西·达扬的战争。他因为这场战争蜚声世界。在法国，他成为最受欢迎的人物之一。西奈战争的胜利，使得边境地带有可能第一次出现和平。
