玻尔认为，在争论中，人们的思想得到澄清和开扩，对事物的理解得到加深，而且容易得到新鲜事物的启发，所以他不但是争论的积极倡导和组织者。而且非常积极地投身于争论之中。他与爱因斯坦在本世纪20年代末30年代初进行的激烈论战，成了物理学史上一段脍炙人口的佳话。
早在1924年，爱因斯坦和玻尔在有关“放弃严格的因果性”的观点上就有分歧，然而两人面对面的“切磋”是在布鲁塞尔的第五届索维尔会议上开始的。在玻尔提出他的互补性后，“每天早上”，爱因斯坦就会准备好他的“炮弹”——一个假想实验，面带微笑地向玻尔提出，试图驳倒位置和动量的测不准关系式；而到了晚上，玻尔就会拿着一张纸和一支铅笔，找到爱因斯坦，向他论证那个实验和测不准关系式恰恰是一致的。经过多个回合的较量，爱因斯坦发现玻尔筑起的“堡垒”固若金汤、无懈可击。于是，在第六届索维尔会议上，爱因斯坦提出了所谓“光子盒”的假想实验，试图用这枚“重磅炸弹”轰开玻尔的“堡垒”。玻尔初见这种“新式武器”，确实吓了一跳，但是经过他几个昼夜的苦思冥想和反复沦证，终于发现爱因斯坦在他的论证中忽视了相对论的一个推论。这一“以子之矛攻子之盾”的妙招使得玻尔得意非凡。爱因斯坦“一计不成……又出新招”。在1935年，他和另外两位合作者联名发表了一篇论文，论证量子力学的“非完备性”。这篇不到4页、没有引用任何文献的论文，立刻在社会上引起了轰动。几个星斯后，玻尔在同一个刊物上用同一个标题作出了答复。他的论文不到7页，也没有引用另外的文献。这一回，玻尔和爱因斯坦两人在论文中，“公说公有理，婆说婆有理”。谁也说服不了谁，两人打成平手。以后，他俩的论战一直没有结束，直到爱因斯坦去世为止。
玻尔和爱因斯坦虽然进行了长期而热烈的争论，但他们始终是一对相互尊重的好朋友。而且在1921年，玻尔被评为诺贝尔奖获得者时，他首先想到的是不能先于爱因斯坦获得这项奖金，他说：“考虑给我这种荣誉前，（爱因斯坦）应当得到整个外界的认可，我觉得这对我是莫大的幸福”。玻尔与爱因斯坦的伟大友谊确实令人钦佩不已，堪称大师风范。
