复社初期，其锋芒主要即指向温体仁。当时朝堂之上，”政府大僚多用攻东林者，而言路则东林为多“（《明季北略·门户大略》），这种格局出自崇祯宸衷独断、精心安排。对温体仁入阁及秉政，虽然言路藉藉，攻劾几无虚日，但皇帝不为所动，而且，”丑劾体仁者，无不见责；为体仁劾者，无不立罢“。针对这一现实，复社采取迂回的策略，企图使皇帝所能接受的周延儒再度入阁。周宇玉绳，江苏宜兴人，崇禧二年（1629年）底入阁，六年（1623年）六月，因被温体仁排挤而罢免。其人”庸驾无才略，且性贪“，政治态度上则依偎于逆党和东林之间：延儒早年即与媚事魏忠贤的阁臣冯铨关系密切，故崇禧初年曾有如”延儒柄政，必为道党翻局“的说法；而当温体仁准备起用道党中人王之臣时，延儒却反对。他与东林人士颇有往来，后与钱谦益争入阁，又仇恨东林；而崇祯四年（1631年）主持会试，所取进士又多为复社中人（张溥即其中之一）。加上受温排挤罢相等因素，复社诸人认为延儒倘能再度入阁，东林即有希望有机会出头。不过这一设想迟迟未能实现。
崇祯十年（1637年），事情有了变化。温体仁与宦官首领司礼太监曹化淳相互攻讦，矛盾激化，曹向皇帝揭发温的种种劣迹，于是，温体仁佯称有疾，请求引退；六月罢相，第二年病死，崇祯还深表惋惜。温居相位8年，对当时内忧外患交迫、民不聊生的严重局势”未尝建一策，惟日与善类为仇“，由他汲引入阁者如薛国观辈”皆庸才，苟以充位“，以此反衬出自己的才干，加之善于迎合帝意，所以深获荣宠。这样一来，推周延儒上台的目的虽未达到，毕竟大敌已去，复社的斗争矛头进指向在南京蠢蠢欲动的阉党余孽阮大铖。
阮大铖颇富文才，又极工心计，可以说是奸狡巨猾。早年投靠魏忠贤，曾杜撰”百官图“、”点将录“之类，陷害罗织东林党人及正直朝士；天启末为大常少卿，对魏忠贤极其恭顺，经常登门请安，暗中却重金买通魏府门房，索回谒见时使用过的名刺以消除痕迹，不久又自行去职；魏伏诛后，知道朝局将有变动，立即写了两通奏章飞寄死党杨维垣，一章专攻魏忠贤、崔呈秀，一章将东林及魏、崔各打五十大板，嘱在朝中任职的杨维垣视情况择一代奏，因此得迁光禄卿。崇祯二年定”逆案“，阮大铖因”结交近侍“被判流配，赎为民，从此郁郁不得志；后来还在家乡组织并操纵中江文社，可见其不甘雌伏。
崇祯八年（1635年），农民军入安徽，阮大锨避居南京。自明成祖迁都北京，作为”留都“的南京仍设中央六部，遂成为东南政治中心。阮寓居南京后，格外活跃，一方面大肆招纳所谓”豪杰游侠“，日日谈兵说剑，把自己妆扮成能为国御侮的守边之材，同时又竭尽心力与清流拉关系，甚至以金钱美女为诱饵，企图收买复社人士。及至温体仁罢相，而宦官集团之声势复振，逆案中人纷纷弹冠相庆，”即东林中人如常熟（即钱谦益）亦以退闲日久，思相附和“，阮大铖更是以为出山在即。此时，复社志士联袂而起，东林子弟以顾宪成之孙顾果（字子方）为首、天启被难诸家以宗羲为首，由周镳、陈贞慧、吴应箕执笔，写成《目都防乱公揭》在南京四处张贴，揭露阮大铖”献策魏珰、倾残善类“的本来面目及在目都”招纳亡命“、”阴险叵测“的丑恶嘴脸，在公揭上列名的复社成员共140人。同时，宗羲还组织被难遗孤在秦淮河畔桃叶渡集会，声讨阮大铖的恶劣行经。阮大铖”杜门咋舌欲死“，躲入城外牛首山弘觉寺达数年之久，从此更对复社志士恨之次骨。
这次斥逐阮大铖的行动，是宗羲首次投身于实际的政治斗争，充分显示了宗羲及复社志士们”但知为国除奸，不惜以身贾祸“的浩然正气，使南京的阉党残余噤若寒蝉，对朝野及社会各界都产生了很大影响，同时也替自己种下了祸根。这一年为崇祯十一年（1638年），宗羲29岁。
崇祯十五年（1642年），黄宗羲来到北京，参加北闱乡试，一同下场的，还有好友周延柞。这是宗羲一生当中最后一次游京师。本年，蓟辽总督洪承畴和锦州镇总兵祖大寿先后降清，李自成张献忠两支农民军又纵横中原腹地、大江南北；大明帝国的日子已经屈指可数，这是谁都不会怀疑的了。
三场试毕，宗羲依旧名落孙山，将束装南返。已在上年重新入阁的大学士周延儒意欲推荐宗羲为中书舍人。然而，一个从七品的内阁小书记对大局何有裨益？况且夫子早就说过”邦无道，谷，耻也“这样的话，保持自己的超然地位、置身于朝廷之外，倒可以更自由地发表意见以尽忠忱，此外，举主是周延儒，这大约也是宗羲所不能接受的；于是，宗羲力辞不就。
冬月初十，宗羲回到余姚家中。第三年便是甲申（1644年）。三月十七，李自成兵临北京城下；十九日城破，随着最后一个皇帝朱由检自缢煤山，传国276年、历16帝的明朝就此画上句号；四月甘九，吴三桂引清兵入关，在山海关一片石大败李自成；五月初二，清睿亲王多尔衮入北京。
自此以后，整个形势急转直下。激昂然而安宁的生活氛围不复存在，代之而起的，是刀光剑气、血雨腥风。
志图恢复
京师失陷的消息传来，黄宗羲立即随刘宗周赴杭州，在海会寺与章正宸（字羽侯）、朱大典（字未孩）、熊汝霖（字雨殷）等日夜筹画”召募义旅“。五月初四，南京兵部尚书史可法（字完之，号道邻，河南祥符人，1601～1645）与凤阳总督马士英（字瑶草，贵州贵阳人，阮大铖死党，约1591～1646）领衔，拥立逃难至南京的福王朱由崧（崇祯从兄，1607～1646，史称弘光帝）为监国；五月十五，由崧即帝位，召刘宗周为左都御史，章正宸等亦恢复原官，宗羲便随老师来到南京。
这时，阮大铖已复起，为兵部右侍郎。当初阮避居南京，即与削职流寓金陵的马士英沆瀣一气，狼狈为奸；崇祯十四年（1641年）周延儒内召将入阁，途经扬州，阮大铖以重金行贿，求周帮忙，周延儒说：“吾此行谬为东林所推，子名在逆案，可乎？”阮沉吟良久，说：“瑶草何如？”马士英乃得为凤阳总督、不久又升兵部左侍郎。所以，马士英一朝掌权，便拉阮大铖上台；而阮大铖一上台，便对复社人士进行报复。他故技重施，将列名于《目都防乱公揭》之140位复社成员的姓名编成“蝗蝻录”，诬蔑东林、复社人士为蝗虫，意欲一网打尽。结果陈贞慧被捕、周镳入狱后被害死，署名揭首的顾果和黄宗羲则因掌管刑部的邹虎臣与顾家有姻亲关系而侥幸逃脱。刘宗周因为是宗羲的老师，也被阉党纠弹；此前宗周曾几次谏劝弘光帝，说“不去阮大铖，江左不得安宁”，但弘光帝置若罔闻。于是，刘宗周亦辞官归里。
清顺治二年（1645年），史可法在扬州殉国，清兵渡江，相继攻下南京、苏州及杭州；马士英、阮大铖临阵脱逃，钱谦益投降，弘光帝则做了俘虏。刘宗周在绍兴听到这些不幸的消息，决意自尽明志。黄宗羲得知宗周绝食，立即徒步200余里，赶去见老师最后一面。当时宗周水米不进已有20来天，看到宗羲时已经说不出话了，只能微微点头；宗羲强忍眼泪，与老师诀别。
这一时期，江南烽烟遍地，各处士民纷纷揭竿而起，组成抗清义军。闰六月，举人张煌言（字玄箸，号苍水，浙江鄞县人，1620年～1664年）在台州（今浙江临海）拥立鲁王朱以海（朱元璋第十子朱檀之后，1609年～1662年）为监国，前支科给事中熊汝霖和前九江道企事孙嘉绩（字硕肤）也在余姚举起义旗；宗羲马上积极响应，与宗炎、宗会“纠合黄竹浦子弟数百人”驻军江上，被人们称为“世忠营”……在这几支势力的拥戴下，监国移驻绍兴。不久，马士英、阮大铖等率其残部，也来依附监国。
第二年二月，监国授予黄宗羲兵部职方司主事之职，宗羲推辞再三，请求仿照“李泌客从”的前例，以平民身分为国家效力；然而监国不同意，还给宗羲加上一个监察御史的职衔。面对采取包围战略的清军，宗羲曾多次建议应主动出击，他写信给将领王之仁，希望之仁“沉舟决战，由赭山（在浙江萧山县，为江海门户）直趋浙西”，才有可能取得战场上的主动权；或者以小股兵力进逼崇明县（今属上海市），亦足以打乱敌人部署，减轻绍兴一线所承受的压力。王之仁深以为然，于是上流鲁王说：“……臣为今日计，惟有前死一尺，愿以所隶沉船一战”（《明季南略·王之仁请战》），可惜鲁王拒而不纳。
前景是极为黯淡的--稍早于鲁王以海监国绍兴，皇室的另一成员唐王聿键（朱元璋第二十三子朱松之后，是以海的叔辈，1602～1646年）在福州被总兵郑芝龙（字飞皇，福建南安人，郑成功之父，1604～1661年）等人拥立为帝，年号隆武。大敌当前，危若累卵，即使齐心协力，至多也不过苟延残喘于一时，加之马阮等小人挑拨其间，以至闽浙叔侄之间势同水火，甚至不惜同室操戈、兵戎相见；文武臣属之中，虽不乏宗羲、之仁等忠勇之士，更多的人却贪生怕死、心存观望，尤其是手握重兵的武将如方国安辈，在这种局面之下，无论宗羲等一班孽子孤臣如何呕心沥血惨淡经营，其必然的结果都将注定是枉费心力。应当说，宗羲对这一点早就看得相当清楚，40年后，他在为孙嘉绩撰写的墓志铭中写道：“血路心城，岂论修短？……从未亡社，虽加一日，亦关国脉”，就算国脉只能延长一天，他也认为自己的心血没有白费！宗羲和他的同志们不愧是令人肃然起敬的殉道者，对他们所作的一切，如果用“成败利钝”之类的字眼加以简单评估，则未免过于冷漠。
在宗羲极力鼓动下，熊汝霖率所部渡江，攻占海盐，终因军力单弱，不得不仍撤回余姚。到得五月，孙嘉绩将其麾下的火攻营拨交宗羲指挥，宗羲又与兵部主事兼余姚令王正中（王之仁之侄，字仲伪，宗羲友人）合军，共3000人，渡过杭州湾，在坛头山会同浙西各军，准备由海宁再攻海盐，而此时清军统帅博洛已开始动作。二十五日，清军分水陆两路进兵；二十七日，拥兵20余万的浙江总兵方国安挟持鲁王南逃，除王之仁所部外，其余各军皆不战而溃。六月初一，博洛渡过钱塘江，王之仁退兵漂泊海上，浙东全线瓦解。宗羲收拾残部，率500余人遁入四明山结寨自守，然后独自下山探寻鲁王行踪，临行，宗羲告诫部将“联络山民”，与附近群众搞好关系。不料下属违背节制，就近取粮，激怒百姓，当宗羲回山时，寨子已被山民焚毁，部众也或死或散，而清军又正在到处搜捕他，于是宗羲只得奉母逃难，避居位于四明山北麓的化安山雨舍（黄尊素墓园所在），第二年才返回故居。
顺治六年（1649年），鲁王由闽返浙，驻跸健跳所（今浙江三门以东），宗羲得知这一消息，又渡海追随，升为左金都御史，不久又晋左副都御史。其时，大权尽归定西侯张名振（宇候服，南京人，1601～1656），而名振自恃功高，开始变得专横跋扈起来，其余诸将也骄蛮无比，“文臣稍异同其间，立致祸”（《年谱》）；宗羲手中无兵，难以有所作为，只好每日与鲁王的礼部尚书吴钟峦谈论学问，再有闲暇，便注释《授时》、《泰西》、《回回》三历。不久，由于清廷伤令各地将前明遗臣中不降顺者的家属登录上报，宗羲担心累及老母，忧心如焚地叹道：“主上以忠臣之后信我，我所以栖栖不忍去也。今方寸乱矣！不能为姜伯约（即姜维，三国时蜀将）矣！”于是陈情监国，请求归家，获得准许。吴钟峦亲驾三板船送出20里，波涛声中，两人呜咽而别。宗羲改名易姓，从小路潜回故居，时为本年八月。
九月末，张名振火并听从隆武帝号令的将领黄斌卿（字明辅，福建甫田人，隆武政权封其为成虏侯），攻占沿海最大岛屿舟山；十月，监国移驾舟山，再召黄宗羲还朝，并派他和兵部左侍郎冯京第（字跻仲，号簟溪，浙江慈溪人）为澄波将军阮美的副手，以万历年间李太后颁赐给普陀山的藏经为礼品，出使日本求援。抵达长崎后，知道日本不肯出兵，宗羲等人失望而归。大约自此以后，宗羲就不再在鲁王政权中任职了。
