翰林入值南书房，初为文学侍从，随时应召侍读、侍讲。常侍皇帝左右，备顾问、论经史、谈诗文。皇帝每外出巡幸亦随扈。皇帝即兴做诗、发表议论等皆记注。进而常代皇帝撰拟诏令、谕旨，参与机务。因接近皇帝，对于皇帝的决策，特别是大臣的升黜有一定影响力。故入值者位虽不显而备受敬重。
雍正朝成立军机处后，撰拟谕旨为军机大臣等专职，南书房虽仍为翰林入值之所，但已不参与政务。有清一代士人，视之为清要之地，能入则以为荣。中国第一历史档案馆藏有《南书房记注》，系迄今发现的为数极少的南书房档案。
“书房”本来是官宦人家读书学习的地方，但在清入关前，却把它当成儒臣在宫内值班、工作地点的专用语。玄烨沿用旧称，在紫禁城设了两个书房，即南书房和上书房。南书房供入值内廷的翰林官们以诗词、书画等供奉皇帝，而上书房则是皇子从师傅读书学习的地方。
南书房最初是康熙帝本人的书房。康熙十六年十月，儒臣开始在那里供职。它对于玄烨习文写字，读史论经，吸取前朝统治者的经验教训，接受汉族悠久文化传统的熏陶，起过颇为重要的作用。
玄烨本人早已在康熙九年开设日讲和经筵，每天都与担任讲官的翰林官往来。但这种接触只限于讲课之时，他觉得远不能满足自已对知识的渴求。
康熙十六年十月，玄烨向内阁大学士提出：“朕不时观书写字，近侍内并无博学善书者，以致讲论不能应付。今欲于翰林内选择二员，常侍左右，讲究文义。但伊等各供厥职，且住外城，不时宣召，难以即至。著于内城拨给闲房，停其升转，在内侍从数年之后，酌量优用。”（《清实录》）
当时仅选择了两人，一是翰林院侍读学士、日讲起居注官张英；一是流落在京的浙江穷书生高士奇，由内务府在西安门内给他们找了两所空房做住宅，每天到宫中南书房入值。此后，玄烨又不断在南书房增设大臣。南书房成了与玄烨文化生活密切相关的地方。
南书房不是一个行政机构，一切供应，如笔墨纸砚、太监勤杂等均出自内务府。入值官员每天辰时在皇宫侍卫的伴送下到南书房上班，戌时才下班离宫。在南书房供职的大臣不另设职衔，仍称原职。
张英入值前是翰林院侍讲学士，入值后称“侍讲学士支正四品俸张英”。如果入值官员非翰林出身，入值后便看情况赐给官衔。布衣出身的高士奇，到南书房后赐予中书舍人的官衔，被称为“内阁撰文中书舍人支正六品俸高士奇”。一般统称他们为“南书房行走”。还有一些大臣，如李光地等，虽不是南书房的正式官员，但因与皇帝关系密切，也常出入南书房。
在南书房供职的大臣，任务离不开文墨。最早入值南书房的高士奇曾说：“余自康熙丁巳叨尘侍从，日值大内南书房，寒暑无问，将十有三年。日惟探讨载籍，与笔砚为伍。”（《天禄识余》）
南书房初成立时，玄烨刚学作诗，兴趣很浓，不但命张英、高士奇二人写诗进呈，还常召王士稹、陈廷敬等侍读学士进内廷赋诗。有时天晚了，就把他们留在南书房，摆御宴以赏赐。在赋诗作文这些事情上，他自知不如张、高等人，因此，同词臣们的关系还较平等。康熙十七年八月，玄烨命张英、高士奇及讲官陈廷敬、王士稹、叶方霭到南书房读阅自己的诗集，并且提出要求：“朕万机之暇，偶有吟咏，未能深造古人。因尔等在内编纂，屡次请观，故出以示尔等。中有宜改定处，明言之，毋隐。”（《起居注档》）玄烨的诗并不高明，更何况他还在初学。不过品位卑下的词臣却不敢非议，照例要说一番“千古帝王所不及”的恭维话。至高无上的皇帝地位，使他难以听到大臣们的真心话。
当时刊印御制诗文集，或内廷要编纂什么书籍，编辑和校对的任务就落在南书房官员身上。如康熙十七年南书房奉命为玄烨编辑御札；康熙五十五年，苏州织造李煦承办刊刻御制诗三集，但修改、校对和粘签的工作，却由南书房负责。每当年节，康熙帝要向大臣赐字，内容多是福寿、嘉祉，松鹤、松寿等吉祥字句，也常由南书房官员代笔。
康熙朝后，一些文人在自己的随笔中记有南书房还担负着草拟谕旨的重任（见《檐曝杂记》、《啸亭续录》、《养吉斋丛录》、《恩福堂笔记》等）。但是从康熙年间的起居注档看，情形却并非如此。
就在张英、高士奇正式供奉南书房的第二个月，康熙下了一道上谕，明确指示“张英、高士奇，选伊等在内供奉，当谨慎勤劳，后必优用，勿得干预外事。伊等俱系读书之人，此等缘由虽然明知，着仍恪遵朕谕行”（《起居注档》）。张英、陈廷敬、王士稹等人在到南书房供职前都曾担任起居注官，他们对国政大事虽不起多大作用，却是直接介入政事，入值南书房后，就再也不担任起居注官了。而与玄烨面商国务，请旨草拟谕旨的，是内阁大学士和学士一类官员，并不是南书房行走。《起居注档》上几乎每天都有“上御乾清门听部院官员面奏政事毕，部院官员出，内阁大学士、学士捧折本面奏请旨”的记载。有时玄烨患病，无法御门听政，也不召近在内廷的南书房官员商议政事，却要“召内阁大学士、学士至懋勤殿，面商折本”（《起居注档》）。由此可以看出，当时为康熙草拟谕旨的，是内阁大学士，而非南书房官员。
但是，南书房官员也不是绝对不干预政事。曾在南书房供职的侍读学士王鸿绪说过：“先年承旨，密缮小折于皇上巡幸之时，亲诣雨书房，交与管理宫报首领，从内密达御前。俟宫报回日，臣亲诣领出。此时圣驾在外，南书房绝无人到，极为隐秘。今重奉密令，似宜照先行走，交与首领，慎密收发，庶免他虞”（《王鸿绪密缮小折》）。
王鸿绪奉旨向康熙帝奏交密折，想来其他南书房官员也可能做类似的事情。然而这种向皇帝奏交密折同前面所说的为皇帝草拟谕旨，无论形式上或实质上，都完全不同。草拟谕旨是当时最重要的机密工作，参加草拟的大臣必须直接介入政务，而提交密折，不过是大臣就自已的见闻密奏皇帝而已，其密奏事情的本身并非都是机密。应该说，这是大臣在履行自己的义务，当然也不是每个人都可以这样做的。
玄烨与南书房官员的关系是相当密切的。他常“与诸文士赏花钓鱼，剖析经义，无异同堂师友”（《啸亭续录》）。康熙十七年三月，五台山向宫中进贡了一种“天花蘑菇”，玄烨认为蘑菇“鲜馨罕有，可称佳味”，派人送到南书房，特让正在那里编辑御札的张英等人尝鲜，“使知名山风土”（《起居注档》）。李光地病了，玄烨关怀备至，不但赐他熏细鳞鱼、鲜鹿肉条，而且还特让李光地的家人每天到宫中取饮玉泉水，滋补肠胃。张英的父亲病故，张英请假回乡奔丧，玄烨特赐他白银五百两料理丧事。至于赏赐诸臣御用瓜果酒菜，更是寻常之事。玄烨本人常到南书房看大臣赋诗作画，他高兴起来，也挥毫命笔，赏赐诸臣。
南书房的官员主要来自翰林院。当时的翰林官大都是科举出身才学出众的文人，同时，入值南书房的官员一般还都要经当朝名士的举荐。但玄烨仍不放心，还要亲自考察他们的才学。清初鼎鼎大名的诗人、侍讲学士王士稹，侍读学士陈廷敬，都是被玄烨召到懋勤殿，当场赋诗，又受到皇帝的赞赏后进入南书房的。康熙二十四年，玄烨又对翰林院、詹事府诸臣进行了一次考试。有一位日讲起居注官在这次考试中获第一名，玄烨才把他选人南书房。康熙三十三年，玄烨又下令翰林院、詹事府、国子监，每天选派四名官员，轮流入值南书房，以便他从中挑选。
玄烨选择南书房官员的主要标准也可概括为德、才两项，当然他是要有利于封建统治的德和才。对他们的职务、门第，倒不大放在眼里。如最早入值南书房的流落京城的穷书生高士奇，因大学士明珠的举荐，说他写得一笔好字，便被破格选入南书房；南书房官员戴梓，原来也是个布衣，通天文算法，又能诗能文。他发明的连珠火铳法，在平三藩时起过很大的作用。他亦被破格选入南书房。至于颇有影响的朱彝尊，更是有名的“四布衣”之一，在康熙十八年举博学鸿词时初露头角。当时朝野舆论攻击他为“野翰林”，但玄烨认为朱彝尊兼诗、文、考据之长，还是将他选入南书房。
最能说明玄烨注重南书房官员才华的例子，是方苞的入值。方苞本是震惊全国的《南山集》案中的一名要犯，因为《南山集》作序，被关进死囚牢。一个很偶然的机会，玄烨听李光地说，方苞的古文超群拔类，便赦免了方苞的罪行，又命人把他带到畅春园，撰写《湖南洞苗归化碑文》、《黄钟为万事根本论》等。玄烨阅后十分满意，竟说方苞的文赋“即翰林中老辈兼旬就之不能过也”（《望溪全集》）。从此，方苞就由一个罪犯一跃而成为南书房的官员。
南书房的官员对玄烨学习的影响是很大的。玄烨评价他们“所纂讲义典确精详，深裨治理”（《笃素堂全集》）。在南书房任职十三年的高士奇，是玄烨跨进学海的引路人。他曾对侍从说：“朕初读书，内监授以四子本经，作时文；得士奇，始知学问门径。初见士奇得古人诗文，一览即知其时代，心以为异。未几，朕亦能之。”（《清史稿》）玄烨自幼喜爱书法，认为万机之暇挥毫练笔是帝王应有的修养。他将擅长书法的起居注官沈荃召到南书房，指导自己练字。沈荃死后，玄烨很怀念他，对李光地说：“朕初学书，宗敬父荃指陈得失。至今作字，未尝不思其勤也。”（《清史稿》）在沈荃的指导下，玄烨临了许多名帖。后来，他命御书处将这些帖专门刊刻了《懋勤殿法帖》。
康熙朝以后，词臣入值南书房就成为清朝的定例，“宠眷不衰，为木大储材之要地”（《啸亭续录》）。
