根据历史记载，相国寺曾经发生过四次大火灾。最早的一次是唐德宗贞元年即785年至805年之间，当时首先是佛塔遭到了雷击，由于佛塔是纯木建造，立即就燃起了熊熊大火并点燃了佛塔周围的建筑物，僧众及周围群众奋力扑火，主体塔院虽没有被烧毁，但佛塔烧得已成了木炭了。而最大的一次火灾也是发生在唐代，据史书记载，大顺二年（891年）七月十二日上半夜，汴州相国寺佛阁即排云阁发生了火灾。这一天天黑前还是小雨，但却时不时有响声很大的闪电，有人看见有一团红色火焰旋转在佛塔的周围并落入了佛塔周遭的枯藤中，四周起火后，这团火焰又向北飞去，旋转在排云阁的周围，最后落入藤网中，四周也顿时起火。随后大雨倾盆而下，平地的积水有几尺深，可火烧得更加旺盛，蔓延到四周的民居，三天都没有熄灭。当然这里让人生疑：大雨为什么没有把火给扑灭，难道这些木建筑都浇了油在上面？根据常识推测，这些木材在建寺的时候因怕腐化都用桐油浸泡过，才会出现在雨中越烧越猛的情况。这次最严重的火灾，使唐代相国寺的损失惨重，几乎所有家当都化为了灰烬。损失的具体情况在《宋高僧传》内有详细的记载，在大顺二年891年相国寺发生的大火灾，造成了重楼三门七宝佛殿排云宝阁文殊殿里廊，一共是四百多间，都完全化为了灰烬。而其他两次火灾，史书没有相关记载，但由于它是纯木建筑，所以每发生一次火灾，相国寺都是要受到相当大的损失的。
历史上记载相国寺所遭受的水祸就要比火灾多上三四倍。这是因为，火灾往往是雷电引起的，而有雷电的时候又往往是下大雨的时候，所以真正造成火灾的还是少数。但洪水灾害却让当时的人们无可奈何，只要黄河决堤，开封无法幸免，因此在历史上记载相国寺所遭受的大水患就有十五六次之多。
最早的水患发生在明朝洪武末年，即朱元璋统治时期，有史书说，明成祖永乐元年（1403年），明成祖朱棣命令大臣都纲、因杰等人重建相国寺，原因是洪武末年相国寺被黄河水淹没了而遭到了比较大的破坏。这里所提到的水患应该是1397年的大水患，其实在十三年前（1384年）也发生了一次水患，《明史》记载说，洪武十七年八月三日，黄河决堤水淹开封城，横流数十里。这次虽然也对相国寺有些破坏，但损失不大，因此相国寺的大事记里也就没有记载了。由此我们可以推断出在明朝第一个皇帝统治期间的黄河决堤应当是相国寺的第一次大的水患。
在这十五六次的水患中，最大的一次发生在明朝末年。根据史书记载，在明末农民大起义期间，崇祯十五年1642年九月十七日黄河决堤，据说是为了淹灭起义军。水自开封城北门冲入，然后横贯东南门冲出，水流的冲击声像打雷一样，城中百万户人家都荡然无存。当时情景是“整个开封城都成了一片汪洋，只剩下了钟鼓两楼及各王府屋脊、相国寺屋顶”。从这些记载可以推测，相国寺因遭到了洪水的浸淹而受到了很大的破坏。
当然天灾还不足以灭寺，关键还是人为的破坏。在前面历代中人为的破坏，特别是战争，在历史上记载的就有三次。但由于新朝代建立以后又对它进行修补或重建，因而，它能延续到现在。1927年冯玉祥在相国寺赶走僧人，毁坏佛像，把它改为中山市场，使相国寺遭到灭寺之灾，但在新中国成立后又对它进行了重建，特别在改革开放后，对它进行了大规模的修建，就是我们现在所看到的相国寺风貌。
·慈禧与相国寺有怎样的恩怨纠葛
佛说，我不入地狱谁入地狱，结果佛就成了普度众生的化身。正因佛的启悟，所以在乱世中佛门从来就不乏侠肝义胆之人。清朝末年相国寺的主持智清就属于这样的山门英雄。
1900年8月，八国联军攻陷北京，西太后慈禧带着光绪和王公大臣仓皇出逃到西安。命李鸿章签订了丧权辱国的《辛丑条约》，她便动身返回北京。途中经过开封，她一时高兴起来，要带光绪和随行大臣到古城开封一游，顺便到古刹相国寺降香礼佛。
开封知府接到懿旨后，立即张贴告示：“凡是銮驾经过的街道，必须用红毡铺地，门上挂彩。全城妇孺老幼都要出城跪在路旁，头顶明烛来迎接，并且无论贫贱富贵均按人头每人交白银二两，作为老佛爷慈禧进门礼。如有抗命不从者，严惩不贷。”这一来，百姓叫苦连天，只好到相国寺进香祈祷菩萨保佑，免除这场灾难。
开封相国寺五十多岁的长老智清，忠肝义胆，闻听此事，心生一计。他向知府传话，只要能免除全城百姓每人二两白银，他就向慈禧献出镇寺之宝。知府一听，想到：开封百姓食不饱肚确实很难达到目的如果智清能够把镇寺之宝献出来那可是求都求不到的。于是就顺水推舟地答应了。
两天后慈禧的大队人马就开进了开封城。开封知府迎驾后，慈禧乘八抬大轿直接就到了相国寺。智清方丈身披红袈裟在山门迎接。慈禧落座后，智清忙跪地高念一声佛号说道“今日老佛爷驾临敝寺真是佛门莫大的荣幸老衲现将镇寺之宝献上请老佛爷笑纳。”慈禧一听智清要给她献佛宝顿时满脸笑容。太监李莲英连忙一挥拂尘走到智清面前说道：“方丈惠心可嘉，太后特此恩准。快快将宝献上。”
智清听了就命两个健壮的僧人抬着一个红漆木桶放在慈禧面前，慈禧见珍宝如此沉重正在纳闷智清走到慈禧面前说：“敝寺开山一千多年佛门鼎盛众弟子得以安心诵经念佛普济众生全仗这个宝贝庇护现将这个宝贝献给太后希望老佛爷能够喜欢。”慈禧听了十分高兴忙说：“都是佛门弟子我岂有不喜欢之理。”李莲英对智清说“既是献给老佛爷的珍宝还不快快揭开黄绫让老佛爷过目？”智清走上前去揭开黄绫大家一看原来是一桶满满的黄土中长着一堆姜芽不由得满脸迷惑。慈禧顿时大怒厉声喝道“智清这是何物？”智清不慌不忙地跪在慈禧面前说道：“禀老佛爷这是一桶‘姜山’。”
一桶姜山的谐音是“一统江山”，智清向慈禧奉献这个东西寓意很明显。在场的人都暗暗替他捏了一把汗，开封知府更是吓得魂不附体。
慈禧心里非常恼火，但却装出了笑脸对智清说道：“众弟子既然把这个宝贝献出来我就把它收下。不过，这个宝贝过于沉重，离京路途遥远，携带不方便，就暂且留在贵寺吧，等日后再派专人将它运回京城。”慈禧嘴上这样说可心里却恨得咬牙切齿。智清并不理会。
·额匾缘何少一字
相国寺的大雄宝殿前有一块“古汴名”额匾，如果没有人解释，恐怕很难从字面看出什么意思来。“古汴”还好理解，就是古代的汴京，但加上“名”字，就很难解释了，是古代汴京的名字吗？不像。是因为古代汴京城命名的吗？有点像，但似乎理由不充分。大雄宝殿前的匾额很少有三个字的，一般为双数，这块匾也不例外。根据历史记载，这块匾应该为“古汴名蓝”四个金粉大字，为清代乾隆皇帝所赐写。那么又为什么现在只剩下了三个字呢？说起来，这里还有一个为人们所乐道的历史故事呢。
慈禧自从在相国寺被智清方丈讥讽后，一直怀恨在心，恃机报复，但苦于没有借口，所以就到相国寺里暗寻借口。后来慈禧来到大雄宝殿见大殿门上方高悬着一块匾额上面镶嵌着“古汴名蓝”四个金粉大字心想：真是得来全不费工夫，老天有眼今日我就让你这老秃驴死无葬身之地。便大声喝问：“智清方丈何在？”智清忙上前答话：“贫僧在此老佛爷有何吩咐？”慈禧沉下脸来，指着匾上的四个大字问道：“智清你可知罪？”智清一看匾额，马上明白慈禧的意思，但他佯装不知，说道：“贫僧学识浅薄请老佛爷明示。”没等慈禧开口李莲英早知太后之意立即上前喝道：“大胆秃驴竟敢犯讳！来人将这秃驴拿下请老佛爷发落！”
为什么说匾上的字犯讳呢？封建礼教的规定，凡是帝王的名字，不准民间擅自使用，如果与名字相同，必须用其他的字代替，这叫避讳。匾额上的“古汴名蓝”四个字就是古城汴梁名寺之意。慈禧的乳名叫蓝儿，这不，正犯了慈禧的名字。这时，慈禧走到智清面前，假惺惺地说道：“我是佛门中人，本来不想杀你，可惜国法难容。此地是佛门圣地，本宫不开杀戒，赐你在放生池自裁。”
智清并不辩解纵身跳进池内。慈禧看智清自裁，正待起身，忽见放生池内爬出一个人来，慈禧仔细一看是智清，她不禁大怒，喝道：“大胆智清，竟敢违抗懿旨，来人！”没等慈禧说完，智清早已水淋淋地走到慈禧面前，说道：“贫僧岂敢违旨贫僧刚刚走到奈何桥上被一个人拦了回来。”慈禧不由冷笑一声问道“何人如此大胆，竟敢违抗本宫之命吗？”智清答道：“禀太后这个人就是先帝乾隆。先帝亲口对贫僧说，这块匾是他亲笔所题，与贫僧无关，因此叫贫僧返回阳间。”智清说得有鼻有眼的，慈禧心里也疑惑起来，但她还是不动声色地问道：“既是先帝所题，为什么没有先帝落款？”
智清答道：“想当年先帝为体察民情，多次南巡路过开封，来本寺降香。他看本寺香火旺盛，众僧皆安心诵经念佛，一时兴致，故御笔亲题匾额。只因先帝是微服出访故不便留名。”
慈禧听智清说得有根有据，不由半信半疑，又问道：“先帝既是微服出访，你寺又怎知是他御笔呢？”
智清答道：“本寺原先不知，后来先帝在太和殿召见河南巡抚时提到了这件事，巡抚告知本寺，并嘱咐本寺将此匾高悬于大雄宝殿上方，以光耀千秋。”
慈禧听了转头问开封知府“此话当真？”
开封知府战战兢兢地答道：“此匾确系先帝所题，开封府志上有记载，臣这就去取府志给老佛爷览阅。”
