重新召集起来的一千村勇都是有实战经验的，所以对他们的基础训练并不用太长的时间，经过一个月左右的训练后刘卓阳直接将他们分散到各队之中，直接变成了职业军人。
现在张彪依然统领是三百人的骑兵队，不同的是现在已经有了战马，成了真正的骑兵；王二虎的虎卫队扩充到八百人，方久成统领八百，而剩余一百则由李纲从所有军队中挑选出精壮之士，训练为刘卓阳的亲兵卫队。
而光是对军队进行重新编制还无法增强军队的战斗能力，刘卓阳的手下什么人都有，打起仗来只能勉强用最简单的阵行队列进攻和防御，行军之中也是一片的混乱，各队的号令也是杂乱无章，进攻起来一阵的乱冲，说到底只是比土匪和没有训练的私兵还有临时招募的壮丁要强上一些，真要碰到专业的大队官兵，刘卓阳实在不敢想象。
因此刘卓阳接下去马上又对军队的号令进行重新编制。这个时代可没有什么电话、无线电、卫星通信，指挥军队除了各传令兵喊话之外，靠的就是金鼓旗幡。鸣金就是战斗胜利，结束收兵；擂鼓就是进攻的号令；旗幡则是指挥军队行动的工具，没有了这些东西，军队指挥就是一片混乱，到最后所有人马只能是各自为战，因此刘卓阳下了大力气来统一号令。
每一百人队就有自己的一面旗帜，每一个士兵都必须认清自己所在队伍的旗帜。只要看到本百人队的旗帜竖立，就要马上收拾自己的装备听候命令。如果旗帜向左动就是要立即向左前进，向右挥动就要向右前进，向前挥动就要向前前进，向后挥动就要向撤退。而如果旗帜被收了起来，所有人就要停下来听从命令，如果大旗没有竖立，那就是天崩裂也不许擅自移动。
除了各百人队的旗帜之外，先锋部队将设有五色军旗，一般只允许举一面旗。五色旗的主要作用为：行军途中遇到树林，就把青色的军旗高举；遇到沼泽，就把黑色的军旗高举；遇到其他军队，就把白旗高举；遇到山势险要的方，就把黄旗高举；遇到烟火，就把红旗高举。一旦走过，就要把相应的军旗收起来。
如果道路只可以行军一列，就举一面旗帜；如果可以行军两列，就举两面旗帜；可行军三列，就举三面旗帜；可行军四列，就举四面旗帜；拔营行军的时候，就举五面旗帜，后面的部队依次传递。
而如果前面的哨兵发现敌人，形势危急，就挥动红旗；形势不是很危急，就挥动黄旗；敌人人数众多，就挥动青旗；人数不多，就挥动白旗；前方无路可行，就挥动黑旗。前面的士兵挥动军旗，后面的就要跟着依次挥动。如果敌人没有来进攻，就停止摇动军旗。绝对不允许遇见敌人，挥动军旗之后，不论敌人是否进攻就一窝蜂后撤，否则军法严惩。同样如何胡乱竖立和挥舞军旗，同样要军法严惩。
统一了号令，那么接下来就是军法，刘卓阳现在根本就没有一个成文的军纪，不过刘卓阳也是幸运的，因为手下人各自出身的不同，都互相监视着不敢乱来，所以扰民的事情发生得极少，而刘卓阳也一再要求不许屠杀俘虏，看着无数的敌人自动扔掉了手中的兵器，乖乖在那里投降，尝到甜头的手下人也渐渐习惯了不屠杀俘虏，可刘卓阳知道，如此自觉的事情并不会维持太久，一定要有完善正规的军纪才可以。
“在没有我的命令和主帅的命令随意砍伐百姓树木，糟蹋百姓田产，烧毁百姓房屋，偷盗财物者，初归还百姓财物，赔偿百姓损失之外，还要根据情节大小进行惩罚，最少十军棍，最高则为一百军棍！”
“在没有我的命令和主帅的命令之下，杀戮百姓，妇女，杀戮俘虏和侮俘虏的妇女者，杀无赦！军队中严禁出现割取阵亡将士之首级，妄杀无辜百姓冒充敌人首级之事，违者杀无赦！”
这是刘卓阳规定的军纪的前一小部分，所有人听了之后在内心都感觉有些奇怪，不过很多人想一想也就明白了，真到了某些时候，刘卓阳也会下达洗劫和屠杀的命令，到时候只要遵守命令就行了，在这个乱世，他们这些人还真没有见过什么对百姓秋毫无犯，仁义无比的军队，有的时候官兵比土匪还要可怕！
“军队前进后退子有旗帜金鼓来指挥，没有命令不许私自开口说话，特别是在夜间行军，必须保持队伍的整齐，严禁开口和队，违反者将严加惩处。”
“战斗之中，敌人如抛撒金银财宝、布帛兵器，所有士兵不许拣拿和抢夺，因为那是敌人在引诱我军士兵争夺钱财，好趁机逃跑或者反攻。今后如果在战争中遇到敌人抛撒财物，有人胆敢违令贪图钱财，而导致战败，或者使敌人得以逃脱，凡是抢夺财物的士兵，不管是带头的还是跟随的，全部都要斩首！”
“凡是临阵退缩者，执法队可就格杀逃兵，允许队长割后退士兵的耳朵，百户割后退队长的耳朵，千户割后退百户的耳朵。收兵回营之后，凡是没有耳朵者，都要进行审查和清点，弄清情况后将违反军纪者斩首。如果有人纵容属下，眼见有人退缩而不肯割人耳朵，那么就要连坐并罚，但退缩之人不予追究。”
“如果伏击敌人，遇到敌人的时候没有及时冲杀的，或者过早冲杀的，领兵的百户就要依照军纪斩首，士兵则要扣其口粮，并要捆绑起来鞭打。如果大队人马看到奇兵和伏兵已经开始冲杀，而不立即响应的，同例。每一队士兵，如果一个士兵奋勇冲杀，而其他人不去相救至使其阵亡，那么全队都要予以斩首！”
“凡是冲锋在前的人，一队被围困，而二队不去营救；一百人队被围困，而同一千人队其他各百人队不去营救，至十被围困者阵亡，依照军纪斩杀队长、百户、千户。凡是阵亡一人而本队没有斩杀一个敌人，那么每一个士兵都要扣罚一个月的口粮，并由全队来支付阵亡者家属的抚恤！”
等等…
当刘卓阳念完所有的军纪之后，所有人都认为刘卓阳疯了，这比官兵的军纪还要严格，连坐之法到了极至，一个不小心一个士兵违反了军法，那么整队的士兵，甚至整个百人队的人都要被牵连，连同统领都有危险。很多人都开口希望刘卓阳将军纪中的一些条例给改一改，甚至连张彪王二虎等老人都开口了，可刘卓阳就是一意孤行，最后军纪就这样被定了下来。
刘卓阳很自信，他相信所订立的军纪并没有错，他没有疯，一切都是古人的智慧，军纪中的很多部分都是刘卓阳比照《冉氏兵法》制定的。也只有如此严苛的军纪才能锻炼出一支铁血无敌的军队，如果军法中都是人情，军纪中条条都讲仁义，那么什么仗都不用打了，所有人干脆都回家抱孩子得了。
军队号令与军法军纪的手抄本马上就分了下去，然后由村中识字能说的书生，还有军中识字之人一条一条讲给所有士兵听，每个士兵平时无事都要大声背诵军队的号令与军纪军法，背熟后再不断复习。
折腾了这么多东西，但还没完，这些不过是号令与军法军纪而已，还有更重要的，那就是阵行队列，与敌交锋之法，刘卓阳的手下军队只会普通的队列阵行，进攻的时候除了紧记要投枪外，其他的简直就是一塌糊涂，所有的士兵都要重新训练，否则再严苛军法军纪也没用，打不赢敌人士兵们照样逃跑。
