朱元璋对手下的官员要求是很严格的，一旦发现有什么不法之事，立刻从严从重处理，在这么严苛的制度下，按说官员们应该人人规规矩矩，不会做什么违法的事情，但是洪武九年（1376），朱元璋却忽然发现，全国的官员都在骗他！
明朝时，每年各省的布政司（从二品，掌管一省的民政、财政、钱粮等）和各个府州县的官员都要把钱粮、军需等财政情况做成文书，盖上公章，送到户部去汇报，户部拿到文书后，仔细查核，确保一切无误才行，如果有什么对不上的地方，就要发回去重新填写财政文书，然后重新盖章，再拿到户部审核。这样就有一个问题，如果是应天周围的地方，譬如镇江等地，那还好说，核对不上，大不了回去再改，一天就回去了，但是类似于河南、山西、四川这些地方就惨了，万一有一个科目对不上，就要回去重新改，回去一次可能要一两个月，然后做好文书，盖好章，再回到应天，又是一两个月过去了，非常不方便。
针对这种情况，明朝的官员们借用了下元朝官员的做法，那就是先弄个空白的文书，盖上章，然后到户部汇报财政情况，如果核对不上，当场改正确，然后填写到文书上，这样就可以避免发现不对后来回往返浪费时间。这种方法非常好用，所以被官员们广泛接受，每一年都这么做，大家都心知肚明，习以为常了，包括丞相、御史也都知道这事，但是只有一个人不知道，那就是朱元璋。
洪武九年，朱元璋发现了其中的猫腻，在自己眼皮底下居然还有空印这种事，朱元璋大怒，在他看来，这些官员肯定有什么见不得人的勾当，才敢这么做，才敢欺瞒，盛怒之下的朱元璋让人给这些官员论罪，朱元璋论罪的风格和后世不太一样，后世论罪常常只惩副职，主职一般无罪，朱元璋则刚好相反，朱元璋的论罪结果是：主印的官员（掌管公章的官）一律处死，副手杖打一百发配边疆。当时全国主印的官员一共有几百个，按照朱元璋定的罪，这几百个人都要被杀掉。
细究起来就会发现，这其实就是一个冤案，空印这种做法由来已久，大家都不觉得有什么错，现在竟忽然全部都有罪了，而且还有好多人都是死罪，实在冤枉，但是丞相、御史等人都不敢，因为朱元璋正在盛怒中，现在去进言，肯定是找死。
丞相、御史怕死，有人不怕死，有个叫郑士利的人站出来，他实在很勇敢，他给朱元璋写了封信，详细解释了下详细的情况：第一，朱元璋怕下边官员利用空印的文书为非作歹，但是财政文书需要有地方、户部完整的印章才有效，府的数目必须和省的数目一样，省的数目必须和户部一样，而且盖的还是骑缝章，官员们根本没法利用这个造假贪赃枉法；第二，很多地方离京城几千里，来往不便，事先盖公章只是为了方便，并非是想欺瞒朱元璋；第三，朝廷以前从来没对空印事件立过什么法律，现在要杀他们，毫无根据；第四，这些官员都是多年培养出来的，杀了非常可惜，而且杀完也不可能像割草一样，很快重新长出来。
郑士利写得已经很明白了，但是朱元璋听不进去，把郑士利杖打了一顿发配掉，然后将几百个掌印的官员全部杀掉，副官全部杖一百发配边疆，这就是赫赫有名的明初第一案：空印案。
这是朱元璋称帝后的第一次大屠杀，其中有很多无辜的人都因为这个冤案被杀掉，譬如大忠臣方孝孺的父亲方克勤，当时是济宁知府，是个廉洁正直的好官，一件衣服穿了十年，平时连个肉都舍不得吃，也因为空印案被杀。空印案杀了很多人，但这只是腥风血雨的序幕，屠刀刚刚举起，更大的屠杀还在后边。
