1536年，有人诬蔑米开朗琪罗最忠心的一个助手嘉泰犯了偷窃罪，他被缉拿入狱，而他的工程总管瑟萨尔被人刺杀了。米开朗琪罗出于对敌人的抗议，故意让嘉泰接任工程总管的职位。但是，最后，委员会的人不同意这样做，他们竟然罢免了嘉泰，而任命了那个品格卑劣的建筑师毕基欧为工程总管。米开朗琪罗为此勃然大怒，从此他索性不再过问圣彼埃尔大教堂的事了。但是，这种固执和任性的行为又一次成了他的敌人们攻击的理由。他的敌人们到处散布谣言说米开朗琪罗已经辞职了。结果，委员会竟然信以为真，还让毕基欧代替米开朗基罗。米开朗琪罗为此去见教皇，要求教皇下令重新调查这件事情，以证明毕基欧对自己的诬陷，并且威胁说如果教皇不替他主持公道的话，他就会离开罗马。
这些争斗只是米开朗琪罗晚年生活中的一部分而已，除此之外，还有许多事情在烦扰着他：卡毕都寺庙、安吉利教堂、圣罗朗察教堂等等。甚至，在1559年，佛罗伦萨的大公曾经代表当地的人民请求米开朗琪罗在罗马为佛罗伦萨建一座纪念性的教堂，米开朗琪罗爽快地答应了。他制作了图样，并在朋友的帮助之下做了一个教堂模型。这个教堂富丽堂皇，同时又显得高贵无比，刚开始时就用了5000金币，后来没钱了，也就停止了。这个伟大的艺术品尽管承载着米开朗琪罗天才般的设想，但最终还是没有实现，甚至连那件模型也不知去向。
年迈的米开朗琪罗对艺术的实现已经到了绝望的地步了，他已经不再对自己的艺术幻想再抱有什么奢望，他虽然还在耕耘不辍，但这在他看来只是在顺从神的意愿而已。
家庭和朋友
自从维多利亚去世之后，爱情的火焰就再也没有在米开朗琪罗的身上燃烧过。不仅如此，死神还不断地夺走他最亲爱的朋友，还有他的兄弟。他的兄弟死后，米开朗琪罗承担了抚养其子女的责任。他把侄女送进了一家修道院，在她出嫁时，还为她置办了嫁妆。他还十分关心侄子的成长，但是这个侄儿有点像贝多芬的侄儿，都不会令他们伟大的伯父感到欣慰。
米开朗琪罗甚至为了他的字会勃然大怒，他在给他的侄儿的回信中痛斥道：你这是从哪儿学来的“书法”？我根本就看不下去，你最近的来信都被我扔到火里烧掉了，因为我实在看不懂你写的东西。我不知给你说过多少遍了，你还是不改。我再告诉你一次，如果你再不有所改进的话，你就永远不要给我写信了；或者，如果你有什么事情要告诉我的话，你就找个字写得漂亮的人替你写，要不然的话，我会再把它扔到火里。
他的侄儿可是不想得罪他的，因为他梦想着继承米开朗琪罗的巨额财产。所以，每当这个时候，或者无论什么时候，他总是想法设法去奉承米开朗琪罗，以博取他的好感。但是，他急切的心情暴露得有些不是时候。有一次，当米开朗琪罗病危的时候，他的侄儿竟然到米开朗基罗的朋友弗朗希斯那里去打听他的伯父会留下什么财产。这件事情让米开朗琪罗知道了，他在给侄儿的信中强烈地表达着他的愤怒，并且警告他的侄儿说不会让他继承自己的财产。但是，这种愤怒并不能真正触动他的侄儿，因为，他知道伯父是决不会狠下心来这样对他的。
事实上，他侄儿的预料一点都没错。一年之后，米开朗琪罗又许诺要给侄儿3000金币。
他的侄儿得知此事后急匆匆地来到罗马。这种急切的行为又再一次触怒了米开朗琪罗。他又一次在信中发泄愤怒的感情：你为什么这么急匆匆地赶来？你说是出于对我的爱，这真是鬼话！如果你真的爱我的话，你就不会接受这笔钱，而且还会写信给我说：“亲爱的伯父，您给我们的钱已经够多了，这些钱我们不能再要了，您现在重病在身，这笔钱您就留着自己用吧！您的生命对我而言比什么都重要。”可是，你在听说我要给你3000金币之后，按捺不住你的欲望，就兴冲冲地赶到罗马来了。我真不知道，如果有一天我真的到了无依无靠的地步，你是否还会这样。
虽然如此，米开朗琪罗还关心着侄儿的婚姻大事。但是，他的侄儿只关心什么时候能继承他的财产，对于自己的婚姻丝毫不关心，任由他的伯父去张罗，而且他这样做还表现出他对伯父的顺从。米开朗琪罗不知道侄儿的这些打算，他只顾发表着自己的意见：“人家曾经和我谈起过好几个，但是，有的我满意，有的并不满意。当然，你也有选择的自由。但是，我觉得你应该选那种真正爱你而不是爱你的财产的人；你不必考虑她家中是否有钱，但是要考虑她父母是干什么的；此外，还要看看她身体是否健康、气质怎么样、修养如何；必要时还可以考虑一下她是否会做家务活；至于长相是否好看，大可放到次要的地位。”
米开朗琪罗的条件是苛刻的。结果，找了好几个女子，都没有成。最后，叔侄俩都厌倦了。米开朗琪罗索性也不再过问这件事了。不久，他的侄儿订婚了，并在1553年5月，完成了婚礼。米开朗琪罗听到这个消息非常高兴，他起初许诺要送给新娘一条珍珠项链，后来又变成了两只戒指，一只是金刚钻的，一只是红宝石的。新娘还赠给他几件衣服，虽然他并不需要，但这足以令他高兴不已。1556年，米开朗琪罗邀请他们到罗马去。米开朗琪罗一直参与着家族的事情，但是，他却不让他的家人过问他的任何事情，他依然是那么的固执和任性。
在他的家庭关系之外，米开朗琪罗实际上还是有很多有名望的朋友的。从年轻时代起，他就和意大利最有名望的诸侯、亲王、主教、文人和艺术家们有来往。米开朗琪罗在不同人面前有着不同的形象，他既可以是一位温文尔雅的君子，也可以是一位善于交际的绅士，他同样也可以是二个典型的宫臣。他是整个民族的艺术天才的化身，是文艺复兴的光荣的代表人物。他所拥有的威望一点也不亚于当时的权贵们，甚至于这些权贵们见到他时要向他致敬。人们钦佩他的英雄般的天才，也同样尊重他的高尚的道德品格。他傲慢地藐视一切，甚至会公开地宣称即使是教皇的谈话也会使他感到恶心，如果他不高兴，他就会拒绝执行教皇的旨意。他愤世嫉俗，但也是一个怯懦的人，常常想从社会中逃遁出去。
米开朗琪罗虽然有很多朋友，但是，他与他们的友谊并不能持续太久。因为，他们无法忍受米开朗琪罗的傲慢和猜忌。为此，他的朋友常常变成了他的敌人。但是，米开朗琪罗并不知道这一点。他眼睁睁地看着他的朋友变成他的敌人，百思不得其解，继而他产生了一种悲痛的怨恨：“这些人天生就是负心汉。如果你在他困难的时候帮助他，他会说他曾经帮助过你，现在你帮助他是应该的；如果你给他工作，他会说那是因为你自己不能做，只能找他帮忙；如果他实在找不到什么理由来否认你给他的帮助时，他就会等到你做了一件错事时，再找借口推卸掉报答你的义务。人家来求我帮忙的时候，我总是真心地帮助他，可是，他们总是这样对待我。他们会把我的古怪脾气当作借口，以此来反对我。可怜啊！这就是一个善良的人所得到的结果。”米开朗琪罗就是这样悲悯着自己的善良和无辜。
米开朗琪罗有许多助手，但是大多是平庸之辈。人们说这是因为他喜欢故意挑选一些低能的人，这样，他就可以很好地控制他们，他只希望他们服从于自己，他并不认真地训练他们，并不希望他们成为他真正的合作者。当然，对于像米开朗琪罗这样一位高贵而又高傲的艺术家来说，绝对的服从是他对助手们最起码的要求。但是，这些批评也不完全切合实际。
米开朗琪罗对他的助手们还是非常宽宏大量的。米开朗琪罗有一个名叫安东尼的学徒，意志坚强但是不太聪明，他爱上了一个穷寡妇的女儿，他的家长坚决反对这种恋情，让他离开佛罗伦萨，米开朗琪罗也劝他离开。安东尼想要到法国去，米开朗琪罗就把自己的一些素描、草稿图样，还有一幅名画《利塔》给了他，米开朗琪罗本想让他把这些画卖了，换些生活的费用。安东尼到巴黎之后，想把《利塔》献给法国国王，但是，国王当时不在巴黎，他就将这幅画暂时存放在一位意大利朋友家中，但是不想这位朋友径自将这幅名画卖给了法国国王，自己拿了钱走了。安东尼没有任何经济来源，最后死在了异乡。
但是，米开朗琪罗在所有助手中最喜欢的还是弗朗希斯科。弗朗希斯科是在1530年开始做他的助手的。米开朗琪罗非常关心他的工作，细心地指导他，还让他参与于勒二世陵墓的建造工作。他还曾经慷慨地赠给弗朗希斯科2000金币。他深深地喜欢并关爱着这个年轻人。
可是，令米开朗琪罗伤心的是弗朗希斯科先他而去了。在弗朗希斯科去世的第二天，米开朗基罗就在给侄儿的信中称赞这位好助手：他的死让我那么悲伤，如果我比他先死的话，我会感觉更舒服一些。他是一个光明磊落的人，一个诚实而又忠心耿耿的人。
三个月后，他在给另一位友人的信中仍然诉说着他对弗朗希斯科的怀念：他活着的时候给我以生存的信心；他死了，又教我懂得了死亡。二十六年来，他在我身边一直是那么的忠心可靠。现在，我老了，本想让他作我晚年的依靠，可是，不想他竟然先我而去了。只希望我能在天国遇见他，愿神赐给他幸福！
弗朗希斯科死后，米开朗琪罗承担起了养育他儿子的责任，其中有一个儿子还跟了他的名字。
米开朗琪罗的身边除了这些人之外，他还有一些比较奇怪的朋友。在这其中，有一个喜欢雕塑的石匠，他总是送给米开朗琪罗一些小雕像，米开朗琪罗每每被这些小玩意弄得捧腹大笑；还有一个不知名的画家，时常要求米开朗琪罗为他画些画，然后，他就把这些画卖到乡下去，米开朗琪罗对于他的要求竟然百依百顺；他还为一个喜欢绘画的理发师创作了一幅画；他还曾经指导一个在于勒二世陵墓工程中工作过的、终日梦想着自己会成为大雕塑家的罗马工人，从一块巨石中雕刻出了一座美丽的雕像，等等。
