“这里是什么地方啊，好大啊！”继续前进的两人，来到了一处岩石遍布的峡谷，峡谷的尽头是一座看起来像博物馆的地方，瑟蕾娜看着眼前的一切说道。
“这里应该是阿露福遗迹，据说这里有一个慎密的洞口，只要解开洞口的谜题，就可以进入神秘的房间，那里会有很多的未知图腾。”小智解释说。
“好梦幻啊！”每一个少女心中都有一个探寻秘密的梦想，瑟蕾娜幻想着可以打开神秘的洞口，探寻未知图腾的秘密。
“还有哦！这里的水可是非常有名的哦，可以用来泡茶、冲咖啡，非常的不错呢！”小智补充说道。
“这里有好多古代神奇宝贝的化石啊！”走在路上，就发现两侧的岩壁上有好多的化石。“不知道我的化石翼龙、镰刀盔和多刺菊石兽怎么样了？”小智这时看到了化石翼龙、镰刀盔和多刺菊石兽的化石，有点思念自己的神奇宝贝了。
“哦，你的神奇宝贝们都很好，每天训练、玩耍，过的很好的！”这时从小智两人背后传来声音。
“大木博士？”转过头就发现原来是大木博士，小智有点高兴，可以了解自己的神奇宝贝们了。
“化石翼龙，一直在和喷火龙对战，然后时不时和喷火龙去挑战几只神鸟。至于镰刀盔和多刺菊石兽则是因为还保留着凶性，所以每次对战都很拼命，它们就如同最利之矛和最坚之盾，训练之外的时间就把自己埋进河底休息。”大木博士看出小智非常的想知道自己的神奇宝贝的近况，所以就对小智说道。
“对了，博士，你到这里有什么事情吗？”瑟蕾娜这时问道。
“是我的学生邀请我来的，说是有很大的发现，你们和我一起去看一下吧！”大木博士解释完后还邀请小智他们一起去，因为小智还有很多事情想要问，当然同意了，一起去的路上，小智也从博士那里知道了其他神奇宝贝的情况。之前的神奇宝贝们都是按照之前的训练方法训练，新加入的神奇宝贝也是在老一辈的前辈的教导下也按照这种方法特训，突出自己的特点、发挥自己的长处，尽可能的改善自己的不足，比如靠速度的神奇宝贝们速度更加的快速，唯快不破，不断的玩弄对手；消耗流的神奇宝贝们也熟练的掌握了自己的消耗技能，慢慢的把对手体力耗尽；而爆发型的神奇宝贝绝招威力更加强劲，尽量做到一击致命，不给对手翻盘机会；小智一直担心的菊草叶居然是训练最刻苦的，因为刚去的时候一直闹别扭，想小智了，不过妙蛙种子直接用藤鞭把它绑走了，几天之后，就看到它正跟随着妙蛙种子训练，而这几天之中则是和小智的神奇宝贝们对战，完全被虐了，每次输了，吉利蛋就给它恢复体力，接着再战，它也终于认识到了自己的不足，开始努力的加油，对于小智的爱开始转化为熊熊的斗志。
“大木博士，太好了，你终于来了！”走进峡谷尽头的屋子内，就有一位叔叔非常高兴的迎接大木博士。
“好久不见了，佐竹同学，给你们介绍一下，这是在彩虹大学选修我课的佐竹同学，这时从真新镇出发的神奇宝贝训练家小智，还有他的同伴瑟蕾娜，你说有重大发现，我刚好在路上碰到他们，就带他们来了。”大木博士为大家彼此做介绍。
“大木博士，过来一下。”而佐竹则是把大木博士拉倒一边说悄悄话去了，看来这种大发现还不是什么人都可以知道了，“这件事如果发表出去的话，会引起颠覆学术界的大风暴，所以我才找博士秘密商量的。”
“没事的，虽然小智是神奇宝贝训练家，不过他的神奇宝贝知识可是不比我差的，而且他们一路上也有很多的发现，我因此获益匪浅呢！”大木博士则是表示小智他们不是外人，也许还能帮什么忙呢。
“好吧，这次就破例。”佐竹也看出了博士非常认真，不是开玩笑，虽然对于小智的知识不比博士差有点怀疑，不过还是让小智他们参与了行动。
“那是在干什么啊？”这时瑟蕾娜发现旁边有一位工作人员正在拿着一个喷水的装置冲洗骨头。
“他正在用水冲洗化石上的泥土和不纯物质，那些是用刷子刷不掉的。”佐竹解释说，“哎，最近水一直不稳。”突然发现那边的仪器有几秒的间断不出水，佐竹苦恼的说。
“水源是哪里？”大木博士问道。
“就是后面森林深处，那里有丰富的地下水。”
“佐竹研究的是神奇宝贝古代史。”大家一边观看着这个如同博物馆一样的研究所，大木博士一边解释说。
“是的，怎么样，这里有很多的古代神奇宝贝化石。”佐竹为小智他们展示不同的神奇宝贝化石。
“根据研究表明，大家都认为生命是从两百万年前产生的，根据是发现镰刀盔的那个地层，不过我则是认为应该是更早的。”佐竹带大家来到了一处镰刀盔的化石处。
“我记得你毕业论文就是这方面的。”大木博士也回忆说。
“是的，我一直认为的海洋神奇宝贝起源学说一直没有变。”佐竹也表示同意。
“海洋神奇宝贝起源？”瑟蕾娜疑惑道。
“很早之前，水中会有较多的营养物质，随着演化，会产生很多的生命所必须的物质，而细胞膜的出现是很重要的一步，细胞膜提供了一个良好的生命环境，单细胞的生物就因此出现了，后来逐步出现多细胞生物、植物和动物、人类，当然这中间会有许多不为人知的事情发生，也是很多研究家所探讨的问题，神奇宝贝也是生命体，所以应该和人类的产生过程差不多，海洋神奇宝贝起源的确是一个很实际的假说。”小智也随后说道。
“原来是这样啊！”瑟蕾娜恍然大悟。
“真没想到你真的知道这么多的东西。”佐竹听完小智的话愣了一下，随后说道，而大木博士也为小智感到自豪，小智可是从他那里出发的，是真新镇的骄傲。
“接下来，带大家到两百万年前的世界。”随后佐竹带着大家来到了一处房间，打开门后，就看了生机勃勃的世界，“这里是依照古代神奇宝贝的知识，采用先进的电子技术仿制的两百万年前的世界，那只化石翼龙也是这样制作的，我们把这里做成古代神奇宝贝公园，重建古代神奇宝贝生活的环境，因为还要调整，所以还没有对外开放。”
“那个石头在发光！”继续前进，来到了水边，瑟蕾娜看着发光的石头非常的惊奇。
“那是发光青苔，太古时代的海边有很多这种东西，这是根据化石分析了解的。”佐竹解释说。
“是菊石兽和多刺菊石兽，这应该就是大发现了吧！”就在这时从水里出来两只菊石兽和多刺菊石兽，瑟蕾娜看到后非常高兴的说道。
“你们居然认识这些神奇宝贝，而且还看的出来是真的神奇宝贝！”佐竹看到小智他们只是表现的高兴而没有吃惊非常的不可思议。
“哦，那是因为这些孩子之前有碰到过这些神奇宝贝，小智收服过化石翼龙、化石盔，镰刀盔，菊石兽和多刺菊石兽。”大木博士解释说。
“纳尼？”佐竹直接石化，在风中凌乱了。
“没想到这里也会有绝种的化石神奇宝贝。”大木博士蹲下和菊石兽、多刺菊石兽打招呼，并且说道。
“大木博士，之前是在哪里发现的，怎么没有报道呢？”佐竹这时反应过来了，急切的问道。
“是在关东地区的大傻谷，不过小智怕人们惊扰那里的其他化石神奇宝贝，所以拜托我不要发表。”大木博士解释说，“哦，对了，后来小智他们去到橘子群岛的时候，也碰到过一座岛完全是由化石盔化石组成的，它们在一个红色的圆月晚上集体复活，不知去哪里了。”
“原来世界上会有这么多地方存在着绝种的化石神奇宝贝，不是大家没发现，而是大家都知道如果发表的话会引起大轰动，给这些神奇宝贝们带来灾难，所以大家都选择了沉默，希望这些神奇宝贝一直生存下去。”佐竹这个时候终于发现了问题的所在。
“我回去之后发一份我们几个博士研究的资料给你，这样对于你研究海洋神奇宝贝起源也会有很多帮助的。”大木博士随后表示说。
“真的吗，我一定会为神奇宝贝们保守这个秘密的！”佐竹也随后说自己也会为了神奇宝贝们的生存三缄其口的。
“佐竹主任，不好了，设施内的所有供水都中断了！”这时跑进来一位研究员对佐竹说道。
“去水源看看。”随后几人就趁着越野车向后面的森林水源驶去。
“火箭队！”刚到水源，就看到原来是火箭队不知道在做着什么事情，瑟蕾娜立刻喊道。
“你们到底是什么人？”佐竹从车上下来后也立刻问道。
“…………（火箭队经典台词），这里的水我们要拿出去卖掉当我们的资金，还有这里的菊石兽、多刺菊石兽可是多的捉不完哦，我们是不会分给你们的！”武藏说完还不忘对小智他们做鬼脸。
“绵绵，决定是你了！”小智派出了绵绵。
“妖火红狐，上吧！”瑟蕾娜也派出了妖火红狐。
“阿柏怪、双弹瓦斯，去吧！”武藏和小次郎也派了阿柏怪和双弹瓦斯。
“阿柏怪，使用捆绑！”“双弹瓦斯，泥浆攻击！”
“绵绵，棉花孢子！”“妖火红狐！喷射火焰！”
阿柏怪迅速的冲了过来，想要把绵绵给绑起来，不过跑到半路就冲进了一堆棉花堆了，完全失去了视野，也因为重力棉花孢子而速度大减，那边的双弹瓦斯和妖火红狐的绝招则是相撞相消了。
“阿柏怪，铁头功！”“双弹瓦斯，冲击！”
“妖火红狐！催眠术！”“绵绵，电磁波！”
阿柏怪在一番挣扎之后，终于从棉花堆里出来，随后用头撞了过来，不过迎接它的则是妖火红狐的催眠术，直接被催眠了，那边的绵绵使用了电磁波，黄色的电流圈也打中了直冲冲过来的双弹瓦斯，被麻痹了，僵直在原地上。
“妖火红狐，喷射火焰！”“绵绵，充电光束！”喷射火焰夹杂着电流打中了火箭队。
“好讨厌的感觉啊！”
“这里的下面不知道会是什么样的世界，就这样让他们保持原状吧。”看着刚才被火箭队抓住的菊石兽、多刺菊石兽们都回去了，佐竹说道。
“是啊，为了这些神奇宝贝们，什么都不做才是最好的选择。”大木博士也随后同意说。
“博士再见了，替我向妈妈问好，还有帮我向我的神奇宝贝们传达一声，我很想它们！”告别了大木博士，小智两人继续向着圆朱市进发了。
待续。。。。。。。
