黑色教团除本部外，还有六个分部，分别是亚洲分部、中东分部、非洲分部、北美分部、南美分部、大洋洲分部。黑色教团还分为七个班，分别是科学班、探索班、医疗班、通信班、警备班、对外调整和综合管理班，而驱魔人、室长和各班的职员等均以教团作根据地。
驱魔人/驱魔师
驱魔师，每一个圣洁（INNOCENCE）都会选择一位使徒，亦即是“适格者”，而驱魔人就是加入了“黑色教团”的圣洁适格者。属于“黑色教团”的前线人员，专门负责回收沉睡在世界各地的圣洁和破坏“恶魔”的圣职者。全体“驱魔人”都穿着黑色的团服。团服的胸口位置有作为“驱魔人”象征的“蔷薇十字”标志。通常“适格者”是由“元帅”发现，并带到“黑色教团”成为驱魔人，教团为确保作战能力和护“心”等的情况，也有“适格者”是被“黑色教团”发现，强制的被带去成为驱魔人。
元帅
比驱魔人高一级的职位，也是“适格者”，而且与圣洁同步率超越100%以上的“临界者”。成为元帅的主要条件是与圣洁同步率超越100%以上的“临界者”，通常元帅要定期与教团联络。元帅的主要工作是四处寻找“适格者”来成为“适格者不明的圣洁”的“适合者”，成为“驱魔人”。另外元帅还会参与训练新的“驱魔人”。
圣洁/神之结晶
神所赐予的神秘物质。只有拥有“使徒”资格的人类才能使用，用来对付恶魔和诺亚。圣洁可以净化恶魔灵魂，使其不再痛苦。发动时普遍发出不同颜色的荧光形态分别是寄生型、装备型、结晶型和自立型，原有109个，在大洪水时代被冲至世界各地。
心脏（heart）
圣洁中最为特别的是“心之圣洁”，据说只要将其摧毁，其他普通圣洁也会随之消逝。持有者未知。（它是所有圣洁的中枢，如果毁坏了作为心脏的圣洁，那么所有的圣洁都将失去作用，也是千年伯爵一直想得到并毁坏的圣洁。
临界者
临界者是指圣洁（INNOCENCE）与其适合者的圣洁同步率高于100%或以上(临界点)的适合者。元帅全体人员都是临界者。
降咎（咎落）
圣洁（Innocence）同步率在零以下的人，强迫不适合者和圣洁同步就会产生的现象。所谓“咎”就是并非使徒还要和神进行同步。在教团制造驱魔师的实验中，就有许多人被降咎。同时如果驱魔师有背叛神或者圣洁（Innocence）的行为，也会遭到降咎。圣洁失控后人体会被操纵并暴走，在24小时内遭到破坏。降咎结束以后圣洁将会恢复正常。
科学班
黑色教团的第一班，组员都是知识分子，主要进行对驱魔人的对恶魔武器的研究和开发，以及制造对探索部队的工作必要的武器和工具，另外也负责制作团服。组员在各自的专业突出。有些擅长地质学和植物学。
探索班（Hunter）
黑色教团的第二班，班组成员称为探索部队，负责收集全世界的情报，根据奇怪事件来寻找圣洁。是死亡率最高的职业。非驱魔人的普通人类，圣洁（innocence）的落空者，隶属于世界各地的黑色教团及其支部，负责支援驱魔人的任务。武器是结界装置，在驱魔人未到达现场前，用其制止恶魔的活动。（实际上他们很容易被害，结界对LV2以上的恶魔根本没什么用）
诺亚一族
诺亚一族（ノアの一族），诺亚共有13人，七千年前--在和持有[心脏]的家伙的战斗中，身为第一诺亚的千年伯爵被打败后存活下来的十二位诺亚成为了被大洪水毁灭的世界的第二亚当，也就是现在人类的祖先！所以所有的人类都有[诺亚]的基因。
恶魔
是千年伯爵以“机械”、“灵魂”和“悲剧”作为材料制造出来的恶性生化兵器。其灵魂被千年伯爵控制，通过不断杀人吸取能力，进行进化。恶魔的代表色是紫色，额头上有五芒星-五芒星通常被视为恶魔符号。LV1恶魔没有自己的意识，只会服从伯爵和诺亚的命令发射病毒子弹，长相恐怖，为圆形，上面插着类似于钢管的结构，是最初形态，等级2的恶魔有自我思考的能力，能力更强，LV2保持人形，还可变身，等级3更加厉害，防御能力更强，常常让驱魔师措手不及，外形貌似黑骷髅，每个等级3的恶魔都有自己的暗物质，并且还会吃1，2的恶魔，有时还可以和在一起变成超大型恶魔，等级4恶魔是无法让人形容的存在，恶魔的最高等级为等级6。
守化髅
原身为拥有头脑聪敏的人类，被魔术改造了身体寿命约200年，身体非常坚固，能抵御普通刀枪。负责的工作有制造恶魔﹑打扫方舟﹑帮伯爵缝衣服及一般杂务。
