汪琦对贝蕾和其它追随他的异人们，讲述了他当年被暗夜组织人捕获后做实验的经过。汪琦还说，暗夜组也改造了异人们的祖先。所以，这些人建立了暗夜组织，迎接他的归来。现在，他要回报这些人的忠诚，在他们身上重现当时暗夜人的实验。
贝尔研究出了能抗暗夜组织的方案，这是能救回惠子的唯一办法了。可是，寒梅又担心使用过程中会造成惠子出现其它不好的情况。何岩听了，主动要求要自己先去试探。但贝尔得知如此做可能会摧毁被暗夜建立的防御系统，命令何岩另外寻找办法。他不想失去何岩这个神盾局出色的特工搭档。何岩见多说无益，为救惠子，他自己先做出了决定。
贝尔和汪琦居然通过神秘局的系统，寻找到了惠子踪迹。贝尔认为这是陷阱，而汪琦却感情用事地以为也许惠子故意这样做，好让昔日的同事前去救她。贝尔尽管一直将何岩视作自己的好兄弟，但却认为何岩错了。有了线索，但不能掉以轻心，如果此次前往，务必将暗夜一举消灭。
何岩为贝尔的设想所吸引，帮他们将方案用于实验，将正常人转化成异人。但何岩的实验失败了。他对贝尔说如果要成功，他需要一个活着的暗夜人的基因。
神秘局的特工们全副武装地出发了，大家下定决心要救回惠子，摧毁暗夜，尤其何岩，惠子是他的搭档，而他居然对惠子的变化一无所知，他内心对此感到内疚，一心要弥补。特工们赶到后，寒梅发现了暗夜死士，她假意套近乎，得知暗夜抓人的目的。当得知了暗夜的确切所在地后，寒梅击晕了死士。
为了得到活的暗夜组织人的血液。贝尔召唤来了暗夜组织的人手，这时，暗夜出现了，一直躲在暗处观察的神秘局特工们执行着汪琦的命令，可何岩却想违令去帮惠子。
猎杀者被惠子制服，抽到了足够的血液。这时，何岩出现要救回惠子，而却暗夜将他击倒在地痛殴。另一个猎杀者最终被暗夜所杀，特工们的武器显然也伤不了暗夜，神秘局只得火速撤离。暗夜因惠子未能如约扯出汪琦的心脏而对她的忠诚表示怀疑。汪琦何岩等人一起，攻打暗夜，在经过三天三夜后，暗夜被神秘特工队一行人给击败，暗夜组织也彻底消失。神秘特工队一行人完成使命，他们有情人终成眷属，手拉手幸福而归。
完结
