湘勇指挥官用宋儒理学武装指战员的头脑，深刻地影响了后世管理军队的方法。由此可见，湘军的创始者们从一开始就注重文化教育和思想建设，在他们的努力下，湘军形成了自己独有的军营文化。
湘勇部队明确了各级军官和各兵种的责任制，定编定岗，核查都有依据。营官以下，所有官佐和士卒，以及其他随营人员，都有相关的职责。营官，是一营的核心，他要挑选并管好哨长和什长；帮办，是营官的副手，协助营官训练和督查部队，负责侦探、粮饷、文书、军器、武器和名册功单；侍勇，负责传达鞭笞和斩首的命令；壮勇，负责差遣勇丁、递送公文及探信，临阵则跟随营官；游勇，临阵随营，由营官指挥，策应各哨，战斗部队中有缺员时便选补上去；护勇，负责掩护正哨长冲锋，每营设四名；散勇，听从什长和伍长的指挥；探勇，负责探路和探查敌情；伙勇就是炊事员；长夫就是挑夫。从营官到士卒，形成一个严密的金字塔结构。
湘乡勇的号令以能够发声的器械来传达。王珍采用的响器五花八门，简直可以拼凑一个戏班。
炮，是最威风的发声器械。号炮是大家都能听到的，营官用炮声向全营官兵传达命令。天黑睡觉前放一炮，称为“定更”。天亮起床前放一炮，称为“醒炮”。吹唢呐时又放号炮两声，表示要互相传递消息：开始行军，或开始操练。连放三声号炮，表示必须肃静，上级有命令要下达。晚上突然响炮三声，是通知大家：敌人来偷袭了，准备操家伙战斗。
除了炮以外，王珍用来给湘勇传达号令的发声器械，都是中国传统的民间乐器。他采用了常见的吹奏乐器唢呐和喇叭，还有打击乐器鼓和锣。
唢呐是哨长之间传递信息的工具，吹一声是召集哨长开会；吹两声是命令哨长带什长一起来开会。
喇叭传达的命令，关系到生活、行军和作战。吹一声，埋锅造饭；吹两声，准备吃饭；吹三声，准备收营行军；连吹数声，是下令急行军；如在与敌人酣战时，喇叭吹作天鹅声响，便是命令埋伏的部队出击，或是命令众人一齐呐喊。
鼓是用来指挥火力和战法的。敲三通鼓，表示威严；敲鼓边，是命令枪炮手放炮；在平和的鼓声中突然重击一下，是命令大炮开火；鼓声急促，是命令部队开始肉搏；鼓声忽缓忽急，则是下令改变打法了。
锣是用来退兵的。战斗中鸣锣三声，是命令部队拼命顶住敌人的进攻；连鸣不止，表示放弃战斗，全线总撤退。
宿营时则有暗号，每夜由统帅发布两个字作为口令。
湘勇在建设初期就形成了一些纪律和规定。指挥员鼓励士卒献计献策，勤于探索学习，积极侦探敌情，重视军器的使用。提倡士卒之间培养友情，规定对伤亡者厚加恤养。各级官佐必须明辨功过，赏罚分明。禁止部队骚扰百姓，传播谣言，杜绝各种漏洞。军营出入要严密把关，夜晚禁止勇丁私自外出。不许部队在战争中劫掠财物。作战要慎重，打了胜仗不能骄傲。
以上各项要求，都有具体的命令。仅以禁止骚扰百姓一条为例，命令中说：湘勇所过之处，务须秋毫无犯，不得求买求卖，强赊强借；擅自挪动民间一草一木者，处以斩首；强奸妇女的勇丁，已成奸者，凌迟处死；强奸未遂者斩首；调戏妇女者要从严治罪。
王珍对于湘勇的训练有一套独特的心得，把训练的要求总结为十一个方面：练目，练耳，练口，练手，练足，练心，练胆，练谋，练识，练气，练精神。
曾国藩认为王珍制定的营制具有独创性，决定采用，注重训练乡勇的胆识和战技。从这时开始，曾国藩统管着湘乡勇和其他团练部队，颁布营制，勤加训练。
刘长佑与王珍初次联手
曾国藩在接管团练的同时，着手用严厉的刑法整顿社会治安。他委任在籍江苏候补知州黄廷瓒、安徽候补知县曹光汉编查保甲。为了表明诚恳的态度，把思想工作做得深入细致，他以书函劝谕各地绅士，不用公牍告示。他日夜写信，发给各府州县的士绅。
曾国藩把募练乡勇的责权高度集中，由自己一肩挑起来，没有把这项任务交给各地的绅士。他说团练很难筹集经费，不必遍地开花，要选择合适的地方与合适的人才来办。各地的急务是清查保甲，分清良民和歹徒，以锄暴作为安良之法。一旦发现土匪作恶，便可密函报告。只要向省城密报，他就可以拿出巡抚的令旗，将匪徒就地正法，用不着再给监狱添麻烦。这样省去了公文旅行的周折，做到无案不破。
曾国藩加重治安处罚，引用岳飞“不要钱、不怕死”的口号，作为自己的座右铭，一时得到好评。他善于用诚意感召人心，每当有乡下的学者来访，他都是和言细语，谦恭有礼。他会耐心地听完对方陈述意见，如果提议可行，他就斟酌照办；如果提议是他不能采纳的，他也不会横加指责。对于草根来访者，他也以礼相待。于是人人都想得到提拔，都愿为他效力。他权衡各人的才智和特长，酌情使用，无论是聪明伶俐的才俊，还是忠厚谨慎的老实人，都能得到合适的位置，可谓人尽其才。
通过第一轮考察，曾国藩为自己罗致了几个可靠的帮手。他重用四十七岁的新田人张荣祖。此人是一名在籍的七品知县，曾国藩让他参与办案。曾国藩又将道员张其仁任命为总巡，任命夏廷樾和裕麟为团练委员，称为“干练”，有事参与谋议。
阴历除夕，咸丰下旨，命令张亮基、潘铎和曾国藩共同负责在湖南招募兵勇。大年初三，咸丰再次颁旨，说自己在皇宫内日夜思考除莠安良的事情。他说，匪徒多的地方，也是良民居多，作为封疆大臣，只有铲除恶心，才能使人民不受伤害，让地方得到安宁。浏阳和攸县等地的匪徒，必须总督和巡抚认真查办，并与曾国藩一道，参照地方形势统筹办理，才能最终剿灭。
曾国藩接到谕旨，立即向湖南各个州县发出号令，要求对土匪和逃勇格杀勿论。他自己在长沙招募勇丁，揭开了严厉打击会党和其他造反武装的序幕。
曾国藩办案果断，刑罚从重。凡是破坏社会安定的疑犯，解到之后，罪行一经查实，只有三种处理办法：罪行严重的立即斩首，罪行较轻的用棍棒击毙，罪行更轻的也要挨上千百鞭笞。
由此可见，曾国藩在湖南能够有所作为，首先是因为他采取的严厉措施，与皇帝的意思非常吻合，能够挟天子之威而雷厉风行；其次是得到了巡抚和布政使的全力支持，能够放开手脚大干。他借助审案局办案，把势力范围扩展到了全省。
曾国藩正在狠抓治安，湖南高层人事突然发生变化。咸丰三年（1853）正月七日，张亮基在长沙奉到谕旨，代理两广总督，湖南巡抚由潘铎代理。张亮基必须去武昌就任。他接到升官的圣旨以后，立刻想到了左膀右臂，令人把左宗棠找来。
“季高，请坐。”
“中丞有何吩咐？”
“刚刚奉到圣谕，令我署理湖广总督。”
“恭喜制台大人！”
“喜从何来？如今全国军政，就数湖北最为棘手，事情难办啊，除非——”
“大人何时起程？我也收拾回家。”
“季高，你听我说呀。长沙怎么守住的？晏仲武是谁打败的？征义堂是谁收拾的？全靠先生的谋划在内，岷樵的作战在外！二位还得助我一臂之力，否则这个总督如何当？”
经过一番动员，张亮基如愿以偿，左宗棠同意跟他前往武昌。在江忠源的问题上，他也抢了先手。他想把江忠源带走，曾国藩却想留下江忠源。可是张亮基已抢先奏调，曾国藩无法如愿。江忠源不想有负于曾老师，只带走四百名楚勇，留下江忠济与李辅朝率领其余一千名楚勇，交给曾国藩调遣。
正月十一日，张亮基、江忠源、左宗棠离开长沙，前往湖北。临行前，张亮基对江忠源说：“印渠是个当官的料子，让他留在浏阳办案，审讯处置俘虏吧。”
刘长佑奉令留在浏阳办理善后，对征义堂投降的部众采取宽大政策，凡是愿意悔改者一律释放，保全了许多俘虏的性命。事情办完以后，浏阳绅民焚香送行，许多人感激流泪。
刘长佑离开浏阳，打算前往武昌。这一次，曾国藩先行一步。他未能留住江忠源，已是非常遗憾；他想把刘长佑留在湖南，来不及征求刘长佑的意见，发了一纸军令，叫刘长佑来长沙报到。刘长佑接到公文，觉得曾大人事先不跟自己私下通气，对他未予应有的尊重，颇为不快。
刘长佑抵达长沙，到湖南审案局递进名帖。曾国藩迎了出来，笑道：“印渠来得正好。我用军令召你前来，你有些不解吧？湖南正在多事之秋，张公要调你去，我是担心你走掉，所以把你强留下来。”
刘长佑说：“曾大人客气了。长佑才疏学浅，恐怕帮不上什么忙，不如就此回乡，还望曾大人成全。”
曾国藩说：“印渠何出此言？眼下省城正缺得力的人手，怎好让干才回乡赋闲？你我先去见一见潘中丞，再做决定，如何？”
代理巡抚潘铎热情地接待了刘长佑，一见之下，大为器重，好言相劝，刘长佑碍于面子，勉强同意留下。
张亮基一行走了两天，于正月十三日抵达武昌，接印任事。咸丰刚刚任命的代理湖北巡抚骆秉章也从岳州抵达武昌履任。来自湖南的几位高官在武昌聚首，看到眼前的景象，相对摇头叹息。这时太平军撤走不过二十天，官衙和民房都已烧毁，公私财产荡然无存。城内凋残，不堪寓目；司道各库，荡然无存；富绅大贾，焚杀殆尽；官项既无，民捐又竭。左宗棠叹息道：“百废待兴，智尽能索，奈何奈何！”
唯一值得张亮基庆幸的是，省一级的官员都很得力。巡抚由骆秉章代理，布政使由严正基代理，两人都是能办实事的官员。若是按察使能由江忠源代理，这个班子就非常理想了。张亮基上疏请求任命，咸丰爽快地批准了所请。于是，张亮基手下有了三位名噪一时的干吏。加上师爷左宗棠这个智囊，天大的困难也能克服。湖北的领导班子，基本上是把湖南原先的班子搬了过来。这些人锐意改革，决定革除官场长期以来积累的弊端和陋习，抓紧修缮城墙，筹集军粮，开市通商，抚恤难民，惩治会党，抓捕逃犯，恢复社会治安。
张亮基把湖南的主角戏留给了曾国藩，而正在此时，曾国藩得到一个机会，得以检验湖南乡勇的战斗力。
正月二十二日，他接到耒阳和常宁的报告，天地会首领何禄与吴玉老十在白沙堡集结，袭击嘉禾县境。他令刘长佑和李辅朝率领五百名楚勇，令王珍率领三百名湘勇，于正月二十五日起行剿办。湘勇和楚勇尚未抵达耒阳，王珍接到常宁的函件，称当地乡勇已将何禄击溃，俘虏了吴玉老十。王珍打算去常宁和安仁一带搜捕残匪，又接到衡山信函，说会党曹戭和李跃聚集几百人在草市造反。
刘长佑走到半途，迎面遇见王珍轻骑而来，王珍隔着很远就招呼道：“印渠兄，常宁不用去了！”
刘长佑惊讶地问道：“璞山为何去而回返？”
“刚接常宁来函，土匪已经溃散。可是衡山的草市有警，几千土匪聚众闹事，我们回师衡山吧？”
于是两军一起回兵，于二月九日抵达衡山流霞渡，闻知衡阳乡勇当天与会党交手，吃了败仗。曹戭与李跃正在得意，听说湘勇和楚勇开到，大惊失色，连忙下令退后三十里，驻扎在县城以东的吴集。刘长佑与王珍合军渡到湘江以南，将民船全部藏匿起来，约定一见楚勇的蓝旗便同时出击。
刘长佑发现王珍精力过人，到了夜间，他还召集部众开会，讲解《圣谕广训》和关于性理的儒家学说，会后又令军士们练习射箭和写字。
第二天，会党攻击流霞渡，想渡湘江，苦于找不到渡船，仍然退回吴集。王珍和刘长佑率部直逼敌营，曹李被迫下令迎敌，会众鼓噪出击。刘长佑一声号令，蓝旗突起。王珍见到信号，亲自击鼓传令。第一通鼓响，军士们排列如墙；第二通鼓响，左右翼从两侧兜围，如同巨鸟张开翅膀；敌军炮火射击过后，王珍擂响第三通鼓，部队迅速冲锋，势如潮涌。会军反身逃跑，湘勇紧追不舍。王珍亲自挥师奋击，斩其首领，会军大败而逃。两军斩杀二百多人，阵擒李跃及六十多名会党，夺得武器无数。会军余部也被楚勇和湘勇分别诛杀或释放，衡山平定。这一仗，五百楚勇与三百湘勇击败三千会党，自身未损一人。
刘长佑的部队已是身经百战，而湘勇则是参与整顿本省治安的第一仗，取得了可喜的战果。曾国藩得到战报，心中对湘勇已有了几分底气。
湘勇和楚勇连日追捕余寇，二月十日抵达大洲，听说另一支会军已经攻破安仁，占据界首。王珍与刘长佑商议分头星夜进攻，刘长佑前往大坪头，王珍前往大源冲。两军抵达预定位置后，分头向界首进发。部队尚未抵达界首，王珍接到信函，得知张荣祖已从新田赶来，将会军击溃。王珍听说大源冲是会军老巢，又回头搜捕，将会军的三十多处根据地捣毁。
此次剿匪之后，刘长佑和王珍奉令返回长沙。官府叙论王珍湘勇在草市的战功，保举他为县丞。王珍力辞，没有接受官职。
从此，湖南和湖北的各个大府，都想得到楚勇和湘勇的援助。刘长佑的行政才干在浏阳得到了验证，潘铎令他审理衡山官役的贪污案，刘长佑十天审完，返回长沙。
