一六二八年，就在陕北起义和两镇造反的不和谐中过去了，一六二九年元月一日，一年一度的太和殿大朝会又开始了，崇祯道，去岁改革进入深水区，牵涉的都是老大难的问题，谁是忠心的，谁是有私心的，天下人都看的一清二楚，各位臣工都要扪心自问，朕可曾亏待你们？天下百姓也要扪心自问，朝廷可曾亏待你们？人心不足蛇吞象！以己之私利，置天下而不顾者，便是国贼！是刁民！人人得而诛之！
众臣纷纷道，陛下圣明，臣等有罪！崇祯扫视了一下众人道，有人道天子当于士大夫共治天下也！然今日之中国亦非昨日之中国，民生疲敝，苦不堪言，何以共治？想当年太祖出身寒微，以智慧武功，扫荡群雄，兼有天下，诸公何曾敢出此言？故非朕与士大夫共治也，乃朕独裁与天下也！朕只一言，诸公可遍传天下士子百姓，朕实乃太祖、成祖后，又一独裁帝王也！
众臣纷纷又道，普天之下莫非王土；率土之滨莫非王臣！臣等敢不从命！崇祯这才点点头道，众爱卿平身吧！
程国祥这才出列道，陛下，去岁都察院、大理寺、刑部抄没犯官家资，上缴户部共计1986.33万两、皇家钱庄收入3125.98万两、路桥缮营局收入961.2万两、农业局收入139万两、实业局（瓷器局、天津造船厂、江南造船厂、马尾造船厂、织造局等）收入13982.65万两、兵事局收入2845万两、市舶司收入4973.65万两、城乡缮营局收入2231万两、税司收入6793.1万两、贸易局收入5879.32万两、医馆局收入63万两、笔录司收入712万两，合计收入43692.23万两；各地戍卫军、野战军军饷支出2198万两、辽东军饷支出921万两、官员俸禄支出1954.36万两、格物处研究支出2188.97万两、军改安置支出367万两、农业局支出92万两、实业局支出4621万两、城乡缮营局支出976万两、兵事局支出914万两、路桥缮营局支出553万两、贸易局铁轨马车支出113.9万两、各地赈灾支出569万两、农田水利建设支出295.34万两、朝廷赎买粮食支出592万两、内务处支出129万两、医馆局支出392万两、其他杂项支出354万两、平叛支出目前已经支出1954万两，合计支出19184.57万两，户部、府库司合计结余24507.66万两，比去年多结余13374.87万两。
崇祯听了后，多少松了口气，连续三年国库都结余了大把的银子，而赈灾、辽东、平叛三件大事，无一不是无底洞。朱由检便对陆遥说，多亏有先生，目前实业局、贸易局、市舶司、税司都是进钱的大头，多亏了先生啊！陆遥说，其实我也只是顺势而为罢了，其实历史上明末的时候，工业、资本的萌芽就开始了，要不是后来鞑子进关，朝廷覆灭，而鞑子又政策错误的话，中国如何会沉沦一百年？如今我只不过在政策上拨乱反正罢了，具体的发展其实都是普通的士农工商，各个阶层共同努力的结果。
崇祯又勉励众臣几句，便宣布大朝会结束，本来大朝会也就是礼仪性质的，不会在大朝会上商议什么国家大事，不过今年大朝会上皇帝定的今后朝政将由共治专为独裁的言论，还是让众臣心中忐忑不安。
散了朝，崇祯便道保和殿休息，军机大臣和内阁诸位大臣便在中和殿前后驾，略喝了一杯茶，崇祯便在中和殿召见诸位大人。崇祯问，陕北平叛之事如何了？郑以伟出列道，陛下，目前丁大人、洪大人已经将高迎祥等包围在安塞，周边余党业已扫荡，目前正按部就班、调兵遣将；孙将军已率兵北上，一举收服甘肃镇，目前正在甘肃镇整顿，不日便将袭取固原。陛下尽可安坐也。
崇祯点点头，韩爌出列道，陛下，黄宗羲回来了！崇祯忙道，还好？韩爌道，前几日，黄大人满面尘垢，昏倒在臣的门口，被臣救起，黄大人说起变故，实乃九死一生也，黄大人已在殿外后旨，陛下可宣来一问。
崇祯忙道，宣黄宗羲。王承恩便宣黄宗羲进来，黄宗羲跪拜道，臣参见陛下，陛下万岁万岁万万岁！崇祯道，爱卿平身，爱卿辛苦了。黄宗羲道，托陛下洪福，王威等叛变之时，臣正在甘肃镇，杨总兵与臣商议，他在甘肃镇坚守，让我立刻前往西安府报告，没想到出城不久，就被白莲教盯上，竟然半路劫持，将臣掳到安塞，臣宁死不从，贼人竟然毒打微臣，微臣只好装死，被他们扔到乱葬岗，幸好被人搭救，这才逃出生天，能活着面见陛下！
崇祯道，果真乃民贼也！不但残害百姓，还劫掠大臣，罪该万死！既然他们反了，那安置之事亦在朕许与不许之间，爱卿可在京休养几日，便往河南赴任即可。
议完了陕北的事，徐光启又出列道，陛下，前日陛下发明旨设医馆局，又令各府州开设医馆，目前府库司已经拨款数百万两，臣已命人先在京师、天津港府、济南府、应天府、松江港府等处筹办医馆，人员也已安排就绪。
崇祯点点头，徐光启又道，陛下，臣还有一事启奏。崇祯道，徐阁老不必谨言，可直言也。徐光启道，之前格物处依旧历推算日食，竟然屡屡失误，只因台官测候，仍用前朝郭守敬法，无怪今日之失，宜及时修治，参用西法。
崇祯问，西法可有甚好处？徐光启道，前日有罗雅谷、灯玉涵自西方来，多言西历，又多带来哥白尼、伽利略、第谷、开普勒等人的著作，臣参照西历推衍日食等事，竟分毫不差，可见西历之密也。他山之石可以攻玉，臣请组建编译局，翻译西方先进理论，同时结合本朝实践，编写新作，望陛下恩准。
崇祯便问，爱卿以为谁可担此重任？徐光启道，臣保举李天经，此人乃神宗朝进士，擅长历法，可担此任。崇祯道，既然如此，朕便在格物处下设编译局，以李天经为编译局都司佥事，补授院士，令爱卿为总编纂，李天经、李之藻、汤若望、龙华民、罗雅谷、邓玉函等为主编，编写新历，同时补授罗雅谷、邓玉函为院士。
徐光启退下后，户部科都给事中姚宗文又道，陛下，自成祖起，皇室急剧膨胀，对太监的需求日益增多，而朝廷又不禁民间自宫，且本朝亦不禁内监参政，于是乎，民间自宫者一直很多，虽然历代皇帝都曾下诏严禁民间自宫，但是此风不但没有消失，反而越演越烈，眼下此风尤甚，与国计民生大大不利也！臣以为应当由内务处统一管理此事，与六部同，实行三定，而各王府严禁私纳太监，如此一来，此风可灭也。
崇祯便道，民者，国之本也，倘若人人不思事务，专一投机造作，则国事日靡也！卿此言实乃利国利民之事也。可令民间有四五子愿以一子报官阉割者，由内务处造册，敢有私自净身者，十六岁以上罪坐本身及下手之人，十五岁以下罪坐主使及下手之人。倘有强阉他人希图诬赖的讯明反坐，亦不姑息。并诏令各地方州县、王府，有私纳太监者，轻则罚金降职，重则削籍流死！令刑名司制定律例，布告中外，确行遵守。众人又商议了几件事，这才退下。
过几日，王承恩拿着一封密信道，陛下，刘兴祚从皮岛发来的。崇祯打开上边写道：臣刘兴祚启奏陛下，臣又查明，毛文龙确已有叛心，去岁十月，皇太极再派可可前往东江、皮岛，所议之事不详。陆遥道，或许此中关切便在可可身上，若能想办法将此人带到京城来，才可知悉其中关切。朱由检便道，我看可以以发放军饷的名义，让渤海水师前往皮岛，在让方正化和刘兴祚以为内应，不动声色的将其骗上船，先生以为如何？陆遥笑道，如此甚好。
崇祯便亲自书写一封，交给王承恩说，速递至刘兴祚将军处。然后又说，令罗光烈亲率水师船队，前往皮岛运送军饷。
一六二九年二月初四，周皇后顺利产下一子一女，崇祯帝大喜，给皇子赐名朱慈烺，封宋王；公主赐封号长平公主。
