琼州方面如此对待施琅这些俘虏，自然是李岩的示意。不过，李岩暂时却顾不上这些俘虏，而是在筹备一个大动作。
此时，琼州的主要军队，除了自己的嫡系，原本朝廷给他的编制是五千人以外，李岩已经实际上已经掌控了所有在琼州的军队，包括名义上的皇家禁卫军，由于李年的缘故，实际上还是处于李岩的控制之下。不过，李岩最头痛的是大明混乱的军制，同样都是总兵，兵力多的超过一万，甚至两万，少的只有几千。至于副将、参将之类的同样如此。
李岩上书朝廷，希望能够根据自己所属士兵多少的关系来确定将领的军职。比如在李岩军中，早就按照镇、协、标、营、队、哨、棚进行编制。一个棚十人，三三制进位，这样，一个标大约八百人，一个镇七千多人。每个对应单位的长官加个长字，比如棚长，协长等，只有一镇的长官因为被称为镇长，李岩觉得别扭，干脆还是称为总兵官，为二品武官，算是降级了。总兵官上面就是各类称号将军了，将原本属于宗室的各类将军称号剥夺，设置从一品将军，比如，镇国将军、定国将军、奉国将军、安国将军、辅国将军；正一品的骠骑大将军、金吾大将军、龙虎大将军。
以上都是军职，除此以外，理论上，无论文臣武将，还都可以获得爵位。当然，由于文臣一般位居后方，除了在前线的堵胤锡获封文定侯，其余文臣，即使是曾经的文臣之首黄道周也没有获得什么爵位。但是对于武将来说，获得爵位就太容易了。基本上，一品的武职立功就可封公爵了，总兵官就可封伯爵。然而，李岩也没有忘记这些中层的武官，为了安抚众人，也提请朝廷增加了子爵与男爵这两个传统爵位。这两个爵位虽然低下，俸禄也不高，但对于中层武官来说，无疑是一个极大的鼓励。有爵位的家庭，就是脱离了平民阶层，即使不能世袭罔替，但是说出来也是一个面子与一定的里子（有朝廷的俸禄）。
反正，按照李岩新制定的爵位标准，再无世袭罔替的爵位，是要降级继承爵位的，比如公爵的儿子，如果没有多少功劳，只能继承侯爵爵位，以此类推。以便降低朝廷的负担。
傅冠在朝廷讨论了一番后，发现李岩的新爵位体系，其实并没有增加朝廷多少负担，也就同意了。
其实朝廷在琼州收入也不错。虽然李岩已经从琼山新县城的大开发中筹措了一大笔资金。但是有钱人就是有钱人，钱多着呢。朝廷要想赚他们的钱也容易。就拿房屋的后期装修来说，虽然玻璃这样的新玩意的巨额利润还是归了李岩，但是其它用于装修的瓷砖、马桶、家具等也是要钱的。
由于一切是战时体制，朝廷权利大增，在李岩的建议下，亲自组建了施工队，甚至还有家具厂什么的。所取得利润一部分支付了工人工资，大头却成了朝廷的收入。由是，通过琼山新县城的建设，朝廷的收入竟然超过了当初在肇庆一府的收入，年入130万两白银，支付官员的工资倒是足够了。
而且，都是大量提拔的新贵族，原本大明朝的老贵族，随着大明在本土的全面退缩，自然也不可能再次得到朝廷的俸禄与承认，也极大的减轻了琼州的负担。
在朝廷撤退往琼州后，李岩地位陡涨，顺理成章的荣升为大明的镇国将军，琼国公，掌控了整个琼州的军权。除此以外，李过成了定国将军，兴国公，与李岩的地位等同，成为湖广战场的最高武官；舟山一带的方国安成了安国将军，荆国公；郑成功成了奉国将军，闽国公。
李岩之所以设置五个将军，却只实封了四位，是因为李岩还想给晚明后期最闪烁的将星李定国留个位置。
李定国此时在哪里呢？
农历1646年底，张献忠在西充县遇害，死的情形其实与李闯类似，都是由于脱离主力部队，前往查探敌情遇害。
张献忠去世后，原本的大西军残余还在张献忠的皇后与宰相汪兆龄的控制之下。张献忠四个义子之一，年龄最大的孙可望与其余几个义兄弟觉得不能再任由这二人胡闹下去，干脆处死了这二人，形成了以孙可望为首的四将军领导体制，突围南下，决定效仿李岩在南方建立根据地，因为后面有清军的豪格在追着呢。一路突破明军的封锁，首先来到了贵州，一路征伐，竟然打下了贵阳。
不过，他们显然觉得此时的贵州也不安全。正好，云南爆发了沙定洲之乱，即使是一向镇守云南的黔国公沐家也不能镇压此贼，沐家家主沐天波都被赶离昆明，惶惶不可终日。
大西军决定全力南下，直接以云南作为自己的根据地更加合适。因为，他们还有向导，那就是云南当地的一名土司龙在田。而且，孙可望等人还很聪明，他们利用沐家在云南的声望，谎称进入云南的大西军是沐天波妻子焦氏的族人，前来为沐家报仇。一路南行，几乎所有的城门都是大开，大西军如入无人之境。四月下旬就进入了昆明。
此时，沐天波已经抵达楚雄，与金沧兵备道杨畏之一道镇守。杨畏之是大明的忠臣，为了对抗势大的大西军，主动出击，却在禄丰县城东北大西军击败，人也被俘。由于杨畏之在云南官绅中信望颇重，还是孙可望的同乡，孙可望也很是敬重，双方经过谈判，双方约定：
一，不用大西军年号；
二，不妄杀人；
三，不焚庐舍，
双方终于达成了初步联合的条件。
随后大西军四处出击，终于初步稳定了云南形势。
此时的大明虽然形式日下，情势危急；但是对于大西军来说，也不是一片坦途，主要是云南还存在这大量心向大明的士绅百姓，是一个合则两利的事情。而且，与历史上的隆武帝遇害汀州导致大明群龙无首不同，此时，宣武皇帝已经进入琼州，首脑犹在。大明的形势其实还要更好一些，在杨畏之的劝说下，孙可望也有了与大明联手的想法。
