清世祖即位之后，范文程因是两朝老臣被提升入镶黄旗。在清初，镶黄、正黄、正蓝（后正白）是上三旗，地位要高于另外五旗。当时李自成农民军进军北京，范文程立即上书摄政王多尔衮，请求伐明以争夺中原天下，并上疏说：“中原的百姓久经战乱，备受摧残，都思有明主出世，以安居乐业。我们以前攻入明境，曾经屠永平，以后又曾多次深入抢掠而返，他们必以为我们没有大志，只是想多抢金银子女而已，因此对我们并不放心。这次我们出兵，应严申纪律，秋毫不犯，宣传我们这次进取中原之意，将官仍居其职，民仍安其业。如果这样做，黄河以北，可传檄而定。”范文程上书不久之后，李自成农民起义军攻入北京，消息传到清王朝，范文程当时正在盖州温泉养病，多尔衮命人快马将他立即召回。范文程一到就对摄政王说：“李自成涂炭中原，杀君灭后，此必灭之贼。他现在虽拥众百万，但必然失败，有三个原因：一是他逼死崇祯皇帝造成天怒；二是刑辱乡绅，追拷财货，造成士怨；三是掠人财，淫人妇，火人居，造成民恨，由这三条加上其骄傲无比，我军可一战将其击败。而我国军民上下同心，兵甲精练，代天讨伐，拯救明朝百姓。兵以义动，何愁大功不成？”他又对多尔衮进一步说：“保护百姓是天之德也，从古至今没有滥杀而得天下者。如果我们只想在关外称帝那就罢了，如果想统一华夏，非得安抚百姓不可。”第二天，范文程奉命以自己的名义，向明朝官吏宣布：“我军兴义师是为报你朝君父之仇而来，不杀百姓，今所杀者只有闯贼乱军。凡来归降者，官复其位，民复其业。大军纪律严明，将秋毫不犯。”
清军攻入北京之后，百废待兴。多尔衮接受范文程的意见，为收揽人心，为崇祯帝隆重发丧，任用大批明朝的降官，考定大批的律令，并广开言路，征集人才。明朝末年赋税繁重，由于战乱赋役册籍均毁于战火，只有明万历年的赋役册籍尚存，有人要求编定新的赋役册籍。范文程说：“明晚年赋役繁重，万历年间的数额尚可，即以此为额，尤有可能民不堪其重，怎么能编制新册增加呢？”于是决定即以明万历年间赋税为额。
顺治二年（1645年），清初步平定江南，范文程又上疏说：“治天下者在得民心，而知识分子为民心代表，得知识分子心，则得民心。请立即举行乡、会试，广开仕途。”清随即开科举取士。在范文程建议下，考虑到各地战乱，交通讯息不便，为此又特加开了几次乡、会试。仅几年之中，清朝即录取了进士一千余人，他们中许多后来成为清王朝前期的名臣。顺治五年（1648年）正月，清定内三院为文臣的班首，命范文程及刚林、祁充格用珠顶、玉带，分任三院大学士。顺治七年（1650年），睿亲王多尔衮死去。顺治八年（1651年）大学士刚林、祁充格以党附睿亲王妄改《太祖实录》罪被处死。范文程罪应当连坐，但世祖以范文程并未党附睿亲王，只命夺官来论赎，但很快又将其官复原职。到顺治九年（1652年）又被提升为一等精奇尼哈番世职，并授议政大臣，负责监修太宗实录。
清入关之后，直隶因久经战乱钱粮多不能按额征收，有时一年缺四百万两，造成国库亏空，范文程为此上疏说：“湖广、江西、河南、山东、陕西五省历经战乱居民稀少，请实行民屯，设置机构，命督抚选廉洁能干的官吏任职，督促百姓垦荒复业，执行不力者，将唯督抚是问。”世祖对他的建议立即采纳。顺治十年（1653年），范文程又与同官一道上疏，请求命令各部院三品以上的大臣，推举所知道的人才，不问满汉新旧，也不视官品高下，亦不避亲属恩怨，唯才是举，命他们上疏推荐，以备随时招用。他的上疏立即被批准实行。
顺治勤于政事，曾多次到内院视察，并就有关事情询问诸大臣，每次范文程都因为率先回奏受到嘉奖。有一次，范文程恰好在端午节值班，诸臣均不在，顺治看后十分感动，对他说：“借此节日一图安乐，人之常情，卿工读不休，以国事为重，诚国之重臣也。”范文程借这个机会，又向皇帝说：“君明臣良，必相互督促，始能承天意，尽国事。”顺治说：“自今以后，如果我有过都改，卿也应勤加提醒，毋忘其责。”
