嘉庆四年（1799年）正月初三日，一个预料中的事件终于发生了。太上皇乾隆终于走完了他的人生历程，以89岁高龄病逝于养心殿，从而结束了乾隆时代。对于这位“十全老人”的安详逝去，朝野官员和平民百姓的反应是平静的。而对于嘉庆来说，心情自然是矛盾的：一方面，作为一个孝子，丧父毕竟是不幸的；另一方面，作为一个嗣皇帝，可从此得以亲政，放开手脚去施展自己的抱负，按照自己的意愿去处理军国大事，这无疑又是不幸中的幸事。对此他也早有思想准备。
正月初四日，也就是乾隆病逝的第二天，嘉庆即命夺去乾隆宠臣和珅军机大臣和九门提督两职，只命他与福长安一道守值殡殿。这实为惩处和珅做准备。与此同时，嘉庆以上谕的形式，对乾隆年间的历史功绩进行了评价，实则揭露和珅专权下的种种积习流弊，无疑是对和珅的棒喝。结合当日剥夺和珅军机大臣、九门提督职务，明眼人不难看出嘉庆有意拿和珅开刀的，故给事中王念孙和御史广兴等纷纷上奏弹劾和珅的种种不法行为。
据载，当时参与除掉和珅的只有几个人，而刘墉则是其中之一。又据《随园诗话补遗批语》称，乾隆为太上皇时，刘墉不敢与和珅正面交锋，太上皇死后，刘墉“从而排挤之”。
嘉庆以御史弹劾为根据，宣布夺大学士和珅户部尚书之职，福长安等捕狱治罪，特命仪亲王永璇、成亲王永理前往宣旨，由武备院卿、护军统领阿兰保监押以行。并命永璇总理吏部、成亲王永理总理户部及三库，从而为诛除和珅作了组织方面的准备。
十一日，嘉庆为和珅问题特发上谕将和珅革职拿问。
接下来便是发交各省督抚进行议罪。
各省督抚中，从前与和珅关系密切者巴不得赶快与之脱去干系；看不惯和珅所为者更是随声而起讨伐，纷纷要求将和珅凌迟处死。如直隶总督胡季堂上奏说：“和珅丧尽天良，非复人类，种种悖逆不臣，蠹国病民，几同川楚贼匪，贪黩放荡，真一无耻小人，丧心病狂，目无君上，请依大逆律凌迟处死。”虽对比不当，但处死和珅的建议却颇合嘉庆心意。几天后，和珅被赐令自尽。
在大局已定的情况下，下嫁和珅之子丰绅殷德的和硕十公主，涕泣请全和珅肢体，屡屡恳请不止。大臣董诰、刘墉亦乘机进言，认为和珅罪大恶极，虽千刀万剐犹属轻罚，然而是曾任先朝的大臣，请从次律，所以嘉庆在量刑上作了一些变通，于正月十八日下达上谕，赐令和珅自尽，福长安斩监候，秋后处决。
在处理和珅一案的全过程中，刘墉始终参与。据朝鲜使者称，正月初四日刘墉和朱硅即被嘉庆召入宫中，在最后处置和珅时，刘墉和董诰“乘间言，珅罪虽万剐犹轻，但曾任先朝大臣，请从次律”。
清除和珅后，刘墉、王杰等人开始受到重用。据朝鲜使臣曹锡中的报告：各部院机要之任，皆以满人居之，汉人则不过备员，自是家传旧法。自新皇帝亲理万机之后，并用满汉，如刘墉之清谨，王杰之醇确，素所倚重，而用为大臣。
