翁同龢是一位旧式的爱国者，他的爱国与忠君是联系在一起的。面对西方列强对中国的现实威胁，翁同龢属于主战派。他主张，即使和谈，也必须讲究原则，决不可屈从侵略者。
光绪八年（1882年）9月李鸿章同法国代表正式议订《中法简明条约》（草约）十三款，承认法国控制越南。翁同龢见到文本后，大为气愤，坚决反对批准草约，主张做战争准备。他对刘永福黑旗军的抗法行为十分赞赏，主张政府予以援助，授予刘永福顶戴。光绪十年（1884年）3月5日法国侵略军攻占北宁，翁同龢在军机会议上再次大声疾呼，速请边将出战，筹兵添饷，但奕无动于衷，仍不作出坚决抵抗的决定，翁同龢拂袖而起。4月，因法军攻占镇南关，西太后将奕为首的军机全班人马罢免，翁同龢仍回毓庆宫做皇帝老师。
光绪二十年（1894年），中日朝鲜问题交涉发生后，清政府因购船艇，以及军队的开拔，新军的招募编练，沿海设防，共约需银八百万两。如此庞大的军事费用，一下子全部落到了户部头上。翁同龢为筹措战费，四处奔波，力尽艰难，几乎到了精疲力竭的地步。然而，令他苦恼的是，自中日战争爆发，尽管前线战事激烈，国家财政困难，西太后的万寿庆典筹备活动依旧紧锣密鼓地进行，各部院衙门咸以庆典经费不敷支用，三天两头地向户部伸手要钱，这使翁同龢和其他户部堂官感到非常棘手难办。
而此时，西太后置国家民族安危于不顾、大肆挥霍国家钱财操办自己的六十大寿，同样引起正直官僚的不满。七月底，内阁学士文廷式、御史安维峻等三十多人联衔呈奏，要求光绪帝下令停止太后万寿庆典筹备活动，集中全力对付日本侵略者。八月初，以内阁学士李文田为首，南、上两书房四十多名翰林编修再次联衔上奏，以“预防倭奸混入”为名，要求“停办点景”。翁同龢认为这些奏疏的要求“入情入理”，“持论极正”。在舆论的推动下，翁同龢经过几天几夜的反复思考之后，终于鼓起了勇气，于八月十四日同其他户部堂官联衔，以户部名义上了一道公折，折中陈述了筹款为难情形，请求停止万寿庆典“工作”。光绪帝完全赞成翁师傅此举，并对翁师傅的勇气表示钦佩。
在光绪帝的授意下，南、上两书房的志锐、丁立钧、洪良晶、高燮曾等一批官员也纷纷上奏，呼吁停止庆典工程，移祝寿费为战费。在舆论的压力下，西太后只得作罢，但由此对光绪帝、翁同龢记恨于心。
更使西太后大为恼火的是，自中日朝鲜问题发生以来，光绪帝“惟翁之言是听”，而每次召见臣工之前，必先在书房内同翁同龢单独促膝独对，书房简直成了师生两人“密笏”谋划之地，这是西太后绝对不能允许的。她不顾残酷的战争形势，决定立即对光绪帝和翁同龢进行报复。借口光绪帝宠瑾、珍二妃“有祈请干预种种劣迹”，宣谕降为贵人。以珍妃位下内监高万枝“诸多不法”，下令内务府予以“扑杀”。
西太后的上述倒行逆施活动引起了一部分官僚的不满。御史高燮曾上疏指责西太后归政后不应干预皇上办事。紧接着御史安维峻也上书，斥责西太后主和误国、恋权不放。西太后大怒：这真是反了天了！而此时的翁同龢呢，却对上书官员大力维护，西太后一怒之下，下令裁撤毓庆宫书房，想把翁同龢从皇帝身边赶走。后来还是光绪帝请重新复出的恭亲王奕出面向西太后恳求，而西太后也“感到”自己一时“所论太猛”，目前还未到剪除翁同龢的时候，最后才勉强同意保留汉书房，但满文、洋文即行“裁撤”。
十月十二日，西太后在仪鸾殿单独召见翁同龢。对翁同龢来说，这是一次终生难忘的召见。为了安抚翁同龢因裁撤书房引起的“惊悸”和“不安”，西太后仍假惺惺地向他表示“信赖如初”。翁同龢感激涕零。西太后又“深情”地追忆同治亲政后母子不和以及拥立光绪时的困难情形，翁同龢听后“不禁泪下如糜”，慈禧也神色怆然，一个劲地褒奖他，说他忠实可靠。慈禧是很善于玩弄政治权术的，其实她早已失去了像当年那样对翁的信任。随着帝后权力斗争的发展，慈禧对他的所作所为越来越无法容忍，一待时机成熟和斗争需要，随时随地将他裁抑，逐出政坛。
慈禧一生“万事如意”，可逢到“万寿”良辰偏不能让她称心。这次正当西太后全神贯注准备大庆其“万寿”时，却“迎来”了日本侵略者对中国发动的一场侵略战争。十年后，章太炎在西太后七十“万寿”前夕做成如下一副对联：
今日到南苑，明日到北海，何日再到古长安？叹黎民膏血全枯，只为一人歌庆有；
五十割琉球，六十割台湾，而今又割东三省，痛赤县邦圻益蹙，每逢万寿祝疆无。
可谓生动、形象地鞭挞了西太后专权祸国的丑恶行径。
