就在熊本之战的第二日，已经降服了对马宗家的北路舰队，从对马岛出发兵分两路，一路在郑芝龙的带领下扑向了平户，另一路则在荷兰人普特曼斯的带领下进攻了长崎。
这两处地方本就没有什么常备武力，而萨摩藩起兵更是让周边的兵力抽调一空，因此长崎奉行竹中采女很快就逃往了佐贺藩。不过当竹中采女抵达佐贺藩不久，熊本平原联军大败，熊本藩和萨摩藩联手的消息便传到了佐贺藩。
九州岛最为富庶的其实只有两个地方，一个是控制了对外贸易的长崎和平户，另一个便是拥有大片平原和水系的熊本藩。其他地区的大名其实都不富裕，这次为了抵抗萨摩军，基本上已经将老本都拿出来了。
熊本平原上各藩联军的覆灭，使得各藩实际上已经没有抵抗熊本-萨摩联军的力量了。而佐贺藩就更惨了，不仅藩中的精锐为之一空，连家主都被人俘虏了去。因此当竹中采女试图让佐贺藩出兵帮助他收复长崎、平户时，藩中的上下并无心理睬他，大家都忙着怎么让本家保存下去，并打听出家主是否还活着的事。
竹中采女在佐贺藩只待了两天就不得不继续跑路了，一来此地人心惶惶，对于帮助他收复长崎、平户并无心力；二来便是藩中不少人员对他的态度越来越冷淡，这让他担忧佐贺藩会倒向熊本-萨摩联军。
于是竹中采女再次逃亡，这次的目的地是此前没有出兵，在九州北部实力最为完整的福冈藩。
因为家主和首席家臣之间的内斗，幸运的逃过一劫的黑田家，此刻也处在一种侥幸和茫然的状态之中。
福冈藩和两个支藩相加，领地固然超过了50万石，但是在北九州联军已经被熊本-萨摩联军覆没的状况下，他们并不觉得自己能够抵挡得住熊本-萨摩联军的进攻。
不过福冈藩内虽然因为这一突然变故而缓和了内部矛盾，但是围绕着福冈藩接下来是继续抵抗熊本-萨摩联军，还是向联军低头的问题，又形成了两派意见。
栗山利章等信任幕府实力的家臣们，认为应该继续抵抗熊本-萨摩联军，直到幕府派出大军征讨九州为止。
而另外一部分家臣则认为，熊本-萨摩联军势力强大，九州北面的长州藩又同幕府敌对，在短时间内幕府根本不可能派出大军征讨九州，为了保存本藩的实力，不如先同联军虚与委蛇，表明中立的立场。
一直和栗山利章争斗不休的黑田忠之，虽然不敢公开支持中立派家臣的主张，但是他在暗中却是极力支持在幕府和联军中中立的意见的。
福冈藩上下于是陷入了一个纠结的两难选择，选择抵抗联军，当下福冈藩就要灭亡了；选择向联军屈服，那么事后又要被幕府所清算。
不过竹中采女带来的长崎、平户的沦陷消息，终于让家主黑田忠之下定了决心。明国和南蛮人的插手，使得九州岛已经成为了孤岛。
福冈城位于博多及那珂川之间的福崎丘陵上，城下町位于城池的北面，距离大海很近。这座城池虽然被称之为石城，但是为了消除幕府的戒心，前任藩主最终还是拆毁了城中的天守阁。
也就是说，福冈城其实和长崎一般，都是一座港口城市，既然明人和南蛮人同熊本-萨摩军联手，那么福冈城就面临着被海陆夹击的危险。
黑田忠之并不认为，有着明人和南蛮舰队相助的熊本-萨摩联军会输给幕府。于是他开始向家臣们表明了自己的态度，并要求竹中采女离开福冈城。
黑田忠之的倒戈，让竹中采女愤恨不已，但是幕府势力在九州的消退，让他无法对黑田忠之的行为作出任何反击，他只能离开福冈城，前往九州最北端的小仓藩。
栗山利章不能接受黑田忠之的决定，于是跟随竹中采女一起离开。但是当他们抵达小仓城不久，细川忠兴却下令抓捕了两人，然后将他们视为礼物送给了联军，作为小仓藩向联军彻底投靠的证明。
细川忠兴押着两人向联军投诚时，加藤忠广才带着9000军势跨过了筑后川，距离小仓藩还有百余里呢。
北路舰队在十一月十二日夺取长崎和平户之后，立刻在当地建立起了统治秩序。之所以能够这么快控制当地形势，除了900名全副武装的士兵之外，当地的华人和切支丹教徒也提供了极大的帮助。
普特曼斯虽然极想独自霸占长崎港，但是郑芝龙及葡萄牙人的牵制下，不得不认可了长崎、平户自治的原则。虽然被幕府驱逐过，但荷兰人在长崎还是拥有一定根基的，在自治会议上占据了大约40％的席位。
而华人和葡萄牙人支持的切支丹教徒同样占据了40％的议会席位，最后的20％席位则落入到了愿意和舰队合作的本地商人的头上。
郑芝龙对于这次行动也是心满意足，此次从长崎、平户中夺取的财富，有将近十分之一落入了他的口袋，而且他还接回了妻子田川氏和两个儿子一个女儿。
十一月十五日，普特曼斯带着主力舰队继续北上，十六日抵达了福冈城北面的海面，和加藤忠广形成了海陆合围的势态。黑田忠之这才手忙脚乱的放弃了中立的主张，表示愿意加入倒幕联军。
十一月十七日，舰队抵达了小仓城，接受了细川忠兴的投效，至此九州岛的幕府势力基本被清除。同九州岛隔着一道海峡的长州藩上下固然是大喜，但是对于四国岛上的土佐藩来说却是一个噩耗。
更让土佐藩上下忧心的是，十一月十五日，在纪伊水道发生了一场水战，德岛藩和纪伊藩的水军不敌明人舰队，最终丧失了纪伊水道的控制权，濑户内海航道陷入了明人舰队的威胁之下。
四面环海的四国岛，失去了海上航道的控制权，等于要独立面对九州联军的进攻，这让土佐藩陷入了紧张备战和惶恐不安的气氛之中。
不过在水战中失利的德岛藩和纪伊藩，情绪却比土佐藩稳定多了。在水战一开始就抛弃了盟友，逃回根据地的淡路水军基本没有受到什么损失。
蜂须贺家政此前同东海巡阅府暗中达成的协定，使得德岛藩不仅没有受到明人舰队的进攻，反而使得德岛城成为了明人舰队的补给港。
至于纪伊藩，原本就没有什么实力的水军被歼灭，并不能损害到纪伊藩的实力，藩内领地上缺乏优良港口，也避免了明人舰队从海上的入侵。
藩主德川赖宣和家臣们，却从这场水战中意识到了德岛藩的不可靠和明人舰队的强大。赖宣和家臣们讨论再三之后，决定无视幕府要求他们出击大阪的意见，并不答应大阪方面的停战协议，先保住自家的安全再说。
十一月十七日，德川赖宣伪装成安藤直次的侍卫，在堺市和李晨芳、许心素进行了一次会谈。会谈中李晨芳、许心素向赖宣承诺，不管日后形势如何变化，明国都会确保其对于纪州半岛的统治权力，并将王子川-鹤田湖-狭山以南的区域交给纪伊藩。
赖宣则承诺，只要幕府军没有夺取大阪城，纪伊藩就会保持中立，绝不会出兵越过王子川-鹤田湖-狭山一线。除此之外，赖宣还掏出了5万两，赎回了被俘的纪伊藩将士，并购买了一批武器。
阿部正次带着返还的长州讨伐军刚刚夺下了兵库津，就遭到了停泊在港外的五艘战舰的炮击。被打的溃不成军的片冈支队趁机退往来了六甲山，而兵库津及港口却彻底被摧毁。
介于明人舰队控制了海上航道，阿部正次不得不止步于凑川以西。因为他担心自己率军进攻大阪时，这只舰队会截断他的后路，让他这只部队处于前后夹击之中。
阿部正次虽然停下了脚步，但也没有呆在原地发呆。他一边派人同舰队交涉，询问对方为何无故攻击本军，一边派出了小股部队对流窜于六甲山一带的片冈残军进行围剿。
此外，他还派出了信使前往京都，请求京都所司代板仓重宗带领召集来的京畿联军南下，和自己一起进攻大阪。
而在此时，叶雨轩正将联军指挥部从种子岛迁往长崎，并邀请九州诸藩及长州藩等西国大名在长崎会面，商讨联军上洛一事。也就在这个时候，由朝鲜三道水使林庆业带领的六、七十艘运输船，正浩浩荡荡的向着长门开去。
这座长州藩著名的渔港，现在已经成为了日本以西最大的捕鲸基地。大明的渔业公司在此地不仅控制着大批人手，还储备了大量的粮食，足以支持一只舰队的消耗。
林庆业将济州第一步兵团运来此处，也是想要借助此地的物资支持北上的作战计划。就在西南诸藩和联军紧张筹备着上洛作战时，京都所司代板仓重宗却陷入了麻烦之中。
阿部正次的出兵计划虽然很好，但是板仓重宗却感觉自己无能无力。因为京都正陷入了物资缺乏的难题，他甚至都不得不中止了向京畿各藩征召军队的命令。
按理说，坐拥京都盆地和临近大阪平原的京都，其实不应该缺乏物资。但是数十年的和平，使得京都人口已经超出了京都盆地能够承载的人口上限，基本上都需要从大阪输入各种生活物资。
但是现在大阪沦陷，而此前秋收的一部分粮食又被调拨给了阿部正次，这使得京都一下失去了物资输入的来源。板仓重宗虽然有意向彦根、尾张两藩求助，但是前者也就意思意思的送来了500石粮食，而后者则干脆一毛不拔。
在大阪出动军队做出进攻京都的举动后，又有不少人从京畿附近逃入了京都，更是加快了消耗京都物资的速度。在这样的状况下，板仓重宗能够安抚住京都不发生变乱就不错了，哪里还能领兵出征大阪呢。
