晚清时期太平天国运动兴起，与此同时另一股农民起义军也悄然建立，这就是捻军，捻军的前身是捻子，捻子是出现于康熙年间的一个秘密组织，其成员主要是农民和手工业者，早期只是在皖北淝水和涡河流域进行小范围活动，捻子还分为大捻子和小捻子。
1853年，在太平天国的影响下，捻军活跃起来，开始大规模壮大扩张，1853年到1863年这十年差不多是前期捻军，在太平天国的支持下渐渐蚕食清朝江山。1855年，各路捻军在安徽亳州雉河集聚集，当地的捻军分支势力最大，因此其首领张洛行被推选为盟主，经过讨论，决定各路捻军进行合并，用黄、白、红、蓝、黑五色旗对军队编制，便于区分和管理，五色总旗下设置大旗和小旗，各旗地位平等，互不干政，联系并没有明显增强，部队观念分散落后，没有统一的思想和正统的指导方针，这就预示着政权不稳定，分裂是迟早的，注定了捻军的失败。
1857年，张洛行率捻军向淮南地区征讨，后来与太平天国军队会师，双方经过协商，捻军最终答应接受太平天国的领导，帮助太平军作战，但条件是只听分封，不听调遣，不接受军队改编。同年年底，有部分捻军坚持回淮北，却被张洛行杀死，捻军内部产生了不同的观点，自然就产生了裂隙，对于张洛行的做法，很多人无法接受，因此大部分捻军都返回了淮北一带，只有张洛行等人留在淮南继续和太平天国合作，张洛行的盟主地位也变得有些有名无实，成了虚权，捻军自此分裂。
1861年，太平天国重镇安庆被清军攻破。1862年，要塞庐州也被清军占领，这一带是淮南捻军的聚集地，失去了太平军的庇护，捻军处境堪危。1863年秋季，清军大将僧格林沁率领大军进攻皖北，1864年攻下了捻军的根据地雉河集，张洛行被叛徒抓捕遇害。
后来天京失陷，太平军余孽与张宗禹、任柱、赖文光领导的捻军合并，赖文光被选为首领，合并后的联军以太平军旧制编制。骑兵增多，步兵减少，战术也得到改变，军队战力一时间有所提升。1865年，在山东曹州高楼寨，由僧格林沁领导的精锐蒙古兵被捻军全数歼灭，剿捻统帅僧格林沁也被当场击毙，至此清朝第一批剿捻军队完全失败。
此时太平天国被湘军覆灭，曾国藩当即接到任命，担任钦差大臣，北上督湘军和淮军全力剿捻，李鸿章被任命为两广总督，负责调兵、粮饷分配等后勤工作，由于当时大部分湘军已被裁撤，因此北上剿捻的大部分是淮军，曾国藩对淮军并不太熟悉，把重点放在了防御上，李鸿章等人给他拟定好了“以有定之兵，治无定之寇”的方针，后来又在黄河、运河、沙河、贾鲁河一带设防，曾国藩一味地围追堵截，作战方式几乎定式，捻军战术多变，而且他无法正确有效地领导淮军，最终导致贾鲁河防线被太、捻联军突破，朝廷罢免了曾国藩的职位，让李鸿章取代，曾国藩则再次担任原来两江总督的职位。
李鸿章继任钦差大臣后，迅速采取措施扩张军队，很快李昭庆率领的武毅军扩张至19个营，又增加了“魁”字2营，“凤”字7营，亲兵1营，另外还借调了唐仁廉3个营的马队，到此剿捻军合计7万多人。
1866年10月，太、捻联军一分为二，分为东西两军，李鸿章刚好也来到了徐州，赖文光、任柱等东捻军仍然在中原地区活动，张宗禹等西捻军入陕西联系回民起义，企图联合对抗清军，而李鸿章决定就近解决东捻军。
李鸿章采取以静制动的原则，随着捻军作战方式的改变而改变，一方面他将主要精力放在了东捻军，注意其一举一动，另一方面他还派遣刘铭传阻止东捻军“偷渡”到陕川一带和西捻军会合，后来东捻军经过河南入山东，不幸被李鸿章的淮军围困在淮河南岸、运河东岸、胶莱河西岸和六塘河北岸的地区内，最终突围失败。
1867年，东捻军余部在江苏扬州被歼灭，首领赖文光被俘虏，至此东捻军覆灭。同年，西捻军来到保定地区，直逼北京，威胁朝廷，后来被重兵逼迫退至山东，李鸿章和左宗棠的部众早已在黄河以北、运河以东的地区埋伏着，西捻军一进入就被团团包围。1868年8月西捻军在今聊城市茌平县全军覆灭，标志着长达16年的捻军起义彻底失败，落得和太平天国同样的下场。
捻军和太平天国运动宣布结束，李鸿章班师回京，赢来的是再一次升官发财，被赏加太子太保，身兼湖广总督协办大学士，进一步得到了朝廷的信任。
