1.内部审计工作得不到应有的重视
内部审计机构在企业中受冷落，是我国内部审计工作普遍存在的问题。其根本原因在于企业领导对建立内部审计机构的重要性认识不足。很多企业是应主管部门要求，为了应付上级而设立审计机构，有的企业则为了上等级、装门面，致使许多企业内部审计形同虚设，不能发挥其应有的作用。
2.内部审计组织和审计人员缺乏应有的独立性
在企业中，由于内部审计机构和人员受本企业有关负责人的领导，内部审计人员的工作、工资、其他福利等方面的利益，受本企业有关负责人的支配，这就使得内部审计人员在履行其监督和评价职能时，有很多的顾虑。当企业领导授权、批准的经营行为违反有关法律、法规，或不符合经营效益原则时，内部审计人员由于自身利益的原因，往往表现得无能为力，缺乏应有的独立性。
3.内部审计不够规范，其业务无准则可循
目前我国有关审计工作的法律已颁布两部，其一是关于民间审计的《注册会计师法》；其二是关于国家审计的《审计法》。而内部审计的法规只有审计署颁发的《关于内部审计工作的规定》，并未上升到法律高度，《中国内部审计工作条例》还在酝酿起草当中。这就导致内部审计与国家审计、民间审计法规配套建设地位的差异，造成企业内部审计无法可依，当内审人员碰到具体问题时感到无章可循，甚至无所适从。在我国的《公司法》中也没有规定设置独立的内部审计机构，没有强调内部审计的独立性、权威性和责任性，导致“为组织服务，向经营领域发展”的现代内部审计成为一句空话。
4.人员素质和结构不合理
人员老化，素质偏低，知识结构单一，是当今内审人员普遍存在的问题。按国家审计的有关法律法规，审计部门应配备审计师、会计师、工程师、律师，但绝大部分企业仅有会计师，使得审计只从凭证到账面查找问题，难以从实际工作的深层次上发现问题，因而提出的建议或为领导提供的决策依据缺乏现实性。
