辅公祏弃城逃走，打算向南奔赴越州，因为左游仙已出任越州总管，所以有心想去依附于他。偏偏唐将李靖率军拿下丹阳后，李世勣不肯放过辅公祏，连夜追来。辅公祏逃到句容时，手下的军兵只剩下五百人。天快黑时，他打算投宿常州，突然听说部将吴骚等人，正打算把自己献给大唐，于是连忙逃去，随行的妻子也一并丢掉，只带了几十个心腹。一行人逃到武康时，被野人袭击，部将西门君仪战死，辅公祏被抓到丹阳，立即被斩首，头颅被传到长安。唐军又分兵追捕余党，很快大部分贼军被捕杀。辅公祏从开始造反到灭亡，仅仅只过了六个月。江南从此太平。
高祖听了捷报后，非常高兴地说：“李靖这次剿灭萧铣和辅公祏立了大功。古时的卫青、霍去病也不过如此啊！”随即，高祖封李孝恭为东南道行台右仆射，李靖为行台兵部尚书。后来行台被罢撤，于是，李孝恭改任为扬州大都督，李靖为都督府长史。
张善安被押入京都审讯时，他把所有的罪责都推到其他人身上，说自己是无辜的，于是高祖赦免了他。后来，李孝恭在丹阳搜到叛变的书信，张善安无可抵赖，这才被杀死了。
辅公祏伪造杜伏威的诈书也被高祖看到，高祖怀疑是真的，于是追除了杜伏威的官职并没收了家产。阚稜居功自傲，李孝恭很是看不惯，于是也把他所有田产一并没收了。阚稜不服，跟李孝恭争论，惹得李孝恭很生气，竟然诬陷他与辅公祏是同谋，把他杀了。
唐高祖武德七年，中国已经基本统一，所有从前的强盗窃贼，割据州县的草寇，都被消灭，只有梁师都还占据着北方，没有被平定。高祖决定暂时休兵，整顿朝政，于是开始正官阶，制定学制，修改刑法。
官阶分好几个等级，太尉、司徒、司空称为三公；其次是尚书、门下、中书、秘书、殿中、内侍、称为六省；接着是御史台；往下是太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府，共九等；再往下是将作监、国子学、天策上将府，再往下是左右卫、左右领卫，为十四卫。东宫设置了三师（即太师，太傅，太保）、三少（即少师，少傅，少保）、詹事等职位，王公设置府佐、国官，公主设置职司。这些都是在京的官职，各州县城镇的官员称为外执事官。文官自从一品起，到从九品，共分二十八阶；武官自从一品起，到从九品，共分三十一阶。这些大部分都是参照隋制，稍有改动。
学制有国子学、太学、四门学、律学、书学、算学六种，全都隶属国子监，只有崇文馆和弘文馆等作为皇室宗亲及功臣子弟的学校，不归国子监管辖。此外如各州县乡，一律设置学校，限定年限毕业，依次升级，与选举法并行。学校以习经为主要科目，选举以策论为主要科目，各有等级，不互相混杂。
刑法大多按照隋朝的旧制，把谋反、谋大逆、谋叛、恶逆、不道、大不敬、不孝、不睦、不义、内乱等定为十恶不赦之罪。五刑（笞、杖、徒、流、死）、八议（议亲、议故、议贤、议能、议功、议贵、议勤、议宾）都按隋朝旧律。另外又订了十二律（名例、卫禁、职制、户婚、厩库、擅兴、贼盗、斗讼、诈伪、杂律、捕亡、断狱），这跟隋朝旧制稍有不同。
同时还重新修订了租、庸、调三法。新法规定百姓十六岁以上为丁，每丁给田地一顷。每年交粟米二石，叫作租。男丁根据种植的品类，缴纳一定数量的绫、绢、絁、绵、布、麻等物品，叫作庸。百姓每年充服公役二十天，如果不想服役，就酌情出庸相抵，叫作调。如果有战事征兵，那么满十五天就把调免去，满三十天就把租和调全都免了，遭小灾免租，遇中灾免调，遇大灾租、庸、调全免。朝廷官员吃国家俸禄，不得跟百姓争利。这样征取有制，全国上下都觉得方便可行。
正在整理朝纲的时候，忽然，从庆州传来都督杨文幹造反的消息，庆州全境被其占领。原来，杨文幹曾做过东宫宿卫，他和李建成关系非常好。李建成与李世民有矛盾，于是，李建成经常和杨文幹密谋，想要杀害李世民。李元吉也曾参与过，他对李建成说：“想要杀李世民，只要吩咐弟弟一下，就能搞定，还要这么谋划干什么啊？”杨文幹很赞成。一天，李世民跟着高祖，来到李元吉的王府，李元吉命令护军宇文宝等人，埋伏在室内，然后暗地里派人，告知李建成，准备袭击李世民。李建成摇手劝阻，李元吉很生气地说：“我不过是为了哥哥着想，我又得不到什么好处。”李建成解释道：“弟弟没有听说过投鼠忌器吗？父皇已经老了，如果受到惊吓，那真是我的罪过啊。”元吉这才停止行动。
李建成私下里募集了两千多壮士作为东宫卫士，又调来三百名幽州骑兵守卫东宫，接着推荐杨文幹为庆州总管，暗地里让他招募壮士送入长安。有一天，高祖到仁智宫小住，派李建成居守，李世民和李元吉也跟着一起去。李建成对李元吉说：“秦王这次出行，有机会和后宫嫔妃接触，他必定会用重金贿赂众妃，众妃得了钱财，肯定会为秦王说好话的，难道我们只能坐等着遭受灾祸吗？安危大计，我们现在应该赶紧决定！”李元吉笑道：“哥哥前几天要是听我的话，这个人早就已经被除去了。”李建成说道：“今天父皇出行，可以干掉李世民。”李元吉问李建成用何计策，建成悄悄地告诉了李元吉。李元吉觉得计策很好，就和李建成作别，两人约好依计行事。随后，李建成暗地里命令郎将尔朱焕和校尉桥公山两人，联络杨文幹，往杨文幹处偷偷运送军兵，命令他马上起兵，与自己里应外合。
朱焕等人走到半路时，担心事情败露被连累，就跑到高祖面前告密了。高祖大怒，立即派司农卿宇文颖，快马召见杨文幹，李元吉得知这个消息，吓得一身冷汗，连忙嘱咐宇文颖，给杨文幹传话，让他不要回京。杨文幹听了宇文颖传的话，就道：“一不做，二不休，干脆造反算了！”随即杨文幹带兵到宁州去了。高祖又亲笔写诏书，召见李建成。李建成很是害怕，不敢前往。詹事主簿赵弘智劝李建成贬损车服，轻骑谢罪。李建成左思右想，也没有别的办法，不得已轻车减从，前往行宫，见到高祖便扑在地上，接连磕头。高祖狠狠地痛责了他一番，并把他监禁了起来。
杨文幹在宁州造反的消息像雪片一样飘来，刚开始说宁州被包围，后来又说宁州被攻陷。高祖连忙召李世民问计。李世民答道：“杨文幹算个什么，有什么好怕的？地方有官员，如果他们不能剿灭他，只要派一员大将去征讨，就能很快扫平的。”高祖道：“事情关系到李建成，恐怕响应的人会很多，不如由你亲自出马，等你把叛军扫平回来，我一定立你为太子，把建成贬为蜀王。蜀兵最弱，不用担心有什么变故，即使有变故，你也好容易对付些。”李世民奉命前行。李元吉赶紧贿赂妃嫔，请她们帮李建成说好话，又委托封德彝劝高祖不要怪罪李建成。封德彝本来就是隋朝的佞臣，这时候也很得高祖宠眷，往往三言两语，就让高祖眉开眼笑，身心舒坦。于是，高祖被这些人迷惑，放了李建成，仍让他回去守卫京师，只是责备他兄弟不睦，以后当痛改前非。接着，高祖将罪责归到王珪、韦挺及天策参军杜淹三人身上，说他们撺掇是非，发配雟州。
李世民率军西征，大军刚到宁州附近，杨文幹的部众就吓得要死，有人杀了杨文幹，投降李世民。宇文颖也被擒住，押送长安，审明后就地正法。李世民班师回京后，高祖已经还朝，却并没有提改立太子的事。李世民知道其中又有变故，只能一笑了之。
东突厥主处罗可汗把隋炀帝的萧后和幼孙杨政道接到突厥后，就想要为大隋报仇，有意南侵。所以，从武德四年到七年，突厥多次进犯关中，双方互有胜败。大唐并州总管府长史窦静建议在太原大量屯田，边耕边战，秦王李世民非常赞同这个办法，于是依照窦静之言执行。一年下来收获谷物数千斛，稍稍解了边境之困。
但是，突厥总是出没不定，防不胜防，这时就有人劝高祖道：“突厥多次侵犯关中，无非是因为羡慕长安繁丽，想要入境抢夺，如果陛下把长安一把火烧了，然后迁到别的州城去，到那时胡人失望，自然就不会再来了。”高祖竟然认为这是个好主意，于是派宇文士及到襄阳一带择都，为南徙做准备。太子李建成和齐王李元吉也极力怂恿，他们觉得越早越好。只有李世民进谏道：“突厥侵犯边境，由来已久，陛下以圣武龙兴，拥有中原大地千里，精兵百万，所向无敌，为什么要因为突厥侵犯边境，就要迁都逃避呢？这样做不但会被天下人耻笑，还会贻笑千古。儿臣愿意率几万军兵出征，一定能扫平突厥，把颉利活捉回来献给您。万一没有成功，您再迁都也不迟。”
高祖也不禁点头称道：“这话深合朕意。”当即召回宇文士及，取消迁都的决定。谁知，李建成又勾结妃嫔，诬陷李世民，说道：“突厥侵犯边境，只要得了钱财就退了。秦王借口说是扫北，实际上是想掌握兵权篡位，陛下就没有察觉吗？”就这几句话，又把高祖的心弄得犹豫不定。
几天之后，高祖打算到城南打猎，兄弟三人也一起去，打猎竞赛。李建成有一匹肥壮的胡马，很喜欢跳跃，他牵来马对李世民道：“这匹马很好，能跃过好几丈的深涧，二弟向来善于骑马，那就来试一下吧？”李世民一跃上马，追赶一头鹿，谁知在快追到鹿的时候，马忽然仆倒。李世民还没等马倒地，已经跳了下来，等马再次站起，他又跃上马身，这样连续三次，一点都没有受伤，因此，李世民对左右道：“死生有命，岂是暗算能害死么？”李建成听了这话，不禁失色。等到打猎结束，又去贿赂尹、张二妃，尹、张二妃又向高祖说李世民的坏话，说道：“秦王说自己是天命所归，是真正的君主，不可能意外身亡。”
高祖听了这话，顿时大怒，先召李建成李元吉站在身边，然后召李世民，呵斥道：“天子自有天命，不是说你聪明就能当的，你为什么总是觉得自己是天子呢？”李世民连忙否认，摘下帽子磕头，请求把自己抓去法司，查明真相。高祖还没有消气，忽然有一内监进来，报告：“突厥大举进犯，前锋已经到豳州了。”高祖被内监的话一惊，才将怒意打消，对李世民改变了态度，反过来安慰李世民，让他重新整理冠带，跟他商量战事。李世民说道：“兵来将挡，水来土掩，儿臣愿率军迎战。”高祖高兴地说：“好极了，李元吉也可随你一起去，能战就战，能和就和。”李世民、李元吉领命，当即点齐兵马，过了一夜便出发了。
大军快到豳州时，有探兵来报，说突厥连营百里，气焰嚣张。李元吉听了这话，就有点害怕。李世民让探兵再去查探，回报说：“颉利、突利两位可汗率全国大军来出战，确实有好几十万的兵马。”李世民从容道：“两个贼酋都来了，我也不怕，我自有法子破他，不必担心。”于是，李世民带着大军来到豳州，依城扎营。当时，关中已经下了好长时间的雨，运粮的粮道被阻断了。军兵们又由于长时间打仗，都疲惫不堪，朝廷和军中都很是担忧。只有李世民一个人不动声色，安泰自如。
第二天，颉利率一万多精兵来出战。大军开到城西，列阵五陇坂，昂然待战。
李世民对李元吉道：“现在胡虏来挑战，我们也不能示弱。弟弟能和我一起出战吗？”李元吉战战兢兢地说：“胡胡虏气势这么强盛，不不要轻易出战吧？如果我军战败了，那就后悔莫及了。”李世民答道：“颉利和突利两人名为叔侄，实际上是互相猜疑。突利是始毕可汗的儿子，始毕把汗位传给弟弟处罗，处罗又把汗位传给弟弟颉利，这样汗位兄弟传给兄弟，就导致突利失了王位，他心中自然不平。颉利担心突利不满，于是让他镇守东方，也封他为可汗。现在，他们虽然合兵来攻打我们，但是却貌合神离，我正好可以从中做文章。别人怕他，我却不怕，你如果不敢去，我就一个人去了。”
话说完，李世民就带领一百骑兵，来到颉利阵前，大声喊道：“我们大唐和你们的可汗和亲，为什么你们违约来侵犯我国？我就是秦王李世民，如果可汗能战，就快出来跟我大战。如果你率全军来战，我也不怕，虽然我手下只有一百骑兵，但也可以抵挡你们的军兵万人。”颉利听他这么说，怀疑李世民是诱敌之计，于是只笑不答。
李世民见突利自己率领一队兵马，和颉利隔一条河相望，遥对呈斜角状。于是，李世民又派人去向突利喊话，说道：“你们跟我国前两天刚定了盟约，一旦有事，相互援救，现在却带兵来攻我，为什么一点都不顾念焚香盟誓之情？”突利被问得无话可说。李世民又故意催马来到河边，拉着缰绳装作要过河，颉利连忙派人阻止李世民，道：“秦王不必渡河，我来并无他意，只不过是想要和贵国更改盟约。”
李世民于是勒马道：“可汗想要更改盟约，只需要派一个使臣来就可以了，为什么要这么大费周章，率领大军前来呢？如果想战就进兵，想求和就赶紧退兵。”
颉利于是带兵往后退了一段。
这时，突然下起倾盆大雨，于是两军各自收兵回营。李世民对将士们说：“胡虏的长处是弓箭，现在雨水连连，箭胶都坏了，弓就不能用了，他们就好像飞鸟断了翅膀，无法高飞。而我军的长处是刀枪锋利，现在出击正是以长击短。这么好的机会，还要等到什么时候？”于是，李世民让军士们饱餐一顿，冒雨进兵攻打颉利，同时派人到突利那里，说明利害，突利欣然答应不战。
颉利看到李世民突然来攻，很是惊疑，急忙召突利商量，打算出战，突利说道：“天降大雨还没有晴，粮草供给不上，我军又深入唐军领地，就使战胜，也不能深入长安，一旦兵败，必将大祸临头。况且，秦王的军队向来很勇猛，开战了我们不一定能取胜，不如跟他们讲和算了。”颉利没办法，只好派突利和部帅阿史那思摩去见李世民，请求和亲。李世民坦诚相待，突利很是高兴，愿意和李世民结为兄弟，很是亲密，双方定好盟约，随即退兵离去。
李世民率军回朝，突厥又派阿史那思摩拜见高祖，高祖让他同坐御塌，再三慰劳他，封他为和顺王。阿史那思摩谢恩后回去，高祖派左仆射裴寂一同到突厥还礼，并答应两国互通贸易。裴寂也修好而回。
谁知突厥言而无信，反复无常，没过多长时间又来侵犯边境。高祖很生气，于是两国再次交恶，又开始打仗。代州都督蔺蓦与突厥兵在新城交战，战败返回。他一边派行军总管张瑾出兵石岭，派李高出兵大谷，分两边防御突厥，另一边又向朝廷请求增援。高祖命秦王李世民出兵蒲州，调李靖为安州大都督，出兵潞州，又派任瓖为行军总管，出兵太行。李靖来到潞州，就见张瑾一个人逃出来，报称全军覆没，连长史温彦博都被敌军捉去了。李靖留住张瑾，并写信给秦王李世民和总管任瓖，约他们三路出击，合力夹攻。
李世民正要出兵，忽然颉利派人来请和，说是愿意将温彦博放了，仍旧和好。李世民严厉斥责了来使，叫他立即放回温彦博，才同意撤兵。来使唯唯诺诺地回去了。
原来温彦博被抓后，颉利知道他职掌机要，于是问他唐廷兵粮的情况，然而温彦博却默不作答。颉利很生气，就把他发配到阴山，又进兵攻打灵州。灵州都督王道宗兜头痛击颉利，杀了颉利好几千人，颉利这才退兵，接着又听说秦王李世民等人，会师来攻，就更加害怕了，于是派使者前来求和。颉利听了使臣的回话，连忙把温彦博送归唐营，双方再次停战撤军。李世民回京复旨，从此威名远扬，也因此遭来更多的嫉恨。一次，李建成和李元吉假装跟李世民增进感情，邀李世民晚上一起喝酒，谁知二人竟然在酒中下毒。李世民回府后，突然心痛，喉咙非常痒，咳了很多血来，随即卧床不起。淮安王李神通知道这件事，告诉高祖，高祖亲自到秦王府看望他，李世民哭着大概讲了下事情的经过。高祖长叹了好几声，然后对李世民道：“我从晋阳起兵以来，能够扫平中原，多亏了你的功劳。我本来想立你为太子，而你又一再推辞，这才立了你哥哥李建成。现在时间一久，我又不忍心再换了。只是现在你们兄弟实在是不相容，同处京师，暗斗一天比一天厉害，那就只好派你到洛阳去了。以后自陕州以东都归你管，你可以用天子的旌旗，就像汉朝的梁孝王一样。”
李世民哭着说：“这不是儿臣想要的，儿臣怎么舍得远离父皇啊。”高祖说道：“这是只是权宜之计，你就顺了我的意，免得你们兄弟相残。”李世民勉强受命。高祖回宫后，李世民又休养了几日，病情渐渐好转，于是召集僚属，整顿行装，只等高祖下诏就出发去洛阳。谁知等了十多天，也没见到高祖的诏书，这又是听了他人的谗言了。
