粗略的估算了一下，从战斗打响那一刻起，被己方杀死的人已经不下一千人了，照这么下去，长崎城里的人早晚要被杀光，这么下去恐怕邓大人那边会不同意，就连皇上那边都不好交代。留在长崎城内的人，基本上已经是陷身于一片火海，在不断的炮击中，没有人敢于出来救火，半个长崎城都在燃烧，但是依旧没有找到任何大规模武装力量存在的迹象。
“他，看你们这帮倭奴躲到什么时候！”林泰曾暴怒着喝骂道：“给传令，狠狠地打，直到把子弹打光为止，不必留情。”
刘冠雄有些担忧的说：“大人，这么下去，长崎城里的平民就会全部被咱们杀光，回头皇上可能会怪罪咱们，为了稳妥起见，咱们还是向皇上请旨之后再行定夺吧。”
林泰曾找到邓世昌经过商议之后，又与准备在熊本登陆的张作霖发电联系，张作霖也觉得此事非同小可，必须向皇上请旨，于是林泰曾和三人代表联名向北京致电，很快就得到了皇帝的御笔回复：今后兹事不必再议，倭人凶顽，自古扰我边疆，觊觎我中华河山，此番会猎于东瀛，凡挡我者，一律杀无赦，不必再行请旨。钦此。
有了皇上这道旨意，大家心里总算是有了一个护身符，皇上的意思很明确，就是不必顾忌什么平民和士兵，只要肝胆公然对抗中华大军的，一律格杀勿论。
林泰曾当即向下令：对于长崎倭人不分男女老幼，一概格杀勿论。
于是，率领海军陆战队员一万五千人开始了为期三天的长崎血腥大屠杀！
第一天。海军陆战队的主要任务还是搜寻失踪的三万多长崎守军，并没有发动针对平民的屠杀，即使是这样，在炮火和误伤中死伤的人也达到了近两千人之多。
第二天。一声令下，要求对长崎城的所有人采取灭绝政策。于是登陆的一万五千人陆战队员分成了五股，分别向肥前古岳、津屋岳、现川、帆场岳、前岳这五个长崎主要地区展开搜索和屠杀任务。
除了个别地或小规模地对居民随时随地杀戮之外，还对解除了武装的军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”大规馍屠杀方法有机枪射杀、集体活埋、甚至为了节省子弹，把数百人集中在一起，浇上汽油和柴油，用火焰喷射器一次性焚杀等。
这一天，也就是8月25日上午11点，已放下武器的军警人员1000余人被集体解赴现川的琴平神社用机枪密集扫射，绝大部分人当场被击毙，负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。
下午2点30焚，解往山之神神社平民及已解除武装的军人4000余人被以迫击炮集中轰炸的方式屠杀。同日下午又在津屋岳一带屠杀3千余人。在长崎北路工事群附近枪杀200人。
第三天。8月26日。位于间之濑中央公民馆躲避的男女平民5000余人被集体押往长崎河南岸码头，双手反绑，排列成行。用机枪射杀后，弃尸于长崎河中。
陆战队在正念公民馆屠杀400余人。当天晚上，平民3000余人被押至长崎港海边集体射杀，并用燃烧弹焚尸。在开目寺避难的400余平民被集体射杀。
当晚10点左右，在西川内，将从长崎城逃出被拘囚的男女老幼平民共5418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到西川内垃圾场，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮，事后将所有尸骸浇以煤油焚化。
以上便是三天的屠杀情况，在大规模屠杀之外，也第一次放开军令，默许所有士兵对妇女实施暴行。在第一天士兵们畏惧军纪，没有发生一起强暴事件。到了第二日屠城令一下，在长崎各地区强暴妇女事件开始零星的发生了几起，但并没有下令约束，于是此类事件开始疯狂的暴涨起来。长崎城中的五万多名妇女，有将近一半的人被强暴了几次，陆战队员们这一次终于从女人身上找到了战争的回报，不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴，往往有妇女受不住折磨而死。上到六十岁下至十一、二岁的女人几乎全部成为中国人的猎暴对象。但是只明令一点，所有被施暴的女人全部都要被杀死，严禁士兵有藏匿行为，一经发现，立即军法从事。
一位来自英国的传教士彼得在日记中记录了令人发指的一幕。
“在三天之内，中国人正义、友好的形象就被接连不断的屠杀人民、不时发生的肆意抢劫、毫无控制的侵犯私宅、横行无忌的妇女所断送了。长崎各条街道都躺着市民的尸体。在市中心，差不多每一个街区都有一具尸体。这些死去了的市民的绝大部分，都是26日下午及晚上中国陆战队下达屠杀令之后被枪毙或刺杀的。任何一个因恐慌或冲动而奔跑的人，任何一个于天黑以后在大街小巷为巡逻兵所逮捕的人，都很可能被当场杀害。这种暴行绝大多数没有任何站得住脚的理由，却在安全区及其它地方频频发生。许多外国人目睹了种种惨状，有些尸体上的刺刀伤痕简直是残酷的野蛮人所为。”
“成班成班的士兵被中国人作为战俘捉了起来。他们都已经放下了武器，有些还脱下了军装，但仍然被绑在一起枪毙了。事实上很明显，除了这些遭难的士兵以外，我们根本没有在长崎那里见过战俘的踪影。活下来的仅仅是搬运战利品与军需品的人，最终的结果还是免不了一死。从难民区的一座建筑物里，中国士兵迫使当地警察挑选了四百个男人。他们每五十个人被绑成一串，由两排步枪手和机枪手押走了。对于旁观者来说，这些人的命运是不言而喻的。”
“在主要街道，中国士兵在其军官的许可之下，有计划地对一家连一家的店铺门面进行捣毁。他们抢来的东西太多了，需要民夫的帮助才能勉强拿得动。粮食当然是第一需要，但其它一切有用处、有价值的东西他们都不放过。”
“全城成千上万所私人住宅，无论是被占据的还是未被占据的、大的还是小的、中国人的还是外国人的，统统都被中国人肆无忌惮地洗劫一空。他们还抢劫了不少汽车和其它财物。”
“三天之内，发生了许多及侮辱妇女的事件。虽然我们尚无时间对此进行调查，但下面这类事件已经足可以表明情况的严重性。昨天，在我的一个法国邻居家中，几个中国士兵抢走了四个姑娘，在场的几个外国人都看见了，在普通民众极少光顾的长崎开目寺，一位最近来到的中国军官在那里强暴了八个青年妇女。”
“在这种情形之下，恐怖是难以描述的。一位蒋姓军官虚伪地宣称，他们进行战争的最终目的，是为了推翻、解救人民，这真是令人作呕！长崎的这种恐怖当然不能显示中华帝国的伟大胜利。中国无疑有其值得尊敬的政治家、军事家和老百姓。为了自己国家的利益，这些人应该毫不犹豫地采取适当手段，去补救这些日子以来中日交战中所受到的微小损害。有个别中国士兵和军官象绅士一样克制自己，他们希望以严格的纪律对得起自己的职业，对得起自己的帝国。但就其整体来说，中国军人的行为糟糕以极。”
一位几乎在渡过了自己一生的比利时侨民，在下面这封私人信件中对长崎发生的种种事情作了进一步的说明。
“我要告诉你们的，是一个极其令人不快的、读来令人反胃的、其罪恶性与恐怖性令人难以置信的故事。眼下，一帮匪徒正在随心所欲、毫不怜悯地蹂躏着人民。即使只有为数不多的几个人能够读到我的这封信，我也认为这一事件有说出来的必要。否则，我将不得安宁。只有极少几个人能够叙述这一事件，幸运的是，我就是其中的一个。我要说的，只是整个事件中一个并不完整的小部分。至于这一切究竟什么时候能够结束，只有上帝才知道。我希望这场灾难尽快结束，但恐怕，不是在长崎的这个地方，就是在的其他地方，灾难还会延续好几个月。”
“军队败退了，中国军队进来了。8月24日的时候，长崎还是一个我们为之骄傲的美丽的城市，法律严明、秩序井然。可是今天的长崎，却躺在一片荒芜之中。整个城市横遭蹂躏、洗劫一空，大部分都被烧成了焦土。彻底的无状态在长崎已经持续了整整十天，就象人间地狱一样。我本人的生命尚无严重的危险。不过，看见疯狂的中国士兵从其妇女的屋子里醉醺醺地走出来，并非一件安全的事情，当一柄刺刀搁在自己的胸膛或者一把手枪指着自己的头部，要你少管闲事时，也许任何一个人都会难以自持的。中国军队曾通知各国侨民离开此地。大部分都走了，只有我这个糟老头子和我的妻子留了下来，亲眼见证这有史以来最不人道的三天。”
