并非所有的海贼都抗拒招安，周珍、周玉兄弟和李常荣率领的疍民海贼就决定向新朝廷投诚。疍民在明朝是一种特殊的“贱民”，朝廷不许他们上岸居住，只能一生住在船上，他们不能和普通百姓通婚，更不能参加科举，平时以捕鱼采珠为业，其中枭悍者便从事各种非法勾当。刘希尧来到广东之后，招安了刘保等人领导的奴仆起义军“社兵”，废除了奴籍制度，让奴仆们和普通百姓一样可以自由婚配、参加科举，这给了疍民们很大的触动。疍民没有四姓海贼那样强大的势力，也没有太多诉求，刘希尧封周珍为子爵、果毅将军，周玉、李常荣为男爵、威武将军，疍民中拣择部分精壮改编为官军水师，虽然按照闯军的编制改编了，又安插了一些广东本地的明军军官，但主将仍是周家兄弟和李常荣。其余皆为良民，许其上岸买地建房。原有的走私生意转为合法，但是要征一部分税。刘希尧给疍民定的税额比葡萄牙人的要低不少，疍民虽然要交税了，但是有了官府的背景，地下生意转为明路，反而更有赚头。刘希尧的想法很简单，如果不承认疍民的生意合法，闯军也没本事去缉私，那样的话一分钱也收不到。
海贼毕竟不能永远漂在海上，他们需要地方修船、销赃、补充物资、招募人手。在疍民的引路下，蔺养成、李明忠指挥的闯军水师和葡萄牙人、疍民的联合舰队扫荡了香港岛、大屿山等地的海贼基地。大屿山一战，四姓海贼损失惨重，郑氏首先见风使舵，向刘希尧寻求招安，徐、马、石三家眼看无法对抗，也只得先接受招安。刘希尧对他们的招安可就不像对疍民那样客气了，爵位自然是没有，四家各得了一个威武将军的职位，而且被编入蔺养成的直属部队，有大量闯军水师的旧人监视。
刘希尧很清楚，仅凭这样无法解决海贼问题。四姓海贼势力根深蒂固，绝不是一场失败就能动摇的。眼下他们见广东官府武力强大，又有走私生意合法化的诱惑，这才选择投降，但是暗地里仍保有强大的地下势力。他们不仅仅会继续从事各种非法活动，而且将来一旦风向不对，还会选择背叛。幸好这些人仅仅是逐利之徒，并没有什么政治追求，还算好对付。要根除海贼问题，必须经过长时间的努力，除了四姓的大海贼，还有多如牛毛的小海贼，仅靠围剿不可能把他们全部干掉。崇祯皇帝曾经想靠围剿消灭刘希尧他们这些流寇，结果还不是被流寇消灭了，对付海贼也是一样，只有彻底消灭海贼产生的土壤，才能让海贼不再源源不断地产生。刘希尧认为最大的问题是穷，海贼的首领中固然有很多是唯利是图的奸佞之辈，但是普通海贼大部分还是生活所迫，就算是当了海贼之后变得凶残的那些人，也不见得生来就是暴徒。如果沿海的穷人有更多合法的谋生方式，就不至于有这么多人铤而走险。扶贫计划暂时不在考虑范围之内，刘希尧只能稍微开拓一下道路。明代的海禁其实也没怎么认真执行过，官府的效率低下，走私横行。然而，这毕竟还是在明令禁止，普通百姓是难以明目张胆地造船出海的，这使得参与贸易的门槛变得很高，要么是有权势的官宦之家，要么是特别豪横的大海贼。刘希尧要改变的就是这种情况，给那些规模更小的商人贸易的机会。他下令废除了明朝制定的所有禁海政策，对民间造船、出海、移民均不加限制，听凭自便，但是要课税。不过以现在闯军在广东的统治力度，只能盯住比较主要的港口和船厂，偷税漏税肯定是免不了的。有广东本地的官员劝告过刘希尧，他这般开放民间贸易，降低了小民从事海贸的成本，又无法对他们一一征税，会减少他在广东沿海设立的七大税关的收入。但是刘希尧认为，老子是流寇，现在又成了官府，难道还能收不到钱吗？所以他并不太在乎这个问题。
说实话，刘希尧不怎么懂经济之道，很多命令只是机械地按照闯军“鼓励商贸”的政策照搬的，但是他的很多举措对后世的几百年产生了难以估量的影响。
刘希尧还提出了一个想法，过去闯军在湖广的时候，经常派人去明军的控制区走私，现在已经做了官府了，可以光明正大地做买卖，能不能自己组织船队通洋贩海？刘希尧对于海上的事情一窍不通，于是便着力寻访这方面的人才，兵部职方司主事黎遂球推荐了一个叫陈奇策的人。
陈奇策是广州府南海县的一名小吏，黎遂球推荐这样的人，也算得上惊世骇俗了。胥吏虽然也读书识字，但是不能参加科举，又多有贪赃枉法的行为，向来被正经的读书人鄙视，视为贱役。陈奇策是大明少有的洋务人才，根据陈奇策的汇报，刘希尧大致了解了一些海外的情况。
中国人通常所说的洋人，分为红毛人和佛朗机人，这两族人的长相虽然在中国人看来都差不多，其实还是有不小的差异的，信的教也不同。红毛人分为英格兰、荷兰、德意志、丹麦、瑞典等国，佛朗机人分为葡萄牙、西班牙、法国、意大利等国，中国沿海最要紧的是澳门的葡萄牙人、吕宋的西班牙人以及大员和巴城的荷兰人。
葡萄牙人和荷兰人都以海贸为生，西班牙则盛产金银（陈奇策不知道美洲），葡萄牙和西班牙本是一国，但是最近葡萄牙人自立一国。葡萄牙人和西班牙人来得早，荷兰人来得晚，便要抢地盘，天启年间进犯澎湖、澳门，被明军和葡萄牙人打退了，便占了大员。荷兰人十分强凶霸道，在海上遇到中国商船，若不前往他们控制下大员、巴城，便要劫掠，从中国去吕宋的商船十艘要被抢去两艘。吕宋的西班牙人怕银子都被华人赚去，便想方设法地限制，巧立名目向华人摊派各种苛捐杂税，还不许华人自行贸易，必须把货物卖给他们的官府，再由官府去发售，也不许华人在吕宋自由居住，划了一片叫“帕里安”的区域让华人集中居住。万历三十年，万历皇帝征矿税征得失心疯了，听信妄言，竟派人去吕宋勘探金山。于是吕宋谣传中国要派兵来打，西班牙人中本就有不少觊觎华人的财富，便借机图谋抢掠。华人欲起兵反抗，但因叛徒出卖事败，被杀两万五千余人。事后万历皇帝称：“中国四民，商贾最贱，岂以贱民兴动兵革；又商贾中弃家游海、压冬不回，父兄亲戚共所不齿，弃之无所可惜！”对此置之不理。这次事件之后，西班牙人对待华人愈发严苛，崇祯十二年，又屠杀华人两万两千人，当时崇祯还有五年就要上吊了，当然更不会管吕宋的事。
刘希尧稍加思索就得出了正确的结论，闯军仓促建立的这个根基不稳的政权根本无力插手南洋的事务。没有能跨海远征的军队，广东官府只能威胁到近在咫尺的葡萄牙人，对荷兰人和西班牙人都无可奈何。但是现在不管不代表永远不管，将来有一天北伐胜利，一统天下，迟早有一天是要管的。刘希尧决定先稍作努力，他任命陈奇策为都尉，利用香港岛和大屿山上原本的海贼据点建立基地，负责从事海外贸易、消灭海盗，以积累经验，建立自己的舰队。除了空头官衔和一笔启动资金之外，刘希尧什么都没给陈奇策，人手、船只都要他自己招募，但这个年轻人还是欣喜地接受了任务，他自幼向往大海，更对大海之上的种种乱象痛心疾首。豪势之家利用海禁把持贸易，把百姓的生计变成了他们压榨穷人的手段；海贼横行肆虐，残害百姓，官府剿匪少有作为，却不断把百姓逼成海贼；洋人在南洋横行霸道，利用海贸获得了无数的利益，原本是这片大海的霸主的中国船队却成了任人宰割的羔羊。而今的新朝廷、新官府，让陈奇策看到了改变这一切的希望。
新时代就要开始了，而且是自他手中开始。
