人口的增加、耕地的开垦，都给明代农业带来进一步发展的潜力。而农作物新品种的引进，为农业的发展注入了新的血液。
随着世界各地经济联系的进一步加强，海外的许多农业作物开始进入中国内地，其中最重要的粮食作物主要有3种：番薯、玉米、马铃薯，另外还有花生和烟草等经济作物。这些作物大多于明朝中后期从中国的南部开始传入，经过多年的传播，逐渐成为中国广泛栽培的重要农作物。
番薯，在各地都有不同的名称，但以番薯、山芋叫得比较普遍。根据《金薯传习录》的有关记载，番薯最早由福建长乐商人陈振龙从菲律宾群岛带回家乡，时间大约是在明朝万历二十一年（1593），后来经福建巡抚金学曾的推广，很快在福建的广大地区传播。由于其产量高，适应性很强，得到很多贫苦农民的喜爱，尤其是灾荒的年代，人们更是将其亲切地叫做“救命谷”。根据《东莞县志》以及《电白县志》的记载，广东地区的番薯大部分自越南地区引进。到明代中后期，番薯在中国南方的大部分地区普遍栽种。著名科学家徐光启更是将番薯从岭南引种到长江流域，并专门写书进行介绍。后来，番薯的种植区域进一步扩展到黄河流域。
玉米，也是明代开始在中国内地种植。根据有关记载，玉米大约于17世纪后期开始从海外传入中国，很快在中国的大多山地得到普遍栽种。据《植物名实图考》记载：“（玉米）陕、蜀、黔、湖皆曰包谷，山氓恃以为命”。玉米由于适应性强，产量高，又不需要很肥沃的土壤，能够生长在很恶劣的环境，因而得到中国山区农民的喜爱。当灾荒发生的时候，很多农民都依靠种植玉米度过难关。对于中国的农业经济的发展，尤其是抵御自然灾害，玉米有着自己独特的优势。
马铃薯，又有名洋芋、土豆或山药蛋等，在中国内地出现时间大约为17世纪后期。清朝康熙年间修纂的《松溪县志》记载说：“马铃薯，……掘取之，形有大小，略如铃子，色黑而圆，味苦甘。”当时也有很多其他文献记载马铃薯的传播。19世纪中期以来，中国的云、贵、川等地区都广泛种植马铃薯。
过去很多人认为中国的花生是直接或者间接从南美洲引入的，但事实可能并非如此。
现存最早的关于花生从美洲传入中国的文献记载，主要是江浙地区的一些县志，如嘉靖时期的《常熟县志》以及万历时期的《嘉定县志》等书籍。
烟草也叫“淡巴菰”，16世纪中后期开始，从海外分两路传入中国。一路是从南面的吕宋（今菲律宾群岛），伴随南边的商人进入中国南部。据明末名医张介宾所著《景岳全书》记载：“烟草自古未闻，近自我明万历时，出于闽广之间，自后吴楚地土皆种植之”。另外一路，也是在明朝末年，从北面的朝鲜传进中国东北。有《露书》记载说：“（烟草）关外人相传，本于高丽国”。烟草传入中国后，很快在大江南北广泛种植，成为一种重要的经济作物。
