张君劢主张监察院作为英式的上议院，立法院作为英式的下议院，行政院作为英式的内阁；行政院须对立法院负责，立法院对行政院可以有不信任票，可以推翻内阁，另组新阁；行政院如有自信，也可对立法院不予信任而解散，实行大选，产生新的立法院。关于这部政协宪草，张君劢曾经有过一段说明：“此稿之立脚点，在于调和中山先生五权宪法与世界民主国家宪法之根本原则；中山先生为民国之创建人，其宪法要义自为吾人所当尊重，然民主国宪法之根本要义，如人民监督政府之权，如政府对议会负责，既为各国通行之制，吾国自不能外。” 显而易见，这样一部宪法对执政党不利，有利于在野党，“所以张君劢这种设计，在野党方面莫不欣然色喜，一致赞成；尤其是周恩来简直是佩服之至……” 政协宪草十二条中有其各省制定省宪的规定，这时共产党已控制了中国的若干省份，若能制定省宪，在政治上就可大有作为。
孙科时为国民党代表团团长，他是“五五”宪草的主持人，由于长期以来他与蒋介石之间的深刻矛盾，竟同意了张君劢的这一政治设计，而国民党其他代表也未表示反对。宪草小组只开了四次会议，就通过了政协宪草十二条 。可是会后国民党内部则闹翻了天。2月10日，在重庆校场口，陪都各界召开庆祝政协会议成功大会，“会议还没有开始，数十名暴徒就冲上主席台，抢占播音器，殴打主席团成员郭沫若、李公朴、施复亮等，还以石块、木凳等向人群乱掷，致使大会未能开成，此事是国民党重庆市党部主任委员方冶直接策划下发生的。” 3月1日，在国民党六届二中全会上，又是大吵大闹，对孙科和邵力子等人群起而攻之，诟骂不已；作为大会秘书长的雷震也遭到攻讦，宋英后来回忆说：“顽固派而且主要是属于陈家帮的CC系，反对和谈的情绪高涨，儆寰（雷震）更成了众矢之的，乃至指责他吃里扒外，骂他是吴三桂。他眼看众人皆醉、唯我独醒，但又感到势孤力单，只有听任那些人自吹自擂乃至做忠贞表演。”
当时，梁漱溟及许多在野党人士对此大惑不解。梁私下问雷震：宪草原则在小组会上国民党完全同意，为什么又突然不承认呢？雷震深知内情，对梁漱溟说，政协开会期间，国民党出席各小组的代表在会后都要向蒋介石汇报，惟有孙科懒得亲自面呈，只是把宪草小组会议记录交送蒋介石过目。蒋不看；雷震深感此事重大，多次请蒋一定要看，他还是不看；到了政协会议闭幕前夕，蒋才看了这份会议记录，但这时已通过，为时已晚。国民党内部责成孙科收回其宪草协议，在后来宪草审议会上，孙科希望能对此做若干修改，张君劢当场表示不同意。
他对周恩来说，宪草审议会只能根据宪草原则起草宪法条文，无权讨论原则问题，这时应堵住国民党的嘴不让它开口，免得节外生枝。孙科、邵力子窘迫不堪，周恩来见状回过头来又做张君劢的工作，他对张说：政治是现实的事情，走不通就得设法绕过去，不能因此而牵动大局……当时主要是国共两党之争，既然中共代表周恩来表示可以让步，张君劢也就不再多说什么 。最后的让步共有三点：一，国民大会从无形回到原来的有形；二，同意取消立法院对行政院不信任票和行政院对立院的解散权；三，省宪可以改为省自治法，但非省自治法规。1946年3月21日，周恩来飞回延安，向党内汇报宪草审议会的情况，毛泽东听后表示：“他们（指国民党）要制定他们所要的宪法，十个、八个，由他们自己去制定吧！必须制定共同遵守的宪法，我才接受，我只接受第十一个宪法！”
对于这次会议，“中国共产党真心实意地准备履行这些协议，甚至一度过于乐观了” ，在这一段时间里，“政协协议成了国民党统治区很多人衡量是非的重要尺度”，毛泽东在颁布的停战令中说：“中国和平民主新阶段，即将从此开始”；甚至在之前还表示，“中国如果成立联合政府，可能有几种形式，其中一种就是现在的独裁加若干民主，并将存在相当长的时期。对于这种形式的联合政府，我们还是要参加进去，进去是给蒋介石‘洗脸’，而不是‘砍头’。” 政协协议中的这些规定，虽然不是毛泽东心目中新民主主义的性质，但至少已开始接近西方式的民主议会制，“这些规定有利于冲破国民党的一党专政和推进民主政治，有利于保障解放区的地方政府的合法地位，有利于和平建国，真能做到的话，在历史上是进了一大步，因而受到人们的欢迎。
” 然而问题远没有这样简单，当时在“政府组织”这个问题上，中共为“国府委员”名额分配已多次提出交涉。按原议，国府委员为四十名，其提案权须经过三分之一以上委员同署后才能提交。也就是说，除国民党的委员之外，其它党派的委员必须占有十四个席位，才能真正行使提案权和否决权。从民主政治的角度看，在野党若能拥有否决权，对于制衡权力中心有着十分重要的意义，但这实与蒋介石的想法相去甚远。民社党负责人蒋匀田回忆道：“……关于主席之复议权，须有五分之三以上委员始能对抗主席之复议权。而国民党占全体委员之半数，可说主席之复议权，已是稳如泰山。因此复议权之多次协商，乃有第六条第二款及施政纲领之变更者，须有出席委员三分之一赞成之规定一项，可说二者系互相交换之协议。
当时中共与民盟同认为维护施政纲领之重要，不亚于国民党所尊重之主席复议权，故愿以此易彼。……故迨协商国府委员名额时，中共与民盟欲共得十四名，而国民党仅允给十三名，僵持于一名国府委员席位，终不可解决，使改组政府与军队国家化之企望均成空想，诚为始料之所不及。” 蒋介石虽然早年参加辛亥革命，但并无多少民主思想。为了防止中共在改组后的“国府委员会”中获得提案权与否决权，蒋介石始终不愿多给中共一名国府委员的席位，最终导致中共决定不参加多党派的“联合政府”，从而使历史改变了应有的方向，朝着另一种不幸的结局（内战）艰难地走去。作为大会秘书长的雷震，试图打破这种政治僵局，在国民党内部做了大量工作，还是未能挽救其分裂的局面。时任雷震秘书的龚光朗先生对这一切“知之什稔”，1986年1月11日在上海政协的《团结报》上撰文，他这样写道：
综合委员会最后审议的是联合政府最高权力机构——国务委员的组成问题。几经争执商议，初步拟定了四十名委员的名额分配案：国民党二十名，共产党八名，民盟四名，青党四名，无党派人士四名。这样，国民党方面在国务委员会中至少占有百分之五十到六十的多数，共产党方面则注定在任何情况下都居少数地位。为了求得最低限度的民主，周恩来提出了行使‘三分之一否决权’，和四名无党派委员中要有两名由中共推荐的建议。国民党方面对此表示：同意实行‘三分之一否决权’，但是只同意由中共推荐一名无党派委员；也就是使中共八名委员加上民盟四名委员和由中共推荐的一名无党派委员，合共只有十三票，凑不足占四十个名额三分之一的数，自然也就无法去行使‘三分之一否决权’了！旧政协秘书长雷震眼见这样僵持下去，联合政府大有因此流产的危险，于是为求得这一名之差的问题圆满解决，曾多次向最高当局犯颜直谏，请其以大局为重，从宽同意中共推荐两名无党派人士，其结果却是口舌全白费！
雷震无法改变或影响蒋介石的决定，这是一个必然结果。不过，以他此时政协秘书长的身份，“均是以支持蒋中正领导下的国民党为主体，加上青年党、民社党的政府而努力。在此权力架构下，政治权力仍集中于国民党之手，是由国民党让出部分权力给其它党派，与多党平等竞争、政权和平交替仍有相当的距离” ，雷震在主观上欲为中共多争一席“国府委员”的可能性实际上并不存在。蒋介石一直把中共视为政治上最强大的敌手，同时也相信自己有能力在很短的时间内以武力消灭之。1946年年底，蒋介石约见美国驻华大使司徒雷登时，就说得十分坦率：“共产党问题必须以某种方式在半年内解决” 。此时，雷震深感和谈无望，内战在即，心情十分沮丧。这一年11月15日，国民党召开制宪国民大会，蒋介石命令雷震出任大会副秘书长一职，雷震推辞不掉，只好接受。
