圆山药的褐腐病、炭疽病、叶锈病、蔓割病等病菌，多附着在种薯上越冬。为了防止病害的发生，应对种薯进行消毒。否则，病菌很易从切割的断面侵入，造成腐烂和缺苗。
在一般的情况下，种薯应原封储存越冬。春季栽植前进行种薯切块时，除保持菜刀、箩筐、席子、菜板、盆子等器具的清洁卫生外，可将种薯放入福尔马林80倍液中浸泡20分钟。然后，将种薯放在席子上晾2～3小时，再搬到室内暗处放1天，以蒸散多余的水分。
在切割种薯时，应尽量多带种薯皮层，避免伤害皮层，以求发芽整齐一致。种薯切块后，再放入福尔马林80倍液中消毒20分钟，然后置阴凉处散去水分。最后，在断面涂草木灰或消石灰。这样，在种薯切割前后，两次用福尔马林消毒，效果很好。也可进行热处理消毒，即在48℃（最高不能超过50℃）的温水中浸种40分钟，可使线虫等死亡。
