在约翰·埃文斯和约瑟夫·普莱斯特维考察索姆砂石坑的石斧和大象骨头的之后几个月，一个爆炸性的事件发生了——查尔斯·达尔文发表了《物种起源》，这一事件将考古学置于人类起源争论的中心。考古学家和地质学家已经充分证明：人类与灭绝的动物们曾经一起在地球上共同生存过。而正在此时，达尔文的进化论和自然选择理论解释了动物和其他生物是如何随着时间推移而进化的。
达尔文的新理论消除了现代世界和灭绝动物曾经生存的世界之间所有的界限。历史上并不存在所谓的大洪水或大灭绝等事件，把早期动物或人类与19世纪中期的科学家们隔绝开。已经灭绝的动物和人类，毫无疑问地曾经同时在这个地球上共存过。
公元1859年不但是考古学的一个重大转折点，对整个科学界来说也是如此。考古学家和生物学家都面临着新的问题：在我们之前，地球上有过早期人类吗？如果有的话，他们繁衍了多久？如何解释人类社会和人类的祖先之间的巨大差异呢？达尔文振聋发聩的观点，促使考古学家去寻找对这些问题的解答——寻找早期人类以及他们使用过的工具。
早在在剑桥大学读本科时，查尔斯·达尔文（1809—1882）就已经非常热衷于生物学了。他于1831年到1836年间乘坐英国皇家海军“小猎犬号”，在世界各地进行了漫长的航行。他在这期间收集了大量动植物方面的资料。不久后，他开始研究和记录动物的进化过程。在南美洲观察到的地质层，让他意识到查尔斯·莱伊尔的“均变论”是正确的。当达尔文读到学者托马斯·马尔萨斯发表于1798年的《人口论》（Essay on the Principle of Population）时，又一个关键时刻到来了：马尔萨斯认为，对于包括人类在内的动物种群，其数量只能扩大到食物供应的极限。达尔文进一步扩展了这个理论，他写道：人类演变是自然的产物，其机制是自然选择的渐进过程。
自然选择导致了生物特性一代一代的变化。动物在外貌和行为上表现出了个体差异，例如身体大小、后代数量等等。其中有些特征是遗传的——即从上一代传到下一代，其他特征则是受到外部环境的强烈影响而产生的——这些就不太可能传给后代。具有竞争当地资源能力——达尔文称之为“生存之争”——的个体，才能幸存下来。自然选择让不同种类的个体把其身上小而有益的变化传给后代；当弱势群体消亡时，优越的个体得以生存繁衍。这种自然选择适用于包括人类在内的所有动物。
查尔斯·达尔文把自然选择的机制公之于众，但他没有顺势阐述人类进化的问题。因为他担心这会使这本书的观点无法得到公正的讨论，他只是强调他的理论可以对人类的发展提供“引以为鉴”的作用。又过了十年后，他发表了《人类的起源》（The Descent of Man），并且在这本书中他才开始探讨自然选择与人类进化之间的关系。
达尔文的推论指出，人类起源于热带的非洲，因为那里有许多猿猴。今天，我们知道他是对的。他出色的研究，为考古学对于早期人类的探索，提供了令人信服的理由。进化论确定人类是从类人猿进化而来的。维多利亚时代的体面家庭对此感到十分震惊。母亲们把孩子拉到她们的裙边，彼此低声交谈，说希望这样的谣言会被证明是不实的。讽刺杂志则把人类祖先和猿猴画在一起；还有画着达尔文长了黑猩猩身体的卡通片到处流行，而画中的大猩猩还对达尔文声称自己是大猩猩的后代而感到不悦。牧师们也纷纷在布道时公开反对进化论的观点。
幸运的是，达尔文拥有强大的盟友，其中就有托马斯·亨利·赫胥黎（1825—1895），19世纪最伟大的生物学家之一。赫胥黎的相貌引人注目，长着狮子般的脸庞，黑发美髯。他是一位出色的演说家，他对进化论和自然选择的解说是如此有感染力，甚而因此他被称为“达尔文的斗牛犬”。随着时间的推移，除了最坚定的基督徒之外，反对达尔文思想的声音逐渐消失了。
没有人知道人类的祖先长什么样子。在达尔文发表《物种起源》之前的三年，在德国杜塞尔多夫附近的尼安德特山谷，采石的工人曾在山洞里发现了一个结构粗厚的头骨，和一些肢骨。这个看着挺原始的头骨有着巨大而粗糙的眉骨，形状像个面包——与现代人光滑、圆润的脑袋很不一样。专家们对这一发现感到困惑。著名生物学家赫尔曼·夏夫豪森宣称，这是那些古老而野蛮的欧洲先民的遗骸。夏夫豪森的同事鲁道夫·魏尔肖，一位杰出的外科医生则认为这些骨头来自一个长相畸形的白痴。
但是赫胥黎这位“达尔文的斗牛犬”则有不同的看法。他意识到，在尼安德特发现的头骨，属于一个原始人，生活的时期早于我们这样的现代人。他对遗骸进行了仔细的研究，并将骨头与黑猩猩的骨头一块一块地进行比较，发现两者之间有着惊人的相似之处。赫胥黎写了一部关于人类进化的经典著作。在1863年出版的《人类在自然界的位置》（Man's Place in Nature）一书中，他阐述说，尼安德特人头骨来自当时已经发现的最原始的人类，和我们的猿类祖先明显相关。这是人类起源于猿的证据，正如达尔文的理论所暗示的那样。所有关于早期人类化石的现代研究，都起源于这本简短而清晰且笔法优美的书。赫胥黎的思想深受地质学和考古学的最新发现所影响，也同样深得进化论的精髓。
19世纪六七十年代，更多的尼安德特人的骨架在法国西南部的岩洞和避风石缝中被人发现。他们有着突出的下巴、宽大的眉骨和倾斜的前额。体格矮小的尼安德特人看起来很原始，和猿猴十分相似。他们成了漫画中的穴居人，漫画家们在作画时，总是让他们随身带着粗大的棍棒。尽管如此，要建立起人类进化学说的哪怕是最基本的细节，还是要依赖于更多的化石发现。
越来越多的人谈论起猿与人类之间的“缺失环节”，即人类最终的祖先。许多人认同达尔文关于在热带非洲能找到这种发现的看法是正确的——因为那里是多种的猿类曾经生活过的地方，那么，认为人类起源于那里当然是合乎逻辑的。但是，在尼安德特人之后，人类化石的下一个重大发现却是在别处。
欧根·杜布瓦（1858—1940）是一个热衷于研究人类起源的荷兰医生。他认为我们的祖先来自东南亚，那里也生活着许多猿猴。杜布瓦是寄希望于在研究中有所发现，因此他在1887年想方设法找到了一份作为政府医疗官员派驻爪哇岛的工作。在随后的两年里，他在特里尼尔小镇附近的梭罗河的碎石河滩边上耐心地寻找。他在那里找到了一个类人猿的头盖骨的上半部分、一根大腿骨和几颗臼齿。他称之为“Pithecanthropus erectus”，意思是“直立的猿人”，但人们一般称之为“爪哇人”。他说，这就是猿人和人类之间所缺失的一环，现在被称为“Homo erectus”（直立人）。
欧洲科学界对杜布瓦的说法不屑一顾。部分原因是，到那时为止，所有的早期人类化石都来自欧洲。科学家们嘲笑他，说他被看起来“原始”的尼安德特人迷住了。杜布瓦大受打击，回到了欧洲，据说他把化石藏到了床底下。
到了世纪之交，对大多数人来说，尼安德特人已经成为在报纸的漫画中步履拖沓的山洞野人。相反，科学家们则痴迷于一位律师和化石探寻者查尔斯·道森于1912年在英国南部皮尔当的砾石采石场的非凡“发现”。
道森声称他找到了“缺失的那一环”，结果却是件伪造品：中世纪的头盖骨，安上了一个500年前的人类下颚骨，再仔细地把黑猩猩的牙齿化石镶嵌进去；所有的骨头都涂了铁溶液——使之看起来很古老。几乎可以肯定的是，渴望获得科学界认可的道森，伪造了这件耸人听闻的赝品。道森知道，当时的科学家认为，人类大脑的发育得益于现代人类种类繁多的饮食。因此（有人认为）他悄悄地创造了一个从解剖学上来说是现代人的骷髅化石，然后加入适当修改过的黑猩猩牙齿，伪造了一个原始的“皮尔当人”。
尽管看起来很令人吃惊，但当时没有人质疑这一“发现”，要知道，当时还没有判断文物年代所需要的分析工具。在1953年对该骨骼的化学分析，最终揭露了该物为赝品。那个时候，在非洲和中国发现的其他化石已经让人怀疑“皮尔当人”的真实性，因为该物品与其他化石相比显得太不同了。
杜布瓦的“爪哇直立猿人”渐渐被人遗忘了，直到20世纪20年代中国地质调查人员在北京西南部的周口店发掘了一个深洞，一位瑞典实地考察者和中国学者裴文中出土了人骨。该标本被证明和杜布瓦在特里尼尔找到的猿人遗骨几乎相同。很快，这两种猿人被列在一个标签下，称为直立人。
尽管发现了尼安德特人和直立人，要讲述过去的历史，仍有大段的空白。从霍克森和索姆山谷发现的石斧，到后来的人类化石，再到年代稍近一些的像巨石阵这样的遗址，中间还有成千上万年的间隔。还没有人能够判断出杜布瓦发现的化石或尼安德特人的具体年代。填补在爪哇化石和尼安德特人之间的，是博物馆里满抽屉的石头工具。这些工具只是展示了制造石头工具的工艺随着时间推移而有所进步——仅此而已。
一个迫切的问题是，谁是最早的人类？另一个问题是，差异甚大的人类社会，是如何共存的？
人类社会进化理论出现了，特别是在一个叫赫伯特·斯宾塞（1820—1903）的社会科学家的著作中。他工作的时期，正是快速工业化和重大技术变革出现的时候。斯宾塞认为人类社会的发展，是从简单到复杂和高度多样化，这样的理论，使考古学家得以想象：从简单的古代社会到复杂的现代社会是有序发展的。
但古代社会究竟是什么样子呢？斯宾塞是在有关非洲、美洲、亚洲和大洋洲等非西方社会的知识变得广泛普及的时候撰写其著作的。通过阅读探险家对此前不为人所知的部落的描述，以及卡瑟伍德、斯蒂芬斯和其他人的著作，你能很容易地想象一个树形的进展图：在最底层的是尼安德特人，以及像澳洲和塔斯马尼亚原住民这样的狩猎民族；再上面一些的是阿兹特克人、玛雅人和柬埔寨人这样的先进文明；当然，在最顶端，是维多利亚时代的文明。
人们试图把人类化石和考古发现都放在这样一个容易理解和有意义的框架内。如此阐述人类进化的理论，为考古学家发现的鲜为人知的过去提供一条便捷的路径。但有些人走得更远。
另一个英国社会科学家爱德华·泰勒爵士（1832—1917），提出了人类社会三个阶段的构想：野性社会（狩猎和觅食的社会）、野蛮社会（简单的农业社会）和文明社会。用简单的、阶梯上升式的方法来看待过去，很受维多利亚时代的人们的欢迎，因为他们坚信技术进步是文明的标志。谁能指责他们呢？当时，除了在欧洲的这一小块区域之外，考古学对其他地区几乎一无所知。这些简单的理论反映了当时人们的普遍想法，即19世纪文明代表着人类漫长历史的高峰。从19世纪60年代和70年代的视角来看，人类的进化似乎的确是像阶梯发展那样有序。
但当在非洲、美洲和亚洲的考古发现揭示了一个更加多样化和迷人的史前世界时，一切都将要改变。
