此时旅顺的守军，算上金州与大连湾逃来的溃兵，共计33营14000人，人数倒是不少，可惜其中9000余人是新募兵；另外的5000人算老兵，但也没有经历多少战阵。真正有战斗力的部队只有3000人。可就是这样一个拼盘式的14000人，居然分别隶属于7位统领，严重缺乏统一的指挥。
提督成群，却没有统一的指挥机构。混乱中大家把希望的目光投向了旅顺城中的龚照玙。
龚照玙，字鲁卿，李鸿章的又一个合肥老乡，因科举成绩不佳，只好一路捐至道台。再往上不好捐了，只好跟着李鸿章办洋务。反言之，如果他科举成绩好，就不会选择做洋务。如果他和李鸿章不是合肥老乡，恐怕他也不会选择追随李中堂。李鸿章无奈，乏人可用，也只有得用且用。因为在旅顺建港过程中，龚照玙出力不少，所以才得以接替刘含芳升任新一届北洋前敌营务处兼船坞工程总办。
这又是一个大清特色。所谓北洋前敌营务处其实就是后勤司令，船坞工程总办则相当于海军修理厂厂长。这两个职务无疑很重要，所以和平年代大家都称任此职者为“隐帅”，即不是统帅的统帅。可是，现在是战争年代，你再用和平时期老一套，让“隐帅”厂长带上一帮提督总兵，和日本人争城夺地，这不是开玩笑吗？
可在大清国，这样的玩笑早已不是第一次了。
徐邦道主张先发制人，利用大连至旅顺之间的山地，尽最大可能拓展防御空间，逐级抵抗，争得一天是一天。但赵怀业却担心主力北上，日军乘虚两栖偷袭，所以主张作婴城之守。至于龚照玙则已六神无主。议而不决，宝贵的时间却越来越少。徐邦道遂不再争取友军的支持，而独自率领本部人马北上迎敌。
当徐邦道率军向前冲时，龚照玙却偷偷地从船厂后门搭上一艘鱼雷艇，溜了。他一口气就溜到了烟台，可是还未来得及上岸，一个爆炸性的消息便已传来。原来，山东登莱青道刘含芳和龚照玙是老交情。他派人告诉龚，山东界面的老大，那位全国闻知的“当代包青天”李秉衡，已下了密令，只要旅顺的逃将逃兵到了山东界面，一经发现，轻则槛送京师，重则就地处决。
龚照玙意识到登陆山东是没戏了。于是一声令下，转舵起航，一路直奔天津卫，厚颜无耻地直接去找李鸿章了。
且说李鸿章此时正为陆战失利茶饭不思，还要操心北洋水师的后路，发号施令，调兵遣将，真也叫焦头烂额。就在此时，居然在目力范围内，看到了本该在海的另一面组织抵抗的龚照玙，其吃惊程度可想而知。
“离旅顺一步即汝死所！”
在李鸿章的冲天怒火中，龚厂长魂飞魄散。一溜烟窜回到岸边，爬上鱼雷艇，一声令下，调舵起航，又一路回旅顺去了。
当龚照玙坐着他的鱼雷艇，在渤海湾里横冲直撞的时候，被称为“东方直布罗陀”的旅顺，又发生了什么呢？
龚照玙一跑，群龙无首，有细软的抓紧收拾，准备走人；没细软的就想乘机操办些细软。
李鸿章经营旅顺多年，周边水旱雷密布，全由电线控制，遥控击发。可谓先进。结果呢？
负责旅顺与后路水旱雷营的学生兵们，此时正忙着脱下军装换上便服，相继躲入市区避难。西岸旱雷队队长张启林逃跑前还拉上四个人把发电机毁了。一时间，秩序大乱。
第一批人，拆走了控制雷场的电箱。
第二批人，扯走了连接雷场的电线——既然电箱都没了，还留电线干什么？
仓库的保管员们就更不要说了。坐拥宝山，自然不客气。部分守军也不甘寂寞，一起参与了这起库存物资的瓜分事件。
一片混乱中，真正抵抗的，只有一个徐邦道。
按徐的本意是打一场有利地形下的伏击战，但日军前锋在日本骑兵之父秋山好古的率领下，推进之快出乎他的意料之外，结果伏击战成了遭遇战。可接下来就该徐邦道让日军大吃一惊了。清军以罕有的高昂斗志，直冲日军。一番激战后，这场被称为“土城子伏击”的遭遇战，最终以日军死伤46人（步兵第一大队第三中队小队长中万德次以下11人被击毙，骑兵大尉浅川敏靖、步兵中尉三谷仲之以下35人被击伤），狼狈撤退告终。
首战告捷，士气大振。打扫完战场，下一步就是转移阵地了。可徐邦道这一转不打紧，竟一口气又移回到了一锅粥的旅顺城内。何以徐总兵不学后来缅甸战场那位廖（耀湘）师长，也来个逐次抵抗呢？
除了后援不继，兵孤力单之外。最重要的还是士兵们跑了半天，又打了半天，都饿了，该吃饭了。因为从金州撤退时太仓促，举凡帷幕、炊具、粮袋……丢的是一干二净，已失去野外自给的能力。当地老百姓也早跑了个一干二静。旅顺城内的守军又不来支援。现在，非回到旅顺城里，是难求这一饱了。
二十四日（21日）凌晨二时许，日军集中了15个步兵大队，30骑兵中队，4个工兵中队，14个炮兵中队（共计山、野、攻城炮78门），发起了对旅顺口的总攻。
混战中，龚大人又溜了。坐的还是鱼雷艇，路线还是横越渤海湾，不过艇中旅伴又多了一个卫汝成。
山东的地面还是不敢靠岸。结果只能在鱼雷艇上过夜。还是卫汝成大胆，装成船户上岸跑了，并从此之后再未浮出历史的水面。
龚照玙却不甘心就此终结余生。辗转反侧一夜，龚大人的想法又变了。似乎是出于对李秉衡派人上船抓人的担心，思来想去，龚照玙居然又硬着头皮转航去了天津卫。这一去的结果便是扣送京师，刑部议罪，斩监侯，秋后处决。
不过龚大人自有办法，其家人四处活动。居然就活动成了死缓。一缓就是六年，八国联军进京。龚大人龙脱浅滩，一路又回乡去了。
回头再看旅顺口。
在最后的激战中，徐邦道、姜桂题、张光前、程允和四统领，莫不发挥了超人的勇气，但血气之勇已无济于事。因为“踏尸而前”的日军同样不乏血气之勇，但日军的组织与战法优势，却不是清军一朝一夕所能具备的。此消彼长，优劣立判。
当二十四日的落日夕辉染红旅顺口，主要炮台已均落入日军手中。夜色苍茫中，残余清军夺路向金州方向逃走。日军则开始上演一幕“文明新戏”：旅顺大屠杀。
对日军而言，这又是一个出忽意料的胜利。诚如汉纳根所言，“旅顺口垂山峻岭，为天生险要之地，又有得机得势之炮台，若非敌人筑长围以困之，俾守口之华兵尽行饥饿而死，他人万无得肆觊觎之理。今查粮饷器械足支三年之用，日本其有此久围之力耶？”
英国人詹姆斯·艾伦站在白玉山上观看了发生在眼前的战斗。他对清军这么轻易的失去阵地大惑不解：“这些工事均设在陡峭的山上，处于居高临下的地位，来犯的军队在该处无法保持规则的队形，当他们奋力攀登这些险要的山坡时，将被能干的炮手们成千上万地撂倒。我怀着这种迷惑不解的心情，看到了如此坚固的防御工事竟这样丢失了。”“前面的那条小溪中有许多满载难民的舰只和小筏子，而大多数难民是胆小如鼠的军队，他们在逃跑时扔掉了武器和军服。他们的无能和胆怯，使我对中国军队的未来具有很深的印象。”
但日军恰恰在不可能成功的地方成功了。
11月24日，即日军攻占旅顺的第三天，日本天皇向第二军下达敕语：旅顺乃渤海之门户，敌国赖以为钥匙，今汝等一举拔之。朕深嘉赏其功劳。天气渐转寒，前途尚远。汝等宜自爱奋励。
这一次日本人的收获比大连更加丰厚。“旅顺半岛之二十余座炮台、兵营、船坞，以及各种兵器、器械，全部归我军所有。若问其价值，相当于六亿数万元。”另外，还在四天内屠杀了当地4000余居民（一说两万）——老人、幼童也未能幸免！
就在旅顺口失守的当天，中方收到了又一个坏消息。李鸿章想从智利购买的英制巡洋舰爱斯米拉达号，已被日本经厄瓜多尔转手买走！
岂料屋漏偏逢连阴雨。镇远号又出了事故。
十月十七日（11月14日）凌晨，从旅顺逃出的定、镇等六舰入威海北口，定远在首，镇远随后。因为连日风大浪高，又因定远分水力大，水道航标逸出安全航线，镇远未察，触礁受伤。光绪怀疑这次事故是“奸细勾通用计损坏”。事情一直闹到23日，才以丁汝昌的调查报告和李鸿章对林泰曾的力保而告终。但镇远的修复却又花了近两个月的时间。林泰曾内疚万分，于当晚自杀谢罪。可是来自北京方面的谕旨却更加令人心寒。相对于镇远的损毁情报，光绪更关心林泰曾究竟是不是汉奸！
十月二十八日，从上海调来的六名洋匠（外国技师）终于到了威海卫。在他们一个多月的努力下，总算使镇远勉强又可开动、开火了。但由于缺少旅顺口那样的修理船坞，水下部分很难施工。结果有三处共30英尺长的擦伤最后还是无法解决。只有临时在机舱中加木撑，凑合使用。在这种情况下，镇远只能以8节以内的航速在近海行驶。曾经威震东洋的镇远，就这样成了近海浮动炮台。丁汝昌的郁闷可想而知。
岂料还有更郁闷的事情。十一月二十一日、二十二日、二十四日，光绪连发上谕，要追查海军贻误战机的责任，以“怯懦无能，罪不可免”的理由，要将丁汝昌解送京师，“交刑部治罪”。虽经李鸿章一再努力，无奈皇上这次是坚持要拿丁汝昌开刀。李鸿章只好奉旨另觅接班人，最后决定以刘步蟾暂时代理提督一职。倒是多亏了包括刘步蟾在内的海军众将力保。光绪才做出了一个新的让步，允许丁汝昌在“经手事件完竣”后，再押解赴京。这就等于是默许丁汝昌继续指挥。
丁汝昌的际遇与心情同时落入冰点。一个月后，日军再次施展其两栖登陆、外线包抄的拿手好戏，大举登陆山东半岛的荣成湾。李鸿章苦心经营的北洋水师，难逃凄惨的结局。
