御史羊可立捕风捉影地揭发张居正霸占辽王财产，把废黜辽王事件与张居正挂钩，指责他是“废辽”事件的最大受益者。一向伺机翻案的辽王家属以为时机成熟，辽王次妃王氏向皇帝控告张居正，“丛计谋陷亲王”，“霸夺产业”，特别强调：“金宝万计，悉入居正家。”朱翊钧迅速做出反应，发出一道很长的圣旨。他在圣旨中说：张居正侵盗辽王府金银财宝，其父坟墓建造在辽王陵园内，掘毁他人坟墓，罪孽深重。你们这些地方官为何不加追究？现特派司礼监太监张诚、刑部侍郎邱橓、给事中王相、锦衣卫指挥曹应魁，前往荆州，会同湖广巡抚、巡按，对张府财产查抄充公，全部押解朝廷。如果有官员敢于透露消息、容忍隐藏、包庇回护，一概逮捕严惩。
表面看来语气平静，理由充分，目的在于清查张府霸占辽王府财产的情况，其实在表面平静之下，隐藏了一个严峻的政治问题——抄家。在当时的政治语境中，抄家的对象都是犯下严重罪行的官员，例如严嵩、冯保之类。这就意味着，查抄张府是对已经死去的张居正的一种追加处分，是对他的彻底否定，其政治意义远远大于经济意义，它标志着张居正从政治巅峰一下子跌入万丈深渊。促使朱翊钧对先前尊重备至的“元辅张先生”翻脸的原因也许很复杂，消除“威权震主”的影响无疑是主要原因。早在一年前，他看了大理寺送来的游七、冯昕的供词后，就下旨剥夺张居正一切政治荣誉——他自己亲手颁给的上柱国、太师兼太子太师等头衔，并且把他的儿子革职为民，统统是为了这一目的而采取的措施。
此举引起了朝野上下强烈的震动。一些敢于讲话的官员希望皇帝冷静、宽恕，最为引人注目的是都察院左都御史赵锦。他并不是张居正的亲信嫡系，万历初年对于新政有所非议，以为太过操切。张居正授意言官弹劾他“讲学谈禅，妄议朝政”，迫使他辞官而去。如果为了泄私愤，他完全可以落井下石，报当年的“一箭之仇”。但他没有这样做，而是出于公心，分析“抄家”的利弊得失。
他以监察机构主官的敏锐洞察力，建议对内阁大臣的抄家应该慎重，嘉靖年间对严嵩的抄家连累江西百姓的教训，值得汲取。当时抄没严府家产，预先估计的数字过于庞大，具体操作时却难以达到这一数字，主持抄家的官员唯恐给自己带来不测之祸，只好“就地取材”，把附近百姓的财产拿来充数，留下了很大的后遗症。他认为，张府的财产不及冯保的万分之一，言官出于义愤，揭露的事实常常讲过头。万一再重演查抄严府的悲剧，那么对于湖广的流毒将十倍于江西。他提醒道，对张居正惩罚过于严酷，必将使得今后内阁大臣产生恐惧感，无所措手足。剥夺了政治荣誉，子弟也已革职为民，这些惩罚足够显示朝廷的威严了。无论张居正昔日如何擅权、如何操切，毕竟功大于过，断断不至于达到抄家的地步。希望皇上顾全当年辅佐帷幄的情谊，不要做出有损国体的事情来。
朱翊钧根本听不进去。
侍讲官于慎行写信给刑部侍郎邱橓，请他在抄家时手下留情。于慎行也不是张居正的亲信，当年因反对“夺情起复”，而遭到张居正的责备，被迫辞职。张居正死后，他被重新起用，不计前嫌，讲了几句公道话，实属难能可贵。他给邱橓的信洋溢着一派凛然正气：
——张居正的始末已经人所共知，耗尽精力智慧，为国勤劳，是一方面；耍弄阴谋权术，结怨于朝廷上下，是另一方面。在他掌权的时候，举国上下争先恐后为他歌功颂德，不敢批评他的过失。而今身败名裂，举国上下又争先恐后声讨他的罪状，不敢肯定他的功绩。这两种态度都不合乎情理事实。
——张居正对于纳贿极为谨慎，有深交的亲戚朋友可以接受，陌路之人一概拒绝；债帅巨卿的贿赂可以接受，小官一概拒绝；能够进入张府大门的贿赂可以接受，不得其门而入的贿赂一概拒绝。他的贿赂收入是有限的。
——张居正以盖世之功而自豪，颇为自律，不敢做诬鄙之事，并且期望儿子有传世之业不使他们交游过滥。他的父亲、兄弟虽凭借权势聚敛了一些钱财，但荆州张府的财产没有想象的那么多。
——张居正的母亲年已八十，垂垂老矣，他的几个儿子都是不涉世事的年轻书生，抄家之后，身无分文，必定落魄流离，没有地方栖息。这是路人为之酸楚、士林为之伤心之事。希望抄家以后，允许给他儿子几间房子，一块立锥之地。
在当时形势下，讲这样的公道话，显然要承担极大的风险。《明史·于慎行传》提及这封信，评论道：“词极恳挚，时论韪之。”肯定他的言辞恳切诚挚，得到舆论的好评。
然而，主持抄家的邱橓对张居正有私人恩怨，乘机报复，不但不手下留情，而且超越抄家的权限，肆意妄为。他还没有赶到荆州，就命令地方官查封张府房门，登录人口，一些躲避在空房的老弱妇孺，来不及退出，被活活饿死的大约有十几个人。在邱橓主持下的抄家，可谓锱铢必究，巨细无遗。但是抄到的数目与原先估计的数目相去甚远。于是严行拷问，迫使他们交代赃物已经转移、藏匿的数量与去向。
长子张敬修经受不了严刑逼供，上吊自杀，临终前写下一纸绝命书：
忆自四月二十一日闻报，二十二日移居旧宅，男女惊骇之状不忍惨言。至五月初五日，邱侍郎到府。初七日提敬修面审，其当事噂沓之形，与吏卒咆哮之景，皆生平所未经受者，而况体关三木，首戴幪巾乎！
……在敬修固不足惜，独是屈坐先公二百万银数。不知先公自历官以来，清介之声传播海内，不惟变产竭资不能完，即粉身碎骨亦难充者。且又要诬扳曾确庵（省吾）寄银十五万，傅大川（作舟）寄银五万，云：“从则已，不从则奉天命行事。”恐吓之言令人落胆……嗟乎，人孰不贪生畏死，而敬修遭时如此，度后日决无生路……不得已而托之片纸，啮指以明剖心。此帖送各位当道一目，勿谓敬修为匹夫小节，而甘为沟渎之行也。
……邱侍郎，任抚按，活阎王！你也有父母妻子之念，奉天命而来，如得其情，则哀矜勿喜可也，何忍陷人如此酷烈……
看了这份绝命书，大体可以领略当时抄家的惨状，堂堂一品大员的家眷竟然连一般犯人的待遇都没有，生不如死。张敬修毕竟是凡夫俗子，面临死神时流露出求生的欲望。五月初十写了绝命书，梦中得到吉祥预兆，没有上吊。到了五月十二日，再次会审，以严刑威胁，逼迫承认赃财已经转移隐匿。实在走投无路，才上吊自尽。
前任内阁首辅的长子上吊自尽的消息传到京城，引起强烈的反响。内阁次辅申时行感到震惊，写信给湖广巡抚李岷山，委婉表达了不满。信的大意是：抄家之事出于皇上圣恩，势不可挡，难以挽回。而我辈奉命行事，要平衡法律与人情，在无可奈何之中，尽量寻求可宽则宽的途径。圣旨没有明文规定的，不必一丝一毫严密搜求；审判之际，只对僮仆使用刑法就可以了，他的几个儿子都有功名官职，不必对他们继续上镣铐，窘辱备至。这就是张敬修之所以自杀的原因。昨天看到传来的遗书，行路之人都为之悲伤流泪。这件事情，上关系到国体，下关系到人心，绝不可以等闲视之。死者不可复生，而生者尚可以委曲求全，奄奄老母，茕茕孤儿，如果不着意抚恤，再出现重大变故，那么地方长官难以辞其咎。
申时行的这一席话，说得合情合理，又不得罪皇帝。但事已至此，他也徒唤奈何，只能希望善后工作做得好一点。
在舆论的压力下，朱翊钧不得采取一些补救措施：张居正辜负朕的恩眷，遗祸亲属，其母老迈，流离失所，委实可怜，当地政府拨给空宅一所，田地十顷，以资赡养。但是对于抄没张府财产丝毫不放松，凡是可以移动的抄家物资，立即分路押送北京；房屋、牌坊等不动产，一律折成银两押送北京，全部交由皇宫内库查收。至于张居正的罪状，都察院议定的张居正罪状，皇帝很不满意，亲自定下了这样的结论：
张居正诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，钳制言官，蔽塞朕聪。私占废辽地亩，假以丈量，庶希骚动海内。专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当断馆戮尸，念效劳有年，姑免尽法追论。伊属张居易、张嗣修、张顺、张书都着永戍烟瘴地面，永远充军。你都察院还将居正罪状榜示各省直地方知道。
这是对张居正的彻底清算，他担任内阁首辅十年来的政绩，被说成“专权乱政”、“谋国不忠”；对他的改革举措——清丈田亩，给予“骚动海内”的负面评价；对他雷厉风行的作风，给予“钳制言官，蔽塞朕聪”的负面评价。这位当初对“元辅张先生”推崇备至的万历皇帝，如今早把那些溢美之词抛到九霄云外去了。这就是皇帝的专制作风，把臣子视为草芥，可以捧上云霄，也可以打入地狱，愈是功高盖主的大臣愈是如此。
用客观冷静的眼光看来，张居正尽管有各种各样的弱点，但是他忠心耿耿辅佐皇帝，为革除积弊推行新政而呕心沥血，功绩是难以抹杀的。《明神宗实录》的纂修官给他的盖棺论定，还算平直公允，较少意气用事的成分。他们说：张居正“沉深机警，多智数”，受命于“主少国疑”之际，独揽大权，辅政十年，政绩卓著，“海内肃清，四夷詟服”，“太仓粟可支数年，冏寺（太仆寺）积金钱至四百余万”。然后用十五个字来表述万历新政的成就：“成君德，抑近幸，严考成，清邮传，核地亩”，总括成一句话：“洵经济之才也”——实在是经国济世的人才啊！
当然，《明神宗实录》也没有回避他的过失，尽管过不掩功，也足以使他陷入无法摆脱的困境：
偏衷多忌，小器易盈，倚信佞幸。方其怙宠夺情时，本根已断矣。威权震主，祸萌骖乘。何怪乎身死未几，而戮辱随之。识者谓：居正功在社稷，过在身家。
张居正悲剧的根源就是八个字——“威权震主，祸萌骖乘”，悲剧的表现形式十分独特——“功在社稷，过在身家”。或者就像海瑞所说：“居正工于谋国，拙于谋身。”所谓“过在身家”、“拙于谋身”，根源就是“威权震主”。万历时期担任礼部尚书、内阁大学士的于慎行对此有入木三分的评论：万历初年，张居正掌权，与冯保互相倚靠，共操大权，对于辅佐皇帝并非没有益处。只是凭借太后支撑，挟持小皇帝，束缚钳制有些过分，使之不得伸缩。皇帝年龄虽小，心中已经默默忌恨。因此祸机一旦触发，就不可挽回。世人只看表象，以为张居正钳制言官、过于操切，是导致祸患的原因，以为“夺情起复”以及儿子进士及第是得罪的根本。这些现象当然存在，但不足以导致张居正身败名裂，最根本的原因是“操弄之权，钳制太过”。这八个字是刻画张居正对皇帝的态度，也就是“威权震主”的另一种说法。
无论功勋多么卓著的大臣，绝对不能“僭越”，使皇帝感受到震慑。张居正如此精明强干，居然对这个关键有所疏忽，忘乎所以，难怪海瑞要说他“工于谋国，拙于谋身”了。
