清朝经历10年（1687——1697）的斗争，特别是由于昭莫多之战的决定性胜利，终于歼灭了噶尔丹的叛军，为统一漠北扫除了障碍。这场战争，颇为艰苦，清政府采用了政治诱导和军事进攻相结合的两手政策，发扬了不避艰险、穷追不舍的精神才平定了噶尔丹的叛乱。另外，为了早日剿灭叛匪，清政府及康熙帝调兵遣将，知人善任，粮饷弹药充足，这些都为战争的胜利创造了有利的条件。在昭莫多之战中，康熙帝总统三军，亲帅中路，不避险途；西路军统帅费扬古谨慎持重，爱惜士卒且熟悉边情，成竹在胸。振武将军孙思克年已七旬，右臂早日伤残却仍身先士卒。而宁夏总兵殷化行则机智多谋，晓畅戎机。清政府由于统治机器健全，号令通行万里，所以能在短期内动员全国的人力物力为战争服务，使得粮饷充足，战马如云，十三四万大军所用之战马、驮马、辕马、驿马、备用马，粗略估计，在22万匹上下。清政府还调用了大批驼、骡、牛、驴帮助运输，减轻了马匹承受的压力。以米面为例，中路军和西路归化城军每人携80日口粮，官员携百日口粮，两军另备米车达7000辆，每车运6．6石，略去损耗之0．6石不计，共运米达4．2万石。“八旗、绿旗、内府兵及职事人员酌量增给米粮，时营外堆积如山，观者拥塞、内喀尔喀诸人……莫不挢舌惊骇，将士气与京同”。
昭莫多之战的胜利，加速了噶尔丹内部的分裂，促使了噶尔丹的灭亡，同时，有利于蒙古人民的休养生息。康熙帝曾以诗描述：
诸部名王集，扶携绕御营。
皆言清朔漠，从此乐生成。
喜溢车书会，欢腾鼓角生。
朕怀勤抚恤，所志在休兵。
噶尔丹败亡，喀尔喀人返回漠北，各旗领有被清朝分封的固定的牧场、土地，执干戈以卫社稷，清朝的北部边防遂大为加强，内蒙古的安全也有了可靠的保障，清朝有外蒙古作为“塞上雄藩”，正好以之为军事基地，向天山南北推进。所以，昭莫多之战后，清朝的有效控制权已伸展到青海、套西和哈密等广大地区。噶尔丹败亡，血的教训使一直采取骑墙观望态度的青海蒙古臣服于大清，康熙三十六年十一月，青海正式列入清帝国的版图。青海道路的畅通，清朝对西藏的局势才能了如指掌，并迅速控制了哈密通向天山南北的道路，打开了统一天山南北的大门。青海、套西、哈密的有效统一，是清朝有效统一西藏、新疆等广大西域地区的先声。
§§§第三节 再平准噶尔管辖西藏青海
漠北噶尔丹叛乱被清政府平定之后，准噶尔部的割据势力仍负隅顽抗，企图“尽效噶尔丹所为，思吞并四部为一”，于是与清廷的斗争再起。到了康熙末年和雍正年间，准噶尔部在策妄阿拉布坦的苦心经管下又逐渐强大起来，“潜师入藏，袭杀拉藏汗”，作乱边疆。清廷采取果断的措施，及时出兵西藏并加强西北防务，粉碎了叛军的分裂阴谋，保证了清朝统一多民族国家的和平和发展。
争夺哈密策旺阿拉布坦是僧格的长子，噶尔丹之侄。远在1653年（顺治十年），巴图尔浑台吉死，其子僧格继位，但不久巴图尔浑台吉诸子之间就发生了争夺统治权的内讧，噶尔丹趁机夺得了准噶尔部统治权，策旺阿拉布坦被迫依附于噶尔丹。据《东华录》雍正朝《卷十四》上记载：策旺阿拉布坦“与伊叔噶尔丹不相和睦，带领7人潜逃至吐鲁番地方居住。……且圣心（指圣祖仁皇帝）仁慈，不忍遣兵将噶尔丹余剩部落，悉行剿灭，恩加格外，遣使赏给策旺阿拉布坦。彼时，策妄阿拉布坦力弱势微，甚为恭顺”。当时，噶尔丹正勾结沙俄，图谋对喀尔喀的入侵。策旺阿拉布坦一面向清侵政府“请安纳贡”，表示“大凡君有谕旨，俱愿遵行”，一面“用其七友，收集散亡”，积极发展个人势力。1690年（康熙二十九年）策旺阿拉布坦利用噶尔丹再次东侵的机会，袭取噶尔丹的大本营科布多，“尽收噶尔丹之妻子人民而去”，占据了额尔齐斯河到乌布萨泊的广大地区，实际控制了准噶尔部，策旺阿拉布坦占据伊犁之后，向清政府“请安纳贡，”表示为清廷“效力尽瘁”，清政府在1694年（康熙三十六年）消灭了噶尔丹之后，承认了策旺阿拉布坦对准噶尔的统治。
随着准噶尔经济和军事实力的增长，“历十余年，部众繁滋，渐骄横”，策旺阿拉布坦开始“尽效噶尔丹所为，思吞并四部为一”，逐步与清廷作对，走上了背叛中央政权，搞分裂割据的道路。当时哈密已正式归附清朝，并擒献了噶尔丹之子色布腾巴珠，故策旺阿拉布坦对此极为忌恨。
康熙五十四年三月二十五日，策旺阿拉布坦“以兵2000，掠哈密”，不满足于自己控制的由清廷划定的阿尔泰山以西至伊犁的牧区，企图占有阿尔泰山以东和哈密地区的广大牧场。策旺阿拉布坦率军开进哈密以北地区，拔五寨，复进至哈密城下。哈密扎萨克达尔汉白克额敏向清廷告急。甘肃提督师懿德派兵反击援助哈密，策旺部败走。清廷同时要求与策旺会盟，和平解决分配牧场的纠纷，然而策旺阿拉布坦拒绝。为防策旺南扰，清王朝派总兵路振声驻防哈密，派吏部尚书富宁安率师援剿，分兵赴噶斯口，征外藩兵集中归化，派满军及索伦兵赴推河，右卫将军费扬古总理军务。因清军防守严密，策旺才未敢南下骚扰。
根据1722年沙俄派往准噶尔部的使臣温可夫斯基记载：珲台吉（即策旺阿拉布坦）控制下的诸民族除厄鲁特蒙古人以外，还有哈萨克人、乌梁海八、特楞古特人、叶尔羌的布哈拉人、布鲁特人、马拉宾人等。其军事力量达到了整个新疆地区和哈萨克草原东南部以及锡尔河中游一带。康熙五十四年，沙俄派出一支3000军人的侵略军侵入准噶尔达布逊淖尔（亚梅什湖）地区，企图建立要塞以作为进一步南下叶尔羌的基地。策旺阿拉布坦派出万余人迎战，粉碎了沙俄的侵略扩张计划。策旺抗击沙俄的亚梅什湖之战是正义的自卫反击战，其意义应予肯定。但策旺的野心越来越大，随着准噶尔部的发展和逐渐强盛，西藏成了他进一步扩张割据的新目标。
侵略西藏清政府和西藏地方的最初联系发生于清兵入关前。1639年（崇德四年），皇太极致书达赖，宣布清政府尊崇西藏佛教势力最大的教派——黄教的政策。此后，西藏地方各个方面的统治者主动与清朝建立联系，他们的行动在客观上明确地反映了祖国强大的向心力的作用。
十六、十七世纪，西藏的黄教在蒙古地区广泛传播，准噶与厄鲁特其它各部都普遍接受了黄教，这种宗教信仰上的一致，把蒙古和西藏两地的政治和社会生活日益紧密地联系在一起。因此，西藏黄教的最高首领达赖喇嘛在信仰喇嘛教的蒙藏人民中间享有很高的威望，两地许多重大活动，诸如会盟、战争、部落间的交往等都是在达赖喇嘛的名义下进行的，正如康熙大帝所言：“蒙古素崇佛教，有达赖喇嘛名，皆归响之”。于是，神王达赖喇嘛就成为蒙藏各派政治势力争权夺势的工具，因为凭借达赖喇嘛的教导权威就可以在蒙藏宗教社会产生广泛的号召力。策旺阿拉布坦必然对西藏的局势倍加关注，这是与他日益膨胀的野心相一致的。于是当西藏的政局陷于混乱时，策旺便急不可耐地出兵西藏了。
这时青海厄鲁特蒙古中的和硕特控制丁西藏，建立了由和硕特蒙古与黄教的联合统治。和硕特部首领顾实汗及其子孙一直与清朝中央政府保持着臣属关系。十八世纪初，达赖汗的儿子拉藏汗继承父位后，更“明确地站到了中国（按：指清朝）一边”。然而由于拉藏汗在宗教策略上的某些鲁莽轻率行为，明显地把自己置于与黄教寺院集团相对立的地位，在围绕达赖喇嘛继承权的问题上，西藏地方两派政治势力发生了激烈的冲突，乃至兵戎相见，使西藏陷入内乱之中。
1697年（康熙三十六年）第巴（按：由达赖与顾实汗共同委任的负责西藏政务的官员）桑结公布达赖五世园寂，同时指定自己择定的转世灵童为达赖六世，拉藏汗则视之为假达赖，并向清廷上报他“行为不端”。1704年双方发生冲突，并率兵从其在藏北为驻地进军拉萨，逼迫第巴桑结退位，由他的儿子继位为第巴。1705年战争又起，藏兵战败，第巴桑结被杀。拉藏汗又扶植了新的达赖，然而“青海诸蒙古，复不信之”，于是西藏存在着一股反拉藏汗的强大潜流，局势更加动荡。
西藏局势的动荡和变化关系策旺阿拉布坦的切身利益，因为他对西藏的侵略野心是蓄谋已久的。策旺表面上通过与拉藏汗联姻的关系，先娶拉藏汗姐姐为妻，而后又招拉藏汗长子丹衷为婿，借以麻痹拉藏汗以便插手西藏事务，暗中却与第巴桑结相勾结，所以策旺的分裂活动是与西藏地方割据势力遥相呼应的，他们俩一拍即合，双方在反对拉藏汗，抵制清廷的统一方针方面是互相默契的。1717年策旺出兵西藏的事件就是在这种情况下发生的，它是继噶尔丹叛乱之后，中国西部边疆地区统一集权与分裂割据两派政治斗争在军事方面的具体体现。正在这之前策旺阿拉布坦刚刚取得反沙俄侵略的胜利，并缴获了大量军需充实了自己的力量，然后乘着战胜的余威，策旺发兵南下，发动了对西藏蓄谋已久的侵略战争。
1716年（康熙五十五年）冬，策旺阿拉布坦派出了两支军队，一支由其表弟大策零敦多卜率领，另派一支300人的部队穿越新疆东部地方前往青海塔尔寺，企图劫持达赖喇嘛噶桑嘉错。他认为“一旦他掌握了那个灵童，整个西藏就会欢喜若狂地迎接他们，征服西藏就会成为一场不流血的战争”。然而这支东进的小部队还未到目的地，就被清军击败了。
大策零敦多卜所率的6000精兵“徙步绕戈壁，逾和阗南大发山；涉险冒，昼伏夜行”，于次年7月，由藏北腾格里海直入西藏。经过两、三个月的激战，拉藏汗军战败退守布达拉城，同时派使者向清朝求援。11月下旬，准噶尔军队四面包围了拉萨城，并与城内的间谍取得了联系。11月30日午夜，准噶尔军从四面向拉萨发起进攻，围攻布达拉宫，杀死了拉藏汗并凶残地屠杀城内军民，整个拉萨城血流成河。准噶尔军队在占领拉萨城后，抢劫三日，古城拉萨经历了一场空前的劫难，辉煌壮丽的布达拉宫也遭到了严重的破坏。
出兵平叛为了维护西藏地方的和平统一，平定准噶尔叛乱，清政府先后两次出兵西藏。
第一次用兵是在康熙五十七年三月（1718年4月），清廷派西安将军额伦特和侍卫色愣各率兵自青海入藏，由于仓卒进军而且是孤军深入，轻敌冒进，再加上兵力薄弱，在喀喇河（即黑河）一带相持一月，终因“军中食尽”，不幸败没，额伦特战死疆场。
康熙认为：“西藏屏藩青海、滇、蜀”，是中国重要的边防地区，倘为准噶尔部割据，则“将边无宁日”。为了维护边疆的统一，康熙决定第二次出兵平叛。鉴于第一次失败的教训，清廷对这一次军事行动做了充分的准备，厚集兵力，备足粮饷。1718年（康熙五十七年），命皇十四子胤为抚远大将军，“驻节西宁，调饷征兵”，指挥进藏平叛的各路清军，以年羹尧为四川总督，协助办理军务。以平逆将军延信等出青海，向黑河进兵，是为中路；由定西将军噶尔弼，付将兵钟琪等率军出打箭炉，从四川入藏，是为南路；又派将军傅尔丹、富宁安分别自巴里坤、阿尔泰出师，“以猎其北”，防止准噶尔部向西藏增兵。
为确保战争的顺利进行，清廷又及时地安抚藏蒙人民并顺应当时大多数憎俗民众的意愿，正式册封塔尔寺的噶桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”，宣布派兵送往西藏坐床。同时清廷又责令抚远大将军胤遣使与准噶尔叛军商谈，试图和平解决事端，但却被策旺阿拉布坦野蛮拒绝。
康熙五十九年春，噶尔弼率领南路军从四川出发，六月攻克察木多，从容进军，秩序井然，一路各土邦纷纷率部归顺，势如破竹，准噶尔部的几支军队闻风溃散，八月占领了拉萨，逮捕了101名准噶尔充当间谍的准噶尔喇嘛，将为首5名斩首示众，打击了准噶尔部在西藏的割据势力。
在南路军入藏的同时，中路军在延信的率领下，自西宁出发，青海蒙古各部”汗、王、贝勒、台吉，各自率所部兵或数千或数百，随大军扈从达赖喇嘛入藏，军容甚盛”，受到西藏僧俗民众的热情迎接。大军驻扎在青海南境，先后在薄克河、齐嫩果尔和楚玛拉等地三次打败了截堵的准噶尔军，八月底进驻黑河。大策零敦多卜不敢退回拉萨，“计穷力竭，狼狈而遁”，率残部逃回伊犁。据记载，准噶尔入藏军队6000人，只有500人得以生还。
1720年，（康熙五十九年）九月十五日，在将军延信的坚持下，“在晴朗的天气中，举行达赖喇嘛坐床“大典”，当地僧民欢呼雀跃，各复生业，西藏的社会秩序被逐步安定下来。
这次战争，清朝驱逐了侵扰西藏的准噶尔军，恢复了西藏地方的社会秩序，维护了祖国的统一，解脱了西藏人民的灾难，是一次值得肯定的进军。随后清朝政府进一步加强了对西藏的管理，并开始在西藏留有驻兵，从此西藏成为我国领土不可分割的一部分。
