香港兴中会成立了，便已有了革命的大本营，孙先生就计划怎样地去袭取广州，做革命的根据地。这时候，孙先生又挂起了医生牌子，广州的满清官吏，都很仰慕孙先生的医术，大家争相延请，于是孙先生出入军政界，高谈时政，放言无忌，往来香港广州，策划会务，非常忙碌。但没有人留心他是一个革命党领袖。那时风气是非常闭塞的，人心是非常涣散的。孙先生伟大的革命计划，怎样才能着手呢？这不是一个谜么？有人说孙先生说由乙酉（纪元前二十七年）到乙未（纪元前十七年），这十年中间，是革命酝酿时期，孙先生在这革命酝酿时期，是很孤苦的，很沉着的。这话很能说明孙先生当时的环境。这时孙先生为要施展他的革命的抱负，只有凭借了医生的名义，苦心孤诣地联络秘密会党，和知识阶级中的有为人才，准备革命力量的充实和扩展，期待革命机会的到来。
然而事实的推演，是非常曲折的，当时孙先生曾经一度在双门底圣教书楼行医，号称新学领袖的康有为也从长兴里迁到广府学宫讲学，这广府学宫，即世称万木草书，和圣教书楼相隔只有半里。那时圣教书楼除经售基督教经典外，又发售李提摩太、林乐知、花之安等所译的《泰西新史览要》、《五大洲风俗通考》等书，以及当时初出月刊的《万国公报》等。这些都是当时介绍西洋文化的书籍，有为因为不谙外国文字，无法直接了解西洋文化，所以对于这些译本，是非常爱好的，因此他（指康有为）就成了圣教书楼的大主雇。渐渐地孙先生也认识了他，因为他是号称新学的人，所以孙先生很想接近他，使他成为一个革命的同志，但有为始终坚持着他的顽固成见，并不因孙先生的一腔热诚而有所感动，因此他们中间到底没有建立起一些友谊，后来有为竟成立了保皇党，始终和孙先生的革命大业，处于敌对的地位。那时孙先生的处境，真是何等孤苦。
但不久孙先生就发现了一个真正的同志，他就是广东水师统带程奎光，因为胃病，延请孙先生医治，孙先生一面替他医治，一面就考察他的品性，知道他是有血性的，所以于医病之外，还和他交换各种话，孙先生乘机向他说道：
“你这个病，最好每天清晨，在清静的地方散步。”
“我也很想，但苦于寂寞。”奎光这样答道。
“我是起得很早的，可以来陪你的。”孙先生向奎光自告奋勇。于是从此每天清晨，孙先生总是和程奎光在江边散步，两个人的谈话，便愈来愈深了。有一天，由江边走到一间古庙，意思是歇脚，谁知人了庙门之后，重重的门都关闭起来。
“这是什么原故？”奎光有些奇异，问孙先生。
“你已到了革命党的机关部里来了。”孙先生微笑地说。奎光不免吓了一跳，孙先生于是把革命大义以及种种革命计划。都告诉给他，奎光听了很为感动，他就欣然地答应听命孙先生指挥。孙先生为要准备第一次起义，是如何的苦心孤诣，我们从这两件事情，就可知道孙先生是怎样的孤苦而又沉着呢？
革命的局势，终于渐渐地成熟起来了，孙先生在广东内地派人运动联络的会党和营勇，都有相当成功了，其中如郑金部下的安勇，广东北江的绿林，城外三元里有名的乡团，香山和顺德的绿林，都已很有联络了，只要待机而动。孙先生为指挥联络便利起见，不能不在广州成立一个机关，经过一番考虑以后，为避免清吏注目，还是以讲求振兴农业为口号，与士良、奎光等，正式发起组织农学会，会所就在双门底圣教书楼，实际上这农学会就是孙先生的秘密的军事机关，也就是兴中会在广州的总机关。
我们现在从孙先生手著拟创立农学会书的一文中，固然可以看出为适应当时环境的许多冠冕堂皇的话。但他对满清政府的厌恨，还是很明显地流露出，他说：
我中国衰败至今，亦已甚矣，用兵未及经年，全军同至覆没，丧师赔款，蒙耻启羞，割地求和，损威失体，外洋传播，编成谈笑之资，虽欲讳之而无可讳也。
这不就是《兴中会宣言》中“近之辱国丧师，剪藩压境，堂堂华夏，不齿于邻邦；文物冠裳，被轻于异族”的同一意义而另一说法吗？所以这一篇征求会员的信，实际上和《兴中会宣言》有同样的革命意味。这篇文章，写得非常恳切而有条理，他首先说明挽救国家的危亡，是每个士农工商的责任，所以说：“追求积弱之故，不得尽追咎于廊庙之上，即举国之士农工商，亦当自任其过焉。”但士农工商四者原有连贯的作用，西洋各国的所以富强，就是以士类而贯四民，民间讲求学问的集会，无地不有，因此农有农士，工有工士，商有商士。“说者徒羡其国多善政，吾则谓其国多士人。”这是孙先生指出西方各国所以富强的根本因素。因此他接着便说：“故欲我国转弱为强，反弱为盛，必俟学校振兴，家弦户诵，无民非士，无士非民，而后与泰西诸国并驾前驱，驰骋于地球之上。”一面又批评当时满清政府中一些自命开通，侈谈新政的官僚，专以练兵制械为得计，说他们徒披袭外人的皮毛。而没有雇到立国的命脉。于是堂堂正正地揭举创立农学会的宗旨和任务。孙先生说：
今特创立农学会于省城，以收集思广益之实效，首以翻译为本，搜罗各国农桑新书，译成汉文，俾开风气之先，即于会中设立学堂，以教授俊秀，造就其为农学之师。且以化学详复各处土产物质，阐明相生相克之理，著成专书，以教农民照法耕植。再开设博览会，出重赏以励农民，又劝纠集资本，以开垦荒地，此皆本会之要著也……
最后孙先生又提出了一个口号：“干戈卫国，耒耜兴邦。”他说：“古有童子，能执干戈以卫社稷，曾见许于圣门，某窃师此义，将躬操耒耜以农商新法启吾民矣。”这是孙先生唤起全国人民参加革命运动的一种巧妙说法。
这一篇文章从另一方面看，又与《上李鸿章书》有很多吻合的地方，而所举译农书、设农校、教农、垦荒几点，更是具体切实，所以也可以说这是当时孙先生对于农政的根本见解。这样一篇富有生气婉委曲折，而且见解精辟、办法周详的文章，当然会引起广州城内一般所谓官绅的欣赏，但他们怎样会了解孙先生倡设这个学会的底蕴呢？他们只有欣羡振兴农业的漂亮口号，于是从总督李瀚章以下的一般官绅，表示赞助的或加入为会员的很多。孙先生就借了他们做护身符，对于革命计划开始秘密地无阻碍地施展了。
李瀚章在广东的时间，本来已经很久了，他为人昏庸卑劣，贿赂公行，广东人民对他都表示痛恨。中日战起，他曾经大规模地募兵，一批一批地开到前方去。在孙先生创立农学会后不久，满清政府已向日本议和，签订了《马关条约》，李瀚章也离开广东，谭钟麟继任总督。那时瀚章任内招募的兵，因为战事结束，早已解散了，但当局并没有设法替他们安插，一任他们流落在省城，为了生计的逼迫，他们对于满清政府及其官吏，是痛恨极了，经不起党人一宣传，他们都可以立刻归附到革命党来的。同时，那般巡防局局丁，非常飞扬跋扈，常常借端滋扰民众，肆行掳掠，因此激起了大多数人民的愤恨，他们就推举代表向官署去诉愿，但昏暗的满清官吏，不但没有把作恶的局丁惩办，竟反硬说那些代表是作乱，把他们十几个人都送进了牢狱，这样暗无天日的政治，真是替孙先生安排着革命的机局，孙先生伟大的革命抱负，于是在这样一个机局之下一往迈进地开展了。
这时农学会的会务，不，就是兴中会的会务，已经很发达，同时，得到会员黄咏襄的一笔捐款，因此又在东门外咸暇栏和河南等处设立分机关，由陆皓东等分别主持。黄咏襄是卖去了一座在香港的苏杭大楼来充作捐款的，共有八千余元，他这样热心捐输革命，在那时是很难得的。孙先生看到种种筹备，已经很有眉目了，就在香港总机关部商议攻取广州的计划，决定组织革命军，分北江、顺德、香山、客人（客家人）、潮州数路，同时进攻省垣，又购小轮二艘，运输军火。陆皓东因为革命军必须有一个特别的标记，黄龙旗是代表满清皇帝的，不能用了，于是他就创议用青天白日旗。这旗的形式，是分十二个光芒，从洁白的日光中放出来，是表示十二个时辰，永不停止，光明长照，这意义非常深刻，于是大家都一致赞成。这时孙先生在香港的师友，对于这个革命计划也很同情，其中如何启博士，助力最多，他在香港任议政局议员。名重一时，对于孙先生的计划，常常有很多贡献。还有《德臣报》记者黎德和《士蔑报》记者邓勤也很替孙先生出力的，他们常在报上攻击满清政府的政治，鼓吹中国革命，以助兴中会的势力。这是孙先生在革命进行中，得到外人帮助的第一件事情。
到七月间，各方面的筹备，都已有相当头绪了，但香港的乾亨行机关，已经被人注意了，于是就宣布取消，借西营盘杏花楼做临时会议场所。七月九日开会，决定九月初九日的发动，先在香港集合会党三千人，于初八晚上坐夜船到广州，把短枪放在木桶里，充作士敏土瞒报海关；九日早上到了广州，就可一齐把刀斧劈开木桶，拿出枪械，进扑各军政机关，同时埋伏水上及潜伏广州附近各处的会党，分路响应。此外，又预定组织炸弹队，在各要隘处施放炸弹，以助声威。并以红带为号，以“除暴安良”四字做秘密口号，一切计划，都很机密周详。同时推定朱淇起草讨满檄文，黎德和高文起草对外宣言。黎德并愿担任运动英国政府承认中国革命政府，不加干涉。
孙先生为什么定九月初九发难呢？这是很有意思的。因为这一天是旧历重九节，广东风俗到这一天都要扫墓，广州白云山一带，坟墓累累，扫墓的人是格外的多。那时广州往来的人当然是很复杂的，所以在这一天，香港的会党三千人，如果混到那边去，就不会引起人家注意了，这是最精密的计划。
各方面事情差不多都准备好了，这时已在九月初，孙先生就到香港来，再召集一次干部会议，作最后的准备。到会的人大家主张在临事的时候，必须有一个发号施令的人，才能集中权力，因为那时杨衢云挟了一批辅仁文社的旧社员，自成一派，对于进行上。不免发生影响。孙先生也很同意，于是决定发号施令的人称为伯理尔天德（President），就是起事后合众政府的大总统。票选的结果。一致举孙先生为总统。于是大家都向孙先生称贺，预祝革命成功。孙先生就把所有在香港的财政军械等等都交杨衢云负责处理，他预备回广州去发动，不再到香港了。三千个会党也决定由衢云八日晚上率领到广州。这些决议才通过了一天，第二天，杨衢云忽然对孙先生说：
“前天商议的办法，都是很好的，但我在香港，主持一切，不可以没有一个名义，所以我想请你把总统让给我当，以后到省城，事情办好了，再还给你，你看怎样？”
这是太奇特了，一个起事还没有成功的总统，为什么要争夺呢？孙先生听了痛心极了，他想实际运动还没有开展，就有人争夺名义，这是一个严重的打击，因此他就很坦白地回答：
“这有什么不可以呢？但这个总统名义不是我要来的，是大家公举的，所以你要当，还是去请大家来商量好了。”
孙先生说了，就去找少白、士良，商议办法。士良听了孙先生说杨衢云要当总统，他就说：
“这是不能答应的，我一个人去对付他，去杀他，非杀他不可！”
“这是不对的，杀了他，在香港就出了人命案件，我们还能起事么？照我的意见：我们到省城办事，办成功那就没有问题了。办不成功，随便什么人做总统，是没有关系的。”少白是主张温和的，要孙先生就把总统让给杨衢云。
孙先生为了革命大局，本来不想坚持这个名义的，于是同意了少白的意见，就在当天晚上开会，出席的还有一个英国人和一个美国人，都是化学师，是孙先生从檀香山约来的。在会议席上，孙先生就自己提出来，把总统名义让给杨衢云。少白和士良早已说妥了，当然无异议，杨衢云这边的人，更绝对赞成，于是会议结果，就把总统名义无理由地让给杨衢云了。孙先生因为这事情解决了，第二天，他就到广州，士良、少白等几个人过了两天也去了，只留杨衢云一人在香港。
孙先生在广州，是住在河南歧兴里瑞华坊，每天照常坐了肩舆，出去行医，实际上是奔走革命。他为减少病人就诊，以专心革命起见，就把诊金增加到十元，这也是为避免外间注目的一个办法。那时，朱淇的哥哥朱苏生，是在清平局办事，他知道他的兄弟和革命党往来，恐惧极了，就冒了朱淇的名义，托清平局勇目将党人举动向缉捕委员李家焯自首。李家焯得到这个报告，就一面派兵士监视孙先生行动，一面到督署报告粤督谭钟麟，钟麟问：“党首是那一个？”李家焯就说是：“孙文。”钟麟听了，有些奇怪，他就笑道：
“孙文是一个医生，他创办农学会，李少帅（即李瀚章）也赞助的。他好说狂语是有的，造反是不会的。”
李家焯撞了一鼻子灰就走了。他派去监视孙先生的侦探，已到了河南瑞华坊，但不知道就是孙先生的寓所，很巧地遇到了孙先生的舆夫，他就问这舆夫，舆夫因为平时看见孙先生很侠义，他非常感动，知道这人来意不善，他就对这侦探说：
“这里没有孙医生，只有一个姓尹的医生。”
侦探听了信以为真，也就走了，孙先生的寓所，竟得以无恙。但从此风声一天紧一天，广州城里，大家都谣传革命党就要起事了。
事情是很迫切了，但是杨衢云在香港，拿到了总统的名义，就作威作福。他要会党三千人中间，抽出一部分做他卫队，又挑选了比较精良的枪械，交给他的卫队使用，准备省城占领时，他才率领了进城。因此许多会党都反对他，不愿到省城来。孙先生在广州，对于这些情形，还没有知道，他只是等着人马枪械一到，就可发动。可到初九早上，这是预定发难的一天，忽然接到了杨衢云的电报说“货不能来”，才知道事情是不对了，孙先生非常焦急，就到农学会机关部和少白等商量，大家知道事无可为，都主张延期，由孙先生打电报给杨衢云：“货不要来，以待后命。”这时，绿林首领、军队首领、民团首领等都来了，大家讨口号，等命令，因为事情中止了，孙先生只得向他们说了许多话，把筹来的钱，发给了他们，要他们回去，再听命令。一面要少白等即刻离开广州，因为他知道危险的事情就要来了，再迟一刻，这许多党人都集在这一个机关里，是最易招满清官吏的注目的。少白等走了，孙先生才很安心地料理善后事宜。
第二天，就是九月十日了，杨衢云却在香港，派丘四、朱贵全率领散处新安（今改宝安）县属深圳、盐田、沙头各地集中九龙的会党二百余人，搭保安轮船到广州来了。清吏从多方面的侦探，已经知道革命党的行动，同时在清关又搜获香港运来的短枪六百多杆。是革命党私运的。谭钟麟得了这讯，大吃一惊，才相信孙先生真的造反了，就急调驻长洲的营勇一千五百人回省防御，又令李家焯率兵至王家祠咸虾栏等处搜查，陆皓东、程怀、程奎光、程次、梁荣等五人，都被他们带去，又搜获军衣，军器，铁釜等物；紧张的风声就加倍地展开了。各路的会党，已被谭钟麟派兵守卫，也都不能赶来，革命的计划，到这时候已全盘失败了。
皓东当时和许多党人，奉孙先生命令，暂时离散，本来是要到香港去的，但到了船上，忽然想起还有一面青天白日的革命军旗留在机关部里没有取出，他决然地不肯将这面旗落在敌人手里，趁着船未离岸，就跳上码头回到机关部里，将那面旗取下来，折叠好了，交给一个同志说道：“我上岸的时候，看见有个侦探模样的人注意着，大约是走不脱了，你将这旗收藏起来，交给首领罢！”果然，他出机关部的门外，不多几步，便遭拿捕，他这种爱护革命军旗的伟大精神，就永远照耀在历史上了。
第三日，保安轮开到广州南海，县令李征庸已派兵守候。船上本运来枪械七箱，预备起事用的。但上面已压了很多笨重的货物，二百多健儿一时无所措手，只得无抵抗的就捕，被捕的有丘四、朱贵全等四十余人，其余就一哄而散，筹备很久的起义，就此失败了。陆皓东、丘四、朱贵全，就做了第一次为中华民国奋斗牺牲的同志了。奎光也就从此瘐死狱中，可胜浩叹！
孙先生在这紧张的空气中，虽是遭逢着第一次的失败，但始终是抱着镇静的态度，他知道一个人在广州是无法挽回了，因此从家里检点了几件应用物件，很安闲地走出，略一顾盼，就昂然地去了。他们家人还以为是寻常出门，不知道外面的风声已经很紧张，只是孙先生以大无畏的精神鼓励着，因此在外表上没有一些仓皇的形色表现罢了。孙先生从家里走出来，并不马上就离开这危险的广州，这一天晚上，王煜初因为出嫁女儿，在大基头宴客，孙先生还是很从容地赴宴。煜初是香港道济会的牧师，孙先生在雅丽氏医校时认识的。酒过半巡，才走近他，向他耳语，把失败的消息告诉他。说了，就站起来向许多客人敬酒。说道：
“对不起，我因为有要事先走了，请大家共尽一杯，后会有期！”
于是就举起酒杯，一饮而尽，许多客人也把酒杯举起饮着，满室散布了愉快的空气，孙先生就含着笑容向大家鞠躬而去。隔了十几分钟，谭钟麟派来的人已经赶到，却不知道孙先生早已走了。许多客人才惊奇孙先生似有神术。这样的镇静，而又这样的敏捷。
