《明史辑略》中，有这样一些表达让清统治者大为光火。该书对于清室皇帝祖先，不加尊称，对觉昌安(努尔哈赤的祖父)直呼为“教场”，而不尊称为“景祖翼皇帝”，对塔克世(努尔哈赤的父亲)直呼为“他失”，而不尊称为“显祖宣皇帝”，简直就是对清先祖的大不敬。
该书还对太祖努尔哈赤进行贬低，将太祖对明宣战的七大恨写得偏向明朝一边，改变了努尔哈赤的原意，使清统治者愤怒不已。《明史辑略》还嘲讽清的先祖和清兵为“贼”、“夷”，将清之龙兴说成是“兹患”。在明清之战的评价上，对明朝失败“充满惋惜与悲泣”，也就是根本不服清朝的统治了。
该书写作时，对于清军入关后的时间不用清朝年号，而将明亡后的残余——南明政权视为正统，这是清朝最痛恨的了。《明史辑略》的所有这些描写，说明编写者实在狂傲得忘乎所以了，所以完全不顾及当时清朝统治已经稳固的事实，活生生去犯这个大不敬的忌讳。
这些充满明朝汉人遗老的不敬之语，传到京城之后，难怪令清统治者怒火万丈，觉得颜面尽失要从严查办了。
另外，《明史辑略》还多采用民间人撰写的明朝野史、笔记，与官方正式编修的资料多有出入，对于许多宫廷遗事、官场秘闻不加考虑地录入，有些是没有充足的理论根据的。这些文字，富有作者及拾闻者的主观或片面判断，也是不合适的。
其二，《明史辑略》的忤逆之语能被扩大成惊天大案，于一些奸人的告发有直接联系。
首当其冲的是一个叫周亮工的人，他是整个庄氏明史惨案最重要的始作俑者。本来该书列入的多位参订者中，有查继佐、范骧等三位名士是庄允城未经他们允许而私自慕名列入的。在那个时代，如能在别人作的书上列为参订者是能提高名声的好事，所以他们起初并未觉得有异。
有一天，曾任户部侍郎后又被贬的周亮工，跑来对范骧说，“我可作为你们的老朋友才跟你说的，你们可知庄家那本明史，里面有许多冒犯大清王朝的事。如果哪天上面追查下来，对你们三位可是大大的不利啊。我以前做侍郎的时候，对官场这套看得太多了。”这三人当时还未醒悟，觉得没有大碍，并没有积极上告检举。而周亮工则来了精神，不仅要人继续催促他们，而且找人起了个草稿准备呈给官府。
时间过得很快，转眼间顺治帝去世，小皇帝康熙即位了。康熙元年(1662年)初，给官府的报告逐渐引起一些官员的重视，为日后案情的逐渐扩大起到了煽风点火的作用。可以说，周亮工的“苦口婆心”和“不懈努力”终于得到了期望的结果。
紧接着，另一败类登场了：吴之荣，与之勾结的还有他的亲家李廷枢。他们两人都因贪赃枉法而从原来的小官位上跌倒下来，一直在寻找“重登仕途的门道”。
李廷枢读过庄氏修的明史，看到有许多对清廷不敬的内容，勾结吴之荣向庄家大敲竹杠。但是他们没有得到希望中的好处，“恼羞成怒”之下，干脆跑到北京“告到了朝廷那里，终于引发了骇人听闻的‘庄史案’”。他们“推涛作浪、借以谋取私利”，“迎合清廷的口味，在书坊、私室广为搜寻，精心罗织罪名，稍有所得就告以官府，邀功请赏而飞黄腾达起来。”
中国自古以来这类奸邪小人就层出不穷，往往许多大的灾难都是民间的小矛盾引发。如果人们彼此之间能多些大度与关爱，遇到问题不是去争相告发，何以得到数千人受牵连的惨烈结局？诚然，举报和始作俑者中有少部分人，可能是因此而保住了自己的性命，但也使许多无辜的人被牵连。在愚昧的帝王专制社会，因忤逆犯忌之罪，动辄主犯施以凌迟之刑，常常还全家株连，根本无公正与公平可言。利用这种机会为了个人的利益而加害于他人，真真是悲剧之源。
庄氏明史案在众人的推波逐浪之下，终于让清廷知晓了。此时偏偏是最仇视汉族文化的大臣鳌拜擅权，他是满族旧制的极力维护者，在四大辅佐小康熙的大臣里，他是最有发言权的。鳌拜看到案宗，马上认为该书“大逆不道”，正好趁此机会好好整治一下那些留念明朝的臭汉族知识分子！一场腥风血雨就此展开，辅政大臣们均要求对涉案人员严刑加以处置。
当时作者庄廷钅龙已经去世，但他的父亲就逃不掉了。遂将其父庄允城捉拿下狱，不久死在狱中。这还不够，将死去庄廷钅龙的尸体从棺材里翻出来，戳得稀烂，其父的尸体也未免于难。
人的尸体，就是死了也有尊严，何况是重礼仪与面子几千年的汉族知识分子呢？满族的这种刑法，就是将耻辱深深刻进汉族人的心里，让其死了之后也不能逃过羞辱。这种虐待尸体的残忍、毫无人性的做法，现在还被世界上的某些极端恐怖分子使用，令世界爱好和平的人唾弃。
将庄家父子分别戳尸后还没完，庄家子孙15岁以上者皆斩首。作序者李令晳(礼部侍郎)凌迟处死，参订的人除个别有功外全部凌迟处死。该书所提到的以及有关联的所有人包括刻字、印刷、发行、收藏者无一幸免，还都是一家老小全部捉拿入狱，共涉及约两千余人受害。
满洲贵族在入关后，频遇汉人起义反抗，花了许多力气才在全国范围内镇压下来。这些起义中，有许多是汉人知识分子挑唆兴起。所以这次证据确凿的汉人思想领域的背叛，正好被满人拿来杀鸡吓猴，大做文章。
当时康熙年幼未能亲政，也是这次文字惨案发生的不利因素。康熙皇帝成年后，还是比较注重搞好满汉关系的，采取较为宽松的政策。但是到了康熙晚年，又发生了著名的戴名世案，给汉族文人敲响了警钟。(本案例部分资料来源：冯天瑜：《明清文化史散论》；郭成康、林铁钧：《清朝文字狱》)
(二)戴名世《南山集》案
清初有位著名学士——方孝标，深受顺治皇帝赏识，破格为皇帝讲过学。后来其弟考中举人涉嫌作弊，他也被牵连入狱，获释后回乡。到了康熙时期，方孝标前往滇、黔游历，恰遇吴三桂在云南举兵反清他不巧被捕。之后，他设计出逃，一路上削发为僧，从湖南逃回安徽故里。
回乡后，把在云南、贵州的所见所闻，特别是“关于(南明)永历帝在滇覆亡、南明忠臣义士、遗民政老诸旧闻掌故，以及大西农民军李定国北伐等事”，均整理成文，起名为《滇黔记闻》。
方孝标的《滇黔记闻》成书后，深为当时的翰林院编修戴名世所欣赏。戴名世在明使馆负责明史的编修工作，素以史学家的求实态度要求自己，编写一部求实的《明史》是他终身的梦想。对明末清初的诸多史实，尤其是南明史，清朝当局主持的明史编修故意讳而不录。当戴名世看到《滇黔记闻》中关于南明的资料时，像发现了宝贝一样，迫不及待地收录到自己的《南山集》中。
但是在清人统治中国的特殊背景下，引用有关南明的历史简直就是不识时务、自找倒霉。南明朝是崇祯皇帝上吊明朝灭亡后，皇帝后人逃到南方建立的政权，在清政府的追剿下，终于灭亡。清政府对南明此段历史最为痛恨，认为南明是清人灭明以后南逃的丧家之犬，不值得与清廷并论。而且承认南明存在，就是不承认当时已经入关的清廷的存在。
戴名世引用敏感书籍的事情被朝廷获知后，康熙的文网开始大张。即使是在康熙怀柔政策时期，此案的判处仍然来得突然和惨烈。
最终，戴名世被判大逆罪，处以斩首，其子孙数人被斩，此案牵连达上百人，多被发配边疆，包括已过世的方孝标的后人。(本案例部分资料来源：杨凤城等：《千古文字狱》)
(三)吕留良文选案
在不少近些年播放的清宫戏里，乾隆皇帝和湖南人曾静的数次智斗常常被加以夸张地表现。
许多剧情是这样的：乾隆皇帝爱上了曾静的美女弟子，并且纳为爱妃。然而乾隆皇帝却终究设计杀害了曾静，认为他早就有谋反之心。这令深深爱戴师傅的爱妃伤心欲绝，终于奔向熊熊燃烧着的火堆，自己结束了年轻的生命。狂傲一生的乾隆大帝，如今却在女人面前栽了跟头，觉得十分有挫败感，悲伤不已。
影视剧终归是编故事，和历史事实不可能完全吻合。但乾隆皇帝的确十分憎恨一个叫曾静的人，这是完全真实的，这和乾隆父亲雍正时期一宗遗留的文字狱有关。
那个妃子的师傅曾静，不是一个平常人物，倒不是因为他的女弟子有多么美貌惊人。与影视剧描写相符的是，曾静的确是个对清朝有谋反之心的人，而他的思想，又深受清初一位反清者吕留良的影响。
吕留良，是明末出生的浙江崇德人，是位颇有才华的学者。15岁的时候，明朝灭亡，颇为痛惜，内心始终希望能回到汉人一统天下的时代。他一生具有强烈的民族情感，还曾直接参加过后来的抗清斗争。
满人天下既定，他遂隐归故里，做些写写书、教教徒弟的事情。他颇有个性，曾剃光头发，拒绝参与清廷组织的任何科举考试。闭门于深山之中，收纳弟子讲学，培养了不少学生，还写出了一些颇有见地的文集。在吕留良的文章中，明确提出希望“恢复汉人的天下，主张驱逐异族统治者”。
所以后来的雍正皇帝对其评价是：“吕留良写的文章和日记，全是叛逆的词句，凡是做臣子的，都会不忍看。”可见真是对其深恶痛绝。他反对“君为臣纲”等传统信条，希望建设一个重视民众生命的社会。而这，也正是专制帝王所绝对不能容忍的。
吕留良是明末清初的人物，康熙二十二年(1683年)就死了。到了雍正皇帝即位没多久，湖南有个生员曾静，偶然阅读到吕留良的遗稿，对其“夷夏之防”等反清观点颇有同感，遂派弟子张熙去吕氏家中访求更多的遗稿。
有了这些稿子，曾静的反清思想日渐强烈，竟然疯狂到拉拢一些志同道合者共谋反清大事的地步。他完全没有考虑到，凭他一读书人的力量，即使是集合一些类似的人，如何能反抗得了清朝当时强势的统治呢？为了实现自己的反清大业，他迈出了更危险的一步，并盲目相信别人也会与他有相同想法。
可是人心难测。特别是在复杂的政治局势下，谁又能保证别人能与你有共同的志向并且不背叛你呢？
曾静此时打错了一个算盘。他打听到有个叫岳钟琪的川陕总督，是岳飞的后人。也许他会是个有志于驱逐异族、恢复汉人统治的同道中人呢。雍正六年，曾静在还没完全了解岳钟琪为人与政治立场的情况下，冒然派徒弟张熙给他投了一封匿名信。信中充满了对雍正的诋毁、清朝统治的昏暗云云，并鼓动岳钟琪一起举事反清。
事情恰恰不如曾静想的那样，而是向相反的方向发展。这岳钟琪虽也是个汉人，但在清政府的手中已经安稳做了地方总督，怎肯去和个文人一起谋反呢？他看了信，脸色变得十分难看，这简直就是让陷自己入危险之地呀。
他毫不犹豫地就做出了选择——将投书人张熙严刑拷问，逼他说出匿名信的作者。在威逼利诱之下，岳钟琪骗张熙说，自己同意一起反清。张熙轻信了，终于交代出师傅曾静的名字，并将平日与曾静有共同志向的人也一一吐出。搞清楚名单后，岳钟琪马上连夜将此案写成奏折递到了京里，向雍正皇帝讨赏。
可想而知，雍正帝看到这奏折会是多么的震惊，又是多么的感动啊。他把曾静受吕留良遗稿影响一事立马调查得清清楚楚，准备好好整治这些企图反叛的汉人。
首先，雍正就不会放过引起事端的吕留良及其家人。吕留良已经死了，那就开棺材戮尸体并示众。其家人全部杀光，包括刊印其著作的人在内，一条性命都不留。这一下就是几十条人命。雍正认为，吕留良的遗作是现世人起谋反之心的精神来源，要彻底消灭这种思想来源，必须灭掉其族人和传播者，以儆效尤。
至于曾静师徒，雍正皇帝别有一番考虑。前朝也出现过文人反清的例子，那是因为他们脑子里根深蒂固地存在汉人正统的观念。不妨先把曾静师徒的命留下来，用来标榜大清统治者的宽容，也许能教化成功呢。他希望从思想上感化曾静师徒，彻底将他们的想法转变过来，以告诫更多不安分的汉人。
于是出现了罕见的一幕：大清统治者和反清文人在审案中开始了反复的辩驳，各说各的观点。曾静当然说不过雍正皇帝，当时到底说了些什么，也不可能有完全无误的版本。雍正倒是根据自己的需求，假意记载了当时的辩论内容，出台了一本《大义觉迷录》。这本书的内容是，曾静师徒在雍正的教化下，终于明白了大清统治是合乎天理的，并刊行天下。在此书里，曾静的口供都是老老实实地认错、忏悔，对雍正的观点佩服得五体投地之类的“记载”。
在书中，雍正还对吕留良等人的“华夷之辨”作了自己独到的解释。他认为不应有“华”、“夷”、“中”、“外”之分，凡是有德的人就能做皇帝，而不是由民族、地域来决定的。这种观点，纵使真有些道理，在当时的历史背景下，也是统治者的思想统治工具，掩盖了他们对汉族的残酷民族政策。
