幼年康熙即位后，被鳌拜专权。鳌拜是个极度维护满族传统的人，向来仇恨外来文化。受杨光先的蛊惑，鳌拜下令将汤若望等一干传教士下狱，严加审问。朝中许多大臣也受到杨光先谣言影响，十分仇视传教士，一时间汤若望的处境十分危险。此时，已故顺治皇帝的母亲孝庄太皇太后出现，果断地挽救了汤若望。然而其他一些传教士却没这么好的运气，多被冤杀了。全国范围内，许多传教士仍被解拿进京，中国的信徒们也被囚禁至死。这一冤案直到康熙年长亲政时才被平反。
明清时期的两次教难，相隔不到50年，产生的原因是相近的。东西方不同文化价值观的碰撞、中国传统的儒学思想与西方宗教面对面地“交锋”，必然产生冲突。在复杂的朝廷斗争背景下，这种冲突被仇恨外来文化的大臣所利用，传教士们因此备受排斥和驱逐。
所幸，因清朝皇帝对传教士的偏爱和宽待，这两次教难最后都被化解了。传教在国内继续开展起来，似乎已经远离血雨腥风。没有人会料到，这两次教难只是清朝严厉闭关一个半世纪的序幕。西方文化与中国儒家文化的碰撞，到了康熙时期，居然发生了连皇帝都无法容忍的地步。
传教士们的成功平反
康熙盛年时期，又开始宠信南怀仁等传教士，传教事业开始得到新生。西洋人在东方传教的道路，波折不断。皇帝年幼初即位时，发生了著名的“杨光先反教案”，许多传教士被冤判入狱且有些被处死。待康熙逐渐年长，于康熙六年(1667年)亲政后，传教士的命运才有了转机。
杨光先推倒传教士后，自己当上了钦天监的监正。他口口声声称西洋人的历法不如旧法，自己其实根本不懂历法。眼看着不能胜任这个职位，就要被识破了，杨光先上疏道：“律管尺寸，载在史记，而用法失传。今访求能候气者，尚未能致。臣病风痺，未能董理。”意思是，老的历法已经失传了，而他自己因为有病而未能找到最合适的新法。
在亲政之前，康熙对杨光先指责传教士新历为“妄言惑众”的“邪论”就有困惑，据太后的说法，先帝顺治时为朝廷服务的传教士汤若望，是一位为人友善、恭谦有礼的人，其推算历法向来很准。对此，康熙想出了一个好办法，以测试南怀仁和杨光先，到底谁的历法更科学与准确，并请众大臣督同测验。
康熙八年，“派大学士图海等二十余人会监正马祜测验立春、雨水两节气及太阴4火、木二星躔度”，让南怀仁和杨光先手下吴明烜(汤若望被黜后，杨光先为钦天监监正，吴明烜为监副)共同参试。议政王将“康熙九年历日”交南怀仁推算。不久，议政王等回报说，已经派大学士图海等二十人赴观象台测验，发现“南怀仁所言悉应，吴明烜所言悉不应”，意思是南怀仁所测的都应准了，而吴明烜所测都不对！而且还问过监正马祜，监副宜塔喇、胡振钺、李光显等人，都说南怀仁的历法是符合天象实际状况的。
南怀仁
南怀仁还指出了杨光先历法上的许多错误，杨光先一派大为恼火，激动地与传教士们争辩，却说不出有力的道理来为自己解释。南怀仁提议一起通过日晷(又称“日规”，是我国古代利用日影测得时刻的一种计时设备)来一试高低。南怀仁把日晷放好后，通过计算其投影，准确地计算出了第二天正午日晷投影应达到的位置，并且和事实完全相符。而杨光先却一点都不会计算，支支吾吾地说不出话来。至此，康熙明白了一切，遂将其罢官，并被驱逐出京，后病死在老家山东。
此后，南怀仁被任命为钦天监的监正，西洋历法被朝廷重新使用。为了替“杨光先反教案”中冤死的传教士讨回公道，南怀仁等“告光先依附鳌拜，将历代所用洪范五行称为灭蛮经，致李祖白等无辜被戮，援引吴明烜诬告汤若望谋叛”。经审议后，朝廷处理一批当时“奏事不实”的官员，并以刑法处之，还了传教士们一个公道，宣布天主教没有违背国家利益的罪名。圣上还为遭遇冤屈已经去世的汤若望公开昭雪，恢复殊荣。将其他在教难中被流放广东的传教士给予免罪，并逐渐复职且能在全国各地自由传教，一时间天主教在中国的传播极为顺利，发展了很多的教徒。
复得皇帝信任之后，南怀仁等殚精竭虑为清廷服务，不仅继续修正历法以达到最精，而且还申请改造观象台仪器，续写了汤若望未竟之书。康熙十四年(1675年)，吴三桂发动叛乱，南怀仁及时地修复了当年汤若望铸造的火炮，为清军剿灭吴三桂提供了极大的军事帮助。康熙二十一年，南怀仁被派至盛京测北极高度，得出结论是“较京师高二度，别为推算日月交食表上之”。南怀仁官为监正很长一段时间，曾累官至工部侍郎的地位，直至康熙二十七年(1688年)逝世。
除了天文、历法，传教士们还教皇帝一些数学原理和计算方法，例如欧几里德的主要定律。康熙皇帝本来就是个十分好学和勤奋的人，不到五六个月，就掌握了不少几何学原理，并且钻研得津津有味，不时还向传教士们进一步请教。他对数学、天文都有着浓厚的学习兴趣，并钻研不已，在这点上，传教士们及时地带来了西方的数学成果，使中国的皇帝接触到西方的科学知识，这种机会是十分珍贵的。
中国历来是把道德、哲学、文才视为最主要的学问，而极端忽视其他的知识，康熙皇帝如此热爱科学，十分难得。他的出发点无疑也是为了使中国不仅政治管理完善，而且在科学与艺术上达到新的成就。这时的康熙，无疑表现出一种对西方文化的热忱欢迎以及开放的文化心态。虽然以传教为主旨的教士们带来的并不一定是当时最新的科技知识，这在颇为封闭的大清王朝，仍是令人欣喜的。
然而，到了康熙后期，在华传教士的活动又被逼入了死角，而这次灾难的始作俑者，主要是罗马教廷。康熙皇帝曾着迷于西方的科技，可面临罗马教廷对中华数千年儒家传统的否定和贬低，他的心里变得异常不平静起来。
当基督教遭遇根深蒂固的儒家思想
耶稣会于明末开始进入中国，从利玛窦到汤若望，再到南怀仁，基本都是采取与基督其他教派不同的策略。明末来华的利玛窦和明末清初在华的汤若望等耶稣会士均采取这种策略，尊重中国的礼仪风俗，绝不违犯中国的法律，而且努力学习中国语言。通过介绍西方的科学技术来接近中国官员，通过进献西方的时钟、天文仪器等来讨好中国皇帝的欢心。
如此，传教士们得以将传教广泛进行到中国许多地方。当时上至朝廷皇宫、官僚贵族，下至穷乡僻壤、百姓平民，仅北京的教徒就已拥有相当规模。虽然也遇到过一些极端保守分子的攻击，但整体上还是得到了明朝崇祯帝、清朝顺治帝、康熙帝(中前期)以及许多著名士大夫的支持。
这种温和的方式，没有强迫中国人放弃信仰的儒家思想或佛教、道教去只信奉基督教，与中国多宗教的特殊历史背景相适应的。但罗马教廷不会让耶稣会长期这样“没有原则”地继续在华活动下去。
明朝末期，罗马教廷就已经收到其他教派对耶稣会在华策略的控诉。明末来华的利玛窦(意大利人)和明末清初在华的汤若望(德国人)等都是耶稣会士，均属罗马天主教会派出的在华传教者。(天主教与东正教、新教并为基督教三大宗教派别，而耶稣会则是天主教的主要修会之一。)但由于耶稣会受葡萄牙人的支持，其迂回的传教策略尚能得到罗马天主教廷的容忍，这种状况持续到17世纪中期(1656年左右)。
基督教认为上帝是唯一的真神，是天地万物的创造者，他决定着世界的历史、百姓的命运。所以，在他们心中只有上帝才是真正的世间万物的主宰，信仰基督教就要抛弃别教，不允许一人信多种教。而中国向来是个多种宗教并存的国家，清朝已经有长期存在的本土道教、外来的“释”(佛教)和伊斯兰教。其中佛教和伊斯兰教传入中国都经历了和中国本土儒、道调整和适应的过程。
突然闯入的西方基督教，不免遇到一些抵抗，尤以儒和道、佛为甚。前两次教案中不排除没有道家和佛家的部分人士加入抵制基督教的队伍。而“礼仪之争”的发生，就是基督教与中国儒家思想冲突的最激烈表现。
清统治者自入关以来，敏锐地意识到，中国几千年的儒家传统是难以颠覆和消除的，野蛮元蒙统治者的失败就是最好的例子。即使他们是东北蛮夷之地的少数民族入主中原，却汲取了明朝的许多统治方法，其中就包括最重要的遵从儒家思想及礼仪。
儒家的“三纲五常”，为中国历史上许多专制朝代服务过并达到良好效果，是利于统治阶级的。孔子提出“天人合一”，为人处事应顺应天意，顺应天理方能万事兴泰。孔子儒家思想的核心内涵是要人们讲究“仁”，在政治上提出“正名”的主张，认为应该依照“君君、臣臣、父父、子子”的原则使实副其“名”。他强调社会中的等级秩序，认为人们应该遵守“君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲”的三纲和“仁、义、礼、智、信”的人伦关系，应该本分内敛，不做违抗帝王、父亲、丈夫等越礼的。
经过长久的传承和统治者的鼓励，儒家思想在中国的信奉者难以计数。这种文化思想在全国的高度普及性使其在无形中竟成为国教一般，与宗教的“神”类似，孔子将其观念中的“天”由神明转为伦理，教育人们应该永远遵从不得违抗。这种儒家思想成为两千余年中国帝制社会的文化正统思想，它号召百姓服从君主，有利于专制国家的统治。它在全国上下根深蒂固，影响深远，难以轻易动摇。
所以信奉唯一神明的基督教要深入中国内地，发展教徒，就必然遇到与中国儒家思想的矛盾。中国人其实是不排斥一人信奉多教的，同样的人可以既信道教、又信佛教，“见神就拜，进庙就烧香”，而且不改变儒家的传统。之前从异域传来的佛教，都不惜改变自身以迎合儒学，以求减少传播道路上的阻碍。
而向来对别教不肯迁就的基督教，在华传播的过程中能否与多种宗教并存呢？尤其是儒家思想，在中国人心中地位极高，完全可能成为基督教在华传教的威胁。所以基督教传播者必然遇到这样的一些问题：中国人加入基督教后，能否继续儒家的祭祖祭孔、敬天事君等传统习俗呢？如果继续祭拜中国的老天爷、孔子、帝王，那不是和基督教教义中“上帝才是唯一真神”的信念相悖？中国基督徒是否能称孔子为“神”？在礼堂内能否再放有“万岁”字样的匾额或刻此类碑文？
随着葡萄牙人势力的衰弱，法国等其他国家兴起，耶稣会内部葡萄牙人所能起到的影响逐渐缩小，耶稣会在华的传教方式再一次受到责难。起初在华耶稣会士接到罗马教廷的责难，不允许其与儒教等异教“合流”，但没有接受。这种“礼仪之争”在西方各个层面已经争论了几次，但都没能直接影响到在华耶稣会士的策略。
罗马教廷“冲撞”了中国皇帝
