在袁世凯回到天津的第二年，中日甲午战争爆发。
1894年9月17日，平壤陷落后的第三天，日本联合舰队出现在鸭绿江口大东沟附近的黄海海面。这场战争日本已经期待已久，对日本来说，这是日本第一次真正有机会挑战这个强大的邻居。
历时5个多小时的甲午海战很快结束，这场海战是第一场铁甲战舰舰队之间的大规模海战，日本由此一举奠定了对清优势，从此大清帝国在海洋上未能再取得制海权。
这次海战之后，日本与大清帝国之间的地位发生了转换，原本以大清帝国为核心的东亚体系被日本取代，并且，日本因这次战争而签订了《马关条约》，条约规定朝鲜、中国台湾和山东半岛交由日本控制，日本还获得高达白银2亿3000万两的赔偿，折合美元10亿之巨，在这之后，日本经济经历了一个爆发式的增长阶段。甲午之战则成为日本崛起的一个重要转折点，对国家来说，中国由此丧失同治中兴后昙花一现的繁荣，因此再次失去了一个走向繁盛的机会，而日本则由此开始现代化进程并进入世界列强行列。
甲午战争对清帝国来说是一场灾难，但对袁世凯来说却是个时机，李鸿章命袁世凯赴东北协办前敌营务处，负责筹拨粮饷并联络各军。
当时，因甲午战败，大清帝国深受刺激，举国哗然，一些书生秀才们就开始上书建言练军，但这些人所谈练兵之法多为书生意气，纸上谈兵。袁世凯也看到了清廷因甲午战败急于编练新军，袁世凯于是颇费了一番心血，他组织了大量翻译人员，大量翻译国外军事教材，并且结合他在朝鲜训练新军的经验，写出了《练兵要则十三条》、《新建陆军营制饷章》、《募订洋员合同通稿》等材料，然后分发给朝中大员。结果，恭亲王奕、庆亲王奕劻、兵部尚书荣禄、军机大臣李鸿藻，一方重臣李鸿章、刘坤一、张之洞等都对此赞叹不已，最后竟然一致举荐，这在派系林立、矛盾重重的清廷内也算是一个奇迹了。
此时，也正好编练定武军的胡燏棻被调去督办津芦铁路，袁世凯得到这个消息后立即展开活动，使得督办军务处的领导恭亲王奕、庆亲王奕劻、翁同龢和荣禄等人随后便联名保荐袁世凯接替胡燏棻前往天津小站练兵。1895年12月，袁世凯正式接管了定武军，随后将这支有7300人的定武军改名为新建陆军。
袁世凯在慈禧太后死后遭摄政王载沣排挤，被迫“开缺回籍”，但袁世凯并没有等待太长时间，1911年的武昌起义很快给了他龙抬头的机会。
从武昌起义开始的两个月内，全国各地纷纷响应，许多省份宣布独立，年轻的摄政王载沣接报后竟然手足无措，不知如何是好——他根本没有可用之人，遍观朝野，只有袁世凯能扑灭这场熊熊燃起的革命之火。但载沣及满清皇室对启用袁世凯始终心存疑虑，他们深知此人绝非等闲之辈，他的能力不在当年的曾国藩之下，而其野心却在曾国藩之上，因此，重新启用他后果难料。此时，在决定袁世凯能否出山的时刻，一个洋人起了关键性作用，他就是朱尔典。为了能让袁世凯重新出山，已经出任英国驻华公使的朱尔典开始制造舆论，他说，中国需要一个强人来恢复秩序，而今只有重新启用袁世凯才行，如袁世凯不能出山，那么中国的秩序和外国的在华利益都不能保证。朱尔典也数次拜访当时任大清内阁总理大臣的奕劻，劝说其启用袁世凯。
清廷此时也明白，已经没有时间了，否则，用不了多久，这场大火就会烧到大清帝国的皇宫。庆亲王奕劻的亲笔信很快就送到了洹上村，请袁世凯出山，就任湖广总督。
朱尔典在得知奕劻终于发出亲笔信后，十分高兴，在给英国外相格雷的信中喜悦地说：“袁世凯已被任命为湖广总督，并统率各省部队……此项任命或许将保证北方军队的忠诚……它还将大大加强清政府处理这次危机的力量。”他还陈清了清廷对袁世凯迟迟不肯任命的原因及满清任命的权宜目的，他说，“虽然袁世凯已被任命为湖广总督，而且长江地区的水陆军队都已暂时置于他的控制之下，但满族统治集团显然害怕把便宜行事的权力交给他，而只是这种权力才使他能够迅速应对局势。”
火上房的时候也是最好的讨价还价的时机，一个湖广总督岂能请得动袁世凯，他告诉载沣，出山他答应，但什么时候出他还没想好。无奈，载沣只好请袁世凯的挚友、现任内阁协理大臣的徐世昌亲自前往袁世凯的豪宅。袁世凯也直截了当地开出了他出山的条件：1.明年即开国会；2.组织责任内阁；3.宽容参与此事件诸人；4.解除党禁；5.须委袁世凯以指挥水陆各军及关于军队编制的全权；6.须与袁世凯以十分充足的军费。也就是说，袁世凯要的是大清帝国的全部军权。
当徐世昌带回袁世凯的条件后，北京城内的满清贵族们立刻破口大骂，但袁世凯却平静地告诉前来拜见他的北洋旧将冯国璋，要“慢慢走，等等看”，他倒要看看，这些满清贵族们到底是要大清帝国的江山社稷还是手中的兵权。自然，没了江山社稷，兵权也就毫无用处，可怜的满清贵族们只好答应袁世凯的条件，改任冯国璋为前线第一军总统，段祺瑞为第二军总统，任命袁世凯为钦差大臣，并授予前线一切军事指挥调度之权。
然而，袁世凯十分清楚现在的大势——现在决定中国的是三股势力：以满清皇族为核心的帝国保守势力、以孙中山的革命党为核心的革命势力、再就是以袁世凯为核心的北洋势力。在三者中，北洋势力最为强大，但北洋缺少的是政治主张和政治影响力，清廷和革命党则分别代表君主制和民主制两大政治主张，因此，袁世凯明白，他只要倾向于哪种主张，哪种主张就会成为中国的主张，他可以凭借手中强大的军事实力给自己戴上君主制或者是民主制的帽子，然后他就能成为中国的新统治者。因此，他并没有与南方的革命党人真正作战，而是与其边打边谈，以图最大利益。
辛亥革命爆发后，英国在清廷、北洋势力以及南方革命党人三者之间保持中立，但实际上英国人对中国的形势看的很清楚——老朽的清廷已经不堪一击了，它随时会崩塌；南方革命党虽然成功揭竿而起，但他们的力量太弱，因此在三者中只有袁世凯的北洋派系能继承大统，宝该压到哪里一目了然。英国人当然不会真的中立。
武昌起义后，湖北军政府首先向全国各独立省份发出电报，倡议建立全国临时政府，上海和江浙方面也发出了同样的声音，后因武昌为首义，于是决定在武昌举行会议。但此时，袁世凯的北洋军已经开始行动，袁世凯于10月30日离开了隐居两年的养寿园。11月1日，袁世凯进驻湖北孝感，亲自督促北洋军猛攻汉口，前线的冯国璋立即开始对汉口发动进攻，11月1日当天就迫使革命军退出了汉口。在袁世凯动身前往孝感的时候，朱尔典就在给英国外相格雷的电报中说，袁世凯的威信“或许可能使他能够安排某种妥协，既将挽救朝廷，又将满足起义者的要求。运动已发展到如此广阔的范围，对袁世凯这样一个具有实际见识的人来说，任何以武力镇压运动的企图大概不会具有很大的成功希望。在中国人民与满清王朝之间，没有任何人能够比袁世凯更适于充当调停者的角色，因为他是中国人民中最信任的代表，而他和他的家族有好几代人为清朝效劳”——显然，朱尔典与袁世凯早已商议妥当，袁世凯将以第三方的身份出场，而不是当年的曾国藩，甘为满清鹰犬，袁世凯将以北洋实力建立起新的“袁氏秩序”而非恢复满清秩序。实际上，从袁世凯出山开始，朱尔典就一直与袁世凯保持密切的联系，有时到了每日见面、互通电报的程度，朱尔典也在南北谈判期间成为最重要的斡旋者和参与者。当北洋军攻占汉口后，朱尔典也向英国驻汉口领事葛福发去电报，命其向湖北军政府转达袁世凯“甚愿停战”的意愿，同时也向湖北军政府发表了英国不希望看到战争继续下去的外交声明。
当时，革命党人在武昌起义后也十分希望能获得西方列强的支持，因而不像当年的太平天国起义军和义和团那样对西方仇恨，而是在1911年10月12日就照会汉口的各国领事，宣布承认“所有清国前此与各国缔结之条约，赔款外债照旧担任，保护各国人民财产及既得利益”。10月16日，英国公使朱尔典在致英国外交大臣格雷的信中也说，南方革命党人的部队自武昌向汉阳、汉江行进过程中，“运动进行的方式有条不紊以及对外国利益所表现出来的显著尊重，使得它同以前所有此类起事区别开来”。但英国却对南方革命党人的态度强硬，因为英国政府并不把革命党人看作是能主宰中国的新生力量，一位英国朋友在给莫理循的信中说，英国政府认为，武昌起义只是一种叛乱，而非革命。当然，英国也看透了清政府，认为它已经腐败透顶，“所面临的前景是黯淡的”，英国人只看好袁世凯，当时在中国的一位英国作家说，当革命爆发的时候，“英国的外交部坚决支持袁世凯的东山再起”。
