第五共和国繁荣的背后隐藏着矛盾和危机，贫富差距拉大，经济、政治上也陆续出现了不协调的声音。不满情绪首先在大学生中爆发出来。他们上街游行，抗议政府体制僵化，最终酿成了一场暴动，即五月风暴。
声望的顶峰
戴高乐复出后，顺利地解决了阿尔及利亚问题，使政局趋于平稳，为发展经济提供了可靠的保障。他在内政上稳定财政，发展经济；外交上高调行事，与美国争夺国际事务的控制权。1966年，法国退出北约军事一体化机构，迫使美国撤出在法国的驻军和基地；1960年研制原子弹成功，打破了大国的核垄断，极大地提高了法国在国际上的威望和地位。
戴高乐声望日隆，但是盛名之下却隐藏着危机。阿尔及利亚问题解决之后，议会自认不应再受到戴高乐的制约，便要求加强议会的权力。戴高乐自然是不愿顺从，他让非议员出身的蓬皮杜出任总理以削弱议会力量，此举遭到了议会的强烈抗议。
为了加强总统的权力，戴高乐有意修改宪法，希望能够通过普选直接选出总统。1962年8月，巴黎发生了一起针对戴高乐的暗杀事件。戴高乐侥幸逃生后，加快了普选总统的步伐。这一举动几乎遭到了所有党派的反对。议会通过弹劾案，成功逼迫蓬皮杜政府下台。戴高乐没有屈服，他坚持修改宪法，解散国民议会。同年10月，普选总统的宪法修正案通过。在新议会的选举中，戴高乐派大获全胜，一度下野的蓬皮杜又得以上台。
普选总统
1965年，戴高乐7年总统任期届满。根据1962年的宪法修正案，下一任总统将由普选产生。为了争夺总统的宝座，各党派展开了激烈的竞选活动。参与竞选的共有5名候选人，其中胜算较大的是戴高乐和多党联合推举的密特朗。
在12月5日的第一轮投票中，戴高乐在法国本土获得43.71%的有效选票，密特朗获得了32.23%的有效选票。虽然戴高乐的票数领先于密特朗，但没有过半数，因此在同月19日举行了第二轮投票。最终戴高乐以55.1%的选票，再次当选总统。戴高乐的领先优势并不大，说明了他在人民中的威信渐有衰落之势，而密特朗的个人威望则逐渐上升。
戴高乐连任总统后，法国受到经济危机的冲击：通货膨胀，失业人数上涨，市面上颇为萧条，罢工事件屡次发生，社会矛盾加深。戴高乐政府的内政外交也颇受人诟病，法国正在酝酿着一场新的危机。
五月风暴
对政府的不满首先在校园里爆发出来了。1968年初，巴黎等一些大城市的大学生不满教育体制的陈旧僵化，掀起了此起彼伏的罢课浪潮。后来，大学生对教育体制的批判逐渐转向对整个社会的批判，他们走向街头，大声宣泄自己的不满。这些游行示威的学生与前来镇压的警察发生了冲突，数名学生运动领袖被逮捕，并被学校开除。
5月3日，巴黎大学学生罢课，要求警方释放被捕学生，结果遭到警察镇压。5月10日，学生们举行了声势浩大的大游行，并在街头筑起街垒，与警察对抗。到了5月中下旬，冲突规模进一步扩大。5月13日，法国工人举行全国总罢工，声援学生的游行活动。在短短的几天里，运动规模越来越大，学生罢课，工人罢工，整个法国几乎陷入了瘫痪之中。
戴高乐的态度原本是十分强硬的。但是随着社会危机发展为政治危机，反对党群起而攻之时，他不得不做出了某些让步，但是局势仍然未能稳定下来。5月29日，戴高乐神秘“失踪”。正当内阁混乱成一片时，他又回来了，原来他秘密前往西德会见法国驻德部队司令了。得到军队支持的承诺后，戴高乐稳下心来了。他于次日下午发表电台讲话，重申了不会辞职的立场，同时宣布解散议会。他的讲话结束后，数十万人在巴黎举行了支持戴高乐的大游行。至此，局势基本被稳定下来。
最后的退隐
戴高乐的执政并没有被5月风暴击垮，在6月的议会选举中，戴高乐派获胜，但是他的统治根基已经被动摇了。平息“五月风暴”后，戴高乐决定进行社会改革，加强地方政府的权力，实行参议院改革。1969年4月27日，他就上述问题举行公民投票，并宣称如果遭到多数反对，他将引退。
这一次戴高乐自信过头了，公投的结果表明，反对票占有效选票的53.2%。4月28日清晨，戴高乐发表了正式声明，宣布他将停止行使共和国总统的职务，此决定自当日中午起生效。
戴高乐二次引退后回到科隆贝，专心撰写他的《希望回忆录》。1970年11月9日，他因胃动脉破裂猝然去世。按照他的遗嘱，其家人举行了简朴的葬礼，但是还是有成千上万的法国人从全国各地赶来参加这位伟人的葬礼。为了纪念戴高乐对法国的贡献，巴黎市议会决定将凯旋门所在的星形广场改名为夏尔·戴高乐广场。
