土肥原调到沈阳后几个月，就爆发了九一八事变。事变发生时，土肥原正奉召到东京汇报东北情况。战后远东国际军事法庭仍然判定：“土肥原贤二确为1931年沈阳事变的共谋者之一”。主要理由是：1.事变发生时他虽然不在沈阳，但由他主持的土肥原特务机关是发动事变的中心。2.土肥原被召回东京时，在报刊公开主张：“关于满洲一切悬案应从速解决，如有必要应以武力进行解决”。3.事变发生后3天，土肥原即从东京返回，就任沈阳市长。4.土肥原是将逊帝溥仪由天津转移到东北的阴谋策划与实施者。因此，远东国际军事法庭以土肥原对九一八事变有“共谋侵略计划罪”而提出公诉，并认为罪证“均确凿无疑”。
九一八事变后，土肥原提出在东北建立以逊帝溥仪为首的满蒙“五族共和”体制的日本傀儡政权。在关东军的支持下，他亲自赶赴天津，制造“便衣队”暴乱事件，乘机将溥仪从天津劫持到东北。在土肥原等人的导演下，以溥仪为首的伪满洲国政权很快成立，东北沦为日本的殖民地。在长达14年之久的殖民统治下，日本从中国东北掠夺了大量资源，东北人民遭受了深重灾难。
日本侵占东北后，又向华北扩张。与日本的侵略政策一致，土肥原于1933年再次充任沈阳特务机关长，开始策划“华北自治运动”。当时，华北山海关、唐山、通州等地的特务机关，全部划归土肥原领导。在他的策划下，特务机关先后对阎锡山、韩复榘、宋哲元等中国地方首脑进行拉拢，企图使他们脱离国民政府，另立自治政权，但没有收到成效。于是，土肥原又开始寻找其他机会。
1935年5月，4名日本军人在察哈尔省由多伦经张北县沿途偷绘地图，到达张北时因无证件而被中国军队扣留。土肥原立即以此为由向冀察当局施加压力，逼迫察哈尔省民政厅厅长秦德纯与之签订《秦土协定》。该协定主要内容包括：
1. 向日军道歉，撤换与该事件有关的中国军官。
2. 停止国民党在察哈尔的一切活动。
3. 成立察东非武装区，第29军从该地区全部撤退。
4. 取缔察哈尔省的排日机关及排日活动。
5. 撤换宋哲元的察哈尔省主席职务。
1935年10月，土肥原特务机关进入北京后，继续策划以分裂中国为目标的“华北自治运动”。战后远东国际军事法庭认证，土肥原曾亲自与国民党冀东行政督察专员殷汝耕进行密商，要求后者“起事”。在土肥原的煽动下，殷汝耕于11月25日在通县宣告脱离国民政府，成立“冀东防共自治政府”，并发表了亲日宣言。冀东伪政权成立后，土肥原又鼓动主持华北军政的宋哲元与殷汝耕合作，成立“华北五省联盟自治政府”。宋哲元得到国民政府同意后，成立了冀察政务委员会。土肥原担任冀察政务委员会顾问，并安插了一些亲日分子充当委员。
1936年3月，土肥原奉调回国出任留守第一师团师团长。1937年3月，他又被任命为第14师团师团长。1937年卢沟桥事变爆发，日本发动了全面侵华战争，土肥原奉命率部入侵中国。8月20日，土肥原部在塘沽登陆，之后在华北作战，一路杀向保定、石家庄、邢台、邯郸、磁县、大名、安阳、新乡，直抵黄河渡口。因其进军迅速，被日本报纸称为是“华北战场上的一颗明星”。
1938年5月，土肥原率部渡黄河进入陇海铁路向郑州方面进攻。中国军队为阻止日军沿平汉铁路进攻武汉，在花园口掘开黄河堤岸，以黄河之水阻止日军行进。土肥原部被洪水围困月余。黄河决堤造成中国人民数十万人死亡和1200余万人流离失所，日军的侵略是该事件的根本起因。
1938年6月，日本为在占领区组织统一的伪政权，成立了对华特别委员会，调土肥原中将负责，称“土肥原机关”，后改称“重光堂”，在上海设办事处。该特务机关成立后，在土肥原的主持下，先后对唐绍仪、吴佩孚、靳云鹏做工作，但并未取得成效。1938年底汪精卫叛国出走后，日本改将汪作为统一中国伪政权的对象。
土肥原于1939年调任北满第五军司令官；1940年调任日本军事参议官兼陆军士官学校校长；1941年晋升陆军大将并出任陆军航空总监；1943年调任第七方面军司令官，统辖日本驻马来亚的第29军、驻苏门达腊的第25军、驻爪哇的第16军和驻婆罗洲的日本守卫队；1945年调回东京任教育总监。
日本战败投降后，土肥原贤二被盟军逮捕，关入横滨刑事所。1948年11月，以“破坏和平”、“违反战争法规惯例及反人道”等罪行，土肥原被远东国际军事法庭判为甲级战犯，在巢鸭监狱执行绞刑。
另外一名就是制造震惊世界的“南京大屠杀”的元凶——松井石根。
1937年7月7日的卢沟桥事变之后，日本侵略军对我国开始了大举侵略，所到之处都实行“三光”政策。到了11月下旬，日本侵略军已经逼近六朝古都南京。日本侵略军上海派遣军司令官松井石根在攻占上海时受到了中国军民的顽强抵抗，攻占上海后，松井石根在12月1日晚7时，向部队发出了攻占南京的命令。
此时的南京已有半数居民和侨民撤离，但还有几十万的居民和少数外侨留下。在外侨划定的国际安全区域内，设置了25个难民收容所。12月9日，松井石根命令部队向南京城内空投所谓的最后通牒，并声称：大战即将开始，若中国军队必欲抗战，则一切战争之恐怖将尽现于南京。12月12日下午5时，国民党南京守备部队的高级将领弃城逃跑，数十万手无寸铁的老百姓却落入了日本侵略军的屠刀之下。
松井石根在入侵南京后，下令部队“分区对城内进行扫荡”，之后的六个星期，松井石根带领他的侵略部队在南京制造了一起举世震惊、惨绝人寰的屠城血案。此外，令松井石根无以辩驳的证据是外国记者的相关报道：美国记者达丁在发回国内的报道中描述，“随着日军占领下关，出现了防守部队遭到集体屠杀的事件，尸体被混入沙袋中堆积起来，形成了6英尺高的小山。”
在国际安全区域里的25个难民收容所也没有逃过这场屠杀。里面的中国百姓许多人都被日本侵略军拖出难民营集体屠杀，众多妇女都被多次强奸。当时国际安全委员会的创立委员、金陵大学医院外科主任、美国教授贝蒂斯在远东国际法庭上作证说：“在72小时内南京国际安全地带委员会埋葬军民死尸大约30000具……我曾目睹5次强奸事件，在金陵大学校舍内收容难民30000人，曾发生强奸事件数百次。”?趩?趽
在南京犯下累累罪行后，1938年3月松井石根复原回国，定居在日本东京以南的静冈县伊豆山。他竟然在伊豆山山腹烧制了一尊合十观音立像，烧制使用的泥土是从南京大场镇带回的红土。这座观音像还被起名为“兴亚观音像”。松井本人还对此像的含义作了解释，说：“此像容目温和，面向南京，体现了以此功德永远向怨亲平等、祈仰东亚之大光明之本意。”
距观音像不远处还建了一座观音堂，堂内祭坛正中设有一座观音坐像及一座立像，观音像前的木匣内摆放着记有松井部下战死者23104人的名册，两侧还立着两个牌位，写着“支那事变日本战殁者灵位”和“支那事变中华战殁者灵位”，以此表示对中日双方战死者的祭奠。双手沾满了鲜血，却仍想以此来掩盖自己的罪行，模糊这场侵略战争的事实。但是在1948年的远东国际军事法庭上，面对铁一般的事实，松井石根还是不得不对自己的罪行一一供认。
在1948年12月23日松井石根等七名甲级战犯被处死刑后，其“灵位”被放置在观音堂祭坛的突出位置，祭坛两侧还陈列出许多与松井十分有关的实物，俨然成为一个“松井纪念馆”，之后这里更是成为祭奠包括1068名甲、乙、丙级战犯在内的所谓“大东亚战争全体阵亡者”的场所，因此被一些日本人视为“小靖国神社”。
尽管松井石根视中国百姓的生命如草芥，但他自己却是一个害怕死亡的人。当他被宣判死刑时，竟然因过于害怕而险些摔倒在法庭上，在《侵华日军甲级战犯大结局》一书中，对松井石根此时的表现这样描述道：
松井石根听到自己被判为绞首刑后，顿时脸色苍白，浑身颤抖，竟然在摘耳机时把眼镜也带了下来。他拾起眼镜，仔细观察了一番，发现并未破损后复又戴上，向法庭鞠了一躬，不想又脚底不稳，险些摔倒，幸亏站在他身后的美国宪兵拉了他一把。随后，宪兵像挟小鸡一般，将松井石根拖出了法庭。?趪?趭
如果说在明治维新之前，作为一种民间信仰，靖国神社将“成者王侯”与“败者盗寇”一起祭祀，确实显示出日本古代文化中的某种“人情味”（如祭祀叛乱而死的西乡隆盛）；那么，在明治维新之后，靖国神社的意味发生了改变。
余杰认为，如今的靖国神社已“完全蜕变成为军国主义意识形态的马前卒”。他说：“我在靖国神社及‘游就馆’中看到的一切，绝非‘宗教自由’那么简单。”北京大学中文系教授陈平原分析得更透彻，他认为：“靖国神社之突出‘为国捐躯’，使得这种‘已在国民的宗教意识中扎根的慰灵传统有了本质的改变’。此后，必须是效忠于天皇和大日本帝国的，才有资格享受祭祀。这种置幕府军队与外国士兵之死于不顾的‘招魂’，在推行天皇参拜和军国主义的同时，培养了民众的‘残忍心’——很难说这与太平洋战争期间日本军队在中国以及东南亚的暴行没有关系。” ?趪?趮
事实上，在靖国神社成为一个国际问题之前，日本政府和日本战死官兵亲属之间一直有较为强烈的对立感情。日本战死官兵的亲属，固然可以接受为天皇战死的说法，但日本人通常并不把天皇和政府看作一体，我家的人是被日本政府带去的却没有带回来，要找政府算账是理所当然的事情。这些人得罪不得，但要讨好也很不容易，因为他们人数众多，日本政府就算有金山也无法填补他们的需要。这也是历届日本政府头疼的问题。
但是，靖国神社问题一出，日本政府的头疼就迎刃而解。由于亚洲邻国的反对，日本政府成功地获得了战死老兵家庭的支持，成为了他们的代言人和保护者，双方站到了一条战线。按说，中国方面在这个问题上占有绝对的道义优势，但是具体到日本每一个战死官兵的家庭，无论日军有怎样的罪恶，这些供奉在靖国神社的人毕竟是他们的儿子、兄弟、丈夫或父亲，可以想象这个时候，这些普通日本人无论是不是军国主义者都不会讲道义的。
于是，在日本国外的人认为靖国神社有甲级战犯在里面，日本人是要复活军国主义，在日本国内的人则认为是外国人不让本国政府表达对于为自己战死者的尊敬和歉意，在这一轮的对抗中，日本政客获得了最大的成功。日本首相支持率不够高的时候去拜靖国神社，也就成了不二法门。
3. 一个普通人的愤怒
2001年8月上旬，离日本战败投降日越来越近。8月13日下午4点半，当选不到半年的日本第87任首相小泉纯一郎身穿燕尾服以首相身份去参拜。
韩国人愤怒了，20名青年人于8月14日在汉城日本驻韩国大使馆门前剁小指抗议。报章上开始分析韩国人和中国人对这件事反应的差异。
