从此之后，每当日本人想要攻打朝鲜人的时候，总是要先把这位神功皇后的“功业”重新炫耀一番，以激励那些继承神功皇后“事业”的子孙们。此后，掠夺朝鲜人便成为了日本人的一项基本国策。到公元5世纪的时候，经常渡海侵掠朝鲜半岛的日本人在朝鲜半岛南部建立了一个“任那”殖民政权，并以此为基地，大肆抢掠朝鲜人的财富。公元530年左右，日本人终于从朝鲜人那里获得了其梦寐以求的先进技术——百济国同意向其贡献五经博士、易博士、历博士、医博士、药剂师、乐工、僧侣等高级知识分子，对促进日本文化的进步，赶上当时世界最先进水平起到了至关重要的作用。
公元552年10月，百济国又向日本大和国贡献了一尊释迦牟尼的镏金佛像和若干经卷，从此佛教传入日本。
尽管朝鲜人源源不断地给日本人提供财富和技术，日本却并不满足，继续增兵扩大对朝鲜的占领，无奈技不如人，公元563年，日本人被新罗军队赶出了朝鲜半岛。日本人长达半个多世纪的侵朝战争才算告一段落。公元571年，多次策划攻打新罗的钦明天皇一病不起，临终前仍然念念不忘攻占朝鲜半岛。
就地理位置而言，日本孤悬海外，要向大陆发展，唯有先占朝鲜。
16世纪末，在日本列岛，中部尾张国织田信长被刺死，部下大将丰臣秀吉（1536-1598年）继续其统一日本列岛的事业。天正十八年（公元1590年），丰臣秀吉统一全国后，深知各大领主如德川家康等对他的服从是不坚定的。而且在全国领地的重新分配中，丰臣秀吉所得的直辖领地并不占有绝对优势，只要德川家康等一些大武士联合起来，他将处于劣势。
因此，丰臣秀吉希望打击这些大领主的势力。将大领主所积蓄起来的人力物力，引向能够消耗其实力的战争中去。于是，丰臣秀吉物色了朝鲜，作为制造这样一场战争的目标。
此外，丰臣秀吉还企图以陆军通过朝鲜，从而入侵明朝。
丰臣秀吉的这一企图，早已有之，早在征讨毛利的时候，丰臣秀吉就写信给织田信长说“臣必图朝鲜，窥视中华，此乃臣之宿志”。在征服高野寺以后，在给一柳末安的信中也说“日本国之事自不待言，尚欲号令唐国”。1589年，他致书朝鲜国王：“吾欲假道贵国，超越山海，直入大明，使其四百州尽化吾俗，以施王政于亿万斯年！”
1592年4月（明万历二十年），日军的先遣部队渡过对马海峡，于4月13日在釜山登陆，战争正式开始。这一年是壬辰年，所以朝鲜称此役为壬辰卫国战争，中国称万历朝鲜之役，日本则叫文禄、庆长之役（日本在庆长二年发动了第二次战争）。
小西行长首先在釜山登陆成功后，加藤清正率后续部队继续登陆，庆尚道的朝鲜水军则彻底被九鬼嘉隆所败，右水使元均竟自焚船舰，根本无法配合陆军阻止敌人登陆。结果小西行长轻而易举地拿下了东莱城。然后整个先遣队按照计划分成三路：小西行长猛进密阳，直指忠州；加藤清正则攻打彦阳、蔚山，企图在忠州同小西行长会师，进而直逼京城（汉城）。黑田长政则越过秋风岭北上，以策应友军。与此同时，日军水军则攻占了庆尚、全罗、忠清等道的沿岸地区。
同陆军的接连胜利相比，日本水军却是连连受挫，因为他们所面对的是全罗道的水军节度使李舜臣。此人弓马娴熟，精通兵法，尤其善水战。4月20日，他就调动全道的水军赶往庆尚道去重新编组被击溃了的庆尚水军。5月7日，在玉埔海面突然袭击了停泊在这里的日军50艘舰艇，共击沉了26艘，其后在追击到永登浦时又破坏了5艘。紧接着李舜臣第二天在赤珍浦偷袭了日军的补给船队，又击沉13艘。结果使得秀吉“水陆并进”的企图失败，陆军的补给开始出现危机。
而此时的日本陆军在占领京城后兵分两路：小西行长过开城向平安道进发，加藤清正攻打咸镜道，直抵中朝交界的会宁，这时朝廷宣祖已经逃到了义州。结果釜山登陆不到两个月，陆军就已经控制了除平壤以北，全罗道沿海外的全部朝鲜半岛。要不是水军惨败，补给缺乏，无法扩大战线，恐怕朝鲜不等中国出兵就已经灭亡了。
此时的大明王朝尽管朝政腐败，但余威尚存。明神宗万历帝朱翊钧遂决定援朝以巩固辽东和京师。于是明朝于1592年6月2日命令辽东抚镇发精兵两万援助朝鲜。6月15日先锋戴朝弃、史儒率部渡过鸭绿江，6月16日进驻朝鲜李王所在的义州。6月21日副总兵祖承训、游击王守官带大部队也进入朝鲜。
为了及时补给陆军给养，日方九鬼嘉隆又派出了三路舰队侵朝，同李舜臣舰队在闲山岛前展开决战。闲山岛水深，利于朝军，一开始朝军就利用小规模攻势诱使日军进入包围圈中，待日军全部进入后，隐藏在闲山岛北的朝军主力立刻摆开了鹤翼阵，同时从正面和侧面击溃了日军。击破了59艘敌舰、数千日军，史称闲山岛大捷。这是被写入马汉《海权论》里的著名战例。之后李舜臣又在安骨浦完全消灭敌残余部队。
7月17日拂晓，中日两国军队终于开始发生冲突。祖承训认为日军“蛮夷野人，安能与天朝大军抗衡哉？”轻率地调动全部兵力进攻平壤。当时连续降雨，道路泥泞，以骑兵为主的明兵很难施展威力。当冲入好像是空城的平壤时，立刻遭到了小西行长部的伏击。日军的火枪队发挥了极大的威力，戴朝弃、史儒当场身亡，其余兵将更是死伤惨重。祖承训一天之内退到大定江，然后撤回国内。平壤攻防战使本来对明朝尚有一定戒心的丰臣秀吉不可一世，立即派岛津义弘增兵朝鲜，企图从陆地支援小西、加藤、黑田部。
出乎丰臣秀吉意料，大明朝10月17日任命李如松为防海御倭总兵官提督，大规模援助朝鲜。李如松43000大军于1593年1月3日进驻肃川，第二次平壤攻防战宣布开始。
1月6日，明军包围平壤，次日总攻开始。小西行长占有地利，退缩在练光亭的土窟中用火枪不断射击，而李如松则凭借数量优势强攻，同时以火攻对抗。双方均伤亡惨重，连李如松坐骑也中弹而死。最后明军疲劳过度，被迫撤退。但小西行长同样筋疲力尽，无力再战。小西行长连夜率残兵跨过冰封的大同江，向南逃去。李如松派兵从后面追杀，又歼灭600余人。一共消灭了1646名日军、生擒5名，明军伤亡为796人。
2月19日，明军进驻开城。加藤清正此时已经将其屠掠一空，焚城南逃。2月27日，李如松领两千人在汉城附近的碧蹄馆同日军发生遭遇战，幸亏大将杨元赶来救援，才退回开城。当时京城日军有4万多人，是日军的精锐部队，绝对数就比朝中联军要多。李如松决定先确保开城一线，一边等国内新增援兵，一边整顿朝中联军。明兵部尚书还主张和谈，而另一方面丰臣秀吉得知己军受挫，粮饷不足，疾病流行，也打算撤兵。双方不谋而合，虽然朝鲜国王极力要求复仇，但明朝还是决定和谈。
3月22日，明使沈唯敬前往龙山同宇喜多秀家谈判，议定日军4月19日退出京城，明军随即进驻。5月2日，侵朝的日军大部分退到了釜山一带。丰臣秀吉不甘心就此失败，遂一方面在庆尚、全罗道修了18座城堡，一方面运用外交手腕，派小西如安前往北京递交日本的和谈条件，开始了长达四年的打打停停的“和谈”时期。
鉴于日军可能不会再有大的军事活动，明军大半在1593年8月回到国内，只留下一万人驻守朝鲜。李舜臣被朝廷任命为三道水军节度使，实际上就是海军的总司令官，整饬军队，建造战船。而秀吉也不断地利用谈判时间补充兵力，运送武器给养，以备再战。
明、日的谈判一直持续到了1596年9月，仍然处于僵局状态。秀吉认为日军已经有能力再战了，但首先他要设法除掉李舜臣。1597年1月，小西行长用秀吉的计策，派人在汉城散布谣言，陷害李舜臣，结果李舜臣被捕入狱，被押送到京城。
得知反间计成功后，秀吉立刻于2月21日再度调动14万陆军和数万水军侵朝。从动员到集结就绪共花费5个月时间，在7月准备完毕。明朝因日本毁约大为震怒，也调动了川、陕、浙、蓟、辽的陆军和福建、吴淞的水军，再度援朝。
7月7日，九鬼嘉隆要一雪前耻，一举重创元均为首的朝鲜水军，又配合陆军水陆夹击漆川岛的朝鲜水军，朝军几乎全军覆没，日军控制了制海权。8月1日，14000日军三路进攻全罗道，正好赶上明军进驻全罗、忠清。大将杨元率3000人守卫南原，但寡不敌众，2700余人战死，杨元负伤。
8月19日，明军除守卫稷山外全线退至汉城，日军占领了全罗道全部地区。李舜臣重新被任命为三道水军节度使，但此时他手中只有12艘船和120名士兵而已。于是李舜臣整顿了残余部队，在碧波亭水域悄悄准备恢复实力。
9月7日黑田长政10000人分攻稷城和舒川，被明将解生打败。这时明将邢玠和麻贵统兵四万和朝鲜权粟元帅会师，大举南进。丰臣秀吉情知不妙，加上李舜臣又在鸣梁海峡以少胜多，大败日水军，所以日军连忙战略后撤，令加藤清正守蔚山、小西行长守顺天、岛津义弘守泅川，形成沿海要点的守备态势。
联军经过侦察，决定先进攻只有两万人的蔚山。12月23日午夜，明军三路直捣蔚山，李如松交战后佯退，会同友军消灭了500余日军。正在监督西生浦的加藤清正连忙返回蔚山，亲自守城。明军连续四天猛烈强攻，仍旧没有攻下城池，其间加藤清正也难以支撑，就送信给明军乞求讲和，被拒绝。双方僵持之时，西生浦13000多日军赶来增援。1598年2月9日，明军屡攻不下，被迫撤退。
蔚山战役后，双方都调整了战略。秀吉眼见反攻无望，只得继续确保防线，在朝鲜南部站稳之后再蚕食朝鲜。而明军虽经蔚山惨败，但主力未损，而且国内又派陈遴和邓子龙的水军前来助阵。所以明军开始同时进攻三座要塞：蔚山、泅川、粟林。同时明水军和李舜臣的联合舰队控制了南朝鲜海权，切断了日军的退路。这时候在朝日军只有6万人，而中朝联军则有11万之众，明显占有优势。
8月18日，征战一生的丰臣秀吉因为朝鲜战争的失利，在气急败坏中病死于伏见城中。临死前遗命退兵。这对朝鲜的日军无疑是雪上加霜。小西行长进退不能，再次提出和谈，并再度遭拒，只能坚守城堡，等待援军。
9月20日，中朝联军水陆并进，向小西行长驻守的顺天进攻，同时明军还袭击了晋州。一直到10月2日，顺天仍未被攻破，而袭击晋州的明军已经占领晋州，以近3万人的强大兵力攻打泅川。本来战况顺利，但不料明军火药库突然爆炸，结果全军大乱，又遭日军追击，伤亡高达800多人。
到了11月，日军的承受能力已经达到极限，小西行长再次准备厚礼送至李舜臣营中，希望和谈，还是遭到拒绝。绝望的小西行长向岛津义弘求救，岛津于是集结近500艘船，企图冲破联军防线，打通回国的渠道。在露梁海面，与陈遴、李舜臣的水军展开最后一次大规模水战。战斗中李舜臣、邓子龙先后战死，但岛津的舰队也被歼灭了200多艘。
12月上旬，日军全线后撤，幸亏日本国内派兵救援，方屈守一隅，联军因为李舜臣之死而变得迟钝，日军终于大部分勉强撤回了日本。日本的这轮单挑无功而返。
战争结束后，朝鲜在汉城建了“大报坛”以感谢明朝相救，之后明军回国，朝鲜对明的感激之情甚至持续到了清初。
因为丰臣秀吉之死和朝鲜战争的惨败，刚刚恢复秩序的日本又陷入了文吏派与武将派的纷争。德川家康（秀吉的大将）的嫡系部队因为没参加战争而丝毫未损，两年后关原之战爆发……德川幕府诞生。
