证严法师鉴于“名医易得，良医难求”，在当前的教育体制下，医学生只着重治病，而忽略了对病人的整体关怀。于是，她又兴起了办一所医学院的构想，期望以慈悲喜舍的精神，培育出兼具渊博学识、精湛医技与悲天悯人、视病犹亲，且有“哪里需要我，我就去哪里”的良医人才。
花莲山明水秀风景优美，有自然的清新，而无人为的污染，真所谓地灵人杰，是培育一流人才的摇篮。慈济医学院在1994年加入大学联招，获得年轻学子的青睐，跻身第三类组十大排名之列。
2000年8月改名为慈济大学，设有医学院、生命科学院、人文社会学院、教育传播学院等。2000年9月慈济大学附属中学、实验国民小学创校开学；翌年慈济小学附设幼儿园也成立，落实了慈济一心希望的“完全教育”。
慈济大学不但是中国台湾东部地区第一所最高学府，同时也是中国台湾唯一由佛教界创办的医学院。
在身教方面，由慈济委员、慈诚队员组成的慈诚懿德会，作为学生的生活导师与发挥良能之人格典范的导引，并设立由教授组成的班导师制度。
慈诚懿德会是在专业教育之外，为辅助学生人格熏陶与生活教育而设立的组织。这些慈诚爸爸、懿德妈妈，均具备了正确的人生观及正信的宗教情怀，平均每8个学生有一位爸爸、两位妈妈。
这些爸爸有执业医师、企业家、建筑师、程序设计师、音乐工作者或是教育工作者；妈妈有的是“医师娘”、有的是自己拥有学医的孩子、有人学的是社会学与药剂学，有人擅长花道，也有人是企业家夫人等等。
撇开他们个人的职业与专长不谈，这些“爸爸”、“妈妈”都有一颗柔软体贴的心，愿意聆听这些离乡“孩子”的心声与困惑，也愿意与他们分享自己从生命历练中所获取的智慧。
慈济大学人性教学的特色，连国外侨生都为之心动。
2005年9月印度尼西亚棉兰失事班机中，死里逃生的印度尼西亚侨生张安妮，是慈济大学传播系新生，当时她搭机要来台办理新生报到，飞机自棉兰起飞后不久即发生空难坠毁，149人丧生。张安妮奇迹获救，经过半年医院复建，2006年如愿踏进慈济大学校园，受到热烈欢迎。
失事当时，将她从飞机残骸中救出的，也是慈济人。原本她还担心错过新生入学，不过校方获知后，要她安心养伤，待康复后再继续学业。张安妮在医院治疗期间，慈济志工一路关心陪伴。
“一年前，我在中国台湾侨大先修班就读，结业后毅然决定报考慈大，因为慈济校风纯朴，还有与众不同的‘懿德妈妈’。负笈海外难免孤单，但我相信‘懿德妈妈’会像母亲般呵护我。”
慈济月刊记录了张安妮的心声。经历这场灾难，张安妮要来中国台湾读书的意愿坚定不变，“而且我想做慈济医院的志工”。慈济人的影响，又让一颗慈济种子萌芽。
2000年11月美国伯克莱大学与慈济大学签订学术交流合作协议，来台签署的柏大校长Robert M。Berdalh表示，慈济十分重视人文教育，培育出的学生必定优秀而有内涵；再者，慈济在世界各地从事慈善救援，美名广被，他们选择和慈济大学合作，深感荣耀。
伯克莱大学校长及副校长于1999年11月来台访问，参观花莲慈济志业体。他们对慈济在9·21大地震后迅速确实的救灾行动，留下深刻印象，也对证严法师不分国籍、种族、宗教的行善精神，大表敬佩。
慈济大学自1995年开始推动大体捐赠，供大三与大七解剖课程使用。根据慈济资料，在1995年2月林蕙敏女士主动捐赠遗体后，截至2011年1月26日，已经有2.87万多人签署大体同意书，志愿身后捐赠大体，打破国人“入土为安”的观念，立下中国台湾医疗史的里程碑。
中国台湾的医学教育有过四十几位医学生共享一具大体老师的窘境，不过在慈济大学推动大体捐赠后，慈大的医学生平均4个人就可以使用一位大体老师。该校2002年首创急冻模拟手术教学，大体老师不只在医学三的课堂上以身示教，更以自己的身躯，作为临床医师练习的对象。
自证严法师开始呼吁“遗体捐赠”，迄今慈济医院每月平均有一位往生者捐出遗体提供病理解剖，院方于1999年元月举办“一百例病理解剖感恩会”，答谢捐赠者无私奉献和家属的体谅包容，增进医护人员对疾病的了解与处置，造福未来无数患者。
当天多位捐赠家属受邀与会，也有百余位解剖学学生前往见习临床医师进行病理解剖。第一百例病理解剖捐赠者吴保成的表弟杨光华致辞时说：“很高兴，表哥今天一下子就成了120个学生的老师！”
曾文宾院长表示，非医学中心的医院不一定都设有病理解剖单位，慈济医院拥有专设的病理解剖单位及分析医师。根据解剖切片作研究性的分析判读，从1990年9月开始第一例病理解剖，到1999年元月共完成100例。曾院长强调，除了设备优势条件外，更要感恩病患和家属对院方的信任，愿意捐赠遗体供作病理解剖。
对于“十年内创一百例的纪录”，慈济基金会林碧玉副总执行长表示，源自对证严法师所说“人生没有所有权，只有使用权”的感动，以及慈济医院良好的医病关系。如果医师在照顾病人时能够视病如亲，那么在此一良好医病关系下，也会影响病人考虑在往生后捐出遗体供医院作病理研究，或给慈济大学进行教学大体解剖。
病理解剖除了让医护人员增进病理知识及对疾病有更深一层的了解外，更能避免在医技研发途中走冤枉路。病理解剖属医学研究领域，与遗体解剖全面的人体结构了解不同，其目的在于透过遗体局部解剖的取样分析，验证临床医师诊判病情的准确度；这点对解剖学科的学生而言，是相当宝贵的实习教材，学生以观看临床医师已经作好的切片，结合理论与实务进行学习。
有个学生说：“打从大体解剖课一开始，‘生命的意义到底是什么？’这个问题一直萦绕在我心中，让我不断地去反复推敲、思索。在参与舍身菩萨的清洗工作时，我的内心第一次有很强烈的冲击：‘他们原本也和我们一样，是会跑会跳会说话的人阿！此时却冷冰冰地横躺在那，生命的价值何在？’当我拿起解剖器具，要划下第一刀时，却迟疑了——要是将他的身体割坏了，那怎么对得起他；旋即又想到另一位舍身菩萨曾说过一句话：‘我宁愿你们在我身上划错千刀万刀，也不愿见你们在有病痛的人身上划错任何一刀。’剎那间，我感受到：在舍身菩萨冰冷的肉身下，竟有一颗永不沉寂的火热的心，一直散发着延续不缀的生命力。原来，在往生之后，也能将生命绽放得如此光彩。今后，我将满心欢喜，因为我从所有舍身菩萨身上获得开示，那就是‘生命的尊严，在于让每一张病容重展笑颜；生命的意义，在于让每一颗受苦的心灵离苦而得乐’。”
大体老师林清课在得知罹患肝癌后，坚持不开刀、不作化疗，将遗体捐出作为学生的教材。他的妻子表示，依照丈夫遗志将他的遗体捐赠出来，心中百般不舍；但她看到学生认真、虚心求教的模样，很高兴先生做了这样的决定。
一般而言，许多医学院都面临大体来源不足的困扰，甚至发生200个学生共享1具大体的窘境，可是在慈济大学每4个学生就有一具教学大体供实习，这可能是全世界医学院不可多得的比例。
很多人感到讶异，为什么慈济在中国台湾如此忌讳死亡的风气下，居然能比西方国家得到更多捐赠的遗体？答案无他，主要是慈济对生命尊严的彻底重视。
慈济大学在对遗体的处理上特别用心，特别采用欧美最新引进的“Coting”喷干方式处理：先是做一般的防腐处理，将遗体清洗干净后，经由血管灌注化学药剂到器官组织中，不需经浸泡福尔马林的过程，直接以仪器喷上类似PVC的化学喷剂，将整个遗体喷洒成如蚕茧一样的薄膜，以隔绝空气防止腐败；然后，将遗体放在摄氏15.6度的储藏室中保存，待上解剖课时再取出使用。
在慈济大学的遗体，完全不会有浸在福尔马林池中浮肿的样子，实验室中也不会充斥刺鼻的福尔马林的味道；慈济大学的这种高科技的应用，使人能在死后仍然受到良好的尊重。
更令人感动的是，当年慈济大学解剖学科，为了采用这种高科技的保存遗体方法，特地到美国奥勒冈大学医学院参观，才了解到为遗体喷洒化学药剂时，需要将遗体吊在半空中，才能全身喷洒均匀；证严法师觉得这样的方式，对遗体不够尊重，就请慈济大学在解剖学科的喷房里，设计了一种床架，使遗体在喷洒的过程中可以平躺，而不用吊在半空中。
为了对这些奉献遗体来教导学生的“人”，表达适当的尊重，慈济大学更用心良苦地在每一个教学遗体解剖台旁边，放置捐赠者个人生前的照片与简单的传纪，以深刻地提醒学生，这些教学遗体也是一个曾经有过生命的人，由此教育学生尊重教学遗体，珍惜解剖实习的机会，努力学习。
慈济大学的师生都称呼教学遗体为“大体老师”，而慈济人也都称他们是“大德”或者“舍身菩萨”。学期结束时每个学生都要写一封给“大体老师”的信，报告他们在这位老师身上学习的心得，然后，再一针一线地将解剖后的躯体缝合恢复原状。
在学生的心理上，毫无疑问地可以加深他们对教学遗体及生命的尊重；然后再用白布将躯体扎实地包裹起来，最后为教学遗体穿上洁净的长衫，在家属面前由该组的四位同学亲手将这位“无言的大体解剖老师”入殓，放一封信和一束花；教学遗体就在学生的感恩、崇敬与祝福中火化。
这些教学遗体火化以后，骨灰都是放入一个以慈济静思堂外观为模型、相当精致的骨灰坛中，然后安奉在慈济大学解剖学科的大舍堂。在那里，念佛机一天24小时不停地朗颂着肃穆的佛号，让人有一种说不出的感动。面对一个对生命这般尊重的环境，让人深切体会出慈济大学的学生何以会有如此得天独厚的教学资源了。
在为大体老师举行的感恩及追思典礼上，当同学回忆与大体老师相处的心情时，家属也忍不住落泪，除了对家人的思念外，也感谢校方贴心地安排他们与学生会面，更感动于学生对大体老师的尊重与体贴。
大体老师苏英俊的女儿表示：“感恩慈济对每一具大体的尊重，使我们得以安心。”大体老师吴碧山的女儿也表示：“我们不再悲伤难过了，而会怀抱着快乐的心情来思念他。”
证严法师再三感恩大体老师教育天下英才的用心，那分舍身成就医学教育的菩萨精神，令人敬重与感动，生命虽然尽了，慧命却能长存。对一般人来说，生离死别苦不堪言，执着生死，所以放不下；大体老师以大爱舍身，这种豁达、超越、解脱的心境，正意谓着对生死的透彻了悟。今生的病痛，已安然解脱，往生后又能造就良医，无私的奉献功德无量。
对于这些难得的教学资源，证严法师表示，只要其它医学院校有需要，在家属同意的前提下，慈济都愿意提供转赠。“遗体转赠申请书”中特别强调，其它各医学院校必须依照慈济大学“尊敬生命、恭敬遗体”的态度去对待大体老师，并让他们实地参观大体处理室、储藏室、标本室、大舍堂及解剖实习室，期望各校也能参考这样的处理态度。
证严法师希望参与其事的所有工作人员都要以恭敬心对待捐赠者，并叮咛“遗体捐赠联络网关怀小组”，不论大体老师的家属身在何处，都要前往关怀。
慈济大学医学系七年级学生2002年5月27日至30日进行全台首创的“大体模拟手术教学”，藉由捐赠的遗体实际模拟开刀，学习包括气管造口、中央静脉导管、胸腔内管、子宫切除等技术，这是进入外科临床第一步。
以往的医学教育并没有提供“大体模拟手术教学”，实习医师没有实际操刀的机会；这项教学可让慈大医学系学生在毕业前就有学习开刀的机会，值得肯定。
走进慈济世界捐赠大体的故事里，每一则都令人动容。慈济月刊曾经记录了许多感人的事迹。93岁病逝的颜老先生，是慈济大学遗体捐赠者最年长的。生前他决定身后要捐出遗体，供医学生解剖之用，这样的想法，在十多年前保守的渔村里，并不被认同，子孙也蒙上“不孝”的责难。他的孙子，也是慈济志工，钦佩祖父的开明观念，他说祖父为他们印证了一个道理——人生在世，留个好名声就够了，其它没什么好计较！
一位尹老太太，二十多年前从一本书中了解到，解剖大体对医师养成阶段的重要性。她想人死了埋在土里也是烂掉，如果还能做最后的贡献，何乐而不为？后来看到慈济月刊和大爱电视台对遗体捐赠的介绍，跑了一趟花莲，更下定决心，没想到她的老伴也与她有志一同。
尹老先生过世，遗体要被送走那天，他的子女万般不舍，儿子甚至激动地一直喊妈，希望能把遗体收回。尹老太太了解子女的心情；可是她教自己不能心软，如果把先生的遗体收回来了，将来子女也会把她的收回，那她捐赠大体的心愿平白落空，岂不遗憾？
慈济医院一位陈姓护理人员，选择在心莲病房（即安宁病房）服务，与她因癌病逝捐赠遗体的父亲有关。当她父亲决定住进安宁病房，希望保留完整的身体捐作病理解剖时，她一度天人交战。
陈先生比女儿早一年进花莲慈济医院工作，白天是总务室的职工，晚上则是志工，父女同事6年。每年健康检查都没问题的陈先生，发现罹癌时已很严重，直到往生前一周，抽血检验才发现肝功能异常，所以他认为自己应该是个值得研究的医学课题，希望将来不要再有病患跟他的遭遇一样；也希望家人能支持他捐遗体的决定。
病中的父亲还买了一辆厢型车送女儿，催促她去考驾照。女儿不解。父亲告诉她，希望她将来有空可以载病人到处走走，因为轿车椅子太软，有腹水或行动不便的病人坐起来不舒服。原来当志工的父亲常载送病人，用心体贴。
陈先生也对女儿说过，在心莲病房的照顾才是最完善的，“你要踏进来才会知道，也才能了解心莲团队对爸爸做的一切。如果不放心，就进来学吧！”父亲走后，她选择进入心莲病房学习，要将父亲教给她做人处事的智慧，用在对待每一个生命的照顾与陪伴。
