至正元年六月初，大清英亲王阿济格，率领蒙古八旗一万人，满洲八旗一万人，汉八旗二万人，一共四万人绕道经内蒙古南下，攻打大同，由于没有带火炮，久攻不下，清军撸劫大同周边五万百姓，以及大量牲畜、粮食，扬长而去。原本多尔衮已经做好了联合吴三桂南下的准备，不料吴三桂投降了李天应，而且还把李自成打得大败，山海关也由李天应的军队接管。多尔衮非常恼怒，不久李自成逃往陕西，李天应的大军追击李自成，多尔衮认为此时北京周边兵力空虚，可以乘机打劫一番，于是命阿济格领兵南下。在北京城内得到消息的王明要带兵反击，但被众人劝阻，现在主力军正在陕西和李自成作战，北京城内只有二万五千步兵，没有骑兵和火器兵，出城作战就等于送死。王明再狂妄也不认为二万人在野战之中打得过四万满清精锐，而且这其中还有二万骑兵。最终王明也只能死守北京。
消息传到南京，京师振动，从民间百姓到朝廷君臣都认为这是奇耻大辱。但是也没有办法，谁叫那时候主力军正在陕西呢？时间到了八月份，李自成败亡，李天应重新部署兵力将前明将领大量调往南方，由李定国任华北军区，兵马大元帅，黄得功为西北军区兵马大元帅。王明为江南军区，兵马大元帅。陈大刚为西南军区兵马大元帅。郑开于为大同兵马副元帅，张民远为山海关兵马副元帅，陈进为京师龙卫军副元帅，王二虎为潼关兵马副元帅。等等吴三桂、姜嚷、王承英、唐通、白广恩等一些前明将领调往南方贵州、重庆、广西、四川以及河南等地驻防。西南有陈大刚坐镇，江南有王明坐镇，谅这些前朝武将们也翻不起大浪来。完成这些调动之后李天应开始迁都北京。李天应带着文武百官，和五万龙卫军浩浩荡荡前往北京。李天应到达北京后开始整改军队，整顿吏治。目前李天应有自己的亲信军队三十五万（包括五万龙卫军），还有从明朝投降过来的四十万明军（包括吸收的大部分李自成军中投降过来的士兵），李天应不想花钱养着这么庞大的，战斗力又差的前明军队，李天应决定裁军，而且是只裁撤十万前明军。这些裁撤的军队由朝廷提供农具种子，去种田，这遭到前投降过来明军将领的反对，乱世中谁的兵多，谁就更加牛逼。也更有安全感。但是也都不敢明确反对，比较李天应的理由很充足：“现在天下已定，不需要养那么多军队。”这也获得文官集团的支持，所以他们也只能遵从，由于不能再像明朝那样吃空饷了，所有军粮都是由地方文官押运到军营，发到士兵们手里，不经过军官的手，所以武将们失去朝廷的财力支持，光凭武将自己也养不起这么多军队。裁军后李天应总兵力是六十五万，三十万地方前明投降过来的军队和三十五万亲信军队。
